2003년 7월부터 플라스틱 제조업을 영위하며 2016년 100억 원에 가까운 매출을 기록한 A씨.

사업은 번창했고 회사의 ‘2017 사업연도 매출액’이 120억 원을 초과하자 2016년부터 초부터 시행된 개정안의 소기업(매출액 120억 원 미만) 기준에 부합하지 않게 됐다.

이에 A씨는 소기업에 해당했던 기업이 법률 개정으로 인해 소기업에 해당하지 않게 될 경우 2019년 1월 1일에 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용하는 ‘중소기업 특별세액감면’ 규정이 적용된다고 여긴 채 2017 사업연도 법인세를 납부했다.

그러나 과세관청은 A씨가 요구한 중소기업 특별세액감면 규정 적용을 받아들이지 않았다. 과세관청은 감면 규정이 소기업에 해당됐던 기업이 개정안이 시행된 ‘2016년 1월’ 이후 소기업에 해당하지 않게 된 경우에 해당하지만, A씨의 회사는 개정법 시행된 2016년에도 여전히 소기업이었다는 것.

아울러 과세관청은 시행 1년이 경과한 2017 사업연도 매출액에 대해서 특별세액감면 규정이 적용될 여지가 없다고 판단했다. 이에 2018년 11월 A씨에게 2017 사업연도 법인세를 경정‧고지한다.

A씨는 당장 조세심판원의 문을 두드렸다.

그는 “2015년 12월 개정된 조세특례제한법 제7조 및 2016년 2월 대통령령으로 제정된 시행령 제6조 제5항은 중소기업특별세액 감면대상에 해당하는 소기업 요건을 기존 100억 원에서 제조업의 경우 매출액 120억 원 이상 기업으로 규정했다”며 “부칙에 따라 소기업에 해당됐던 기업이 개정안이 시행된 2016년 1월 이후 소기업에 해당하지 않게 된 경우는 2019년 1월 1일 과세연도까지 소기업으로 본다는 경과규정을 두고 있다”고 강조했다.

아울러 “2016 사업연도 매출액이 120억 원에 미달해 소기업에 해당하였다가 2017 사업연도 매출액이 120억 원을 초과한 바, 2016년 1월 당시 규정에 따라 소기업에 해당됐던 기업이 개정규정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에 해당하므로 소기업 범위에 대한 경과규정에 의해 2019년 1월 1일까지 소기업으로 봐야 한다”고 덧붙였다.

하지만 과세관청의 생각은 달랐다.

과세관청은 A씨의 회사의 2016 사업연도 매출액이 120억 원 이하로 해당 규정의 개정여부와 무관하게 계속해서 소기업에 해당했음을 강조했다. 개정법이 시행된 후 1년이 경과한 2017 사업연도에 매출액이 120억 원을 초과하게 되어 더 이상 소기업에 해당하지 않게 된 것이므로 개정법의 경과규정이 적용될 여지가 없다고 반박했다.

아울러 개정법률에 의하면 농업 등은 80억 원 이하, 도소매업은 50억 원 이하로 매출액 기준이 강화되었으나, A씨의 법인이 영위하는 플라스틱 제조업의 경우 120억 원으로 오히려 매출액 기준이 완화된 것이라고 덧붙였다.

A씨와 과세관청 간의 의견이 대립하는 가운데 조세심판원은 과세관청의 손을 들어줬다.

조세심판원은 “개정된 시행령 부칙 제22조는 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정법률 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2019년 1월 1일에 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과규정을 두고 있는 것이다”라고 판단했다.

즉 A씨 회사는 2016년 법 개정 이후에도 여전히 소기업이었으며, 2016년 매출액이 아닌 개정법이 시행된 후 1년이 지난 2017년 매출액이 120억 원을 초과하자 더 이상 소기업에 해당하지 않게 된 경우로 개정법 경과규정이 적용될 여지가 없다는 것.

이에 조세심판원은 “A씨의 법인이 2017 사업연도에 소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 조세특례제한법 제7조의 중소기업 특별세액 감면 적용을 배제하여 A씨에게 법인세를 경정‧고지한 과세관청의 처분은 달리 잘못이 없다”고 판단했다.(조심2019서0736)

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