국세청은 최근 교차세무조사와 관련한 감사원 감사 지적이 나온 가운데 납세지와 관할이 다른 세무관서에서 세무조사를 하는 경우 본청과 지방청에 관할조정을 신청한 후 승인을 받은 후 실시할 것을 각 지방청 및 일선세무서에 지시했다.

이 경우 관할 지방청이 다른 경우에는 본청의 승인을, 관할 세무서가 다른 경우에는 지방청에서 승인을 받도록 했다.

특히 국세청은 관할이 다른 피합병법인 등 관련인에 대한 동시조사가 필요한 경우 반드시 관할조정 승인후 조사를 실시하고, 조사 착수 전 대상자의 납세지를 면밀히 확인해 관할이 다른 관서에서 조사하는 일이 없도록 할 것으로 지시했다.

교차세무조사는 지방국세청이나 세무서가 소재한 지역에 연고를 둔 기업과 지역 세무공무원의 유착을 차단하기 위해 관할이 아닌 다른 지방청이나 세무서에서 세무조사를 하는 것이다.

한편 국세청은 최근 세무조사 관리지침을 개정해 각 일선 세무서에 하달하면서 무엇보다 조사절차를 철저히 준수해 줄 것을 당부했다.

이번에 개정된 세무조사 지침은 세무조사를 중지한 경우 기간연장과 범위확대 통지, 과태료부과 표준절차 마련, 과장 면담제도 등이 반영돼 일선에 하달됐다.