1. 사실관계 

가. 원고는 주택신축판매업 등을 영위하는 법인으로서 2008. 1.경부터 고양시 일산동구 식사동 일원의 고양식사도시개발사업구역 내에서 아파트 및 상가 총 3,634 세대(이하 ‘이 사건 아파트 등’이라 한다)를 건설하면서 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 전체 세대수 중 96.4%를 분양하였다. 

나. 원고는 이 사건 아파트 등의 작업진행률과 분양률을 기준으로 2008 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세를 신고․납부하였다(다만 2008 사업연도에는 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제되어 법인세를 납부하지 아니하였다). 

다. 이 사건 아파트 등의 분양계약은 수분양자들의 잔금 미지급 등으로 인하여 전체 분양세대 중 2011 사업연도에 약 17%, 2012 사업연도에 약 6%, 2013 사업연도에 약 11%가 해제되었다. 

라. 원고는 위 각 사업연도의 법인세를 신고하면서 위와 같이 분양계약이 해제된 부분에 대하여 해제일이 속한 사업연도의 ‘영업 외 손실’로 계상하였다가, 2013. 3. 29. 분양계약의 해제로 감소된 분양률을 기준으로 2008 사업연도 내지 2010 사업연도의 법인세를 재산정한 다음, 피고에게 2009 사업연도의 법인세에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 5. 8. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 1. 12. ‘2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 전까지 해제된 분양계약에 대하여는 당초부터 분양계약이 없었던 것으로 하여 2009 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다’는 결정을 하였다. 이에 따라 이 사건 처분 중에서 이 사건 조항이 신설되어 적용된 2012. 1. 1. 이후의 2012 사업연도 및 2013 사업연도에 이루어진 분양계약의 해제 부분에 관하여 2009 사업연도의 법인세에 대한 후발적 경정청구(이하 ‘이 사건 잔존 경정청구’라 한다)를 거부하는 부분(이하 ‘이 사건 잔존 처분’이라 한다)만이 남게 되었고, 원고가 이 사건 소로써 그 취소를 구하고 있다. 

2. 이 사건의 쟁점 

이 사건의 쟁점은 후발적 경정청구권의 행사를 제한하는 2012. 2. 2. 개정된 구 법인세법 시행령 제69조 제3항의 적용 범위이다. 

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 9. 21. 선고 2016두60201 판결) 

가. 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제5호 및 그 위임을 받은 구 국세기본법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’를 들고 있다. 

그리고 법인세에서도 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적․반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 계약의 해제가 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조). 

한편 법인세법 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 ‘도급공사 및 예약매출을 포함하는 건설․제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 그런데 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 법인세법 시행령(이하 ‘개정 시행령’이라 한다)은 제69조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)을 신설하여 ‘작업진행률에 의한 익금과 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다’라고 규정함으로써, 계약의 해제로 인하여 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하도록 하여 후발적 사유를 원인으로 한 경정청구권의 행사를 제한하고 있고, 개정 시행령 부칙 제2조는 ‘이 영은 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있다. 

나. 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다. 

(1) 권리확정주의는 실질적으로 불확실한 소득에 대하여 장래의 실현을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로서, 일정한 후발적 사유의 발생으로 인하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하게 되므로, 구 국세기본법 제45조의2 제2항, 구 국세기본법 시행령 제25조의2는 당초 사업연도의 익금 산입에서 제외할 수 있도록 하는 후발적 경정청구제도를 인정하고 있다. 이처럼 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 그 납세의무의 근거가 소멸되는 등의 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 당초의 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에, 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 잘못된 당초의 과세에 대한 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 취지가 있다. 

또한 후발적 사유가 발생한 사업연도에 결손금이 누적되어 있거나 사실상 휴ㆍ폐업 상태여서 차감할 익금이 없는 경우에도 후발적 사유가 발생한 사업연도의 손익으로만 반영하도록 하는 것은 납세자의 권리구제에 미흡하고 형평에도 어긋나는 결과가 된다. 따라서 후발적 경정청구를 제한하는 규정은 그 적용시기를 명시적으로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 규정의 시행 전에 이루어진 잘못된 당초의 과세에 대한 후발적 경정청구권에는 영향을 미치지 못한다고 보아야 한다. 그런데 개정 시행령 부칙 제1조는 시행일에 관하여 ‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’고 규정한 다음, 제2조는 일반적 적용례로 이 영은 ‘ 2012년 1월 1일 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있을 뿐, 이 사건 조항에 관한 개별적 적용례를 별도로 규정하고 있지 아니하다. 이는 개정 시행령과 같은 날인 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호에서 계약이 해제되어 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 계약해제일이 속한 과세기간에 부가가치세에서 차감하여 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 규정하면서, 부칙 제7조에서 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다는 개별적 적용례를 두고 있는 것과도 대비된다. 

따라서 이 사건 조항은 2012. 1. 1. 이후부터 개시하는 사업연도 분의 과세에 대한 후발적 경정청구에 적용되며, 그 전의 사업연도 분의 과세에 대하여는 비록 그 이후에 후발적 경정청구 사유가 발생하였다 하더라도 적용되지 아니한다고 해석되며, 결국 2009 사업연도 법인세에 관한 이 사건 잔존 경정청구에는 적용되지 아니한다. 

다. 나아가 이 사건과 같이 아파트 등의 분양계약이 해제된 경우에, 그 해제로 인한 손익에 대하여 경상적․반복적으로 발생하는 상품판매계약의 매출에누리나 매출환입과 마찬가지로 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하도록 하는 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계의 기준이나 관행이 존재한다고 볼 수도 없다. 

라. 그럼에도 이와 달리 원심은 2009년도에 분양된 이 사건 아파트 등에 관하여 그 분양계약의 해제가 2012. 1. 1. 이후에 이루어졌다는 이유만으로 2009 사업연도 법인세에 관한 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 조항의 적용시기 및 법인세에서 후발적 경정청구가 제한되는 특별한 사정 등에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 

4. 대상 판결에 대하여 

가. 계약해제와 조세채권에 관한 판례 및 관련규정 

(1) 양도소득세 

부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 매수인 앞으로 미리 소유권이전등기를 경료하였는데 매수인이 잔대금지급채무를 이행하지 아니하여 매도인이 매매계약을 해제하였다면, 위 매매계약은 그 효력이 소급하여 상실되었다고 할 것이므로 매도인에게 양도로 인한 소득이 있었음을 전제로 한 양도소득세부과처분은 위법하다 할 것이며(대법원 1985. 3. 12. 선고 83누243 판결 등 참조), 과세관청의 부과처분이 있은 후에 계약해제 등 후발적 사유가 발생한 경우 이를 원인으로 한 경정청구제도가 있다 하더라도 이와는 별도로 그 처분 자체에 관하여 다툴 수 있다.* 즉, 양도소득세는 부과처분 전후를 불문하고 계약이 해제되면 그 부과처분은 위법하게 된다. 

(2) 증여세 

과세처분 이전에 증여계약이 해제되어 목적물이 반환된 때에는 증여세 부과처분을 할 수 없으나, 증여세 부과처분이 있은 후에는 증여계약이 해제되었음을 원인으로 등기가 말소되어도 그 부과처분의 적법성을 다툴 수 없다.** 계약의 합의해제는 계약에 의하여 발생한 권리관계의 변동을 원상으로 회복시키기로 하는 새로운 계약에 불과하고 계약의 효력은 원칙적으로 당사자 사이에서만 발생할 뿐 다른 사람의 권리관계에 영향을 미칠 수 없는 법리이므로, 증여계약의 이행에 의한 재산의 취득이 있게 됨으로써 증여세를 부과할 수 있는 국가의 조세채권이 발생한 이후에 증여계약의 당사자가 그 증여계약을 합의해제하였다 하더라도 그로 인하여 이미 발생한 국가의 조세채권에 아무런 영향을 줄 수가 없다.*** 

한편, 관련규정에 의하면, 증여를 받은 후 증여받은 재산을 당사자 사이의 합의에 따라 증여세 신고기한(증여받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월) 이내에 반환하는 경우에는 처음부터 증여가 없었던 것으로 보나, 반환하기 전에 과세표준과 세액의 결정을 받은 경우에는 그러하지 아니하다(상증법 제4조 제4항). 

(3) 부가가치세 

재화공급계약이 해제된 이후에는 부가가치세를 부과할 수 없고,**** 매매계약이 해제된 경우 그 해제 전에 이루어진 부가가치세 부과처분은 위법하며, 이 경우 당해 처분 자체를 다툴 수도 있고 후발적 사유를 들어 경정청구를 할 수도 있다.***** 부가가치세에 있어서도 양도소득세와 마찬가지로 부과처분 전후를 불문하고 계약이 해제되면 부과처분은 위법하게 된다. 

(4) 취득세 

취득세는 그 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로 그에 대한 조세채권은 그 취득행위(잔금을 지급하여 사실상 취득한 때)라는 과세요건사실이 존재함으로써 당연히 발생하고 일단 적법하게 취득한 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 재산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다.****** 

한편, 관련규정에 의하면, 해당 취득물건을 등기․등록하지 아니하고 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 화해조서, 인낙조서, 공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다(지방세법 시행령 제20조 제1항, 제2항). 따라서 등기․등록을 한 이후에는 해제하여도 취득세 납세의무의 성립에 영향이 없다. 

나. 법인세의 경우 계약해제와 후발적 경정청구에 관한 법리 

기간과세인 법인세에 있어서 대상판결의 사안과 같이 아파트 분양사업의 수익발생 원인이 된 분양계약이 해제된 경우 이미 익금에 산입한 분양대금의 손익의 귀속시기와 관련하여, 이를 분양계약이 해제된 사업연도의 손금에 산입할 것인지(분양대금의 반환을 손금으로 보는 것임), 아니면 당초 분양대금이 익금에 산입된 사업연도의 과세표준과 세액을 감액경정할 것인지에 관하여 많은 논란이 있어 왔다. 이 쟁점과 관련하여서는 기업회계기준 및 관행에 따라 계약해제가 있는 사업연도에 해제의 효과를 반영하는 회계처리는 매수인의 선택에 따라 과세여부가 결정되게 되어 납세의무자인 법인 소득의 조작가능성을 높이고 법적 안정성을 해치는 문제가 발생할 수 있다는 지적이 있다.******* 

대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결은 법인세에 있어서도 계약이 해제된 경우 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다는 점을 명확하게 밝히면서, 한편으로는 특별한 사정이 있는 경우(① 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 ② 경상적․반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우)에는 계약을 해제하더라도 계약이 해제된 사업연도에 귀속되는 것으로 판시하였고, 그 이후 이러한 입장을 유지해 오고 있다. 

다. 법인세법 시행령 제69조가 재화의 공급에도 적용되는지 

2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정시 신설된 법인세법 시행령 제69조 제1항은 “법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 ”건설등“이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 ”작업진행률“이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다”라고 규정하고 있고, 제3항은 “제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다”라고 규정하고 있다. 

위 규정에 의하면, 위 시행령 제69조의 적용 대상은 “건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 ”건설등“이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금”이다.

여기에서 대상 판결의 사안과 같이 건설회사가 아파트를 신축하여 분양하는 경우에도 위 규정이 적용되는지 여부가 논란이 될 수 있다. 아파트를 분양하는 것은 “건설·제조 기타 용역”의 공급이 아니라 재화의 공급에 해당되기 때문이다. 그런데, 위 시행령 제69조 제1항은 “건설등”에 “예약매출”을 포함하는 것으로 규정하고 있고, “예약매출”은 제품이나 상품 등의 판매를 미리 예약하고 장래 정해진 시점에 매수자에게 제품 또는 상품 등을 인도하는 판매형태로서 아파트분양사업자가 장기간에 걸쳐 아파트를 건설하여 분양하는 것은 기업회계상 예약매출에 해당된다는 것이 대법원의 입장이다(대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936 판결 참조). 이러한 판결에 따르면 아파트의 분양은 재화의 공급이지만 예약매출로서 위 시행령 제69조 제1항의 적용대상이 된다고 할 것이다. 

한편, 위 시행령 제69조 제3항은 “제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우”에 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금으로 할 수 있다고 규정하고 있다. 조세법규엄격해석의 원칙에 따른다면 위 제3항의 요건을 충족하지 못하는 경우, 즉, 아파트 분양사업을 하는 건설회사가 작업진행률이 아닌 분양률에 따라 수익과 비용을 산입한 경우에는 예약매출에 해당하여 위 시행령 제69조 제1항이 적용된다고 하더라도, 작업진행률에 따른 것이 아니므로 같은 조 제3항을 적용할 수 없고, 결국 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결의 취지에 따라 해제 시점에 관계없이 후발적 경정청구를 할 수 있다고 해석할 여지가 있다. 

대상 판결은 이 쟁점에 대해 명확한 입장을 밝히지 않았으나, 아파트분양사업에 관한 이 사건에서 위 시행령 제69조 제3항의 적용시기를 판단한 것으로 보아 건설회사의 아파트 분양이 예약매출로서 위 시행령 제69조 제3항의 적용대상이 된다고 전제한 것으로 보인다. 

그리고 위 시행령 제69조 제1항은 그 적용 대상을 “건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 ”건설등“이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금”으로 규정하고 있으므로, 예약매출에 해당되지 아니하는 일반적인 재화의 공급에 대해서는 위 시행령 제69조 제1항이 적용되지 않는다고 할 것이다. 

라. 대상 판결의 의의 

대상 판결은 계약의 해제가 법인세에 있어서 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다는 종전의 입장을 다시 한번 확인해 주고 있다. 나아가 대상 판결은 ‘작업진행률에 의한 익금과 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다’는 내용의 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 구 법인세법 시행령 제69조 제3항의 적용 범위에 대해, 위 시행령 부칙 제2조의 해석상 2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분, 즉, 2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 귀속된 익금의 과세에 대한 후발적 경정청구에 적용되며, 그 전의 사업연도 분의 과세에 대하여는 2012. 1. 1. 이후에 계약의 해제라는 후발적 경정청구 사유가 발생하였다고 하더라도 적용되지 아니한다고 판시함으로써 구 법인세법 시행령 제69조 제3항의 적용 범위를 명확하게 해 주었다.

[관련 설명]

*
대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5972 판결 등
**
대법원 1995. 11. 24. 선고 95누10006 판결
***
대법원 1987. 11. 10. 선고 87누607 판결
****
대법원 1998. 3. 10. 선고 96누13941 판결
*****
대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결
******
대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결 등
*******
고은경, 조세법상 경정청구제도에 관한 연구, 중앙대학교 박사학위논문(2008), 제226면