1. 사실관계

가. 원고는 부가가치세법상 과세대상인 고속철도 여객운송, 화물운송, 임대사업 등과 부가가치세법상 면세대상인 일반철도, 광역철도 여객운송 사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 2008. 6. 26. 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 및 제33조에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하였는데(이하 ‘이 사건 보상계약’이라고 한다), 그 주요 내용은 원고가 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지 구 철도산업발전기본법 제3조 제11호, 제32조 제2항 및 이 사건 계약에 따라 3가지 종류의 공익서비스, 즉, ① 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면(이하 ‘운임감면’이라고 한다), ② 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 함에도 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선의 운영(이하 ‘벽지노선 운영’이라고 한다), ③ 국가의 특수목적 수행을 위한 특별동차의 운영(이하 ‘특별동차 운영’이라고 하고, ‘운임감면’ 및 ‘벽지노선 운영’과 통틀어 ‘이 사건 공익서비스’라고 한다)을 제공하고, 국토해양부장관이 위 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 것이다.

다. 이후 원고는 이 사건 보상계약에 따라 국토해양부장관으로부터 2008년 공익서비스 제공비용 보상액으로 합계 266,168,000,000원(운임감면 92,354,000,000원, 벽지노선 운영 172,298,000,000원, 특별동차 운영 1,516,000,000원)을 지급받았다(이하 ‘이 사건 공익서비스보상액’이라고 한다).

라. 원고는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서 이 사건 공익서비스보상액은 용역 공급과 대가관계가 없다고 보아 공통매입세액 안분계산에 반영하지 아니한 채 공통매입세액 716,522,000,000원을 앞서 본 부가가치세 과세대상 및 면세대상 사업의 총 공급가액에 대한 면세대상 사업의 공급가액 비율을 적용하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하고, 이를 매출세액에 서 공제하지 아니하였다.

마. 피고들은 2014. 1. 22. 원고에게, 이 사건 공익서비스보상액은 원고가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당하므로 공통매입세액을 안분계산하면서 이를 반영하여야 한다면서, 2008년 제2기분 부가가치세 합계 5,713,236,200원(가산세 포함)을 경정․고지하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 비과세사업에 해당하는 용역의 공급대가로 볼 수 없는 국고보조금을 지급받은 경우 공통매입세액의 안분계산방법이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 판결)

가. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조)

나. 앞서 본 법리에 비추어 볼 때 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.

(1) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결 등 참조).

(2) 철도운영자인 원고는 영리목적의 영업활동과 관계없이 국가 또는 지방자치단체의 정책이나 공공목적 등을 위하여 철도서비스 중 하나인 이 사건 공익서비스를 철도이용자에게 제공하게 된다(구 철도산업발전기본법 제3조 제11호). 이러한 공익적 기능을 유지하기 위하여 당해 공익서비스를 직접 요구한 원인제공자가 공익서비스 제공으로 발생하는 비용을 부담하여야 하고, 그 구체적인 내용은 원인제공자와 철도운영자 사이의 공익서비스비용의 보상에 관한 계약에서 정해진다(구 철도산업발전기본법 제32조, 제33조).

(3) 이에 따라 이 사건 공익서비스의 제공 및 보상계약 등이 이루어진 것으로서, 원고가 제공하는 이 사건 공익서비스를 통하여 철도이용자는 원고의 철도차량을 감면된 운임대가만을 지급하고 이용하거나 벽지노선의 철도서비스에 대하여 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이를 계속 이용할 수 있게 되는 등의 사정에 비추어 보면, 위와 같은 용역을 공급받는 상대방은 이 사건 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 한다. 나아가 이 사건 공익서비스보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 원고가 국토해양부장관과 체결한 이 사건 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이므로, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당한다. 그러므로 이 사건 공익서비스보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다고 봄이 타당하다.

(4) 따라서 이 사건 공익서비스보상액은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하여 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없으므로, 위 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 공통매입세액 안분계산 관련 규정의 개정 연혁

2013. 2. 15. 대통령령 제24259호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 〔면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 ×(면세공급가액/총공급가액)〕의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있었다. 그리고 제4항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 ① 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(제1호), ② 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), ③ 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.’고 규정하였다.

그런데, 2013. 2. 15. 대통령령 제24259호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 “사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산”이라고 하여 비과세사업을 면세사업에 포함하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산하는 것으로 명시하였다. 2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정된 현행 부가가치세법 시행령 제81조도 동일한 내용으로 규정하고 있다.

나. 비과세사업 겸영시 공통매입세액 안분계산 관련 판례의 입장

(1) 비과세사업의 공급가액이 있는 경우 안분계산방법(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결, 이하 ‘카지노 판결’이라 한다)

부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등을 규정하고 있는바, 그 규정 내용 및 취지와 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다.

원심은, 원고의 이 사건 카지노사업의 수입은 고객으로부터 카지노시설물 입장의 대가로 받는 입장료수입과 카지노시설물에 입장한 고객이 도박을 하기 위해 건 돈에서 고객이 받아간 돈을 제외한 도박수입으로 대별될 수 있는데, 입장료수입은 부가가치세 과세대상에 해당하나 도박수입은 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하므로 원고의 이 사건 카지노사업은 부가가치세 과세사업과 부가가치세 비과세사업을 함께 하는 사업이라고 판단하고, 나아가 채용 증거 등에 의하여 판시 사실을 인정한 다음, 이 사건 매입세액은 그 전체가 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이므로 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호를 적용하여 이 사건 과세연도에 근접한 2001년 1기 예정수입을 기초로 예정공급가액 비율을 산출하는 방식으로 이 사건 매입세액을 안분계산하고, 그 중 과세사업에 관련된 부분은 매출세액에서 공제하여야 하나, 비과세사업에 관련된 부분은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이라고 판단하였다. 위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정 및 판단은 정당하다.

(2) 비과세사업의 공급가액이 없는 경우 안분계산방법

가) 대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결(이하 ‘KBS 수신료 판결’이라 한다)

수신료는 텔레비전방송의 수신을 목적으로 텔레비전수상기를 소지한 자에 대하여 징수하며(구 한국방송공사법 제35조), 수신료의 금액은 한국방송공사의 이사회가 심의ㆍ결정하고, 한국방송공사가 공보처장관(현행 문화공보부장관)의 승인을 얻어 부과ㆍ징수하며(같은 법 제36조), 텔레비전의 등록을 하지 아니하거나 수신료를 연체한 자에 대해서는 한국방송공사가 추징금 또는 가산금을 징수하며, 이를 체납한 자에 대해서는 국세체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다(같은 법 제37조)고 규정되어 있는바, 위 각 규정에 비추어 보면 수신료는 공영방송사업이라는 특정한 공익사업의 경비조달에 충당하기 위하여 수상기를 소지한 특정 집단에 대하여 부과되는 특별부담금에 해당한다고 할 것이므로, 이를 한국방송공사의 서비스에 대한 대가로서 지불하는 수수료로 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 원고가 제공하는 방송 중 수신료 수입에만 의하여 이루어지는 방송은 광고방송과 관련성이 인정되는 등 대가관계를 인정할 수 있는 다른 특별한 사정이 없는 이상 일반 시청자에 대한 관계에서 무상용역의 공급에 해당한다고 볼 것이므로 이는 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제3항의 부가가치세 비과세대상이라 할 것이고, 이를 사업상 영위하는 방송업 또한 부가가치세 과세사업에 해당한다고 볼 수 없는 반면, 같은 법 제12조 제1항 제7호가 방송은 부가가치세 면세대상으로 규정하면서도 광고는 여기서 제외하고 있으므로 광고료 수입에 의하여 이루어지는 원고의 광고방송은 위에서 본 방송과는 달리 부가가치세 과세대상에 해당하고, 이를 사업상 영위하는 광고업 또한 부가가치세 과세사업에 해당한다 할 것이다.

그리고 이와 같이 보는 이상 원고가 실제 영위하고 있는 방송업은 부가가치세 과세사업은 물론 면세사업에도 해당되지 않아 부가가치세법상으로는 원고는 과세사업인 광고업만을 영위하고 있는 것과 같은 결과가 되는 셈이므로, 원고의 부가가치세액에서 공제되어야 할 매입세액을 산정함에 있어서 방송업과 광고업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 계산하는 경우에 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 관한 구 부가가치세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14863호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항 본문은 이에 적용될 수 없고, 원고의 수신료 수입에 의한 방송용역의 공급은 원칙적으로 무상용역의 공급으로서 그 공급가액을 확정할 수 없으므로 위 제61조 제1항 본문에 규정된 산식을 유추 적용할 수도 없다 할 것이고, 구 부가가치세법 제17조에 의하여 과세사업인 광고업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 등에 대한 세액(제1항)으로 제2항의 예외사유에 해당하지 않는 것에 한하여 매입세액으로서 공제될 수 있다고 하여야 할 것이다.

따라서 원고가 광고방송분 매입세액을 계산하면서 광고업과의 관련성이 인정되는 부분을 구분, 확정함이 없이 원고의 총매입세액 중에서 총수입(광고료와 수신료 등을 모두 합친 수입)에 대한 광고료 수입의 비율에 따라 광고방송분 매입세액을 안분계산한 뒤 이를 공제하여 산출한 부가가치세액을 신고한 행위는 앞서 본 법리에 비추어 위법하다 할 것임에도, 원심이 위 신고행위가 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용한 것으로서 정당하다고 판단한 것은 적절치 않다 할 것이다.

나) 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결(이하 ‘EBS 수신료 판결‘이라 한다)

구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고, 그 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(제1호), 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 의하도록 규정하고 있다.

시행령 제61조 제1항, 제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 위 각 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조).

이러한 점에서 원고가 수령한 수신료와 방송발전기금, 국고보조금(이하 ‘수신료 등’이라 한다)이 속하는 방송 사업과 다른 과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘이 사건 공통매입세액’이라 한다) 전부가 매출세액에서 공제될 수는 없다.

그러나 원심이 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있다고 판단한 부분은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

원고의 방송용역(유상의 광고방송용역은 제외한다) 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 수신료 등은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결 참조). 

따라서 원심으로서는 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 그 적용결과와 원고의 당초 부가가치세 신고내용을 비교하여 이 사건 거부처분의 당부를 판단하였어야 함에도 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 시행령 제61조 제1항이 유추 적용될 수 있다고 단정한 나머지 이 사건 거부처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 공통매입세액의 안분계산에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 있다.

다) 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결(이하 ‘한국환경공단 판결’이라 한다)

한국환경공단은 농경지에 방치되는 폐비닐을 무상수거한 다음, 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 ① 가공 없이 직접 판매하고, 즉시 판매가 불가능한 폐비닐은 ② 자체 재활용처리하거나, ③ 외부에 위탁하여 처리하고 있는데, 한국환경공단은 자체 재활용처리 및 외부 위탁처리와 관련하여 국고보조금 등을 지급받고 있었던 사안에서 피고는 ①은 과세사업으로, 나머지는 비과세사업으로 보고 처분을 한 사안이다.

‘한국환경자원공사의 설립 목적은 기본적으로 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위함에 있는 점, 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행 과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 재활용 가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 한국환경자원공사는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거·처리 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다.

한편 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 할 것이다.‘

라) 대법원 2016. 6. 23. 선고 2015두45731 판결(이하 ‘한국섬유개발연구원 판결’이라 한다)

과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).

원심은 원고가 산업기술혁신촉진법 제42조에 따라 설립된 전문생산기술연구소로서, 생산기술의 개발, 섬유정보화 지원, 섬유기술의 지도, 보급 및 훈련 등을 통해 국가시책 관련 연구개발과제를 수행하는 고유목적사업과 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무 등의 수익사업을 함께 수행하고 있고, 원고의 운영재원은 국고보조금, 시・도 기타보조금, 수익사업에서 발생한 수입금 등으로 구성되어 있는데, 국고보조금과 시・도 기타보조금은 일반운영보조금과 특정과제보조금으로 구분되며, 일반운영보조금은 원고의 운영비로 사용되는 보조금이고, 특정과제보조금은 원고가 연구개발계획서를 지원기관에 제출하면 지원기관에서 심사한 다음 지급하는 보조금으로서 연구개발의 성패에 따라 지원금이 환수되거나 차회 보조금이 지급되지 않는 것은 아니라고 인정한 다음, 원고가 과세사업인 수익사업과 비과세사업인 고유목적사업을 겸영하고 있고, 원고가 지급받은 보조금은 고유목적사업 수행에 대한 대가로 볼 수 없으므로 원고의 고유목적사업 수행은 무상의 용역 제공에 불과하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 그런 다음 원심은, 원고가 수령한 보조금을 비과세공급가액이라고 볼 수 없는 이상 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없다고 보아, 피고가 원고에게 이 사건 2007년 제1기분 내지 2011년 제2기분 각 부가가치세 부과처분을 하면서 원고의 수익사업과 고유목적사업에 공통되는 매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 안분한 것은 위법하다고 판단하였다. 원심의 판단은 정당하다.

(3) 판례의 입장 정리

카지노 판결은 카지노의 수입 중 입장료 수입을 제외한 도박수입은 부가가치세 비과세사업 수입이고, 이와 관련된 공통매입세액은 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 것이 아니라 같은 조 제4항 제2호를 적용하여 예정공급가액 비율을 산출하는 방식으로 매입세액을 안분계산한다고 판단하였다.

KBS 수신료 판결은 수신료 수입을 방송용역의 대가가 아닌 특별부담금이라고 하였고, 방송용역의 공급은 원칙적으로 무상용역의 공급으로서 그 공급가액을 확정할 수 없으므로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없다고 판단하였다. KBS 수신료 판결 이후 환송심에서는 수신료 징수 관련 부서의 매입세액만을 불공제하는 것으로 하여 과세관청과의 조정으로 소송이 종결되었다.

EBS 수신료 판결도 KBS 수신료 판결과 마찬가지로 EBS의 방송용역은 무상 용역공급이고, 수신료는 방송용역의 공급대가가 아니므로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없다고 판단하였다. 나아가 이와 같은 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 할 것이라고 하였다.

한국환경공단 판결은 카지노 판결과 마찬가지로 과세사업과 공급대가를 지급받는 비과세사업을 겸영하는 경우 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분에 관해서는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있다고 하였다. 그러나 거래상대방으로부터는 아무런 대가를 지급받지 않고 국가나 지방자치단체 등으로부터 그 공급의 대가로 볼 수 없는 국고보조금 등을 지급받는 경우에는 EBS 수신료 판결과 마찬가지로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 없고, 같은 조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여야 할 것이라고 하였다.

한국섬유개발연구원 판결도 한국환경공단 판결과 동일한 취지이고, 위 5개의 판결 모두 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 구 부가가치세법 시행령이 개정되기 이전의 사안에 대한 것이다. 즉, 부가가치세법령에 명문으로 비과세사업 공급가액이 면세공급가액에 포함되기 이전 사안에서도 대법원은 비과세사업 공급가액이 있는 경우 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용하여 공통매입세액을 안분계산할 수 있다는 입장이었다.

다. 대상 판결의 의의

대상 판결은 위 나.항에서 본 판결들과 마찬가지로 비과세사업 공급가액이 면세공급가액에 명문으로 포함되지 않았던 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 구 부가가치세법 시행령이 개정되기 이전의 사안에 대한 것이다. 대상 판결은 국가나 지방자치단체로부터 지급받는 국고보조금 등이 비과세사업에 해당하는 용역의 공급대가로 볼 수 없다면, 면세사업과 과세사업의 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없고, 같은 조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법으로 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다는 점을 다시 한번 확인해 준 데에 의미가 있다.

라. 관련문제

대법원은 대상 판결을 포함하여 현재까지 5개의 판결에서 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분계산에 관한 법리를 일관되게 유지해 오고 있다. 즉, 비과세사업에 해당하는 용역의 공급대가가 있는 경우에는 과세사업과 면세사업의 공통매입세엑 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있고, 그 공급대가가 없는 경우에는 같은 조 세4항 등 합리적인 안분계산방법을 적용하라는 것이 판례의 요지이다.

여기에서 두 가지 문제가 있다.

첫째, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호 외에 기타 합리적인 방법은 어떤 방법인지 하는 문제이다. 위 제4항은 같은 조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(제1호), 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 의하도록 규정하고 있다. 위 각호를 적용할 수 있는 경우에는 아무런 문제가 없지만, 위 각호를 적용할 수 없는 사안의 경우 어떤 방법을 사용하여 공통매입세액을 안분계산할 수 있는가 하는 것이다.

KBS 수신료 판결, EBS 수신료 판결, 한국환경공단 판결, 한국섬유개발연구원 판결의 사안이 이에 해당된다고 할 수 있다. 이러한 사안에서 과세관청이 합리적인 안분계산방법을 제시할 수 없다면 결국 구 부가가치세법 시행령 제61조(현행 부가가치세법 시행령 제81조)를 적용할 수 없고, 안분계산을 할 수 없어 불공제할 매입세액을 산정할 수 없다는 결론이 된다. 입법론으로는 이와 같은 사안에 대한 합리적인 안분계산방법을 조속히 마련하여야 할 필요가 있다.

둘째, 2013. 2. 15. 부가가치세법 시행령이 개정되면서 명문으로 비과세사업 공급가액을 면세공급가액에 포함하여 안분계산을 하게 되었다. 그런데, 여기에서 면세공급가액에 포함되는 비과세사업 공급가액은 용역의 대가인 경우로 한정되는지 하는 문제이다.

대상 판결과 위 나.항에서 본 5개의 판결에서 대법원은 일관되게 비과세사업인 용역의 공급대가로 볼 수 있는 경우 과세사업과 면세사업의 공통매입세엑 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있고, 이와 달리 용역의 공급대가로 볼 수 없는 경우에는 위 규정을 유추 적용할 수 없으며, 같은 조 제4항 등 합리적인 안분계산방법을 적용하라고 판시하였다. 이러한 판례의 취지는 2013. 2. 15. 비과세사업 공급가액을 명시적으로 면세공급가액에 포함되는 것으로 개정한 이후의 구 부가가치세법 시행령 제61조 및 현행 부가가치세법 시행령 제81조를 해석함에 있어서도 동일하게 적용된다고 봄이 타당하다. 즉, 대상 판결과 같이 국고보조금 등을 비과세사업인 용역의 공급대가로 볼 수 없는 경우에는 여전히 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항과 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항을 적용할 수 없고, 기타 합리적인 안분계산방법을 적용하여야 하는 것으로 해석된다.

따라서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급대가로 볼 수 없는 국고보조금 등을 지급받은 사업자가 그 국고보조금 등을 면세공급가액에 포함하여 과세사업과 면세사업에 관한 공통매입세액 안분계산식인 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항과 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항을 적용, 부가가치세를 신고납부하였다면, 그와 같이 신고납부한 부분에 대해서는 과다납부한 것이므로 경정청구를 할 필요가 있다.