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국세청 교차세무조사, 위법여부 ‘만연’…관할조정 승인없었다

유일지 기자l승인2019.04.11 17:46:19

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감사원, 교차세무조사 운영 및 개선방안 추진실태 보고서 발표

앞으로 교차세무조사를 받는 납세자는 국세청이 관할조정 승인 절차를 거쳤는지 반드시 확인해보고 위법한 조사를 받는 것은 아닌지 체크까지 해야 할 것으로 보인다. 국세청이 그동안 교차세무조사를 실시하면서 관할조정 승인절차를 밟지 않은 것으로 드러났기 때문이다.

11일 감사원이 발표한 ‘교차세무조사 운영 및 개선방안 추진실태’ 감사보고서에 따르면 국세청은 최근 5년간(2013년~2018년 4월) 승인된 교차세무조사 180건 중 조사관서의 관할이 아닌 교차세무조사의 관련인 150명에 대해 관할조정 승인 없이 세무조사를 실시했다.

세무조사는 납세지 관할 세무관서가 수행하는 것이 원칙이다. 다만, 특정 지역에서 장기간 사업을 하는 사업자에 대해 공정한 세무조사를 실시하기 위해 납세지 관할이 아닌 다른 관서에서 교차세무조사가 가능하다.

세무조사의 절차적 정당성을 확보하고 불복 제기 시 효과적으로 대응하기 위해 조사대상자의 납세지가 조사관서의 관할과 다른 경우에는 국세청 본청의 교차세무조사 승인 또는 관할조정 승인 절차를 반드시 거쳐야 한다.

판례에 따르면 관할을 위반한 조세행정처분은 위법한 것이며, 조사권한이 있는 관할 조사관서에서 세무조사를 실시했는지 여부가 해당 세무조사 자체의 위법 여부를 결정하는 기준이 될 수 있기 때문에 ‘승인 절차’를 반드시 밟아야 하는 것이다.

그럼에도 불구하고 지난 2013년 6월 중부청은 A사에 대한 교차세무조사를 하면서 대구청이 당초 교차세무조사 신청 시 관련인으로 선정한 S사 등 21명의 납세지가 중부청 관할이 아닌데도 주 조사대상자와 함께 관할조정된 것으로 판단해 별도의 관할조정 신청 및 국세청 본청의 관할조정 승인절차를 거치지 않은 채 세무조사를 실시하는 등의 사례가 드러났다.

또한 주식변동조사 시 관련인으로서 주주의 납세지가 조사관서의 관할이 아닌 경우에도 승인을 받아야 하지만, 조사관서의 관할이 아닌 주식변동조사의 관련인 주주에 대해 별도의 관할조정 승인을 받도록 하는 명시적인 지침이 없다는 이유로 승인 없이 세무조사를 실시한 것으로 나타났다.

뿐만 아니라 송파세무서는 2012년 12월 말 정기 조사대상자로 선정된 B사가 같은 날 사업장 소재지를 중부청 관할인 분당세무서 지역으로 이전해 조사착수일에는 송파 관할이 아니었음에도 불구하고 관할조정 승인을 받지도 않고 분당서에 인계도 하지 않은 채 직접 법인통합조사를 실시하기도 했다.

아울러 피합병법인에 대한 동시 조사 시 관할조정 관련 규정이 명확하지 않아 일부는 관할조정 승인을 받은 반면, 일부는 승인 없이 조사하는 등 일관성도 떨어지고 있는 것으로 확인됐다.

이에 국세청은 교차세무조사의 관련인이 조사관서의 관할이 아닌 경우 별도로 승인을 받은 후 조사를 하도록 관련 지침을 보완하고, 합병법인과 피합병법인을 동시조사하는 경우 피합병법인의 세무조사 관할을 명확히 하도록 관련 지침을 보완하는 한편, 각 지방청이 세무조사 수행 시 조사 관할을 철저히 준수하도록 관리하겠다고 밝혔다.


유일지 기자  salixy@hanmail.net

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