감사원이 최근 A연구원의 부가가치세 경정청구 건에 대해 재조사할 것을 결정했다. 정부출연수익과 국가연구개발사업수익을 면세공급가액에 포함해 매입세액을 공제한 것은 국세청의 생각이 잘못된 것이라는 판단이 내려졌기 때문이다.

A연구원은 정부출연연구기관으로 국가연구개발사업 등의 과제를 수행하는 곳이다. 이때 개발·소유하게 된 지식재산권 등을 제3자에게 대여, 수출하는 등 실시해 받은 대가와, 민간기업 등으로부터 연구과제 등을 수탁해 단순히 기존의 학술연구나 결과를 이용해 용역을 제공하고 기술료 수익 등의 대가를 받고 있다.

A연구원은 2008년 1기부터 2014년 1기까지는 면세사업자로 부가가치세를 신고하지 않았지만, 2014년 말 부가가치세 과세사업자로 전환한 후 2015년 1월 처음으로 2014년 2기 부가가치세를 신고하게 됐다.

이후 관할 세무서는 지방국세청의 법인세 통합조사 결과에 따라 2015년 8월 A연구원의 2014년 2기 기술료 수익 232억5800만원을 부가가치세 과세대상으로 해 매출세액 19억2500만원을 산정한 후 매출세액에서 매입세액 3억4700만원(공통매입세액 62억1600만원의 5.58%를 과세대상사업의 매입세액으로 안분)을 공제해 2014년 2월 부가가치세 가산세포함 23억7600만원을 부과·고지했다.

이때 공통매입세액이란 과세사업과 면세사업의 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 뜻한다.

이에 A연구원은 부가가치세 과세대상인 기술료 수익과 관련해 매출세액에서 공제하는 매입세액의 계산이 잘못됐다는 이유로 부가가치세 70억1400만원을 환급해달라는 취지로 경정청구를 했다.

그러나 세무서는 연구개발단계에서의 매입세액은 면세사업 등에 관련된 매입세액으로 공제대상이 아니며, 과세대상인 기술료 수익과 직접적으로 관련되는 매입세액에도 해당하지 않는다고 보아 A연구원의 부가가치세 경정청구를 거부했다.

세무서는 세금계산서 수취분 매입세액 59억9300만원, 신용카드 매출전표 수취분 매입세액 2억2300만원 등 총 62억1600만원을 모두 공통매입세액으로 보았고, 2014년 1년간의 정부출연수익 838억원과 국가연구개발사업수익 4319억원이 면세공급가액비율에 포함된 면세공급가액 비율을 적용해 불공제 매입세액 58억6900만원, 공제가능 매입세액 3억4700만원으로 안분했다.

그러면서 신용카드 매출전표 수취분 매입세액 총 19억5500만원 중 2억2300만원만을 안분대상 공통매입세액으로 인정하고, 나머지 17억3200만원에 대해서는 검토하지 않았다.

이에 A연구원은 거부당한 경정청구액 중 65억6000만원 부분을 취소해달라고 감사원에 심사청구를 요청했다.

A연구원은 세무서가 공통매입세액을 면세공급가액 비율에 따라 과세사업분과 면세사업분으로 안분하면서 정부출연수익과 국가연구개발사업수익은 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하는데도 면세공급가액에 포함함으로써 면세공급가액 비율이 높아지게 됐고 그에 따라 불공제 대상인 면세사업 매입세액이 과다하게 산정됐으며, 2014년 2기 공급가액이 아닌 2014년 1년간의 공급가액을 기준으로 면세공급가액비율이 잘못 선정됐다고 주장했다.

이에 감사원은 부가가치세법에 따르면 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 공통매입세액이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액 비율에 따라 안분해 계산하고, 면세공급가액에는 비과세공급가액을 포함한다고 설명했다.

감사원이 정부출연수익과 국가연구개발사업수익을 면세공급가액 비율 산정 시 면세공급가액에 포함할 수 있는지 살펴본 결과, A연구원이 받은 정부출연수익은 그 성격이 출연금에 해당하고 국가연구개발사업수익은 각 정부부처의 분야별 연구개발사업과 관련해 용역의 공급과 관련없이 무상으로 지원하는 연구경비로 반대급부없는 출연금 및 국고보조금 등에 해당돼 모두 공급가액이 없는 경우로 재화 또는 용역의 공급가액으로 볼 수 없다고 판단했다.

또한 시행령 개정을 통해 국고보조금과 공공보조금 등이 면세공급가액에 포함된다고 규정된 점 등을 종합적으로 고려할 때 A연구원이 교부받은 정부출연수익과 국가연구개발사업수익은 재화 및 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는데도 면세공급가액 비율 산정 시 면세공급가액에 포함해 매입세액을 공제한 것은 잘못이 있다고 설명했다.

이에 감사원은 정부출연수익과 국가연구개발사업수익을 재원으로 비과세사업이나 면세사업에 투입한 부분이 있는지 확인해 과세사업과 관련이 없는 매입세액이 불공제되도록 하고, 2014년 2기 공급가액 등을 기준으로 공통매입세액 안분비율을 다시 산정하는 등 재조사를 통해 세액을 경정할 것을 주문했다. (2016심사103)