1. 사실관계

가. 원고는 2009. 10. 19. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 의하여 기술보증기금으로부터 벤처기업임을 최초로 확인받은 후(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2010. 10. 18.), 2010. 10. 18.(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2011. 10. 18.), 2011. 10. 17.(유효기간: 2011. 10. 19. ~ 2013. 10. 18.), 2012. 6. 19.(유효기간: 2012. 6. 19. ~ 2014. 6. 18.), 2014. 6. 19.(유효기간: 2014. 6. 19. ~ 2016. 6. 18.) 추가로 확인을 받았다.

나. 원고는 2014. 3. 31. 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 규정하고 있는 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따른 ‘창업벤처중소기업’에 해당한다는 이유로 2013 사업연도 귀속 법인세 2,164,284,254원의 감면신청을 피고에게 하면서, 이를 공제한 나머지 법인세 2,410,056,416원을 신고․납부하였다.

다. 피고는 2014. 7. 15. 원고가 2013 사업연도에 창업벤처중소기업이 아니라는 이유로 원고에게 법인세 2,233,108,490원(납부불성실가산세 68,824,239원 포함)을 경정․고지하는 이 사건 종전 처분을 하였다.

라. 이에 불복하여 원고는 이 사건 조항에 따른 세액감면대상에 해당한다면서 2014. 10. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2015. 2. 25. 원고가 2013 사업연도에 창업벤처중소기업에 해당하여 이 사건 조항에 따른 세액감면이 적용되어야 한다는 이유로 원고의 심판청구를 받아들여 이 사건 종전 처분을 취소하는 결정을 하였다.

마. 그 후 피고는, 원고의 경우 창업중소기업 등에 대한 세액감면기한이 2012 사업연도까지이므로 2013 사업연도 귀속 법인세는 이 사건 조항에 따른 세액감면대상이 될 수 없다는 서울지방국세청의 감사지적에 따라, 2016. 5. 4. 원고에 대하여 2013 사업연도 법인세 2,660,987,490원(납부불성실가산세 496,703,236원 포함)을 경정․고지하는 이 사건 재처분을 하였다.

바. 이에 대하여 원고가 제기한 심판청구에서 조세심판원이 2016. 12. 28. ‘이 사건 재처분에서 납부불성실가산세 427,879,000원을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다’라고 결정하자(이하 이 사건 재처분 중 납부불성실가산세 427,879,000원을 제외한 나머지 세액을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고는 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 과세처분의 불복절차에서 불복사유를 인정하여 처분이 취소된 경우 동일 사유로 재처분을 할 수 있는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 1. 31. 선고 2017두75873 판결)

가. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소․경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다고 규정하고 있다. 과세처분에 관한 불복절차에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위 법 규정의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두42999 판결 등 참조).

나. 위 사실관계를 통하여 다음과 같은 사정을 알 수 있다. 즉, ① 원고는 이 사건 조항에 따라 세액감면 대상에 해당함을 이유로 세액감면을 신청하였으나 이 사건 종전 처분이 이루어짐에 따라 조세심판원에 동일한 사유를 들어 심판청구를 제기하였다. ② 조세심판원은 이 사건 종전 처분에 대한 원고의 심판청구 사유가 이유 있어 원고가 창업벤처중소기업에 해당하므로, 이 사건 조항에 따른 세액감면이 적용되어야 한다는 이유로 이 사건 종전 처분을 취소하였다. ③ 그런데도 피고는 세액감면의 원인이 되는 이 사건 조항의 적용 여부에 관하여 기초가 되는 사정에 아무런 변경이 없음에도, 서울지방국세청의 감사지적만을 내세워 원고에게 이 사건 조항을 적용하여 세액감면을 할 수 없다는 이유를 들어 이 사건 처분을 하였다.

위와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분은 이 사건 종전 처분에 대한 조세심판절차에서 원고의 심판청구 사유가 옳다고 인정하여 이 사건 종전 처분을 취소하였음에도, 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전의 처분을 되풀이한 것에 불과하므로 위법하다. 따라서 원심이 그 판시와 같은 이유만으로, 이 사건 처분이 이 사건 종전 처분에 관한 재결의 기속력에 반하지 않는다는 등의 잘못된 전제 아래 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 심판청구에 대한 결정의 효력에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 과세처분에 대한 불복절차에서 불복이유를 받아들여 처분이 취소된 경우 동일한 사유로 다시 처분을 할 수 있는지 여부

과세처분에 관한 불복절차에서 재결 이전에 처분청이 불복사유가 옳다고 인정하고 직권 취소 등 필요한 처분을 하였을 경우, 동일 사항에 관하여 이를 번복하고 다시 동일한 처분을 할 수 있는지 여부가 문제된다.

이에 대해 대법원은 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수 없다는 원칙을 유지하고 있다. 즉, 대법원은 ‘과세처분에 관한 불복절차과정에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다. 따라서 과세관청이 과세처분에 대한 이의신청절차에서 납세자의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소하였음에도, 특별한 사유없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하여서 한 과세처분은 위법하다’고 일관되게 판시해 오고 있다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두56790 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두42999 판결, 대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결, 대법원 2010. 9. 30. 선고 2009두1020 판결, 대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두18161 판결, 대법원 1983. 7. 26. 선고 82누63 판결 등).

대법원은 직권 취소를 번복하고 종전 처분을 되풀이할 수 있는 “특별한 사유”를 ‘납세자가 허위의 자료를 제출하는 등 부정한 방법에 기초하여 직권취소가 되었다고 볼 만한 사정’이라고 하고 있다.

즉, 대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두56790 판결은, 갑 도시개발사업조합이 을 등 소유의 토지 일대에 관하여 도시개발사업 실시계획인가 및 환지계획인가를 받아 환지예정지 지정공고를 하자, 관할 관청이 을 등이 환지예정지의 사실상 소유자라는 이유로 을 등에게 재산세 등 부과처분을 하였는데, 이에 을 등이 갑 조합이 토지를 수용하였다고 오인할 만한 표현들이 기재되어 있거나 갑 조합의 도시개발사업이 환지방식에 의하여 진행된 것임을 알 수 있는 자료들을 제출하면서 이의신청하였고, 관할 관청이 이를 받아들여 종전 처분을 직권취소하였다가 이후 다시 을 등이 환지예정지의 사실상 소유자라는 이유로 종전과 동일한 재산세 등 재처분을 한 사안에서, 을 등은 자신들이 보유하고 있던 관련 서류를 그대로 제출하면서 ‘토지의 지장물과 관련하여 손실보상이 되어야 하는데 갑 조합이 위법하게 수용을 하여 분쟁이 있으니 환지예정지에 대한 재산세 부과가 부당하다’는 취지로 종전 처분에 대하여 이의신청을 하였고, 관할 관청은 을 등의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 종전 처분을 직권으로 취소한 것으로 보일 뿐, 달리 을 등이 허위의 자료를 제출하는 등 부정한 방법에 기초하여 직권취소가 되었다고 볼 만한 사정을 찾아보기 어려운데도, 이러한 사정을 구체적으로 심리ㆍ판단하지 아니한 채 이와 달리 본 원심판단에 잘못이 있다고 판시하였다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결도 같은 취지).

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 위와 같은 종전의 법리를 다시 한번 확인해 주었다. 이 사건의 경우 피고가 한 종전 처분에 대한 심판절차에서 조세심판원이 위법하다는 이유로 이를 취소한 이상 ‘납세자가 허위의 자료를 제출하는 등 부정한 방법에 기초하여 직권취소가 되었다고 볼 만한 사정’과 같이 종전 처분을 되풀이할 수 있는 “특별한 사유”가 없다면 과세관청은 조세심판원의 결정 이후 동일한 내용의 처분을 할 수 없다고 함으로써 심판결정의 기속력을 확인해 주었다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세연구포럼 회장