1. 사실관계

가. 원고는 소외 1과 함께 2005. 10. 21. 서울 강남구 (주소 1 생략) 대 396.5㎡ 및 (주소 2 생략) 대 210.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)와 그 지상 철골조 평슬래브 3층 근린생활시설 건물(이하 ‘종전 건물’이라고 한다)의 각 1/2지분을 취득하였고, 그 무렵부터 종전 건물에 대한 임대사업을 영위하였다.

나. 원고와 소외 1은 2010. 3. 10. 종전 건물을 철거하였고, 그로부터 2년 이내인 2011. 11. 18. 이 사건 토지 지상에 관할관청의 허가를 받은 모델하우스(이하 ‘이 사건 건축물’이라고 한다)가 신축되었다가 2012. 11. 17. 철거되었다.

다. 원고와 소외 1은 2014. 12. 4. 이 사건 토지를 소외 2에게 양도하였고, 원고는 2015. 2. 28. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 채 양도소득세를 신고․납부하였다.

라. 이후 원고는 2016. 6. 1. 피고에게 ‘이 사건 토지는 이 사건 건축물이 철거된 2012. 11. 17.부터 6개월이 경과하기 전 날인 2013. 5. 16.까지(이하 ’이 사건 기간‘이라고 한다) 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되고, 결국 비사업용 토지의 기간 요건을 충족하지 못하여 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항에서 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는다’는 이유로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액이 공제되어야 한다고 주장하면서 양도소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2016. 12. 15. 이 사건 토지의 경우 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외된다고 볼 수 없어 결국 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 위 거부처분 중 원고가 구하는 548,502,326원에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 건축물 부속토지는 그 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 8. 30. 선고 2018두57940 판결)

가. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제104조의3 제1항 제4호, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호는 양도로 인한 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 ‘비사업용 토지’에 관하여 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간 동안 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’에 해당하는 토지는 원칙적으로 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용 대상에서 배제하되, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (나)목은 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지에 해당하는 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하도록 정하고 있다.

한편 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제2호 (가)목 및 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제2호, 제103조 제1항 제1호는 재산세 별도합산과세대상 토지의 하나로 ‘과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월이 지나지 아니한 건축물의 부속토지 중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지’를 들고 있고, 여기서 건축물이란 ‘토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 건축물이나 이와 유사한 형태의 건축물’ 등을 말한다(구 지방세법 제104조 제2호 및 제6조 제4호, 건축법 제2조 제1항 제2호 참조).

나. 이와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 구 소득세법에서 양도소득금액 산정과 관련하여 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’의 소유기간 동안을 비사업용 토지로 이용된 기간으로 보지 않는 취지 등을 종합하면, 건축물의 부속토지 중 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지는 그 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 각 호의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다고 봄이 타당하다.

다. 위 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 부속토지로서 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지는 이 사건 건축물이 철거된 날부터 6개월이 경과하기 전 날까지의 기간인 이 사건 기간 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각목의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다.

그럼에도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외할 수 없다는 잘못된 전제에서, 이 사건 기간을 제외할 경우 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 부속토지로서 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부를 심리하지도 아니한 채 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심 판단에는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (나)목의 ‘재산세 별도합산과세대상이 되는 토지’의 해석 등에 관한 법리를 오해하고 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 장기보유특별공제의 내용

현행 소득세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로 개정된 것) 제95조 제2항은 양도소득세 과세표준이 되는 양도소득금액을 산정함에 있어서 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하도록 하고 있고, 장기보유특별공제액의 계산은 양도소득세 비과세대상이 되는 1세대 1주택과 그 외의 자산 사이에 아래와 같은 차이를 두고 있다. 표 2는 양도소득세 비과세대상이 되는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율이고, 표 1은 그 외 자산에 대한 장기보유특별공제율이다.

나. 장기보유특별공제 배제 대상과 관련 법리

2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전까지의 구 소득세법 제95조 제2항은 미등기 양도자산과 비사업용 토지를 장기보유특별공제 배제대상으로 규정하고 있었는데, 위 2015. 12. 15. 개정시 비사업용 토지도 장기보유특별공제 대상으로 변경하였다. 그 이후 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정시 중과대상인 조정대상지역 내 다주택(소득세법 제104조 제7항)을 장기보유특별공제 배제대상에 추가하였다.

비사업용 토지로 보는 기간과 관련하여 대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두28950 판결은, ‘비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법 목적이 있다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두17281 판결 참조). 그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 법 제104조의3 제2항, 시행령 제168조의14 제1항, 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다.

이러한 관련 규정의 취지와 그 문언 내용, 그리고 도시계획의 변경 절차 및 효과 등을 종합하여 보면, 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 규정한 ‘당해 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’에는 토지의 취득 후에 도시계획의 변경 등으로 인하여 새로이 사용의 금지 또는 제한이 생긴 토지뿐만 아니라, ‘토지의 취득 후에 기존 도시계획의 변경 등으로 인하여 사용이 금지 또는 제한된 기간이 연장된 토지’도 포함되고, 이러한 경우에 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하는 기간은 ‘토지의 취득 후에 사용의 금지 또는 제한이 연장된 기간’이라 할 것’이라고 판시하였다.

또한 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두21020 판결은, ‘구 소득세법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제15호로 개정되기 전의 것) 제83조의5 제1항 제9호는, 토지 위에 건축물이 건립되어 있어 비사업용 토지에 해당하지 않았으나 그 건축물이 노후화나 자연재해 등으로 멸실되거나 다른 건축물을 신축하기 위하여 그 건축물이 철거되는 등의 사유로 건축물이 존재하지 않게 된 경우에는 그 토지를 그 후 일정 기간 동안 사업용으로 이용하지 못하게 된 데에 부득이한 사유가 있다 할 것임에도 이러한 경우에 대해서까지 곧바로 비사업용 토지에 해당한다고 보아 양도소득세 중과 대상으로 보는 것은 부당하므로, 이러한 경우에는 건축물의 멸실ㆍ철거 등의 사유가 발생한 날부터 2년의 기간 동안은 그 토지를 비사업용 토지로 보지 않도록 함으로써 토지의 효율적인 이용을 촉구하는 한편, 부득이한 사유로 인하여 토지 소유자에게 발생한 부담을 줄여 주려는 데 입법 취지가 있다.

위와 같은 위 규정의 입법 취지와 아울러, 위 2년의 기간 동안에 토지소유자가 사망하여 상속이 이루어진 경우 상속 후와 상속 전을 달리 취급하여 양도소득세를 중과하여야 할 합리적인 이유가 없고, 건축물의 멸실ㆍ철거 등의 사유가 발생한 후 피상속인이 사망하여 상속이 이루어졌다는 우연한 사정에 의하여 그 상속 전후로 그 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부 및 이에 따른 양도소득세율이 달라진다는 것은 형평의 관념에 비추어 현저히 부당하며, 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과의 목적이 부동산 투기 수요를 억제하여 부동산 시장을 안정화하고 투기이익을 환수하는 데에 있으나 상속으로 인한 취득의 경우에는 그러한 투기적 목적이 있다고 보기 어렵고, 상속인은 상속으로 인하여 피상속인의 권리의무를 포괄적으로 당연승계함에 따라 그 토지의 소유권을 취득하는 사정 등을 함께 참작하면, 피상속인이 토지와 지상 건축물을 취득한 후 그 건축물을 철거하여 위 규정의 적용 사유가 발생한 때에는, 피상속인이 그 토지를 양도하기 전에 사망하여 상속인이 이를 상속한 후 양도한 경우에도 피상속인이 양도한 경우와 마찬가지로 위 규정을 적용함이 상당하다.’고 판시하였다.

한편, 대법원 2014. 10. 30. 선고 2012두15371 판결은, ‘구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 후문에서 하나의 자산이 두 가지 이상의 세율에 해당하는 경우는 그 중 가장 높은 것을 적용한다고 한 것은 대상 자산이 하나의 자산임을 전제로 그 자산이 같은 항 각 호에서 정한 세율 중 두 가지 이상의 세율에 해당하는 경우 그 중 가장 높은 것을 적용한다는 의미일 뿐이므로, 한 필지의 토지가 사업용 토지와 비사업용토지로 구분되는 경우에는 사업용 토지 부분과 비사업용 토지 부분을 각각 ‘하나의 자산’으로 보아 각기 다른 세율을 적용하여야 한다.’고 판시하였다.

다. 대상 판결의 의의

대법원은 조세법규의 해석에 관하여, ‘조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.’고 하여 특혜라 할 수 있는 비과세·감면규정의 적용범위를 제한적으로 해석하는 입장을 취하고 있다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

한편, 대법원은 ‘조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다.’라고 판시하여 사안에 따라서는 엄격하게 문언대로 해석하지 않을 수도 있다는 입장을 취하고 있다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등).

대상 판결은 조세법규 엄격해석의 원칙에 따라 문언대로 해석한 판결로서 의미가 있다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세포럼 회장

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