1. 사실관계

가. 원고는 1987. 11. 25. 이 사건 주택을 취득하였고, 서울시 서초구청장은 2010. 8. 26. 위 주택을 포함한 서울 서초구 (주소 생략) 대 66,337.7㎡에 관하여 주택재건축을 위한 관리처분계획인가를 하였다.

나. 이에 따라 원고는 이 사건 조합원입주권을 취득한 후 2015. 1. 20. 26억 원에 양도하였다.

다. 원고는 2015. 4. 27. 이 사건 조합원입주권의 전체 양도차익 중 관리처분계획인가 전의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 220,763,441원을 신고․납부하였다.

라. 그 후 원고는 2015. 6. 9. 피고에게 1세대 1주택으로 의제되는 이 사건 조합원입주권은 9억 원을 초과하는 고가주택으로서 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하면서 양도소득세 122,531,588원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2015. 8. 7. ‘이 사건 조합원입주권의 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다’는 이유로 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 장기보유특별공제 대상이 되는 조합원입주권 양도차익의 범위이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결)

가. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다.

2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다.

또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다.

이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다.

나. 위 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 조합원입주권이 1세대 1주택으로 의제되더라도 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 관리처분계획인가 전의 양도차익으로 한정되므로, 관리처분계획인가 후의 부분에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 보아야 한다. 원심이 같은 취지에서 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 장기보유특별공제에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

4. 대상 판결에 대하여

조합원입주권의 장기보유특별공제와 관련된 규정의 개정 경위는 아래와 같다.

2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 구 소득세법 제95조 제2항은 장기보유특별공제에 관하여, “② 제1항에서 ”장기보유 특별공제액“이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하여 1세대 1주택과 그 외의 경우를 구분하여 표 1과 표 2에서 공제율을 달리 규정하였다. 위 단서의 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2013. 1. 16. 대통령령 제24315호로 개정되기 전의 것) 제159조의2는 “법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ”대통령령으로 정하는 1세대 1주택“이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다”고 규정하였다.

한편, 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정된 구 소득세법 제95조 제2항은 “② 제1항에서 ”장기보유 특별공제액“이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하였고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제159조의2에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”은 2013. 1. 16. 대통령령 제24315호로 개정되기 전과 동일한 내용으로 규정하고 있었다.

위와 같이 2013. 1. 1. 구 소득세법 개정을 전후하여 장기보유특별공제 대상 자산에 조합원입주권이 추가된 것 이외에는 달라진 내용이 없다. 즉, 구 소득세법 제95조 제2항의 장기보유특별공제에 있어서 1세대 1주택과 그 외의 자산은 본문과 단서에서 공제율을 달리하고 있을 뿐이고, 공제대상이 되는 양도차익의 범위는 본문에 규정된 바와 같이 아무런 차이가 없다.

위와 같은 개정 내용과 조문 구조를 보면, 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권의 경우 장기보유특별공제율은 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 표 2를 적용하는 것이지만, 장기보유특별공제대상이 되는 양도차익은 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 ‘「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익’에 한정된다고 해석하는 것이 조세법규 엄격해석의 원칙에 부합하는 것이고, 이러한 취지의 대상 판결은 타당하다.