■ 구 조세특례제한법에서 정한 기간 내에 재건축으로 인한 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세가 전액 감면되는지 여부

1. 사실관계와 쟁점

원고는 1999. 10. 15. 이 사건 구 주택을 취득하였다가 재건축이 이루어진 후 청산금을 납부하고 2004. 12. 14. 이 사건 신축주택을 취득하였다. 그 후 원고는 2007. 12. 14. 이 사건 신축주택을 양도하고 양도소득세를 신고납부하였다가 2010. 6. 11. 관할 세무서장에게 이 사건 신축주택은 양도소득세가 전액 감면된다는 이유로 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 세무서장은 이 사건 구 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득은 감면대상이 아니라는 이유로 그에 대한 경정청구를 거부하였다. 이에 원고는 신고납부한 양도소득세 전액의 환급을 구하는 소송을 제기하였다.

이 사건의 쟁점은 재건축의 경우 신축주택(2001. 5. 23. - 2003. 6. 30. 사이에 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택)의 취득일부터 5년 이내에 양도하면 신축주택 소유기간 뿐만 아니라, 구 주택 소유기간 동안 발생한 양도소득까지 양도소득 전체에 대해 양도소득세가 감면되는지 여부이다.

2. 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두12690 판결: 전액 감면됨

대법원은, ‘구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 함)은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다.

따라서 이 사건 특례조항 전단의 감면대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다’고 판시하였다.

3. 대상판결에 대하여

대상판결에 따르면, 구 주택의 소유자가 재건축?재개발에 따라 신축주택을 취득하든, 아니면 주택건설사업자가 건설한 신축주택을 새로이 취득하든 그와 같이 취득한 신축주택을 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하면 구 주택의 소유기간(이 사건에서 1999. 10. 15. - 2004. 12. 13.) 동안 발생한 양도차익에 대해서도 양도소득세를 전액 감면받게 되므로 양도자는 납부할 양도소득세가 없게 된다.

이와 달리 신축주택 취득일부터 5년이 지나 양도하게 되면, 이때는 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 받게 되므로 위 5년을 제외한 나머지 기간 중 발생한 양도소득에 대해서는 양도소득세를 납부할 의무가 있게 된다. 신축주택의 양도시기에 따라 양도소득세 감면범위가 완전히 달라진다.

신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는 구 주택 보유기간 중 발생한 양도소득까지 모두 감면대상이라는 대법원의 해석이 과연 이 사건 특례조항의 입법취지에 부합하는 것인지 의문이 있으나, 실무상 이 사건 특례조항과 관련된 양도소득세는 대상판결의 취지에 따라 처리하게 될 것이다.

따라서 신축주택을 취득하여 취득일부터 5년 이내에 양도하고 양도소득세를 신고납부하였다면, 법정신고기한(양도일이 속하는 해의 다음 해 5. 31.) 다음날부터 3년 이내(2015년부터는 5년으로 연장 예정)에 경정청구를 하여 이미 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.