1. 사실관계

가. 원고는 독일 법률에 따라 설립된 외국법인으로서 같은 외국법인인 A Holdings(이하 '피합병법인'이라 한다)의 지분 100%를 보유하던 중, 2005. 11. 7. 피합병법인과 합병계약을 체결하여 2005. 11. 22. 피합병법인을 흡수합병하였다.

나. 이에 따라 피합병법인이 보유하던 주식회사 OO약품의 상장주식 5,800,000주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)는 원고에게 이전되었고, 원고는 이와 관련하여 피합병법인 또는 피합병법인의 주주에게 신주를 발행하거나 현금을 지급하는 등의 현실적인 대가를 지급하지 않았다.

다. 피고는 2010. 11. 15. 원고에게 이 사건 주식의 이전이 내국법인이 발행한 유가증권의 양도에 해당한다는 이유로 합병 당시 한국증권선물거래소(이하 '증권거래소'라 한다)의 최종시세가액인 1주당 15,450원을 적용하여 양도가액을 산정한 후 이를 기초로 피합병법인의 2005년 사업연도 법인세 9,857,100,000원(신고불성실 가산세 포함)을 경정․결정하였다.

라. 또한 피고는 같은 날 원고에게 같은 이유로 이 사건 주식 1주당 가액을 합병일 직전 증권거래소 최종거래가액 1주당 15,600원을 적용하여 양도가액을 산정한 후 이를 기초로 증권거래세 741,800,280원(납부불성실 가산세 포함)을 결정․고지하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 소멸하는 피합병법인이 보유하던 내국법인 주식이 합병 후 존속법인으로 이전하는 것이 외국법인의 국내원천소득 원인인 ‘주식의 양도’에 해당하는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두1984 판결)

가. 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제10호 가목은 법인세 과세대상인 외국법인의 국내원천소득의 하나로 ‘내국법인이 발행한 주식의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 규정하고 있다. 한편 구 증권거래세법(2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 본문은 ‘주권의 양도에 대하여 증권거래세를 부과한다’고 규정하면서, 제2조 제3항에서 ‘양도’의 의미를 ‘계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것’으로 정의하고 있다.

외국법인 사이의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인 발행주식을 합병 후 존속하는 합병법인에 이전하는 것이 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당하는지의 여부는 구 법인세법의 해석상 합병에 따른 위 주식의 이전을 계기로 위 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지에 따라 판단하여야 한다.

그런데 내국법인의 경우에 구 법인세법 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다.

그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다.

따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조), 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며 또한 위 경우에 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에 게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다.

또한 구 증권거래세법 제1조 본문, 제2조 제3항의 문언 내용 및 취지, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제117조 제1항 제14호가 ‘법인세법 제44조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 합병을 위하여 주식을 양도하는 경우’를 증권거래세의 면제 대상으로 새로이 규정한 사정 등에 비추어 볼 때, 합병으로 인한 주식의 이전이 구 증권거래세법 제1조 본문, 제2조 제3항에서 말하는 ‘주권의 양도’에 해당하지 아니한다고 볼 이유도 없다(위 2010두7208 판결 참조).

나. 위 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고와 피합병법인 사이의 흡수합병 전에 원고가 피합병법인의 지분 전부를 보유하고 있었더라도 합병에 따라 피합병법인이 자산으로 보유하던 이 사건 주식을 원고에게 이전하는 것은 구 법인세법 제93조 제10호 가목 및 구 증권거래세법 제2조 제3항의 ‘주식의 양도’ 및 ‘주권의 양도’ 해당한다. 따라서 원심이 같은 취지에서 합병에 따른 이 사건 주식의 이전이 위와 같은 주식의 양도에 해당한다고 판단한 것은 정당하다.

4. 대상 판결에 대하여

외국법인이 보유하던 내국법인 발행주식이 합병에 따라 이전되는 경우 양도차익 과세대상이 되는 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당되는지 여부에 대해서는 대상 판결과 거의 유사한 사안에서 대법원이 이를 판단한 바 있다.

즉, 대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결은 외국법인간의 합병에 따라 소멸된 피합병법인이 보유하던 내국법인 발행주식이 합병법인에 이전된 사안에서, ‘① 내국법인의 경우 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제80조 제1항, 제4항, 구 법인세법 시행령 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 (가)목, (다)목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 당해 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있는 점, ② 이에 비하여 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 간의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니한 점, ③ 외국법인 간의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인간의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유가 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 합병에 따른 이 사건 쟁점주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 한다‘고 판시하였다.

구 법인세법의 관련규정에 따르면, 구 법인세법은 원칙적으로 합병에 따른 국내 자산의 이전을 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 규정하고 있고, 예외적으로 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 과세이연의 특례를 인정하고 있다. 따라서 외국법인 간의 합병에 관하여 합병에 따른 국내 자산의 이전을 자산의 양도로 보지 않는 별도의 규정을 두고 있지 아니한 이상 그 합병에 따른 국내 자산의 이전은 양도차익의 과세대상이 되는 ‘자산의 양도’에 해당된다고 해석함이 타당하다. 대상 판결은 종전 판결의 입장을 다시 한번 확인해 준 데에 의미가 있다.