감사원, “교차세무조사 신청·배정 관련 개선방안 보완 필요” 지적

국세청 국세행정개혁TF가 지난 2017년 8월부터 5개월간 활동하며 내놓은 권고사항에도 부실한 점이 있는 것이 감사원 감사결과 확인돼 국세청이 추가로 교차세무조사와 관련한 보완 방안을 내놓는다.

11일 감사원이 발표한 ‘교차세무조사 운영 및 개선방안 추진실태’ 감사보고서에 따르면 감사원은 국세행정개혁TF가 국세청에 권고한 권고안의 내용 중 지역연고 기업에 대한 교차세무조사 운영이 부적정하고, 교차세무조사 신청·배정 관련 개선방안 보완이 필요하다고 밝혔다.

감사원에 따르면 국세청 교차조사가 지역연고 기업이라는 사유로 최근 5년간(2013년~2018년 4월)까지 실시된 교차세무조사 108건 중 100건(92.8%)의 경우, 청탁·압력 등 공정한 세무조사를 저해할 우려가 있는지에 대한 검토 없이 단순히 ‘10년 이상 일정 지역 소재, 1회 이상 세무조사 수감’이라는 형식적 요건을 충족한다는 사유만으로 신청·승인돼 왔던 것으로 드러났다.

당초 공정한 세무조사를 위해 도입된 취지와는 다르게 운영되고 있음에도 불구하고 이에 대한 개선방안이 미흡했던 것.

또 실질적 관리장소가 다른 지역에 있다는 사유로 실시된 교차세무조사의 경우 탈루혐의 유무 등 해당 장소에서 세무조사가 필요한지에 대한 검토 없이 단순히 생산공장 등이 다른 지역에 있다는 사유로 신청·승인되고 있는데도, 국세청은 이에 대한 지침 보완 없이 실질적 관리장소에 우선 배정하도록 하는 배정기준만을 신설함으로써 조사관서는 여전히 관할이 아닌 다른 지역으로 출장해 세무조사를 수행하는 등 제도가 비효율적으로 운영될 우려가 있는 것으로 나타났다.

아울러 감사원은 국세청이 개선방안에 중소납세자의 권익보호를 위해 교차세무조사 신청 가능 법인의 외형 기준을 상향조정했으나, ‘교차세무조사가 반드시 필요한 경우’ 외형 제한 없이 신청 가능하도록 예외규정을 신설함에 따라 외형 제한 기준의 실효성이 저하되는 것으로 분석했다.

이에 대해 국세청은 감사결과를 수용하면서 관련 지침 등을 개선·보완하겠다고 밝혔다.

한편 국세청 교차세무조사 건수는 교차조사가 도입된 2008년부터 2018년 4월까지 약 10년간 총 313건의 조사가 있었으며, 이중 311건(99.4%)이 법인이었고 2건(0.6%)이 개인 조사였던 것으로 집계됐다.