1. 사실관계

가. 원고는 2009. 9. 10. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 제4조에 의하여 주무관청인 농림수산식품부장관으로부터 허가를 받아 설립된 재단법인으로서, 설립허가증 및 정관에 ‘① 어촌문화사업 및 어업인 교육․지원사업, ② 어업인의 복지증진을 위한 사업, ③ 장학사업, ④ 조사 및 연구지원사업, ⑤ 표창 및 시상사업, ⑥ 수협 대내외 홍보를 위한 사업, ⑦ 그 밖에 목적달성을 위하여 필요한 사업’이 그 사업내용으로 기재되어 있다.

나. 원고는 2013. 10. 11. 해양수산부장관으로부터 어업인 자녀를 위한 장학관(기숙사) 매입을 목적으로 기본재산 5,084,863,159원의 처분 허가를 받아, 2013. 10. 16. 서울 양천구 (주소 1 생략) 대 289.7㎡ 및 지상 건물, (주소 2 생략) 대 280.9㎡ 및 지상 건물( 하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여, 2013. 11. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 이 사건 부동산을 취득한 직후부터 어업인 자녀로서 서울 및 수도권 소재 대학교에 다니는 약 55명의 대학생을 선발하여 이 사건 부동산에 ‘수협장학관’이란 명칭을 붙여 기숙사 용도로 제공하는 등 수협장학관을 운영하고 있고, 이에 더하여 저소득층 어업인 자녀 대학생을 선발하여 1인당 3,000,000원의 장학금을 지원하는 ‘푸른어촌 희망가꿈 장학금’ 지원사업도 진행하고 있다.

라. 원고의 설립 직후인 2010년부터 2014년까지의 연도별․사업별 예산편성 및 그 집행내역은 다음과 같다. 원고는 자체예산으로 사업을 진행함과 아울러 한국마사회법 제42조 등에 따라 지원받은 한국마사회 특별적립금 지원사업도 병행하고 있다.

1) 원고의 자체예산 사업을 보면, 이 사건 부동산을 취득한 2013년에 처음 장학사업예산 300,000,000원이 편성되어 그 중 실제 284,000,000원이 장학사업으로 집행되었다. 이는 그때까지의 연도별 합산 누적 예산편성금액 총 1,300,000,000원의 약 23%, 누적 예산행금액 총 596,000,000원의 약 47.6%에 해당하며, 2013년만을 기준으로 할 때는, 자체예산편성금액 800,000,000원 중 38%, 실제 예산집행액 408,000,000원의 약 69.61%를 차지한다.

2) 이 사건 부동산 취득 바로 다음해인 2014년에는 자체예산편성액 850,000,000원 중 장학사업 예산으로 약 71%인 600,000,000원이 편성되었고, 그 중 실제 장학사업으로 585,000,000원이 집행되었는데, 이는 실제 집행된 총 예산 691,000,000원 중 약 85%에 해당한다.

3) 한국마사회 특별적립금 지원사업과 함께 보면, 2013년 총 예산집행금액 1,095,000,000원 중 장학사업 집행금액 284,000,000원은 약 25.9%에 해당하나, 제일 큰 비중을 차지했던 어업인 의료지원 사업으로 집행된 금액은 325,000,000원으로서 전체의 약 29%에 해당하였다. 2014년에는 장학사업 집행금액 585,000,000원이 총 예산집행금액 1,044,000,000원의 56%에 해당하여 과반수 비중을 차지하였다.

4) 원고가 이 사건 부동산을 취득함으로써 장학사업 수행을 위한 고정자산이 5,084,000,000원 상당으로 2013년 말 원고의 총 자산 8,144,000,000원의 62.7%를 차지하게 되었고, 2014년 말에는 원고의 총 자산 9,789,000,000원 중 51.8%를 차지하였다.

마. 원고는 이 사건 부동산을 취득한 2013. 10. 16. 이 사건 부동산의 취득가액 4,652,340,000원을 과세표준으로 하여 취득세 372,187,200원, 지방교육세 55,828,080원, 농어촌특별세 9,304,680원 합계 437,319,960원(이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 신고․납부하였다.

바. 그 후 원고는 2014. 1. 6. 원고가 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 및 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1호(이하 각 조항을 합하여 ‘이 사건 면제조항’이라 한다)에 규정된 ‘장학단체’에 해당하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되므로, 이미 납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 1. 7. 원고가 그 장학단체에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 취득세 면제대상인 장학단체의 의미이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2018. 11. 29. 선고 2016두50037 판결)

가. 이 사건 면제조항은 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.’고 규정하고 있다.

이 사건 면제조항에서 정한 ‘장학단체’란 그 규정의 취지에 비추어 ‘학자금․장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급․지원하거나, 금전에 갈음한 물건․용역 또는 시설을 설치․운영 또는 제공하거나 지원하는 장학사업을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 장학사업이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘장학단체’에 해당한다고 볼 수 없다. 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결 등 참조).

나. 위 사실관계 및 기록을 통하여 알 수 있는 이 사건 부동산 취득을 전후로 한 다음과 같은 객관적인 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고의 설립근거인 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률, 원고 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려했을 때, 원고는 장학사업을 부대사업이 아닌 주된 목적으로 하는 단체로서 이 사건 면제조항의 장학단체에 해당하므로, 원고의 이 사건 부동산 취득에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다.

1) 원고는 설립 당시부터 정관 등에 장학사업을 그 목적사업 중 하나로 분명히 기재하고 있었고, 그와 같은 목적사업을 영위하기 위하여 기본재산을 보유하고 있었다. 그리고 실제 목적사업인 장학사업을 영위한다는 명목으로 주무관청으로부터 원고의 기본재산 중 50%를 넘는 5,084,863,159원 상당에 대한 처분허가를 받아 이 사건 부동산을 취득하였다.

2) 원고가 위와 같이 이 사건 부동산을 취득함으로써 장학사업을 위한 고정자산이 그 취득 당시를 기준으로 원고 전체 자산의 약 62.75%에 이르러 과반 이상을 차지하게 되었으며, 이는 그 다음해에도 마찬가지이다. 특히 이러한 기본재산의 처분을 통한 이 사건 부동산의 취득은 원고의 예산 편성이나 집행내역에 포함되어 있지 않다.

3) 나아가 이 사건 부동산은 취득 이후 곧바로 서울 및 수도권 소재 대학교에 다니는 어업인 자녀들의 기숙사 용도로 제공되어 원고의 고유업무인 장학사업에 계속하여 직접 사용되어 오고 있고, 달리 원고가 이 사건 부동산 취득을 전․후로 장학사업이 아닌 다른 용도로 사용할 목적으로 취득하였다고 볼 만한 사정도 찾아보기 어렵다. 오히려 이 사건 부동산을 취득한 이듬해인 2014년 자체사업 예산편성에서 장학사업으로 71%의 예산이 편성되었고, 실제 85%의 예산이 집행되는 등 장학사업의 비중이 2013년에 비해 더욱 확대되었다.

4) 원고가 2012년까지는 장학사업에 소요한 예산이 없었고, 비록 기본재산처분내역을 제외한 것이기는 하나, 한국마사회 특별적립금 지원사업을 포함한 원고의 2013년 예산집행실적 중 장학사업의 비중이 약 25.9%로서, 약 29%의 비중을 차지한 어업인 의료지원 사업에 미치지 못하는 것은 사실이다.

그러나 2012년까지는 원고 설립의 초기단계로서 집행된 예산의 규모가 미미할 뿐만 아니라, 이 사건 부동산의 취득과 같이 많은 비용이 소요되는 장학사업을 안정적으로 수행하기 위해서는 시간이 다소 필요할 것으로 보이므로, 원고가 설립 초기부터 바로 장학사업에 착수하지 않았다는 이유만으로 원고가 장학단체가 아니라 단정할 수 없다. 또한 주무관청의 직접적인 감독을 받게 되는 한국마사회 특별적립금 지원사업과 달리 2013년 원고의 자체예산 사업에서는 장학사업의 비중이 69.61%로 가장 높고, 2013년 원고의 전체 예산집행실적 1,095,000,000원 중 장학사업과 어업인 의료지원 사업의 차이는 매우 근소하다.

반면 이 사건 부동산의 취득가액은 그 자체로 4,652,340,000원에 이르는데, 이를 고려하면 2013년 원고의 사업 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 단연 장학사업이라 할 것이고, 2013년까지 연도별 합산 누적 예산집행액에서도 장학사업이 약 47.6%를 차지하는 만큼 원고의 장학사업을 단순한 부대업무라고 보기도 어렵다.

사정이 이러하다면, 자신의 기본재산을 처분하여 취득한 부동산을 실제 기숙사 용도로 제공하고 있고, 장학금 지원사업 등 장학사업을 더욱 확장하여 수행하고 있는 원고에게, 이 사건 부동산의 취득에 대한 세제혜택을 부여하는 것이 장학단체의 건전한 설립․운영을 전제로 공익사업인 장학사업을 활성화하고 장려하고자 하는 이 사건 면제조항의 입법취지에도 부합한다.

다. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로, 원고가 장학사업을 주된 목적으로 하는 장학단체에 해당한다고 인정하기 부족하다고 보고, 원고의 취득세 환급의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 면제조항의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 고유업무에 직접 사용하는지 여부의 판단기준

취득세와 재산세 등 지방세의 감면을 규정하고 있는 지방세특례제한법은 감면대상 부동산을 ‘고유업무에 직접 사용하는 부동산’으로 제한하고 있는데, 여기에서 어느 부동산을 ‘고유업무에 직접 사용’한다고 함은 현실적으로 그 부동산이 고유업무 자체에 직접 사용되는 것을 의미하고, 여기에 해당하는지 여부는 사업목적과 취득목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 5. 29 선고 2014두35454 판결).

“직접 사용”의 범위와 관련하여 용도를 기준으로 하여 해당 부동산이 어떤 방식으로든 고유업무의 용도로 사용되면 족한 것인지, 즉, 해당 부동산의 소유자가 해당 부동산을 임대나 위탁 등을 통하여 고유업무에 해당하는 용도에 사용하더라도 이를 “직접 사용”에 해당된다고 볼 것인지, 아니면 소유자를 기준으로 하여 임대나 위탁 등의 방식이 아니라 소유자가 직접 해당 부동산을 고유업무의 용도로 사용하는 경우로 한정할 것인지에 대해 논란이 있었다.

이에 대해 대법원은 ‘고유업무에 직접 사용’이라 함은 당해 재산의 사용용도가 직접 그 고유의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다고 봄이 타당하다는 입장이었다(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누297 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두15039 판결 등 참조).

대법원이 위와 같은 입장을 취하자 과세당국은 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 지방세특례제한법을 개정하면서 “직접 사용”이란 ‘부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.’고 하여 소유자가 해당 부동산등을 고유업무에 사용하는 경우에 한하여 감면대상이 되는 것으로 그 범위를 제한하였다(지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호). 따라서 2014. 1. 1. 이후 취득하는 부동산에 대해서는 임대나 위탁 등을 통하여 해당 부동산이 고유업무의 용도로 사용된다고 하더라도 취득세나 재산세 등을 감면받을 수 없고, 해당 부동산의 소유자 직접 고유업무의 용도로 사용하여야 감면을 받을 수 있다.

나. 대상 판결의 의의

어느 단체가 지방세 감면대상단체에 해당되는지 여부의 판단기준과 관련하여 대법원은, ‘구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제288조 제2항에서 정한 ‘기술진흥단체’란 그 규정의 취지에 비추어 ‘과학 및 산업기술을 연구ㆍ개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 과학 및 산업기술의 연구ㆍ개발 등이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘기술진흥단체’에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘기술진흥단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.‘고 하여 판단기준을 제시하였다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결).

대상 판결은 이러한 법리에 따라 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부도 단체의 명칭 여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다고 함으로써 결국 실질에 따라 판단하여야 한다는 점을 다시 한번 확인해 주었다는 점에 의의가 있다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 서울지방변호사회 부회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세포럼 회장