취·등록세 등이 감면된 공장건물의 일부를 유예기간 내 물품창고 내지 판매시설로 사용한 것만으로 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다는 조세심판원의 중요한 결정을 하나를 소개한다.

관련 사건은 유명 주방용품 업체인 R기업 사례로 이 기업은 2013. 10.경 경기도 한 일반산업단지 내에 공장건물(이하, '쟁점 건물')을 취득하고 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 '산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축·증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산'으로 하여 해당 지역 시장으로부터 취득세 등을 감면받았다.

그러나 해당 시장은 경기도와의 합동세무조사 결과, 이 기업이 쟁점 건물을 당초 감면 용도인 공장으로 사용하지 않고 물품의 보관창고 및 일부 판매시설로 사용하고 있는 사실을 확인 하고 2016. 1. 20. 기 감면한 취득세 등 5억 상당을 이 기업(R기업)에게 부과·고지하였고(이하, ‘쟁점 처분’), 이에 R기업은 법무법인 윤성(허진영, 도시현 변호사)을 선임하여 2016. 4. 14. 조세심판원에 심판청구를 제기했다.

현재 지방세특례제한법은 제78조 제4항에서 ‘산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 등을 면제한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 또는 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다’고 규정하고 있다.

또한 대법원은 “감면된 산업용 건축물 등에 대한 추징요건이 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우로서, 이와 같이 직접 사용의 유예기간동안 사업자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 이 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다”는 법리를 확립한 바 있다(대법원 2006. 1. 27. 선고 200514035 판결 등 참조).

결론부터 말하면 조세심판원은 R기업측의 주장용을 대부분 받아들였다. 변호인의 주장은 △산업단지의 사업시행자로서 제조업을 영위하기 위하여 사업승인을 받은 점 △쟁점 건물을 취득하여 유예기간 내에 일시적으로 물품창고로 사용 또는 타공장에서 제조된 물품을 판매하기는 하였으나 이는 쟁점 건물의 면적만으로는 공장등록을 허가받기 위한 공장입지 기준면적이 충족되지 않았던 점과 제품생산을 위한 주요 기계장치인 사출기를 중국으로부터 이관 및 설치하는데 시간이 소요되는 점 등으로 인하여 공장을 가동하기 위한 요건이 충족되기 전에 쟁점 건물을 일시적으로 활용하기 위한 것으로 보이는 점을 강조했다.

또 변호인 측은 이후 쟁점 건물 취득 후 유예기간 도래 전에 나머지 건물을 신축하여 공장입지기준면적을 충족하고 외국으로부터 사출기를 이관·설치하고 공장등록을 하여 제품생산을 하는 등 제조활동을 영위한 것으로 보이는 점 등도 주장했다.

이에 심판원은 쟁점 건물 취득일부터 유예기간인 3년이 경과하지 아니한 상태에서 쟁점 건물을 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단하여 쟁점 처분을 모두 취소하는 결정을 내렸다.

이 사건 결정을 성공으로 이끈 법무법인 윤성의 허진영 변호사는 “R기업은 2010. 11. 29. 관련 지자체와의 투자협약을 체결한 이후 2017년 현재에 이르기까지 근 6년 여 간을 대내·외적 악재와 사투를 벌이며 공장으로서의 면모를 모두 완성하였는데, 지자체는 청구인이 그 사이 지역홍보와 지역민의 편의 및 지역경제 활성화를 위해 간헐적으로 생산설비인 RACK을 진열대로 활용하여 할인혜택을 부여한 것에만 주목하여 지방세 세수확보에만 치우쳐 지방세특례제한법의 취지를 몰각하는 쟁점 처분을 내린 것”이라면서 “투자유치 후 지역경제에 일조하는 기업에 대한 지방자치단체의 배려”를 당부했다.