1. 사실관계

가. 피고는 2007년경 원고가 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입한, 잎담배를 잘게 자른 각초(刻草)의 과세가격 적정 여부에 관하여 조사(이하 ‘제1차 조사’라고 한다)한 후, 2008. 3. 13. 그 결과를 기업심사결과통지서에 기재하여 원고에게 통지하였다. 위 기업심사결과통지서에는 크게 세 가지 사항에 대한 내용과 그에 대한 조치사항이 기재되어 있었는데, 그중 하나는 제1차 조사 대상 기간에 수입된 각초의 과세가격 결정과 관련하여 일부 각초 수입건의 가산금액을 신고에서 누락하였다는 것이었고, 그에 대하여는 서울세관장이 2003년 조사결과통지 당시 적용하였던 구 관세법 제35조의 ‘합리적 기준에 의한 과세가격의 결정’ 방법과 그 가산비율을 그대로 유지한다는 취지가 기재되어 있었다. 한편, 위 기업심사결과통지서가 첨부된 피고의 공문에는 ‘원고가 지급하는 상표권 사용료 및 동 사용료와 이전가격의 관계에 대하여는 추가자료 요청 등이 있을 수 있다’고 기재되어 있었다.

나. 이후 원고는 위 각초의 과세가격 가산금액 누락 부분에 관해서 수정신고를 하였고, 피고는 원고가 수정신고하지 않은 다른 사항과 관련하여 2008. 4. 17. 과세처분하였다.

다. 제1차 조사결과 통지 시점으로부터 약 1년 4개월이 지난 2009. 8. 10. 피고는 원고에게 “과세가격 심사 질문서 및 자료제출 요구”라는 문서로, ‘원고의 수출입통관 적정성 여부에 대하여 기획심사를 진행하고 있다’고 밝히면서, 원고가 스위스국 법인 PMPSA에 지급하는 로열티가 수입물품의 거래가격에 영향을 미쳤는지와 관련하여 ‘2007. 8. 1. 이후 로열티 계산내역 및 외환지급 관련 전표, 2005년 이후 각 담배종류별 판매수량 및 판매금액에 관한 자료, 2005년 이후부터 현재까지 연도별 제조원가명세서’를 제출하라고 요구하였고, ‘2004년 라이선스 계약을 변경하여 로열티율을 인상하게 된 사유, 2001년 계약 시 매출액 대비 로열티 비율이 브랜드별로 동등했다가 2004년 상이하게 변경된 사유 등’에 관하여 질문하였으며, ‘위 질문에 대한 답변의 근거자료, PMPSA가 다른 특수관계자와 맺은 로열티 계약서, 원고의 모회사 및 그 계열회사들의 로열티 산정과 관련한 기본원칙에 관한 자료 등’을 제출하도록 요구하였다. 원고는 2009. 8. 27.경 일부 자료를 제출한 후 2009. 9. 11.경 피고의 질문에 대하여 개별적․구체적으로 답변하면서 피고가 요구한 자료를 제출하였다.

피고는 2009. 12. 9. 원고에게 “로열티 산정내역 등 추가자료제출 요청”이라는 문서로, ‘수입물품의 과세가격을 검토하고자 한다’고 밝히면서, ‘원고가 특수관계자에게 지급하였거나 지급하고 있는 로열티, 전문용역비 등 지급내역이 직․간접적으로 수출자에게 귀속되는 것이 아니라는 증명자료가 있을 경우 이를 제출하고, 2008년 이후 관계사에 지급한 전문용역비 등 지급내역에 대한 자료를 제출하며, 2007년 조사 당시 피고가 인지하고 있던 용역계약이 종결되었다면 그 사유에 관해 설명하고 근거자료를 제출하라’고 요구하였다.

라. 피고는 2010. 8. 31. 원고에게 “기업심사 관련 업무협조 요청”이라는 문서를 보냈는데, 위 문서에는 ‘기존 심사결과 통지에서 언급한 바와 같이, 원고가 관계사에 지급하고 있는 로열티와 수입물품의 관련성 및 거래조건에 대해 심사 중이다. 그 내역과 관련하여 피고의 입장과 검토내역에 대한 원고의 의견을 청취하기 위해 피고의 기획심사 팀장 등 소속 직원이 2010. 9. 3. 원고를 방문하고자 한다’는 내용이 기재되어 있었다. 피고 소속 세관공무원은 2010. 9. 3. 원고의 사업장을 방문하였다.

피고 소속 세관공무원이 원고를 방문한 후 원고는 2010. 9. 28. 답변서를 제출하였고, 이에 대해 피고는 2010. 10. 14. “추가답변서 제출에 따른 질문서 송부”라는 문서로, 추가 질문에 대한 답변과 소명자료 제출을 요구하였다. 당시 답변 내지 소명자료 제출을 요구한 사항은 ‘담배완제품 및 반제품의 물품 가격에 로열티가 포함되는지 여부에 대한 이전가격원칙을 제출하고, 원고가 지불하는 로열티에 대하여 수입거래조건과 국내마케팅 조건이라는 상반된 입장을 설명하며, 원고가 2009. 9. 11. 제출한 자료에 사용된 관련 자료 및 계약서 등을 제출하고, 원고가 2009. 9. 11.에 한 주장과 2010. 9. 28.에 한 주장이 상반된 이유를 제시하며, 연구개발비용을 PMPSA가 부담할 뿐 계열회사 등으로부터 회수하지 않는다는 점에 대한 객관적인 논증을 제출하고, 원고가 2007. 11. 19. 제시한 각국의 법원 판결사례를 제출하며, 원고가 각초 수입과 관련하여 체결한 공급계약은 어느 가격정책에 해당하고 가격결정 방법은 무엇인지 관련자료를 제출하라’는 것이었다. 원고는 2010. 11. 12.경 ‘추가 질문서에 대한 답변 송부’라는 문서로 위 질문 사항에 대하여 답변하였다.

마. 피고는, 수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 각초를 공급한 실적에 대한 사실관계 및 거래조건을 확인하기 위하여 원고에게 ‘제3자 공급가격 및 공급물량 등의 자료’를 구두로 요청하였다가, 2011. 3. 7. “자료제출요구”라는 문서로, ‘원고가 PMPSA에 지급하는 로열티가 관세법 제30조의 과세가격 결정 기준에 따라 과세가격에 해당하는지 검토 중에 있다’고 밝히고, ‘수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 판매한 브랜드별 거래 기간 및 판매물량, 수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 판매한 각초의 브랜드별 레시피·품질·가격 등이 원고가 수입한 각초와 동일한지, 만일 동일하지 않다면 그 차이와 사유가 무엇인지, 수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 판매하면서 상표사용을 허용하지 아니한 경우 이외에 사용․처분에 제한조건이 있었는지, 있었다면 그 내용은 무엇인지’ 등에 관한 근거자료를 2011. 3. 11.까지 제출하도록 요구하면서, ‘기한 내에 제출하지 않는 자료는 심사자료로 사용이 제한될 수 있다’고 하였다.

바. 피고는 2011. 3. 15. 원고에게 “심사 관련 업체 방문 협조요청”이라는 문서를 보냈는데, 위 문서에는 ‘원고가 수입하는 물품에 대하여 기업심사 중이고, 심사와 관련하여 2011. 3. 16. 원고의 ○○공장을 방문할 예정이다’라는 내용이 기재되어 있고, 방문자는 ‘심사처분 심의위원단’, 방문목적은 ‘수입물품 및 2차 물품의 제조공정 확인 등’이라고 기재되어 있었다. 피고 소속 세관공무원이 포함된 심사처분 심의위원단은 위 문서 송부일 다음 날인 2011. 3. 16. ○○시에 있는 원고의 담배 제조공장을 방문하였다.

사. 피고는 2011. 3. 29. 원고에게 기업심사결과통지서를 송부하였는데, 위 통지서에는 조사대상 기간이 ‘2006. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지’로 기재되어 있었고, 위 통지서의 적출 내역에는 ‘원고가 지급한 로열티와 관련하여 추가심사를 하였는데, 관세법 제30조를 적용하여 원고가 2006년 및 2007년 수입한 각초의 과세가격에 원고가 PMPSA에 지급한 로열티를 가산한다’는 취지가 기재되어 있었다.

아. 피고는, 원고가 2006. 4. 6.부터 2007. 12. 28.까지 PMPSA 등으로부터 수입한 각초의 거래가격에 원고가 PMPSA에 지급한 권리사용료 중 일부를 가산하여, 2011. 3. 29.부터 2011. 11. 1.까지 네 차례에 걸쳐 원고에게 관세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 세관공무원이 어느 수입물품의 과세가격에 대하여 조사한 경우에 다시 동일한 수입물품의 과세가격에 대하여 조사를 하는 것은 금지되는 재조사에 해당되는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2020. 2. 13. 선고 2015두745 판결)

가. 구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조에 의하면, 세관공무원은 예외적인 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사를 받은 자에 대하여 재조사를 할 수 없다. 나아가 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

이때 세관공무원의 조사행위가 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하며, 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사․확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접․간접의 자료를 검사․조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘조사’로 보아야 한다.

한편 세관공무원이 어느 수입물품의 과세가격에 대하여 조사한 경우에 다시 동일한 수입물품의 과세가격에 대하여 조사를 하는 것은 특별한 사정이 없는 한 구 관세법 제111조에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세관공무원이 동일한 사안에 대하여 당초 조사한 과세가격 결정방법이 아닌 다른 과세가격 결정방법을 조사하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

나. 위와 같은 사실관계와 더불어 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고 소속 세관공무원이 2009년 8월경부터 2011년 3월경까지 한 일련의 조사행위는 구 관세법 제111조에 의하여 금지되는 재조사에 해당한다고 봄이 타당하다.

1) 다음과 같은 점들을 종합하면, 피고가 2009년 8월경부터 2011년 3월경까지 한 일련의 조사행위는 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’(이하 ‘제2차 조사’라고 한다)에 해당한다.

가) 피고는 2007년경 제1차 조사를 하고 2008년 3월경 그 결과를 통지하였을 뿐 아니라, 원고는 그 결과에 따라 누락되었다는 각초의 가산금액에 관하여 수정신고까지 하였는데, 피고는 위 조사결과 통지가 이루어진 때로부터 약 1년 4개월 이상이 지난 2009년 8월경 다시 자료제출요청을 시작한 이래, 2011년 3월경까지 1년 6개월이 넘는 기간 동안 수차례 자료제출을 요청하면서 각초의 과세가격과 관련한 여러 사항들에 대해 질문하고 답변을 요구하였다.

나) 피고는 각초의 과세가격과 관련한 여러 사항에 대해 구체적․개별적으로 질문하면서 그에 관한 상세한 자료를 제출하도록 요구하였는데, 그러한 질문에 대한 답변과 피고가 요구한 자료에는 원고나 원고의 모회사 등 관계회사들의 영업비밀과 밀접하게 관련된 것들이 포함되어 있었고, 원고가 답변하고 자료를 준비하여 제출하는 과정에 상당한 노력이 필요했던 것으로 보인다. 또한 피고는 원고의 답변을 종전의 답변과 대조하면서 그 답변이 상반된다고 지적하고 그 이유를 추궁하기도 하였고, 기한을 정하여 자료제출을 요구하면서 정해진 기한까지 자료를 제출하지 않으면 조사자료로 사용되지 않을 수 있다고 독촉하기도 하였다.

다) 한편, 피고는 서면으로 자료를 제출하도록 요구하거나 질문을 하면서, 원고가 지급한 권리사용료와 관련하여 각초의 과세가격에 관하여 조사 중이라는 취지를 스스로 밝혔다.

라) 피고 소속 세관공무원은 두 차례에 걸쳐 원고의 사업장과 공장을 방문하였는데, 피고 소속 세관공무원은 2010. 9. 3. 원고의 사업장을 방문한 시점을 전후하여 원고에게 수차례 서면으로 질문하고 자료제출을 요구하여 원고로부터 그에 대한 답변과 자료를 제출받은 점, 2010. 9. 28.에는 원고가 위 방문 당시 피고 소속 세관공무원이 밝힌 입장에 대한 답변서를 제출한 점, 피고 소속 세관공무원의 조사행위는 2011. 3. 7.경까지 이어지다가 2011. 3. 16. 피고 소속 세관공무원이 포함된 심사처분 심의위원단이 원고의 담배 제조공장을 방문하여 제조공정을 확인한 점, 이러한 일련의 행위에 기하여 2011. 3. 29.경부터 2011. 11. 1.경까지 이 사건 처분이 이루어진 점 등을 고려하면, 피고 소속 세관공무원의 각 방문행위도 전체적으로 위와 같은 일련의 행위와 함께 재조사금지 규정에서 말하는 ‘조사’를 구성하는 것으로 볼 수 있다.

2) 피고가 2007년경 실시한 제1차 조사의 대상은 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입된 각초의 과세가격이었고, 피고가 2009년부터 2011년까지 실시한 제2차 조사의 대상은 2006. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입된 각초의 과세가격이었다. 이처럼 제2차 조사의 대상은 제1차 조사에서 이미 조사의 대상으로 삼았던 것이었고, 2006. 4. 6.부터 2007. 12. 28.까지 수입된 각초에 대하여 이루어진 이 사건 처분은 이러한 제2차 조사에 기하여 이루어졌다.

구 관세법은 수입물품의 과세가격 결정에 관하여 제30조 내지 제35조에서 여섯 가지 결정방법을 규정하면서, 원칙적으로 제30조에 따라 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격을 기초로 과세가격을 결정하고 제30조의 규정에 의한 방법으로 결정할 수 없는 때에 한하여 제31조 내지 제35조를 순차적으로 적용하여 결정하도록 하고 있는데, 피고가 과세가격을 결정하면서 제1차 조사결과 구 관세법 제30조가 아닌 제35조를 적용하였다가 제2차 조사결과 구 관세법 제30조를 적용하였더라도, 위 각 조사는 모두 동일한 각초의 과세가격 결정에 관한 것으로서, 그 대상이 동일하다고 보아야 한다.

3) 제1차 조사결과를 기재한 2008. 3. 13.자 기업심사결과통지서가 첨부된 공문에 ‘상표권 사용료 및 상표권 사용료와 이전가격의 관계에 대하여 추가자료 요청 등이 있을 수 있다’고 기재되어 있더라도, 이러한 기재를 하였다는 이유만으로 원칙적으로 금지되는 재조사가 아무런 제한 없이 허용된다고 할 수 없다.

다. 결국 피고 소속 세관공무원의 제2차 조사는 구 관세법 제111조에 의하여 금지되는 재조사에 해당하고, 이러한 제2차 조사에 기하여 이루어진 이 사건 처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다. 그럼에도 원심은, 제1차 조사의 대상에는 각초의 실제 지급가격에 권리사용료를 가산할 것인지 여부가 포함되어 있지 않았는데 제2차 조사의 대상은 위 사항에 국한되었으므로 두 조사는 그 대상이 실질적으로 다르고, 피고가 제1차 조사결과를 통지하면서 권리사용료에 관한 조사를 추가로 진행할 예정이라고 밝혔다는 등의 이유를 들어, 이 사건 처분이 재조사의 결과를 토대로 이루어진 것이라고 볼 수 없다고 판단하고, 이 사건 처분이 재조사금지의 원칙에 반하여 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 관세법 제111조에서 정한 재조사금지 원칙에 대한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 재조사(또는 중복조사) 금지 관련 규정의 내용

국세기본법은 아래와 같이 중복세무조사를 원칙적으로 금지하되, 정당한 과세권의 행사를 위하여 예외적으로 재조사를 허용하고 있다.

국세기본법 제81조의4

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

같은 법 시행령 제63조의2법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

나. 세무조사 관련 최근 판례의 동향

아래에서 보는 바와 같이 최근 대법원은 과세관청이 세무조사를 실시함에 있어서는 세무조사대상자의 선정부터 세무조사 진행과정(중복조사 여부) 및 세무조사를 종료한 후 세무조사결과통지를 할 때까지 법령에서 정한 모든 절차를 엄격하게 준수할 것을 요구하는 취지의 판결을 계속해 오고 있고, 재조사는 엄격한 요건 하에 매우 예외적으로 인정하고 있다.(1) 세무조사대상자 선정과 관련한 대법원 판결대법원은, ① ‘구 국세기본법 제81조의5가 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의5와 제81조의3 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 과세처분은 위법하다’고 판결하였다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결).

또한 대법원은, ② ‘국세기본법은 제81조의4 제1항에서 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다). 이 사건 조항은 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는데, 이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다.

따라서 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 그 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고 이러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다고 보아야 한다’라고 판시(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결)함으로써 세무공무원이 사적 분쟁해결방편으로 세무조사를 실시한 경우 그러한 부정한 목적을 위하여 행하여진 세무조사에 따른 과세처분도 위법하다는 입장이다.

(2) 세무조사 진행과정(중복조사 여부)과 관련한 대법원 판결대법원은, ① ‘중복조사가 허용되는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에 정한 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과·징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다’고 판시하였고(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두43257 판결), ② 구 국세기본법(2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제81조의3에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하고, 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어려우며(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결), ③ 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 판시하였고(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결), ④ 지방국세청이 甲 주식회사에 대하여 세무조사를 실시한 결과 甲 회사의 주주명부가 허위로 조작된 것이 아니라고 보았고, 이에 따라 과세관청이 甲 회사의 대주주 겸 회장 乙의 아들 丙 등에 대한 주식의 증여에 대하여 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 증여세를 부과하지 않았는데, 그 후 지방국세청이 감사원의‘감사결과 처분요구’에 따라 甲 회사에 대하여 세무조사를 재차 실시한 결과 위 주주명부가 허위로 작성된 것이라고 보았고, 이에 과세관청이 丙 등에게 증여세(가산세 포함) 부과처분을 한 사안에서, 후속 세무조사는 종전 세무조사 후에 이루어진 별개의 증여 사실에 대한 세무조사라고 할 수 없고, ‘감사결과 처분요구’는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호에서 재조사 허용사유의 하나로 규정하고 있는 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’에 해당한다고 볼 수 없다’고 판시하였다(대법원 2018. 6. 19. 선고 2016두1240 판결).

위 2016두1240 판결은 새로운 진술이나 자료를 기초로 한 것이 아니라, 과세관청이 종전 세무조사에서 이미 작성하거나 취득한 자료를 토대로 하면서도 사실관계 인정 여부에 대한 판단 등만을 달리하여 이루어진 감사원의 감사결과 처분요구는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호에서 재조사 허용사유의 하나로 규정하고 있는 ‘각종 과세자료’에 해당한다고 볼 수는 없다는 점을 확인해 준 데에 의미가 있다.

다만, 위 2016두1240 판결 사안의 경우 원심의 판단과 같이 2008년 세무조사는 2006년경 소외 3, 소외 2 명의로 되어 있던 이 사건 주식에 관한 증여행위가 있었는지에 관한 것이고, 2011년 세무조사는 2008. 7. 9. 이 사건 주식의 명의를 소외 3, 소외 2에서 원고들 명의로 변경한 것이 별도의 증여행위에 해당하는지에 관한 것으로서 각 세무조사가 대상기간과 조사대상행위를 달리하는 것이므로 중복조사에 해당되지 않는다고 판단할 여지가 충분히 있다.

또한 대법원은, ⑤ ‘세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니며, 다만, 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것’이라고 판시하였다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결).

대법원은 위와 같은 입장에서, ⑥ ‘업무무관 가지급금 등 채권의 회수지연이 있을 경우 그것은 해당 사업연도 인정이자 익금산입 대상 및 차입금 지급이자 손금불산입 대상이 되고 그러한 잘못은 채권의 회수지연이 계속되는 한 다른 사업연도에도 영향을 미치므로 이를 시정하는 기회에 다른 사업연도의 잘못도 함께 시정할 필요가 있는 점, 각 사업연도마다 같은 종류의 잘못이 반복되는 경우에는 그 조사대상이 한정될 뿐만 아니라 조사내용도 단순명료한 경우가 대부분이어서 조사에 따른 납세자의 부담은 크지 아니한 반면 이러한 사유가 있다고 하여 과세관청에 대하여 다른 사업연도 전반에 관한 조사로 확대하기를 기대하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 서울지방국세청장이 제1차 세무조사 당시 원고의 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 국한하여 2002 사업연도에 관한 조사를 하였다가 제1차 세무조사 당시 조사한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 제2차 세무조사를 하는 것은, 당초 세무조사 당시 다른 과세기간의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당하여 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 할 것’이라고 판시하였다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2012두14224 판결).

한편, 중복조사와 관련한 위와 같은 판결들로 인하여 과세관청의 정당한 과세권 행사가 지나치게 제한을 받게 된다는 비판이 제기되었다. 이에 2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정된 국세기본법 제81조의4 제2항 제6호에 “제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우”를 예외적으로 허용되는 중복조사로 신설하였고, 2018. 1. 1. 이후 개시하는 세무조사부터 적용하도록 하였다.

따라서 2018. 1. 1. 이후부터는 국세기본법 제81조의11 제3항에 따른 부분조사 이후 그 부분을 제외한 나머지 부분에 대해서는 중복조사가 가능하게 되었다.한편, 최근 대법원은, ⑦ ‘세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다.

그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것’이라고 하여 국세청 훈령인 조사사무처리규정에 따른 ‘현지확인’도 사안에 따라 재조사가 금지되는 세무조사에 해당된다고 판시하였다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결).

위 대법원 2014두8360 판결은 그동안 구 조사사무처리규정에 근거하여 ‘현지확인’의 형식으로 광범위하게 이루어져 온 국세청의 조사실무에 큰 타격을 주었고, 국세청의 세무조사에 많은 변화를 가져온 계기가 되었다.

또한 대법원은 위 대법원 2014두8360 판결의 취지에 따라, ⑧ ‘피고 법인세과 신고 담당 공무원은 중부지방국세청장의 피고에 대한 정기종합감사 과정에서 원고의 법인세 신고내용이 복잡하다는 이유로 원고에게 감사담당 공무원 앞에서 이를 대신 설명하여 달라고 요청한 점, 이에 원고 회계팀장과 세무자문 회계사는 피고 담당공무원을 대신하여 감사담당 공무원에게 당초 법인세 신고 당시에 원고가 제출한 자료를 중심으로 약 30분 내지 1시간 동안 그 계산근거 등에 대하여 단순한 설명을 진행한 점 등에 비추어 보면, 원고가 피고의 요청에 따라 위와 같이 설명하였다는 사정만으로는 그것이 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하여 그 이후에 실시된 원고에 대한 2007 내지 2011 사업연도 법인세 통합조사가 재조사로서 위법하다고 보기 어렵다’는 취지로 판시하였다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결). 즉, 세무조사의 경위와 내용 등을 종합하여 금지되는 세무조사에 해당되는지 여부를 판단하라는 것이 대법원의 입장이다.

⑨ 대법원은 갑이 을 주식회사의 주식을 취득하여 병에게 명의신탁하였고 이후 병이 위 주식을 갑의 동생 정 등에게 이전하였는데, 지방국세청장이 을 회사의 주식변동에 대한 세무조사를 하여 병에 대한 명의신탁 사실을 확인한 후 정 등에 대해서만 증여 또는 명의신탁에 따른 증여세가 과세되고 병에게는 과세처분이 이루어지지 아니하였는데, 그로부터 9년이 지나 과세관청이 위 주식변동조사의 보고서 등을 근거로 병에 대하여 증여세 조사를 실시한 후 증여세 부과처분을 한 사안에서, ‘주식변동조사 과정에서 세무공무원들이 을 회사의 명의상 주주인 병을 상대로 주식의 양수 및 인수 경위에 관하여 질문조사를 실시하고 그 밖의 자료를 수집함으로써 과세요건이 되는 명의신탁에 관하여 조사·확인하고 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 수집하는 일련의 행위를 하는 등 명의신탁 사실 및 이에 따른 병의 증여세에 대하여 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제1항에서 정한 세무조사가 이루어졌고, 그로부터 9년이 지나 명의신탁에 대하여 이루어진 증여세 조사도 위와 같은 세무조사에 해당한다면 이는 같은 조 제2항에서 금지하는 재조사로서 위법하다’고 판시하였다(대법원 2017. 12. 13 선고 2015두3805 판결).

⑩ 이어서 대법원은 ‘구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.’라고 판시하였다(대법원 2017. 12. 13 선고 2016두55421 판결). (3) 세무조사종결과 관련한 대법원 판결국세기본법 제81조의15 및 같은 법 시행령 제63조의14는 사전구제절차로서 세무조사결과 통지 및 과세예고 통지에 대한 과세전적부심사 제도를 규정하고 있다.

대법원은 ① 감사원의 감사결과 처분지시나 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우에는 과세예고통지를 하지 아니하고 과세처분을 한다는 국세청 훈령에 따라 과세예고 통지를 하지 아니한 채 과세처분을 한 사안에서, ‘위 사전구제절차가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다’라고 판시하였다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결).

위 2015두52326 판결이 선고된 이후인 2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정된 국세기본법 시행령 제63조의14 제2항 제3호는 “3. 납세고지하려는 세액이 1백만원 이상인 과세예고 통지. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다”라고 규정하였다.

따라서 이제는 감사원법에 의한 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우에도 그 시정요구 전에 소명안내를 받은 경우에는 과세전적부심사청구를 할 수 없게 되었다.또한 대법원은 ② 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하지 아니하여 납세자가 과세전적부심사 청구를 하기도 전에 소득금액변동통지 및 과세처분을 한 사안에서, ‘국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것’이라고 판시하였다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결).

다. 관련 문제

대법원이 위에서 본 바와 같은 세무조사의 절차적 위법을 이유로 과세처분을 취소한 이후에 남는 과제는 과세관청이 그러한 절차적 위법을 시정하여 재처분을 할 수 있는지 하는 것이다. 예를 들면, 과세예고통지를 하지 아니하여 과세전적부심사청구의 기회를 박탈한 채 이루어진 위법한 과세처분이라는 이유로 과세처분이 취소된 이후에 과세관청이 특례제척기간 내(국세기본법 제26조의2 제2항)에 다시 과세예고통지를 하고 과세전적부심사 절차를 거쳐 과세처분을 한다거나 또는 금지된 중복세무조사에 따른 위법한 과세처분이라는 이유로 과세처분이 취소된 이후에 재조사 없이 이미 확보한 자료를 근거로 과세처분을 하는 경우 그 과세처분은 적법한 처분이 되는지의 문제이다.

일반적으로 납세고지서의 필요적 기재사항을 누락하는 것과 같은 절차적 위법을 이유로 과세처분이 취소된 경우 과세관청은 납세고지서의 누락사항을 보완하여 기재한 납세고지서로 다시 고지하는 등의 절차를 거쳐 적법하게 새로운 처분을 할 수 있다(대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 등). 위법한 중복조사나 세무조사선정절차상의 위법을 이유로 과세처분이 취소된 경우에는 국세기본법상 중복조사가 허용되지 아니하므로 과세관청이 다시 세무조사를 할 수 없고, 따라서 이러한 경우에는 과세관청이 새로운 과세처분을 할 수 없다고 할 것이다.

그런데, 과세예고 통지를 하지 아니하였다거나 과세예고 통지를 하였으나 과세전적부심사청구 기회를 박탈하고 과세처분을 하여 과세처분이 취소된 경우 다시 적법한 절차를 거쳐 과세처분을 하는 것이 가능한지는 문제이다.

위 대법원 2016두49228 판결과 같이 그 하자가 중대하고 명백하여 과세처분이 당연무효라고 하는 경우까지 언제든지 다시 처분을 할 수 있다고 한다면, 과세관청은 세법이 정한 절차를 무시하고 처분을 한 다음, 그것도 납세자가 불복하는 경우에 한하여 위법하다는 이유로 과세처분이 취소된다고 하더라도 다시 세법이 정한 절차를 거쳐 동일한 내용의 처분을 할 수 있다는 결론이 되는데, 이는 세법이 보장한 납세자의 권리를 형해화하는 결과가 된다(납세자가 불복하지 않으면 과세관청이 세법을 무시하고 위법한 처분을 하더라도 아무런 문제가 발생하지 않을 것이다). 따라서 세법이 보장한 납세자의 권리를 침해하였다는 이유로 처분이 취소된 경우에는 특례제척기간을 적용할 수 없고, 새로운 처분을 할 수 없다고 하는 것이 타당하다.

라. 대상 판결의 의의

관세조사권에 관한 관세법 제111조는 내국세의 세무조사권에 관한 국세기본법 제81조의4와 마찬가지로 과세관청의 조사권 남용금지를 규정하고 있다. 내국세와 관련해서는 위 나.항에서 본 바와 같이 재조사 금지와 관련한 많은 판례가 축적되어 오고 있으나, 현재까지 관세와 관련해서는 재조사 금지와 관련한 사례를 찾아보기 어렵다. 대상 판결은 관세법 제111조의 적용에 있어서도 국세기본법 제81조의4와 동일한 법리가 적용된다는 점을 밝힌 최초의 판결이라는 점에서 의미가 크다. 이와 같이 과세관청의 조사와 관련한 관세법과 국세기본법 관련규정의 적용에 있어서 동일한 법리가 적용되므로 향후 관세법 제111조의 적용과 관련된 사안의 경우 위 나.항에서 본 국세기본법 관련 사례가 하나의 지침이 될 것이다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세포럼 회장