1. 사실관계

가. 원고는 외교부 소속 전ㆍ현직 공무원을 회원으로 하여 국제정세 연구와 외교에 관한 국민인식 제고 및 민간 외교활동 등을 목적으로 정부로부터 설립허가를 받아 1973. 2. 16. 설립된 비영리 사단법인이다.

나. 원고는 1977.경부터 국고보조금을 지원받아 서울 강남구 역삼동에 재외공무원 자녀들을 위한 기숙사를 운영해 왔다.

1) 당시 원고의 감독기관인 외무부장관은 내무부장관에게 원고가 취득한 위 기숙사 부지 및 건물이 취득세ㆍ재산세 등의 면제 대상에 해당하는지 확인을 요청하였다.

2) 서울특별시 강남구청장 등의 상급기관으로서 지방세 부과ㆍ징수의 지도ㆍ감독 등의 업무를 담당하던 내무부장관은 1977. 11. 28.경 ‘위 기숙사 건물 및 부지는 학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 해당하여 구 지방세법(1981. 12. 31. 법률 제3488호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제184조 제1항 제3호 등에 따라 취득세나 재산세 등의 과세대상이 아니다'라고 회신하였고, 서울특별시장에게도 같은 내용의 공문을 발송하였다.

3) 이에 서울특별시 강남구청장 등은 원고에게 취득세ㆍ재산세 등을 과세하지 않았다.

다. 위 기숙사 건물이 노후화되자 원고는 1996. 2. 2. 서울 서초구 (주소 생략) 대 12,803㎡를 매수하여 같은 해 11. 27. 소유권이전등기를 마쳤고, 1997. 12. 15. 위 토지 지상에 지상 4층, 지하 1층의 기숙사 건물(부속건물 포함, 이하 같다)을 착공하였으며, 2000. 12. 22. 관할관청으로부터 위 건물에 관한 사용승인을 받았다(이하 위 토지와 위 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산'이라고 한다).

1) 외무부장관은 피고에게 앞서 본 바와 같은 이유로 취득세 면제를 요청하였으나, 피고는 1997. 10. 9.경 이 사건 부동산에 대한 지방세 과세예고 통지를 하였다.

2) 그러나 원고와 외무부장관이 피고와 내무부장관에게 ‘이 사건 부동산은 학술연구단체ㆍ장학단체에 해당하는 원고가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이므로 취득세ㆍ재산세 등 면제에 관한 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호에 의하여 취득세 등 지방세가 면제되어야 한다'는 의견을 제출하였다.

3) 이에 대해 내무부장관은 1997. 11. 22.경 외무부장관에게 ‘원고가 학술연구단체와 장학단체이고 원고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라면 위 규정에 의하여 취득세가 면제된다'고 회신하였으며, 그 후 피고는 약 19년 동안 원고에 대하여 이 사건 부동산과 관련한 취득세ㆍ재산세 등을 전혀 부과하지 않았다.

라. 그런데 피고는 2016. 7. 10.부터 2016. 9. 10.까지, 원고 소유의 이 사건 부동산이 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항, 같은 법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27711호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1호에 규정된 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다는 등의 이유를 들어 2012년도분부터 2016년도분까지의 재산세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 신의성실의 원칙 적용시 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지를 판단하는 기준이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 1. 17. 선고 2018두42559 판결)

가. 지방세기본법 제18조에 의하면, 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 직무를 수행하여야 한다. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1985. 4. 23. 선고 84누593 판결, 대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결 등 참조).

그리고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 명시적 또는 묵시적으로 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2007두25060 판결 등 참조).

나. 원심은 다음과 같은 사정 등을 종합하여, 이 사건 처분 가운데 이 사건 부동산 중원고가 다른 단체에 임대한 부분에 대하여 부과된 세액을 초과하는 부분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다고 판단하였다.

1) 피고와 내무부장관은 아래와 같이 원고에게 ‘원고가 재산세 등이 면제되는 학술연구단체ㆍ장학단체에 해당하고, 이 사건 부동산이 원고가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하여 재산세 등이 과세되지 아니한다'는 공적 견해를 명시적 또는 묵시적으로 표명하였다.

① 과세관청은 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전부터 내무부장관으로부터 원고에 대한 지방세 면제에 관한 공문을 송달받아 원고가 당시 소유하고 있던 부동산에 대하여 별달리 과세하지 않았다.

② 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 원고에 대하여 취득세 등 과세예고통지를 하기도 하였으나, 원고와 외무부장관의 구체적인 질의 및 협조 요청에 따른 내무부장관의 회신이 있은 후에는 이 사건 처분에 이르기까지 19년 동안 이 사건 부동산에 대한 재산세ㆍ취득세 등과 관련하여 어떠한 과세처분도 한 적이 없었다.

③ 내무부장관의 위 회신이 원고가 취득세 등 지방세 면제대상에 해당한다는 점에 관하여 판단을 유보한 것이라고 보더라도, 피고는 이처럼 과세예고통지까지 하였음에도 내무부장관의 회신 이후 약 19년 동안 이 사건 부동산에 대한 재산세ㆍ취득세 등을 과세하지 않았으므로, 적어도 위와 같은 취지의 공적 견해를 묵시적으로 표명하였다고 보는 것이 타당하다.

2) 내무부장관 등의 공적인 견해표명을 신뢰하여 1997년 무렵부터 이 사건 부동산을 취득하여 사용해 왔고, 원고가 위 견해표명을 신뢰한 데에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다.

다. 관련 법령의 연혁 및 내용과 함께, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 신의성실의 원칙 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 신의성실의 원칙에서 공적인 견해표명 관련 사례

(1) 과세관청 외의 행정기관의 언동을 공적인 견해표명으로 인정한 사례

(가) 대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결

과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결, 대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 등 참조).

기록에 의하여 살펴보면, (1) 원고는 이 사건 부동산을 취득하기 전에 원고에 대한 감독기관인 건설교통부장관에게 원고가 취득세 등을 면제받는 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제290조 제1항 제18호(나중에 위에서 본 구 지방세법 제288조 제2항으로 개정되었다) 소정의 ‘기술진흥단체'에 해당되는지 여부를 질의하였고, 이에 대하여 건설교통부장관이 1997. 3. 6. 원고에게 원고가 위 기술진흥단체에 해당한다고 회신한 사실, (2) 구 정부조직법(1998. 2. 28. 법률 제5529호로 전문 개정되기 전의 것) 제31조 및 ‘내무부와 그 소속기관 직제(1998. 2. 28. 대통령령 제15715호로 폐지되기 전의 것)’ 제15조에 의한 피고의 상급기관으로서 지방세의 부과ㆍ징수에 관한 지도ㆍ감독과 지방세에 관한 질의 회신 등의 업무를 관장하고 있던 내무부장관 또한, 1997. 4. 22. 원고에게 원고가 ‘기술진흥단체’에 해당되어 지방세법상의 취득세 및 등록세가 면제된다는 취지의 회신을 한 사실, (3) 이에 따라 피고는 원고에게, ① 1997. 10. 24. 서울 ○○구 ○○동238-5 소재 토지에 대한 등록세의 감면확인을 하였고, ② 1997. 12. 26. 서울 ○○구 ○○동238-1 소재 토지에 대한 등록세의 감면확인을 하였으며, ③ 2000. 9. 15. 서울 ○○구 ○○동65-2 소재 토지에 대한 취득세, 등록세의 감면통지를 하는 등 수차례에 걸쳐 원고가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제해 주는 결정을 해 왔던 사실을 알 수 있는바, 그렇다면 피고와 피고의 상급기관인 내무부장관은 원고에게 원고가 취득세 등을 면제받는 구 지방세법 제288조 제2항 소정의 ‘기술진흥단체’에 해당된다는 공적 견해를 구체적이고도 명백하게 표명하였다고 볼 여지가 충분하고, 또한 원고는 위와 같은 피고 및 내무부장관 등의 공적인 견해 표명을 신뢰하고 2002. 9.경 이 사건 부동산을 취득하였으며, 원고측이 위 견해 표명을 신뢰한 데 대하여 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다.

(나) 대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결

1986. 10. 28.자 보건사회부공고 제86-60호 의료취약지 병원설립운영자 신청공고에 따르면 정부지원사항으로 당시 보건사회부장관의 소관인 공중보건의 배치지원 및 세제지원 이외에도 금융지원, 기타 병원건립에 필요한 국·공유지 매각지원 가능 등 보건사회부장관 소관 이외의 사항에 관한 조치내용을 담고 있고, 강원도지사의 관내 군수들에 대한 위 1986. 11. 3.자 지시공문에 의하면 정부시책에 따른 병원을 설립하는 자에게 등록세·취득세 등의 감면조치를 위한 조례의 개정지시가 내무부와 협조된 사항임을 밝히고 있어, 적어도 지방세 감면에 관한 보건사회부장관의 견해표명이 그 독자의 판단에 의한 것이 아니라는 점을 엿볼 수 있고, 한편 위 견해표명 당시의 지방자치법(1988. 4. 6. 법률 제4004호로 전문 개정된 것) 부칙 제4조에 의하면 "이 법에 의한 지방의회가 구성될 때까지 이 법 중 지방의회의 의결을 요하는 사항은 시·도에 있어서는 내무부장관의, 시·군 및 자치구에 있어서는 시·도지사의 승인을 얻어 시행한다.”고 규정하여 지방의회의 조례제정에 관한 권한을 내무부장관 또는 시·도지사가 일시적으로 대신하고 있었던 사정을 알 수 있는바, 위 내무부장관이나 시·도지사가 도 또는 시·군에 대하여 지방세 감면조례제정을 지시하여 그에 대한 승인의 의사를 미리 표명한 것이라면, 보건사회부장관에 의하여 이루어진 지방세 비과세의 견해표명은 이를 당해 과세관청의 그것과 마찬가지로 볼 여지가 충분하다고 할 것이고, 또한 납세자로서는 위와 같은 정부의 일정한 절차를 거친 공고에 대하여서는 보다 고도의 신뢰를 갖는 것이 일반적이라고 할 것이다.

한편 국세인 재산세할 교육세에 관하여 보건대, 보건사회부장관의 공고 내용에 비록 교육세가 비과세 대상으로 명시적으로 적시되지는 아니하였으나 정부의 의료취약지 병원설립운영자에 대한 조세지원의 취지에 비추어 보면 "각종 지방세”에 관한 비과세의 견해표명 내용에는 그에 따르게 되는 교육세에 관한 비과세의 취지도 포함되었다고 봄이 상당할 것이다.

(다) 대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결

이 사건에서 원고는 피고 관악구청장의 지시에 따라 그 소속직원이 적극적으로 나서서 취득세 면제를 제의함에 따라 그 약속을 그대로 믿고 관악구에 대하여 그 소유 부동산에 대한 매각의사를 결정하게 된 것임이 분명한 바, 피고 구청장은 지방세법 제4조 및 서울특별시세조례 제6조 제1항의 규정에 의하여 서울특별시세인 취득세에 대한 부과징수권을 위임받아 처리하는 과세관청의 지위에 있으므로 이 사건 부동산 매매계약을 체결함에 있어 표명된 취득세 면제약속은 과세관청의 지위에서 이루어진 것이라고 볼 여지가 충분하고, 또한 위 직원이 비록 총무과에 소속되어 있다고 하더라도 그가 한 언동은 피고 구청장의 지시에 의한 것으로 이 역시 과세관청의 견해표명으로 못 볼 바도 아니다.

한편, 원심에서 설시한 서울특별시의 조례 제1조는 국가 또는 서울특별시가 시행하는 공공사업만을 대상으로 하고 있으므로 서울특별시의 하위 지방자치단체인 자치구의 경우는 그 적용이 없음에도 불구하고, 과세관청인 피고 구청장조차 해석상의 오류를 범하여 법령에 근거 없는 위와 같은 면제약속을 하게 된 사정에 비추어, 원고가 이 사건에서 취득세 면제에 대한 조례규정을 정확히 알아차리지 못하였다고 하여 그에게 어떠한 귀책사유가 있다고 단정하기 어렵다. 더구나 이 사건 사실관계의 특성에 비추어 보면, 원고가 설사 민사소송절차에 의하여 그 권리구제가 가능하다고 하더라도 이 사건 조세소송절차에서 그 신뢰가 보호받지 못한다면 조세법에서의 신의성실원칙을 명문화하고 있는 지방세법 제65조 및 국세기본법 제15조의 취지에 어긋나는 것으로 심히 정의에 반하는 결과가 된다고 하지 아니할 수 없다.

(2) 과세관청 외의 행정기관의 언동을 공적인 견해표명으로 보지 않은 사례

대법원 1997. 11. 28. 선고 96누11495 판결은 ‘원심은, 컨테이너 항로가 개설되어 있지 아니하여 컨테이너 화물을 취급하지 못하던 울산항에 1992. 8. 28.부터 컨테이너선이 취항하게 되자, 소외 울산지방해운항만청장은 같은 달 22. 울산상공회의소와 원고들을 포함한 수출입업체에 컨테이너선의 취항사실을 알리면서 울산항을 이용하여 컨테이너를 수출입하는 경우 항만시설이용료가 50% 감면될 뿐만 아니라 지역개발세의 부담도 없다는 취지의 안내공문을 발송한 사실 및 울산지방해운항만청장이 위와 같은 안내공문을 발송함에 있어 지역개발세의 과세관청인 피고나 경상남도지사로부터 동의를 받거나 그에 관하여 협의를 한 바가 전혀 없는 사실을 인정한 다음, 국가기관인 울산지방해운항만청장이 도세인 지역개발세의 과세관청이나 그 상급관청과 아무런 상의 없이 이를 면제한다는 취지의 공적인 견해를 표명하였다고 하더라도 이로써 지역개발세 면제에 관한 과세관청의 견해표명이 있었다거나, 그와 마찬가지로 볼 수는 없다고 판단하였는바, 기록과 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하다.’고 판시하였다.

나. 대상 판결의 의의

대법원은 ‘신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙의 적용에 있어서 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다’는 입장을 취해 왔고, 대상 판결은 이를 다시 한번 확인해 준 의미가 있다.

위 가.항에서 본 바와 같이 과세관청 외의 행정기관의 언동을 비과세 또는 면제에 관한 공적인 견해표명으로 인정하기 위해서는 그러한 행정기관이 과세관청과 직무상 상하관계에 있거나 과세관청과 사전에 과세 여부에 대하여 협의 등을 행하였을 것을 요하고, 그렇지 아니한 경우에는 과세관청 외의 행정기관의 언동을 비과세 또는 면제에 관한 공적인 견해표명으로 인정받기 어렵다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세포럼 회장