1. 사실관계

가. 1999. 12.경 설립된 주식회사인 원고는 2010. 12. 15. 임시주주총회의 결의로 정관을 변경하여 임원퇴직금지급기준조항을 신설한 다음 2010. 12. 30. 원고의 임직원에 대한 확정기여형 퇴직연금제도 도업을 결정하고 서울지방노동청 관악지청장에게 신고를 마쳤다.

나. 원고는 2010. 12. 30. 정관상 임원퇴직금 지급기준에 따라 산정한 대표이사 최OO에 대한 퇴직연금 부담금 1,160,000,000원을 퇴직연금사업자인 중소기업은행에 납입하였고, 이를 손금에 산입하여 2010 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

다. 피고 OO지방국세청장은 원고가 최OO에 대한 퇴직연금 부담금으로 납입한 1,160,000,000 원(이하 ‘이 사건 부담금’이라 한다)은 정당한 사유 없이 임원 중 대표이사에 대하여만 「근로자퇴직급여 보장법」의 기준에 따라 산정한 퇴직금 중간정산금액 182,507,733원을 초과하여 977,492,267원(이하 위 977,492,267원을 ‘이 사건 금액’이라 한다)을 과다불입한 것이므로 손금불산입 및 상여처분을 하여야 한다고 보고, 2013. 4. 22. 원고에게 이 사건 금액 외 조사적출액이 포함된 세무조사결과통지를 하였다.

라. 피고 OO세무서장은 이 사건 부담금이 정당한 퇴직급여에 해당되지 아니하고 특수관계자인 대표이사에게 이익을 분여한 부당행위계산부인 대상(구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 기타 이익 분여)에 해당된다는 이유로 2013. 8. 1. 이 사건 금액 및 기타 조사적출액에 관한 부분을 손금불산입하여 원고에게 2010 사업연도 법인세 349,444,290 원(가산세 포함)을 경정 · 고지하였고(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 피고 OO지방국세청장은 같은 날 원고에 대하여 2010 사업연도 귀속소득자 최OO, 소득금액 1,144,668,948 원(이 사건 금액 외에도 가공인건비 99,088,000 원, 가공퇴직급여 68,088,681 원 포함)을 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금산입 시기 및 한도이다.

3. 원심 판결의 요지(서울고등법원 2016. 7. 7. 선고 2015누62349 판결)

원심이 인용한 제1심 판결(서울행정법원 2015. 8. 28. 선고 2014구합71481 판결)의 요지는 아래와 같다.

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가. 이 사건 부담금의 손금산입 시기에 관하여

1) 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제 22035호로 개정되기 전의 것) 제44조의2 제2항, 제3항에 의하면, 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 보험금·신탁금 또는 연금의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 피보험자·수익자 또는 수급자로 하는 보험·신탁 또는 연금의 보험료 등으로서 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금의 부담금은 임원 또는 사용인 중 누구에 대한 것인지를 구분하지 아니하고 당해 사업연도의 소득금액계산시 전액 손금에 산입할 수 있었다.

이후 2010. 2. 18. 개정된 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항은 “제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등( 「근로자퇴직급여 보장법」 제13조에 따른 확정기여형 퇴직연금, 같은 법 제26조에 따른 개인퇴직계좌 및 「과학기술인공제회법」 에 따른 퇴직연금 중 확정기여형 퇴직연금에 해당하는 것을 말한다. 이하 같다)의 보험료등은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 보험료등은 법인이 퇴직 시까지 부담한 보험료등의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 보험료등 중 손금산입한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 보험료등을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.”라고 규정하고 있다.

2) 위와 같이 임원에 대한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금산입 등에 관한 규정은 임원에 대한 확정기여형 퇴직연금 부담금에 대하여도 구 법인세법 시행령 제44조 제4항, 제5항에 따른 임원퇴직급여 손금산입한도를 적용하기 위하여 개정되었다. 이러한 개정 취지 및 문언을 고려하면, 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항은 원칙적으로 임원에 대한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 납부일이 속한 사업연도에 그 부담금 전액을 손금으로 산입하되, ‘퇴직시까지 납부된 부담금의 합계액’을 임원에 대한 퇴직급여로 보아 ‘그 수급자의 퇴직일이 속하는 사업연도’에 손금산입한도를 초과하였는지 여부를 판단하여 손금한도초과액이 있는 경우 퇴직일이 속하는 사업연도에 납입된 확정기여형 퇴직연금 부담금 중 손금한도초과액 상당액을 손금불산입하고, 손금한도초과액이 퇴직일이 속하는 사업연도에 납입된 부담금을 넘는 부분이 있으면 추가로 익금산입하여야 한다고 해석된다.

3) 나아가 이처럼 법인이 임원에게 퇴직급여를 지급하기 위하여 확정기여형 퇴직연금에 가입하여 그 부담금을 지출하는 경우, 그 부담금에 관한 정관 내지 정관의 위임에 의한 퇴직급여지급기준이 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에서 정하는 정관에 해당하는지 여부를 불문하고 그 부담금은 그 납입일이 속한 사업연도에 전액 손금으로 산입한 후 임원이 실제 퇴직하는 날이 속하는 사업연도에 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호에 따라 계산한 금액을 기준으로 임원이 실제 퇴직하는 날이 속하는 사업연도에 법인이 납입한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 합계액이 손금산입한도를 넘는지 여부를 판단하여 그 사업연도에 확정기여형 퇴직연금 부담금 합계액 중 일부를 손금불산입 및 익금산입하도록 한 것이 확정기여형 퇴직연금 부담금 등에 관한 손금불산입을 규정한 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항의 취지라 할 것이다.

따라서 이 사건 임원퇴직금지급기준이 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에서 정하는 정관에 해당하지 아니하는 부당한 것이라는 이유로 이 사건 금액을 그 납입일인 2010. 12. 30.이 속하는 2010 사업연도의 손금에 산입하지 아니한 것은 위법하다.

나. 부당행위계산 해당 여부

1) 구 법인세법 제52조 제1항은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”라고, 제2항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다”라고 각각 규정하고 있다.

그 위임을 받은 구 법인세법 시행령은 제88조에서 ‘부당행위계산부인의 유형 등’을, 제89조에서 ‘시가의 범위 등’을 각각 규정하고 있는데, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에 의하면, 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따라 ‘시가’를 정한다.

한편, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조).

2) 위 법령 규정 및 법리에 비추어 보면, 아래와 같은 이유로 원고의 이 사건 부담금 납입은 부당행위계산에 해당한다고 보기 어렵다.

(1) ① 확정기여형 퇴직연금제도는 회사가 퇴직연금사업자에게 사전에 결정된 일정한 부담금을 납입하면 퇴직연금사업자가 수급자의 퇴직시까지 그 부담금을 운용한 다음 운용수익, 퇴직연금사업자가 취득할 수수료 등을 고려하여 정해지는 금액을 수급자에게 연금 또는 일시금의 형태로 지급하는 것인데, 회사의 상황에 따라 사업연도별로 납입금액을 달리 할 수 있는 점, ② 확정기여형 퇴직연금 부담금은 원칙적으로 그 수급자인 임원이 퇴직하기 전까지는 퇴직연금사업자에게 적립될 뿐 실제로 임원에게 지급되지 아니하는 점, ③ 앞서 본 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서의 입법취지 등을 고려하면, 특정 사업연도에 퇴직연금사업자에게 납입한 부담금의 액수만으로 ‘조세부담을 부당히 감소시킨 경우’에 해당하는지 단정하기 어렵고, 수급자가 퇴직한 날이 속하는 사업연도에 그 때까지 법인이 납입한 부담금의 합계액에 대하여 부당성을 판단하여야 한다고 보아야 한다.

따라서 원고가 퇴직급여의 지급형태를 확정기여형 퇴직연금제도로 변경한 다음 최초로 납입한 이 사건 부담금의 액수만을 놓고 ‘조세 부담을 부당히 감소시킨 경우’에 해당하는지를 판단할 수 없다.

(2) 이 사건 부담금의 납입일인 2010. 12. 30.을 기준으로 산정된 원고의 대표이사 최OO의 퇴직금 중간정산금액과 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호에 따라 산정된 퇴직급여한도액은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 원고가 특수관계자인 최OO 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’ 또는 ‘특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당하지 아니한다(구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호는 정관에 퇴직급여 내지 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 정해지지 아니한 경우 또는 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정이 없는 경우 손금산입되는 퇴직급여의 한도에 관한 계산 규정일 뿐 시가를 정하는 규정으로 볼 수 없다).

또한 피고는 위 두 가지 기준 외에 달리 원고가 2010 사업연도에 수급자를 최OO으로 하여 납부하여야 할 적정 퇴직연금 부담금의 액수를 인정하는 데에 필요한 ‘시가’로 볼 수 있는 구체적·객관적인 기준에 관하여 주장·증명을 추가로 하지 아니하였다.
 

4. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 10. 18. 선고 2016두48256 판결)

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조의2 제2항은 내국법인이 임원 또는 사용인을 위해 지출한 퇴직연금 부담금의 손금산입에 관하여 ‘내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 연금의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 수급자로 하는 연금의 부담금으로서 지출하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.’라고 규정하고 있다.

그리고 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)은 그중 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금산입에 관하여 ‘제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금의 부담금은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 부담금은 법인이 퇴직 시까지 부담한 부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.’라고 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 시행령 제44조 제4항은 “법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하면서, 제1호에서 ‘정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액’을, 제2호에서 ‘제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액’을 각 정하고 있으며, 제44조 제5항은 “제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.”라고 규정하고 있다.

나. 원심은 이 사건 조항을 근거로 삼아 원고가 2010. 12. 30. 대표이사 최OO에 대한 퇴직연금 부담금으로 퇴직연금사업자에 납입한 이 사건 부담금(1,160,000,000원) 중 「근로자퇴직급여 보장법」의 기준에 따라 산정한 퇴직금 중간정산금액을 초과한 이 사건 금액(977,492,267원)을 그 납입일이 속하는 2010 사업연도의 손금에 산입하지 아니할 수 없고, 원고의 이 사건 부담금 납입이 부당행위계산에 해당한다고 보기도 어렵다는 등의 이유로 이 사건 각 처분 중 이 사건 금액에 관한 부분은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 조항의 해석 및 법인세법상 부당행위계산부인 규정 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 

5. 대상 판결에 대하여

퇴직연금제도는 근로자의 노후를 보장하기 위하여 법인이 근로자에게 지급하여야 할 퇴직급여를 퇴직연금보험료로 금융회사 등 퇴직연금사업자에게 맡기고 운용하도록 하여 근로자의 퇴직시 일시금 또는 연금으로 지급하는 제도이다. 「근로자퇴직급여 보장법」은 퇴직급여제도를 확정급여형퇴직연금제도, 확정기여형퇴직연금제도 및 사용자가 계속근로기간 1년에 대하여 30일분 이상의 평균임금을 퇴직금으로 퇴직 근로자에게 지급할 수 있도록 설정한 퇴직금제도로 구분하고 있고, 퇴직연금제도를 확정급여형퇴직연금제도, 확정기여형퇴직연금제도 및 개인형퇴직연금제도로 구분하고 있다. 여기에서 “확정급여형퇴직연금제도”란 근로자가 받을 급여의 수준이 사전에 결정되어 있는 퇴직연금제도를 말하고, “확정기여형퇴직연금제도”란 급여의 지급을 위하여 사용자가 부담하여야 할 부담금의 수준이 사전에 결정되어 있는 퇴직연금제도를 말하며, “개인형퇴직연금제도”란 가입자의 선택에 따라 가입자가 납입한 일시금이나 사용자 또는 가입자가 납입한 부담금을 적립·운용하기 위하여 설정한 퇴직연금제도로서 급여의 수준이나 부담금의 수준이 확정되지 아니한 퇴직연금제도를 말한다(같은 법 제2조 제6호부터 제10호).

2010. 2. 18. 제22035호로 개정된 구 법인세법 시행령 제44조의2는 2019. 7. 1. 대통령령 제29933호로 개정된 현행 법인세법 시행령 제44조의2에서도 동일하게 유지되고 있다. 위 규정에 따르면, 확정기여형 퇴직연금의 부담금은 그 납입일이 속한 사업연도에 전액 손금에 산입하고, 그 후 임원이 실제 퇴직하는 날이 속하는 사업연도에 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호에 따라 계산한 금액을 기준으로 임원이 실제 퇴직하는 날이 속하는 사업연도에 법인이 납입한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 합계액이 손금산입한도를 넘는지 여부를 판단하여 그 사업연도에 확정기여형 퇴직연금 부담금 합계액 중 일부를 손금불산입 및 익금산입하게 된다.

이 사건에서 과세관청은 원고의 임원퇴직금지급기준이 효력이 없다고 판단하여 이에 근거하여 불입한 이 사건 부담금에는 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서를 적용할 수 없고, 무효인 위 기준에 근거하여 원고가 불입한 이 사건 부담금은 특수관계인에 대한 이익의 분여로서 부당행위계산부인 대상이 된다는 이유로 이 사건 각처분을 하였다. 그러나 위에서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항의 문언상 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금 산입 여부, 시기 및 한도는 임원퇴직금지급기준의 효력 유무와는 관련이 없다.

대상 판결은 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금산입 시기 및 한도에 관한 첫 판결이라는 점에서는 의미가 있고, 결론도 타당하다.

다만, 법률심인 대법원은 세법의 해석이 문제되는 대상 판결과 같은 사안에 대해 명확한 법리를 제시해 주어야 할 의무가 있다. 그런데, 대법원이 대상 판결을 상고일로부터 3년이나 지난 시점에 선고하면서 관련 법리에 대한 판단도 하지 않고 관련 법령만 나열한 채 원심 결론을 유지한다는 취지로만 판결한 것은 법률심인 상고심의 의무를 저버린 바람직하지 못한 행위이고, 이 점에서는 선례로서의 의미도 없다. 이 사건에서는 오히려 제1심 법원이 관련 법리를 상세하게 제시하여 대법원의 역할을 대신해 주고 있다. 최근 대법원은 하급심에 동일한 쟁점으로 다수의 조세소송사건이 진행 중임에도 불구하고 그 선행사건에서 명확한 법리를 제시하지 아니한 채 종종 심리불속행 판결을 하고 있다. 이로 인하여 납세의무자와 과세관청 사이에 다수의 분쟁이 계속 이어지게 되는데, 이는 소송당사자에게 불필요하게 소송비용과 시간을 낭비하게 만드는 원인이 된다. 위와 같은 대법원의 태도는 속히 개선될 필요가 있다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세포럼 회장