관세청이 관세 등 면제 대상인 ‘정부 위탁 수입 전비품’에 대해 일관되지 않게 과세 여부를 결정하거나, 국방부 등이 허위 전비품 확인서를 발급하는 등 관세 면제 관련 업무처리를 부당하게 해온 것으로 드러났다.

21일 감사원이 공개한 관세심사 등 업무처리실태 보고서에 따르면 감사원은 최근 5년간(2014~2018년) 실시된 관세심사 전반에 대해 점검하고 심사 대상 선정 절차, 심사 결과 및 부과·징수, 기타 관련 제도 등에 대해 분야별 중점 감사를 벌인 결과 총 32건의 제도개선 및 주의요구 사항이 확인됐다.

국방부와 국군체육부대 등 국방관서와 육군·해군·공군·해병대 및 방위사업청 등 수요기관이 전비품을 직접 수입하거나 이들 기관의 위탁을 받아 수입업자가 전비품(군수품)을 대신해 수입할 때에는 관세 및 부가가치세가 면제된다. 따라서 관세청은 정부 위탁 수입 전비품에 대해 세금을 면제할 때에는 수입대행계약서의 내용과 수수료 약정여부 등을 확인해 세금을 면세해야 하고 관련 서류를 발급하는 일을 수행한다.

그러나 2014년부터 2018년 9월까지 관세 등 면제된 정부 위탁 수입 전비품 181건에 관해 세금 면제 적정성을 점검해봤더니, 무려 96%에 달하는 173건이 세금 면제 대상이 아닌데도 29억원 가량이 부당하게 면제된 것으로 감사원 감사결과 드러났다. 심지어 173건 중 3건은 전비품이 아닌 통상품으로 확인됐고 총 30억원 규모의 부당면제가 이루어진 것으로 드러났다.

이에 대해 감사원은 세금 징수방안을 마련하는 한편, 위조 수입대행계약서를 관세청에 제출하는 방법으로 부당하게 세금을 면제받은 A업체와 B공군 등의 범죄혐의가 있는 자 15명은 고발할 것을 요구했다.

관세청은 이 과정에서 수입업자가 위조한 계약서를 관세청에 제출해 관세를 부당하게 면제받은 것과 관련해서는 관세포탈죄와 공문서 등의 위조·변조, 위조 등 공문서의 행사 등을 위반한 것이므로 철저한 수사를 진행할 것이라고 밝혔다.

아울러 관세청은 국방부, 방위사업청 등 관계 부처와 협의해 정부위탁 수입 전비품에 대한 관세 면제 신청 시 필수 첨부 서류인 ‘전비품 확인서’ 및 ‘수입위탁 확인서’의 표준 양식 및 작성 요령을 마련하고 수요기관으로부터 하여금 계약관계 등을 확인한 후 관세 면제 신청 관련 서류를 수입업자에게 발급할 수 있도록 하겠다고 밝혔다.

한편 감사보고서에 따르면 관세청은 심사 대상 선정 등 절차로는 법인심사 대상자 선정 시 오류가 있는 기초 데이터를 그대로 활용하거나, 심의위원회에서 당초 정한 기준에 맞지 않게 임의로 심사대상을 선정하거나 제외하기도 했으며, 불복청구 재조사 결정이 장기화되면서 납세자의 권익 침해 및 환급가산금이 과다 발생하게 되는 문제점이 있는 것으로 드러났다.

또한 심사 결과 및 부과·징수로는 다국적기업의 사회보상조정 금액에 대한 과세기준이 불명확해 일관되지 않게 과세를 결정하거나, 식용으로 사용할 수 없는 기름치를 식료품으로 보아 부가가치세 면제 처리를 불합리하게 했으며, 확정된 덤핑방지관세가 잠정조치된 관세보다 낮은데도 차액을 정산하지 않는 등의 문제가 나타났다.

마지막으로 징계 대상인 관세사에 대해 행정지도를 하거나, 징계건의를 지연처리 및 누락해 징계시효가 도과하는 등 관세사에 대한 업무를 부실하게 해왔고, 해외직구를 가장해 수입요건 확인을 회피한 업체에 대한 관리도 부실했던 것으로 드러났다.