1. 사실관계

가. 원고는 2008. 5. 1. 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문을 기존의 다른 사업부문에서 물적 분할(이하 ‘이 사건 분할’이라고 한다)하여 주식회사 OO(이하 ‘분할신설법인’이라고 한다)를 설립하고 2008. 5. 6. 분할등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 분할이 법령상 과세이연 요건을 충족하였다고 보아, 2008 사업연도 법인세 신고를 하면서 분할로 인한 자산양도차익 약 7,485억 원 상당액을 주식의 압축기장충당금으로 계상하여 손금에 산입하고, 부가가치세법상으로도 분할에 따른 자산이전이 과세대상 재화의 공급에 해당하지 않는 것으로 처리하였다.

다. 피고 남대문세무서장은, 이 사건 분할이 법령상 과세이연 요건을 충족하지 못하고 폐석회처리공사 비용을 자본적 지출로 처리해야 한다고 보아, 2013. 8. 22. 원고에게 2008 사업연도 법인세 약 3,000억 원(가산세 포함)을 경정 고지한 후 2013. 11. 11. 추가로 약 6억 4,400만 원(가산세 포함)을 증액경정 고지하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 이 사건 분할이 물적 분할의 과세이연 요건을 충족하였는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2018. 6. 28. 선고 2016두40986 판결)

가. 분할법인이 물적 분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득하는 경우로서 일정한 법령상 요건을 충족한 때에는 분할법인의 자산양도차익 상당액을 주식의 압축기장충당금으로 계상하여 손금산입하고 해당 주식의 처분 시까지 법인세 과세를 이연한다[구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제1항, 제46조 제1항, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조 제1항, 제2항]. 그리고 이러한 요건을 갖춘 분할의 경우에는 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급으로 보지 않는다[구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항].

위와 같은 물적 분할에 대한 과세이연 규정은 1998. 12. 28. 법인세법 전부개정으로 합병․분할 등 기업조직재편 세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 완전 자회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때에는 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다. 아래에서 보는 구 법인세법령의 개별 요건들은 이러한 실질적 동일성 기준을 구체화한 것이다.

물적 분할은 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로서, 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되고, 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계받은 사업을 계속 영위하며, 분할법인이 받은 분할대가의 전액이 분할신설법인의 주식인 경우 위 과세이연 규정이 적용된다.

여기서 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호)은 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문이 분할되어야 함을 뜻한다. 독립된 사업활동이 불가능한 개별 자산만을 이전하여 사실상 양도차익을 실현한 것에 불과한 경우와 구별하기 위함이다. 독립적으로 사업이 가능하다면 단일 사업부문의 일부를 분할하는 것도 가능하다.

‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호)은 위 독립된 사업부문 요건을 보완하는 것으로서, 해당 사업활동에 필요한 자산․부채가 분할신설법인에 한꺼번에 이전되어야 함을 뜻한다. 다른 사업부문에 공동으로 사용되는 자산․부채 등과 같이 분할하기 어려운 것은 승계되지 않더라도 기업의 실질적 동일성을 해치지 않는다.

‘승계받은 사업을 계속 영위할 것’이라는 요건(구 법인세법 제46조 제1항 제3호)은 분할 전후 사업의 실질적 동일성이 유지되도록 하는 것으로서, 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일 전에 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 사업의 폐지와 다름없다고 본다(구 법인세법 시행령 제83조 제4항, 제80조 제3항). 처분 또는 직접 사용 여부는 입법 취지와 해당 사업내용을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.

‘분할대가 전액이 주식’이어야 한다는 요건(구 법인세법 제47조 제1항 괄호 안, 제46조 제1항 제2호)은 분할법인이 분할되는 사업부문의 자산․부채를 분할신설법인으로 이전하는 대가로 분할신설법인 주식만을 취득하여야 한다는 것으로서, 지분관계의 계속성을 정한 것이다.

나. 앞서 본 법리에 비추어 원심 판시의 사실관계를 살펴보면, 이 사건 분할은 아래에서 보듯이 조직형태의 변화가 있을 뿐 기업의 실질적인 동일성은 계속 유지되어 구 법인세법령에 정한 과세이연 요건을 모두 충족한 것으로 봄이 타당하다.

(1) 원고의 인천공장 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문은 기존의 다른 사업부문에서 독립하여 사업활동의 영위가 충분히 가능한 사업부문이다. 이들 사업부문의 내용과 기능적 특성상 기존 사업부문의 종업원들이 일부를 제외하고 분할신설법인으로 옮겨가지 않았다는 점을 들어 독립된 사업부문의 분할이 아니라고 할 수 없다.

(2) 분할신설법인은 폐석회처리공사 관련 채무를 포함하여 분할되는 사업부문에 관련된 권리․의무를 포괄 승계하였다. 인천공장 부지를 담보로 한 차입금 채무는 원고의 다른 사업 부문에도 공통적으로 관련된 것으로서 그중 회사채 상환, 법인세 납부 등에 사용될 일부를 제외한 나머지만을 분할신설법인에 승계시킨 것을 요건 불비로 보기 어렵다.

(3) 분할신설법인은 승계한 고정자산을 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문에 실제 사용하였고, 그 사용 방식에 있어 업무위탁을 하였다고 하여 달리 볼 수 없다. 또한 분할신설법인이 승계한 사업을 계속하면서 금융기관 대출채무를 담보하기 위하여 신탁등기를 설정한 것이 법인세법령상 승계사업의 폐지로 간주되는 고정자산의 처분에 해당한다고 보기도 어렵다.

(4) 원고는 분할계약에 따라 분할의 대가로 분할신설법인의 주식만을 받았다. 분할 직전에 대출받은 차입금 중 일부가 분할신설법인에 승계되지 않았다는 사정은 위에서 본 권리․의무의 포괄승계 요건과 관련하여 검토될 내용일 뿐 분할대가와는 아무런 관련이 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 관련 판결

구 조세특례제한법에서는 적격 분할로 취득하는 재산에 대한 취득세를 면제해 주고 있는데(현행 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호), 그 요건과 관련하여 대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51535 판결은 분할신설법인이 분할법인으로부터 지배목적으로 보유하는 주식과 그와 관련한 자산ㆍ부채로 구성된 사업부문을 적격 분할의 요건을 갖추어 승계받은 경우, 사후관리를 위하여 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단할 때 지배목적 보유 주식의 가액을 분할법인으로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하여야 하는지 여부가 문제된 사안에서, ‘구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제6호는 적격분할에 대한 과세특례로서 ‘법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할’로 인하여 취득하는 재산에 대하여 취득세를 면제하되, 그 단서에서 ‘법인세법 제46조의3 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우’에는 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 법인세법 제46조의3 제3항 제1호는 추징사유의 하나로 ‘분할신설법인이 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우’를 들고 있으며, 같은 조 제6항의 위임에 따라 사업의 폐지에 관한 판정기준을 정하고 있는 법인세법 시행령 제82조의4 제7항은 적격 합병에 관한 법인세법 시행령 제80조의4 제8항을 준용하여 ‘승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다’고 규정하고 있다.

분할신설법인이 분할법인으로부터 지배목적으로 보유하는 주식과 그와 관련한 자산ㆍ부채로 구성된 사업부문을 적격 분할의 요건을 갖추어 승계받은 경우에는, 앞서 본 규정의 문언 내용과 입법 취지, 그리고 지배목적으로 보유하는 주식은 기업지배라는 사업의 성격상 그 발행기업의 운영 및 통제에 직접 사용되는 것이므로 매각에 의한 시세차익을 얻기 위해 보유하는 일반적인 투자주식과는 그 목적과 기능에 있어서 구별되는 점, 지배목적 보유 주식으로 구성된 사업부문의 경우에 유형자산 외에 당초 승계받은 주식의 대부분을 매각한 때에도 그 사업의 계속성과 연속성을 부정하는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때, 그 사후관리를 위하여 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단함에 있어서 지배목적 보유 주식의 가액을 분할법인으로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하여야 한다.

그리고 적격 분할 과세특례에 대한 사후관리는 적격 분할의 요건에 상응하는 것으로서 기업 전체적으로 회사분할이라는 조직변경에 불구하고 그 사업이 계속되는지를 확인하기 위한 것이므로, 그 폐지 역시 위 규정의 문언과 취지에 따라 개별 사업부문이나 개별 사업장이 아닌 승계받은 사업 전체를 기준으로 판단하여야 한다.‘고 판시하였다.

위 2016두51535 판결은 적격 분할의 사후관리 요건인 사업의 폐지 여부를 판단함에 있어서 “고정자산가액”에 지배목적 보유 주식의 가액도 포함되는 것으로 해석하였다. 위 판결은 지방세와 관련한 규정에 대한 것이지만, 적격 합병 및 적격 분할의 요건과 관련하여 현행 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정된 것) 제80조의2 제7항과 제82조의2 제9항도 사업의 계속 여부에 관하여 구 조세특례제한법과 동일한 내용을 규정하고 있으므로 위 2016두51535 판결이 밝힌 판단기준은 현행 법인세법령의 해석에 있어서도 동일하게 적용될 것이다.

그러나 조세법률주의의 원칙상 주식이 ‘고정자산’에 포함된다고 하는 해석은 무리이고, 이러한 문제는 법령해석기관인 법원이 해석으로 해결할 문제가 아니라, 정책적으로 필요하다면 입법기관에서 관련 규정의 개정을 통하여 입법적으로 해결하는 것이 바람직하다.

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 과세이연이 되는 물적 분할의 요건에 관한 법리를 최초로 확인해 준 판결이라는 점에서 의미가 있다.

한편, 2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정된 법인세법이 적격 합병과 적격 분할의 요건을 추가함에 따라 법인세법 제44조 제2항, 제44조의3 제3항, 제46조 제2항, 제46조의3 제3항 제3호, 제47조 제1항, 제3항 제3호에서 고용승계 요건을 규정하였다.

이에 따르면, 합병법인 또는 분할신설법인 등은 합병등기일 또는 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 80% 이상 근로자 비율을 유지하여야 과세특례 적용을 받을 수 있게 되었다. 이러한 고용승계요건과 관련하여서는 적격 분할의 경우 법인세법 제46조 제2항 제4호의 문언상 승계당시의 근로자수를 기준으로 80% 이상이 유지되면 되는지, 아니면 승계당시의 승계근로자 동일인을 기준으로 80% 이상 유지되어야 하는지 여부가 논란이 될 수 있다.

대상 판결은 고용승계요건을 제외한 나머지 적격 요건에 대한 판단이므로 위 개정시 추가된 고용승계요건에 대해서는 향후 추가적인 법원의 판단이 필요하다.
 

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 서울지방변호사회 부회장
△ 전 국세청 고문변호사