1. 사실관계

가. 의료법인 A재단은 의료법 제48조에 따라 의료업을 목적으로 설립되었는데, 이 사건 부동산을 소유하면서 이를 자신이 운영하는 OO병원의 의료시설 및 부대시설로 사용하고 있었다.

나. A재단은 2012. 5. 25. OO유한회사로부터 1,300억 원을 대출받았고, OO유한회사는 위 대출금의 재원을 마련하기 위하여 같은 날 원고로부터 800억 원을 대출받았으며, A재단은 같은 날 원고와 사이에, OO유한회사의 위 대출채무 이행을 담보하기 위하여 이 사건 부동산에 관하여 위탁자를 A재단으로 하는 내용의 부동산 담보신탁계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다).

다. 이 사건 신탁계약 제10조 제1항에 의하면, 위탁자인 A재단이 이 사건 부동산을 사실상 계속 점유·사용하고, 이 사건 부동산에 대한 보존·유지·수선 등 실질적인 관리행위와 이에 소요되는 일체의 비용을 부담하도록 되어 있다.

라. 원고는 이 사건 신탁계약에 따라 2012. 5. 29. 이 사건 부동산에 관하여 2012. 5. 25. 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 그 이후에도 A재단은 이 사건 부동산을 자신이 운용하는 OO병원의 의료시설 및 그 부대시설로 사용하였다.

마. 피고는 2016. 9. 19. 원고에게 이 사건 부동산에 관한 2014년도 및 2015년도 재산세를 부과하면서 의료법인에게 재산세를 면제하는 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것과 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)을 적용하지 아니하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 신탁재산을 위탁자가 계속 점유·사용한 경우 위탁자와 수탁자 중 누구를 ‘직접 사용’한 자로 볼 것인지이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 10. 31. 선고 2018두59427 판결)

원심은, 신탁법에 의한 신탁으로 수탁자에게 이전된 부동산에 대하여 이 사건 특례규정이 적용되는지 여부는 재산세 납세의무자인 수탁자를 기준으로 판단하여야 함을 전제로, 이 사건 부동산에 대한 재산세 납세의무자인 원고가 이 사건 특례규정의 의료법인에 해당하지 않으므로 원고에게 이 사건 특례규정이 적용되지 아니한다고 판단하였다.

관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고 거기에 상요이유 주장과 같은 부동산 담보신탁 및 이 사건 특례규정의 재산세 감면요건에 관한 법리를 오해한 위법인 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 지방세관계법상 “직접 사용”의 의미

종전에 지방세법이나 조례 등 비과세 및 감면 규정에서 추징사유에 규정되었던 ‘직접 사용’의 의미는 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 소유자가 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다는 것이 판례의 입장이었다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두15039 판결, 대법원 1984. 7. 24. 선고 84누297 판결 등).

그러나 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호는 “‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”고 규정하였다. 따라서 위 개정법률이 시행된 2014. 1. 1. 이후로는 부동산의 소유자인 비영리사업자가 사용하는 경우에만 “직접 사용”으로 되고, 임대 또는 위탁의 방법으로 사용하는 경우에는 “직접 사용” 요건을 충족하지 못하는 것으로 되었다.

나. ‘고유목적사업에 직접 사용’ 관련 사례

(1) 학교법인이 산하 대학교 총장의 관사로 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 실제로 총장이 그곳에 거주하면서 각종 업무를 보고 있는 경우, 학교법인이 위 부동산을 그 목적사업에 직접 사용하는 경우에 해당한다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결).

(2) 학교법인이 그가 경영하는 고등학교의 다목적 강당 겸 특별활동시설의 신축부지로 사용하기 위하여 부동산을 매수·인도받아 그 부동산에 이미 있던 지상건물을 철거할 때까지 이를 학교의 특별활동교실, 야간경비를 위한 관리인의 숙소와 책걸상의 보수 등을 위한 작업실 및 그 부지로 사용한 이상 이는 그 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 한편, 취득일로부터 1년이 지날 동안 그에 대한 이전등기가 지연되었으며, 최초의 강당건축계획을 확대수정함에 따라 추가예산확보 등의 사유로 위 부동산 취득 후 착공에 필요한 절차를 즉시 또는 일괄하여 밟지 아니하고 시차를 두어 절차가 진행되었더라도 강당부지의 취득으로부터 그 착공에 이르기까지의 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 위 학교법인이 일련의 필요절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나간 것으로 봄이 상당하여 위 부동산을 그 목적사업에 직접 사용한 것이거나 또는 그 취득일로부터 1년 이내에 원래의 목적인 강당신축에 나아가지 못한 데 정당한 사유가 있다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결).

(3) 향교재단이 토지를 출연받아 재단의 기본재산으로 하였음에도 위 토지를 현실적으로 제사 등의 목적사업에 직접 사용하지 하지 않은 이상 향교관리인으로 하여금 문묘의 관리·보전, 석전대제 봉행의 준비 등 향교를 관리하는 일을 하게 하고 그 대가로 위 토지를 무상으로 경작하도록 한 사정만으로는 향교재단이 위 토지를 그 사업에 사용한 것으로 볼 수 없다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결).

(4) 교회의 담임목사는 교회가 그 목적사업을 수행함에 있어서 필요불가결한 중추적 존재라 할 것이므로 어떤 건물을 담임목사의 유일한 주택으로 사용함은 교회의 목적사업에 직접 사용하는 것과 다름이 없으며, 이건 건물이 교회의 경내에 있지 아니하고 떨어져 있다고 하여 달리 볼 것이 아니다(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누298 판결).

(5) 교회의 부목사, 강도사, 전도사 등은 모두 교회의 목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 존재라 할 수 없으므로, 그들의 주거용으로 사용한 아파트는 교회의 목적사업에 직접 사용하는 것이라고 단정할 수 없어 재산세비과세대상에서 제외된다(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누824 판결).

수천, 수만 명의 교인들이 모이는 대형교회에서는 담임목사 혼자서는 목사로서의 제반 업무를 수행하면서 교회를 유지․발전시킨다는 것이 거의 불가능한 실정이고, 이러한 대형교회에서의 부목사는 종교사업에 필요불가결한 존재라고 인정하지 않을 수 없다는 이유로 부목사의 사택으로 사용하는 주택도 취득세비과세대상에 해당된다고 한 사례가 있다(부산고등법원 2009. 2. 6. 선고 2008누2705 판결).

(6) 천주교회의 주임신부에서 은퇴한 신부는 사목활동을 계속하고 있다고 하더라도 그것이 직무의 성격을 갖는다고 보기 어려우므로 종교법인의 종교활동에 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 할 수 없고, 따라서 은퇴한 신부의 사택용으로 사용하는 아파트는 ‘그 사업에 직접 사용하는 부동산’이라고 할 수 없어 취득세, 등록세 비과세대상에 해당하지 않는다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결).

(7) 비영리사업자가 구성원에게 사택이나 숙소를 제공한 경우 사택이나 숙소의 제공이 단지 구성원에 대한 편의를 도모하기 위한 것이거나 그곳에 체류하는 것이 직무 수행과 크게 관련되지 않는다면 그 사택이나 숙소는 비영리사업자의 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 없지만, 그 구성원이 비영리사업자의 사업 활동에 필요불가결한 존재이고 사택이나 숙소에 체류하는 것이 직무 수행의 성격도 겸비한다면 해당 사택이나 숙소는 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다. 이 사건에서 ① 원고가 OO성당에 OO수녀회 소속 수녀들을 파견받아 주임사제의 사목활동을 보좌하는 직책 등을 수행하도록 한 것은 종교사업 지원의 일환으로 이루어지는 것이어서 원고의 사업에 해당하는 점, ② 원고와 같은 종교단체는 성직자 등의 인적 구성원에 의하여 주로 기능하게 되므로, OO성당에 대한 종교사업 지원 역시 원고가 주임사제의 사목활동 보좌를 위하여 수녀들을 파견하는 등의 방법으로 수행하게 되고, 따라서 위와 같이 성당에 파견되어 종교활동을 직접 담당하는 수녀들은 원고의 원활한 사업수행에 필요불가결한 존재인 점, ③ 파견된 수녀들의 숙소로 제공된 이 아파트는 그곳에서 지역 교우들을 위한 기도모임이나 교리교육, 미사 등의 종교의식이 이루어지는 등 수녀들의 공동 수도생활 및 전도생활의 공간으로 사용되는 점 등을 종합하면, 이 아파트는 원고의 목적사업에 직접 사용되는 부동산으로서 구 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서의 취득세 추징대상에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두557 판결).

(8) 원고 법인이 설치, 경영하는 병원의 구성원으로서 필요불가결한 존재인 간호사와 일반 사무직원들의 기숙사로 사용하고자 아파트를 취득하여 그 용도로 사용하고 있는 이상, 그 아파트가 병원건물과 동일한 구내에 있지 아니하고 1.5km 정도 떨어져 있다고 하여도 원고 법인의 목적사업에 직접 사용하는 재산으로 볼 것이므로, 이는 구 지방세법 제107조 제1호 소정의 취득세 비과세대상에 해당된다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누7351 판결).

(9) 대법원은 지역농업협동조합인 원고가 미곡종합처리장의 용도로 사용하기 위하여 건물을 신축하여 2011. 1. 24. 사용승인을 받고 그에 따른 취득세 등을 면제받은 후 당초 용도대로 사용하다가 그때부터 2년 이내인 2011. 12. 31. 위 건물을 조합공동사업법인인 OO남부농협쌀조합공동사업법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)에 현물출자한 다음, 그 이후에도 위 건물을 계속하여 회원인 원고 등 지역농업협동조합들을 위한 미곡종합처리장으로 계속 사용한 사안에서, ‘농업협동조합이 어느 부동산을 ‘고유업무에 직접 사용'한다고 함은 농업협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 농업협동조합의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다.

그리고 이 사건 면제조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 이 사건 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 한다.

원심이 인정한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 위 건물을 이 사건 법인에 현물출자하여 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 위 건물이 원고의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 원고가 위 건물을 그 사용일부터 2년 이내에 현물출자한 이상 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하고, 이 사건 법인이 이 사건 면제조항에서 정한 취득세 면제대상 법인에 해당한다거나 위 건물이 이 사건 법인에 현물출자된 이후에도 미곡종합처리장의 용도로 사용되고 있다고 하여 달리 보기는 어렵다.’고 판시하였다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두43097 판결).

다. 대상 판결의 의의

2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에서 “‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”고 규정한 이후로 지방세특례제한법상 “직접 사용”은 해당 부동산의 소유자가 직접 해당 용도에 사용하는 것만을 의미하고, 동일한 용도로 사용되더라도 제3자에게 임대 또는 위탁하는 경우에는 더 이상 “직접 사용”에 해당되지 아니한다. 대상 판결은 이러한 점을 확인해 준 판결이고, 비과세·감면의 취지가 특정용도로 사용되는 재산에 대한 지원이 아니라 특정 비영리법인을 지원하기 위한 데에 있는 것이라면 대상 판결과 같이 해석하는 것이 타당하다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세포럼 회장