1. 사실관계

가. 원고는 2009. 1. 12.경 구 담배사업법(2014. 1. 21. 법률 제12269호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항의 특수용담배인 외항선 선원에게 판매하는 담배를 주식회사 OO 등 특수용담배를 취급하는 도매업체들(이하 ‘이 사건 거래업체’라 한다)에게 중국 수출용으로 판매하기로 하였다.

나. 이 사건 거래업체는 원고에게 담배를 주문하면서 ‘에세라이트(국, 여객선용)’라고 기재한 ‘특수용 (국제여객선) 제조담배 매입신청서’를 제출하는 등 마치 국제선 여객선용이나 외항선 선원에게 판매하는 특수용담배를 주문하는 것과 같은 형식을 취하였다.

다. 원고는 2009년부터 2012년 사이의 부가가치세 과세기간 동안(2010년 1기는 제외) 이 사건 거래업체에게 ‘외항선 또는 원양어선의 선원’이나 ‘국제항로에 취항하는 항공기 또는 여객선의 승객’에게 판매할 목적으로 제작되어 “면세용, DUTY FREE”라는 문구가 인쇄된 담배(이하 ‘이 사건 담배’라 한다)를 중국 수출용으로 판매하였고(이하 ‘이 사건 거래’라 한다), 이 사건 거래의 거래명세서, 영수증 등에는 이 사건 담배의 용도가 ‘여객선용’, '국제여객‘ 등으로 표시되었다.

라. 원고는 이 사건 거래를 하면서 이 사건 거래업체로부터 수출신고필증을 교부받았으나, 내국신용장이나 구매확인서를 교부받지는 아니하였다.

마. 이 사건 거래업체는 원고로부터 공급받은 담배 중 일부를 중국으로 수출하고, 나머지 대부분은 국내로 유통시켰다.

바. 서울지방국세청은 2013. 3. 6.부터 2013. 7. 24.까지 원고에 대한 법인세제통합세무조사를 실시하였고, 원고가 위와 같이 특수용담배인 외항선 선원에게 판매하는 담배를 수출용으로 판매한 것을 확인하였다.

사. 피고는 ‘원고가 국내 업체인 이 사건 거래업체에게 수출용으로 담배를 판매하면서도 내국신용장 또는 구매확인서를 교부받지 아니하였으므로 이 사건 거래는 영세율 거래가 아닌 과세거래에 해당하고, 특수용담배로 반출된 담배를 해당 용도가 아닌 수출용으로 공급하여 담배소비세 역시 면제되지 않는다’고 판단한 후, 원고가 이 사건 거래업체에게 담배소비세 등이 포함된 합계 55,974,831,385원의 담배를 판매하고도 이에 대한 부가가치세를 무신고・무납부하였다는 이유로, 2014. 1. 6. 원고에게 부가가치세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 사업자가 내국신용장 또는 구매확인서에 의하지 아니하고 재화를 공급한 경우 영세율이 적용되는지 여부 및 반출신고와 다른 용도로 사용한 경우에도 담배소비세가 면제되는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 1. 12. 선고 2016두49679 판결)

가. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제1호 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제2항 제1호는 사업자가 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 국내업체에게 공급하는 재화에 대하여 수출하는 재화에 포함되는 것으로 보아 영세율을 적용하도록 규정하고 있다.

부가가치세제에서 영세율 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 법령이 정하는 바에 따라 예외적ㆍ제한적으로 인정되므로, 사업자가 국내업체에 재화를 공급하면서 위 규정에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하지 아니하였다면 그 거래는 영세율 적용대상으로 볼 수 없다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2011두2774 판결 등 참조).

원심은 제1심판결을 인용하여, ① 원고가 2009년 1기부터 2012년 2기까지의 과세기간(2010년 1기 제외)에 외항선 또는 원양어선의 선원이나 국제항로에 취항하는 항공기 또는 여객선의 승객에게 판매할 목적으로 반출신고된 ‘특수용담배’를 이 사건 거래업체에 ‘수출용’으로 판매한 사실, ② 이때 원고는 이 사건 거래업체로부터 수출신고필증을 교부받았으나 내국신용장이나 구매확인서를 교부받지는 아니한 사실, ③ 이 사건 거래업체는 원고로부터 공급받은 담배 중 일부를 중국으로 수출하고, 나머지 대부분은 국내로 유통시킨 사실, ④ 피고는 이 사건 거래는 영세율 거래가 아닌 과세거래에 해당한다는 이유로 부가가치세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, 원고가 국내업체인 이 사건 거래업체에 내국신용장 또는 구매확인서에 의하지 아니하고 담배를 수출용으로 공급하였으므로 이 사건 거래는 영세율 적용대상이 아니고, 나아가 원고가 이 사건 거래업체로부터 수출신고필증을 교부받았다고 하더라도 달리 볼 수 없다고 판단하였다.

원심이 인용한 제1심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들을 비롯한 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 앞에서 본 규정과 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유 주장과 같이 영세율 적용 및 그 근거 증빙에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

나. 구 지방세법(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항은 “제조자 또는 수입판매자가 담배를 다음 각 호의 어느 하나의 용도에 제공하는 경우에는 담배소비세를 면제한다.”라고 규정하면서, 그 면제대상으로 ‘수출’(제1호), ‘외항선 또는 원양어선의 선원에 대한 판매’(제4호), ‘국제항로에 취항하는 항공기 또는 여객선의 승객에 대한 판매’(제5호) 등을 각각 들고 있고, 구 지방세법 제49조 제5항 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 ‘제54조에 따른 면세담배를 반출한 후 해당 용도에 사용하지 아니하고 매도, 판매, 소비, 그 밖의 처분을 한 경우에는 그 처분을 한 자가 담배소비세를 납부할 의무가 있다’고 규정하고 있다(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 구 지방세법 제232조 제1항, 제225조 제5항도 같은 취지이다. 이하 위 각 지방세법을 구분하지 아니하고 ‘구 지방세법’이라 통칭한다).

원심은 (1) 제1심판결을 인용하여, 원고가 이 사건 담배를 ‘외항선 선원 등에 대한 판매’를 위한 특수용담배로 신고하였으나 실제로는 수출용으로 공급한 사실, 그런데 피고가 이를 이유로 담배소비세가 면제되지 않는다고 보아 부가가치세 과세표준에 담배소비세 등을 포함시켜 이 사건 처분을 한 사실을 비롯한 판시와 같은 사실을 인정한 다음, (2) 실질과세의 원칙상 원고가 이 사건 거래업체에 수출용으로 인도한 것은 구 지방세법 제54조 제1항 제1호에 해당하며, 이 사건 조항은 면세담배를 반출한 후 해당 용도에 사용하지 아니하고 매도 등 처분을 한 경우 그 처분행위 주체에게 담배소비세의 납세의무가 있음을 명시적으로 규정하고 있으므로 반출신고된 면세용도와 다른 용도로 반출한 경우까지 이 사건 조항에 포함된다고 해석하는 것은 문언에 반하는 등의 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 거래는 수출 용도로 담배를 반출한 것에 해당하므로 구 지방세법 제54조 제1항 제1호에 따라 담배소비세가 면제된다고 봄이 타당하다고 판단하여, (3) 이와 달리 이 사건 처분 중 이 사건 조항을 적용하여 부가가치세 과세표준에 담배소비세 등을 포함시킨 부분은 위법하다는 취지로 판단하였다.

원심판결 이유를 위 규정과 원심 판시 관련 법령 및 법리와 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 조항에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 영세율 관련

부가가치세법은 영세율 적용대상으로 수출 외에 수출을 위한 일부 국내거래도 영세율 적용대상으로 규정하고 있는데, “사업자가 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화”가 그 중의 하나이다(부가가치세법 제21조 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제31조 제2항 제1호).

위 규정의 적용대상과 관련하여 나중에 실제로 수출이 되었다면, 내국신용장 또는 구매확인서에 의하지 아니한 국내거래도 영세율 적용대상이 되는지 여부가 실무상 종종 문제되고 있는데, 대상 판결도 이것이 문제된 사안이다.

위 쟁점에 대한 대법원의 입장은 명확하다. 즉, ‘부가가치세제에서 영세율 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 법령이 정하는 바에 따라 예외적ㆍ제한적으로 인정되는 것이다. 따라서 구매확인서 등에 의하여 국내에 공급하는 재화를 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하는 위 관계 법령은 엄격히 해석하여야 한다. 따라서 국내 거래처에 물품을 공급하면서 구매확인서 등에 의하지 아니하였다면 그 거래는 영세율 적용 대상이 아니라는 것’이 판례의 확립된 입장이다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2011두2774 판결, 대법원 2009. 4. 9. 선고 2007두22863 판결, 대법원 1983. 12. 27. 선고 83누409 판결 참조).

대상 판결은 이 사건 거래업체가 원고로부터 담배를 매입하여 실제 수출을 하였다고 하더라도 내국신용이나 구매확인서를 교부받지 않은 이상 이 사건 거래업체로부터 수출신고필증을 교부받은 것으로는 영세율 적용대상이 되지 않는다고 판단하였다. 대상 판결은 조세법규 엄격해석의 원칙에 따른 종전 판례의 입장을 확인해 준 판결이다.

나. 담배소비세 관련

지방세법 제54조는 제조자 또는 수입판매업자가 담배를 “1. 수출, 2. 국군, 전투경찰, 교정시설 경비교도 또는 주한외국군에의 납품, 3. 보세구역에서의 판매, 4. 외항선 또는 원양어선의 선원에 대한 판매, 5. 국제항로에 취항하는 항공기 또는 여객선의 승객에 대한 판매, 6. 시험분석 또는 연구용, 7. 그 밖에 국가원수가 행사용으로 사용하는 담배 등 대통령령으로 정하는 것” 중 어느 하나의 용도에 제공하는 경우 담배소비세를 면제한다고 규정하고 있다.

문제는 당초 반출신고된 용도와 실제 제공된 용도가 다르지만 두 가지 모두 지방세법 제54조의 면제용도에 해당되는 경우 담배소비세 면제대상으로 볼 수 있는지 하는 것이다. 대상 판결은 실질과세의 원칙에 따라 실제 제공된 용도가 면제용도에 해당하는 이상 담배소비세 면제대상이 된다고 판시하였다. 위 가.항의 영세율 적용대상과 달리 지방세법 제54조에서 담배소비세의 면제에 대해서는 어떠한 형식이나 서류를 요건으로 규정하고 있지 않고, 따라서 실제 사용용도를 기준으로 면제 여부를 판단하는 것이 실질과세의 원칙에 부합하므로 대상 판결이 타당하다.