1. 사실관계
 

가. 원고는 2002. 4. 1. 2001 사업연도 법인세 2,040,467,220원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 원고가 1995년 이후부터 특수관계자에 해당하는 주식회사 OO에 건설용역을 제공한 후 지급받지 못하고 있는 미수금(이하 ‘이 사건 미수금’이라 한다)을 업무무관 가지급금으로 보고 그에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 2007. 3. 20. 원고에게 2001 사업연도 법인세 1,080,495,074원을 증액경정하였다(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라 한다).

다. 원고는 2007. 6. 26. ‘피고가 이 사건 미수금을 업무무관 가지급금으로 본 것은 부당하고, 2001 사업연도 법인세 신고 당시 손금불산입하였던 해외 현지법인 구상채권에 상응하는 차입금의 지급이자도 손금산입하여야 한다’고 주장하며 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 피고는 위 심판청구에 관한 심리가 진행중이던 2007. 7. 23. 해외 현지법인 구상채권에 관한 원고의 주장을 받아들여 2001 사업연도 법인세 707,650,785원을 감액경정하였다(이하 ‘이 사건 제1차 감액경정처분’이라 한다).

라. 조세심판원은 2008. 12. 11. 이 사건 미수금에 관한 원고의 주장을 받아들여 ‘이 사건 미수금과 관련하여 손금불산입한 지급이자를 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 감액경정하되 감액경정할 세액은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 1,080,495,074원 중에서 이 사건 제1차 감액경정처분에 의하여 감액된 세액 707,650,785원을 공제하고 남은 372,844,289원을 한도로 한다’는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2008. 12. 23. 원고의 2001 사업연도 법인세 372,844,289원을 추가로 감액경정하였다(이하 ‘이 사건 제2차 감액경정처분’이라 한다).
 

2. 이 사건의 쟁점
 

이 사건의 쟁점은 과세관청이 증액경정처분을 한 후 증액사유가 아니라 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 직권으로 감액경정을 한 경우 불복세액의 한도가 감액경정에 관계 없이 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 전체가 되는지 여부이다.

3. 원심 판결의 요지(서울고등법원 2010. 4. 29. 선고 2009누26175 판결)

원심은, 원고가 당초 신고한 세액 2,040,467,220원은 불복기간의 경과로 더 이상 그 변경이 허용될 수 없고 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액만이 취소의 대상이 될 수 있다고 전제하고, 원고가 조세심판원에 심판청구를 하면서 이 사건 증액경정처분에 관한 위법사유뿐만 아니라 당초 신고한 부분에 관한 위법사유까지 주장한 결과 피고가 이를 모두 받아들여 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액을 한도로 이 사건 제1, 2차 감액경정처분을 함으로써 이 사건 증액경정처분은 모두 취소되어 더 이상 존재하지 아니함에도 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 1,080,495,074원 중 707,650,785원이 남았음을 전제로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다고 판시하였다.
 

4. 대상 판결의 요지(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결)

가. 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다.

나아가 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다.

나. 앞서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 이 사건 제1차 감액경정처분의 실질은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 원고의 당초 신고 부분을 일부 취소한 것에 불과하므로, 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 1,080,495,074원 중 이 사건 제2차 감액경정처분에 의하여 감액된 372,844,289원을 공제한 나머지 707,650,785원에 대하여는 원고가 여전히 그 취소를 구할 수 있다고 할 것이다.

그런데 원심은 이와 달리 이 사건 증액경정처분이 이 사건 제1, 2차 감액경정처분에 의하여 모두 취소됨으로써 원고가 이를 다툴 수 없다고 판단하고 말았는바, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제22조의2 제1항에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

5. 대상 판결에 대하여

가. 당초 처분과 증액경정처분, 감액경정처분의 관계

(1) 2002. 12. 18. 국세기본법 제22조의2 신설 이전

종래 대법원은 당초 신고나 결정 이후에 증액경정처분이 있는 경우에는 당초처분이 후행처분인 증액경정처분에 흡수되어 소멸하므로 쟁송의 대상은 증액경정처분이고(이 경우 납세자는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부에 관계 없이 당초 신고나 결정에 따른 세액도 포함하여 불복할 수 있었다), 따라서 당초처분의 취소를 구하는 쟁송은 부적법하다는 입장이었다(대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결, 대법원 1999. 5. 11. 선고 97누13139 판결 등). 이와 달리 당초처분 후에 후행처분으로 감액경정처분을 한 경우 쟁송의 대상은 당초처분 중 감액경정에 의하여 취소되지 않고 남아있는 부분이고, 감액경정처분은 쟁송의 대상이 되지 아니한다는 것이 대법원의 입장이었다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결, 대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결 등).

(2) 2002. 12. 18. 국세기본법 제22조의2 신설 이후

2002. 12. 18. 법률 제6782호로 신설된 국세기본법 제22조의2 제1항은 “세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있고, 제2항은 “세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있다.

위 개정 이후로도 감액경정처분의 경우 쟁송의 대상은 개정 전과 마찬가지로 당초처분 중 감액경정에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 부분이라는 것이 대법원의 입장이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등). 따라서 전심절차의 이행여부나 제소기간의 준수여부는 당초처분을 기준으로 판단한다.

한편, 증액경정처분의 경우 개정법하에서도 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수되어 소멸되므로 심판대상은 증액경정처분이고, 납세자는 그 항고소송에서 증액경정사유 뿐만 아니라 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다는 점은 개정 전과 동일하다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2008두17134 판결, 대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체판결 등). 증액경정처분에 대해 다투는 경우 당초신고(과다신고사유)에 대해 별도로 경정청구의 방법으로 다투어야 하는 것이 아니다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결).

국세기본법 제22조의2 신설 이후 달라진 점은 불복한도이다. 즉, 개정법하에서는 증액경정처분의 경우 당초처분에 의하여 확정된 세액에 관한 세법상 권리의무관계(가산세, 체납처분 등)에는 영향을 미치지 못하므로 당초처분의 하자는 심리할 수 있으나, 확정된 당초 신고(경정청구기간 도과)나 불복하지 아니하여 불가쟁력이 발생한 당초처분의 세액은 취소할 수 없고, 경정처분으로 증액된 세액을 한도로 하여 취소할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두22280 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등). 이로써 대법원은 국세기본법 제22조의2 제1항의 “당초 확정된 세액에 관한 권리ㆍ의무관계”에서 ‘확정’의 의미가 구체적 납세의무의 확정을 의미하는 것이 아니라 불가쟁력, 즉, 불복기간(부과처분의 경우)이나 경정청구기간의 도과(신고의 경우)를 의미하고, 취소의 범위도 신고 또는 당초처분이 불복기간의 경과로 확정된 경우에는 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다는 점을 명확히 하였다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결).

이와 같이 2002. 12. 18.자로 개정된 국세기본법하에서는 개정 전과 달리 증액경정처분의 경우 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액을 한도로 취소를 구할 수 있으므로, 확정된 당초 신고세액이나 고지세액의 취소를 구하는 부분은 부적법하게 된다.

예를 들면, 납세의무자가 세액을 1,000만 원으로 신고한 후 과세관청이 1,000만원을 증액하여 2,000만 원으로 증액경정처분을 하였는데, 나중에 정당한 세액이 500만 원으로 밝혀진 경우(또는 납세의무자가 신고하지 아니하여 과세관청이 1,000만 원을 부과고지한 후 다시 1,000만 원을 증액하여 2,000만 원으로 증액경정처분을 하였는데 나중에 정당한 세액이 500만 원으로 밝혀진 경우), (i) 증액경정처분이 경정청구기간 내에 있었다면(또는 당초 부과처분의 불복기간이 경과되기 전에 증액경정처분이 있었다면) 당초 신고세액(또는 당초 처분)에 대하여 아직 불가쟁력이 발생하지 아니하였으므로, 증액경정처분 취소소송에서 정당한 세액을 초과하는 1,500만 원 전부의 취소를 구할 수 있는 반면, (ii) 증액경정처분이 경정청구기간 후에(또는 불복기간 경과된 후에) 있었다면 당초 신고한 세액(또는 당초 처분금액) 1,000만 원에 대해서는 이미 불가쟁력이 발생하여 다툴 수 없으므로, 나머지 1,000만 원에 대해서만 다툴 수 있고, 법원도 그 범위 내에서만 취소할 수 있다. (iii) 만약, 위 (ii) 사례에서 법원의 심리결과 정당한 세액이 1,200만 원으로 밝혀졌는데, 원고(납세자)가 2,000만 원 전부의 취소를 구하는 경우 법원으로서는 2,000만 원 중 800만 원 부분은 인용(취소)하고, 나머지 200만 원 부분은 기각, 1,000만 원 부분은 각하판결을 하게 된다.

한편, 당초 처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 확정된 후에 증액경정처분을 한 경우와 달리, 청구기각의 확정판결 후에 재처분이 있는 경우에는 추가된 재처분만을 다툴 수 있고, 당초 처분 부분의 취소를 구하는 것은 확정판결의 기판력에 저촉되어 허용되지 아니하며, 이 경우 당초 처분이 재처분에 흡수되어 소멸되는 것도 아니다(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두4034 판결).

(3) 전심절차 및 제소기간 준수 여부

당초처분에 대한 취소소송의 계속 중 증액경정처분을 한 경우 소의 변경(청구취지 확장)에 의하여 불복이 가능하고, 이때 당초처분과 증액경정처분의 위법사유가 동일하고 당초처분에 대하여 전심절차를 거친 경우에는 증액경정처분에 대하여는 별도로 전심절차를 거치지 아니하여도 된다(대법원 2000. 9. 22. 선고 98두18510 판결).

조세부과처분 취소소송 계속 중 증액경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 증액경정결정 또는 재경정결정에 대한 전심절차의 요부 및 제소기간 준수와 관련하여 대법원은, ‘당초의 조세 부과처분에 대하여 적법한 취소청구 소송이 계속 중 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 원칙적으로는 처분변경이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 소변경신청을 하여야 하나(행정소송법 제22조 제2항), 당초의 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유(실체상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되어 경정결정, 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면 원고는 따로 전심절차를 거칠 필요없이 청구취지를 변경하여 경정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 또 청구취지변경시를 기준으로 제소기간 준수 여부를 따로 따질 필요도 없다’고 판시하였다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두7796 판결).

또한 전심절차 진행 중 증액처분이 있는 경우 제소기간과 관련하여 대법원은, ‘당초의 과세처분을 다투는 적법한 전심절차의 진행 중에 증액경정처분이 이루어지면 당초의 과세처분은 증액경정처분에 흡수되어 독립적인 존재가치를 상실하므로, 납세자는 특별한 사정이 없는 한 증액경정처분에 맞추어 청구의 취지나 이유를 변경한 다음, 그에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여야 한다. 다만, 당초의 과세처분에 존재하고 있다고 주장되는 위법사유가 증액경정처분에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초의 과세처분이 위법하다고 판단되면 증액경정처분도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면, 당초의 과세처분에 대한 전심절차의 진행 중에 증액경정처분이 이루어졌음에도 불구하고 그대로 전심절차를 진행한 납세자의 행위 속에는 달리 특별한 사정이 없는 한 당초의 과세처분에 대한 심사청구 또는 심판청구를 통하여 당초의 과세처분을 흡수하고 있는 증액경정처분의 취소를 구하는 의사가 묵시적으로 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이러한 경우에는 설령 납세자가 당초의 과세처분에 대한 전심절차에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하였다고 하더라도 증액경정처분에 대한 별도의 전심절차를 거칠 필요 없이 당초 제기한 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이다. 그리고 납세자가 이와 같은 과정을 거쳐 행정소송을 제기하면서 당초의 과세처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 기재하였다 하더라도, 이는 잘못된 판단에 따라 소송의 대상에 관한 청구취지를 잘못 기재한 것이라 할 것이고, 그 제소에 이른 경위나 증액경정처분의 성질 등에 비추어 납세자의 진정한 의사는 증액경정처분에 흡수됨으로써 이미 독립된 존재가치를 상실한 당초의 과세처분이 아니라 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 데에 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 납세자는 그 소송계속 중에 청구취지를 변경하는 형식으로 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 바로잡을 수 있는 것이고, 이때 제소기간의 준수 여부는 형식적인 청구취지의 변경 시가 아니라 증액경정처분에 대한 불복의 의사가 담긴 당초의 소 제기 시를 기준으로 판단하여야 한다’고 판시하였다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두25005 판결).

(4) 징수처분의 경우

원천징수의무자에 대하여 납세의무의 단위를 달리하여 순차 이루어진 징수처분에 대해 당초처분과 증액처분의 법리가 적용되는지 여부와 관련하여 대법원은, ‘원천징수의무자에 대하여 납세의무의 단위를 달리하여 순차 이루어진 2개의 징수처분(주식양도소득의 원천납세의무자가 다른 사안에서 동일한 원천징수의무자에 대한 2개의 징수처분)은 별개의 처분으로서 당초 처분과 증액경정처분에 관한 법리가 적용되지 아니하므로, 당초 처분이 후행 처분에 흡수되어 독립한 존재가치를 잃는다고 볼 수 없고, 후행 처분만이 항고소송의 대상이 되는 것도 아니다’라고 판시하였다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두7311 판결).

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 2002. 12. 18.자로 개정된 국세기본법하에서 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수되어 소멸되므로 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 주장할 수 있으며, 당초 신고나 결정에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다는 판례의 입장을 재확인하였다.

한편, 대상 판결은 증액경정처분 이후에 과세관청이 직권으로 감액경정처분을 하였는데, 그 감액사유가 증액경정사유에 대한 것이 아니라 당초 신고나 결정의 위법사유인 경우 그 감액은 증액경정에 의하여 증액된 세액을 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것이므로, 납세자는 감액경정과 관계 없이 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 전체의 취소를 구할 수 있다는 점을 처음으로 밝힌 판결로서 의의가 있다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 서울지방변호사회 부회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사