2011년 한약재 및 약용작물 도소매 전문 회사를 설립한 김 씨(가명), 그는 회사를 설립할 당시 임차했던 본점 건물(1층 판매장, 2층 사무실과 창고, 3층 창고)을 사용하던 중 사업이 번창해 약재 등의 물품을 보관할 장소가 추가로 필요하게 되자 2017년 5월 본점 5m 거리에 창고용도의 건물을 신축하고 과세관청에 취득세를 납부했다.

한편 과세관청은 김 씨의 신축 건물의 부속토지는 ‘본점사무소의 사업용 부동산’으로서 취득세 중과세율을 적용해야 하지만 김 씨는 이를 적용하지 않고 취득세를 신고·납부했다며 2018년 8월 김 씨에서 취득세 등을 부과·고지했다.

생각지도 못했던 과세관청의 처분에 김 씨는 다급히 조세심판원의 문을 두드렸다. 그는 회사의 매출 증대로 본점 외 약재 등의 물품을 보관할 장소가 필요해 본점 인근에 창고를 신축했고, 고객의 주문이 있거나 본점 판매장에 판매를 위해 포장한 제품이 소진되면 신축 창고에 보관하고 있던 대용량 재료를 판매장으로 옮겨와 상품용으로 재포장해 판매를 한 것으로 창고로만 사용했다고 설명했다.

김 씨는 애초부터 창고용도로 설계돼 대표이사나 직원이 상주하며 업무를 볼 공간이 없고, 단순 물품을 저장하는 창고로 사용되며 본점용 건물 내부가 아닌 별개의 장소에 존재하는 만큼 중과대상으로 규정되는 ‘본점사무소의 사업용 부동산’에 해당하지 않아 처분청의 취득세 등의 부과처분은 부당하다고 강조했다.

하지만 과세관청의 입장은 단호했다. 과세관청은 서울행정법원에서 법인이 본점 사무소와 인접한 곳에 취득한 토지를 기타 제품과 폐자재를 보관하는 창고로 사용한 것도 ‘본점 사무소의 부대시설용 부동산’으로 판단한 바 있다고 밝혔다.

또 행정자치부에서는 도소매업을 영위하는 법인이 대도시 내 신축한 건물을 본점 및 본점용 창고로 사용할 경우 본점의 부대시설인 ‘창고’ 또한 취득세 중과세 대상으로 보며, 본점 사무실과 떨어져 있더라도 본점 사무와 관련된 비품 등을 보관하는 창고는 취득세가 중과된다고 해석한 바 있다고 덧붙였다.

과세관청은 ‘본점 사업용 부동산’이라 함은 본점 사무소로 직접 사용하는 부동산은 물론 직접적 업무연관을 갖고 있는 부대시설용 부동산도 포함되는 만큼 업무와 관련된 물품을 보관하는 창고도 본점 사업용 부동산의 부대시설 부동산에 해당하며 반드시 한 건축물 내 존재할 필요는 없다고 반박했다.

특히 김 씨의 경우 본점과 인접한 곳에 부지를 매입해 본점 업무와 밀접하게 관련된 물품(약재 등)을 보관하는 장소로 사용하고 있으므로 본점 사무소의 부대시설인 ‘창고’에 해당해 취득세 등을 중과세한 처분은 정당하다고 강조했다.

김 씨와 과세관청의 주장이 맞선 가운데 조세심판원은 “사실관계를 파악한 결과 신축 창고는 사무설비와는 무관한 약재료 등을 대용량 상태로 비축·보관하다가 필요시 판매장으로 이동해 포장하거나 배송하는 것으로 본점 사무소의 부대시설이라기보다는 판매장의 부대시설로 보는 것이 타당하다”며 “처분청이 신축 창고를 본점 사업용 부동산의 부대시설 부동산으로 보고 취득세 등을 중과한 처분은 잘못됐다”며 김 씨의 손을 들어줬다.

조세심판원은 “처분청은 신축 창고가 본점 사무소의 부대시설로 취득세 중과대상이라는 입장이지만, 현행 지방세법상 중과세율이 적용되는 ‘대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산’이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말한다”며 “대법원은 본점 또는 주사무소의 사무소에 영업장소가 함께 설치되는 경우 탕비실과 창고 등의 부대시설 부분은 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다고 밝힌 바 있다”고 설명했다.

또 “취득세 등이 중과세되는 본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 경영전략 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 경우를 말하며, 본점용 부동산이라 함은 법인의 중추적인 의사결정이 이뤄지는 장소를 뜻하는 만큼 사무용 설비가 없는 신축건물을 취득세 중과세 대상으로 보기 어려워 과세관청의 취득세 중과 처분은 잘못이 있다”고 최종 결정했다.(조심2019지0239)