1. 사실관계

가. 대구지방국세청장은 원고에 대한 2005 내지 2009 각 사업연도 귀속분 법인세 등에 대한 정기세무조사를 실시한 후 2010. 11. 30. 원고에 대하여 위 각 사업연도 귀속분 법인세 과세예고통지를 하였다.

나. 이에 원고는 2010. 12. 29. 국세청장에게 과세전적부심사(이하 ‘이 사건 과세전적부심사’라 한다)를 청구하였다. 피고는 이 사건 과세전적부심사에 대한 심리가 계속중이던 2011. 3. 22. 위 각 법인세 중 2005 사업연도 귀속분의 부과제척기간이 임박하였다는 이유로 원고에 대하여 2005 사업연도 귀속분 법인세 20,820,170,520원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘2005년 법인세 부과처분’이라 한다).

다. 이후 국세청장은 2012. 2. 6. 이 사건 과세전적부심사에 대하여 일부 항목을 채택하고 나머지 항목은 불채택하는 결정을 하였다. 피고는 위 결정의 취지에 따라 이미 부과된 2005년 법인세 중 5,884,163,742원을 직권으로 취소하여 원고에게 환급하는 한편, 2012. 3. 2. 원고에 대하여 2006 사업연도 귀속분 법인세(가산세 포함) 부과처분(이하 ‘2006년 법인세 부과처분’이라 하고, 위 2005년 법인세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다) 등을 하였다.

라. 한편, 원고의 2006 사업연도 법인세 본세와 관련하여, 피고는 원고의 2006 사업연도 법인세 법정신고기한으로부터 3년이 경과한 뒤에 이루어진 2010. 12. 15.자 3차 경정처분에서 당초 수정신고 세액보다 14,120,846,094원을 증액하였고, 2012. 3. 2.자 6차 경정처분(2006년 법인세 부과처분)에서 위 금액보다 268,623,126원을 증액하였다. 그런데 2012. 3. 2.자 2006년 법인세 부과처분 중 본세 부분은 지체상금 과소계상으로 인한 2,431,933,071원의 증액경정처분과 임시투자세액 추가공제로 인한 2,163,309,945원의 감액경정처분이 함께 이루어져 실제 268,623,126원(= 2,431,933,071원 – 2,163,309,945원)만 증액된 것이다.

마. 원고는 3차 경정처분으로 인한 법인세 증액분에 대하여 경정처분일인 2010. 12. 15.부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구 등 전심절차를 거치지 않았다.

바. 원고는 2012. 5. 11. 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2014. 10. 8. 심판청구 중 2005년 법인세 부과처분 부분은 청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당한다는 이유로 각하하고, 나머지 부분은 모두 기각하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 ① 증액경정처분의 경우 항고소송의 대상(증액경정처분에 의해 증액된 세액의 한도를 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 소의 적법 여부), ② 과세전적부심사 진행 중 이루어진 부과처분의 효력, ③ 익금 귀속시기에 대한 입증책임이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결)

가. 증액경정처분의 경우 항고소송의 대상

(1) 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결).

(2) 위 사실관계를 위 법리에 비추어 볼 때, 원고가 취소를 구하고 있는 2006년 법인세 본세 부과처분 2,431,933,071원 중 2,163,309,945원(= 2,431,933,071원 – 268,623,126원) 부분은 위와 같은 임시투자세액 추가공제가 없었을 경우를 가정하여 관념적으로 산출된 세액에 불과한 것으로, 피고가 실제 원고에게 부과한 적이 없는 것이다.

그리고 위 2,163,309,945원 부분은 2012. 3. 2. 당시 이미 불복기간이 경과하여 더 이상 취소를 구할 수 없으므로, 2012. 3. 2.자 2006년 법인세 부과처분에 대하여는 그 부과처분에 의하여 증액된 268,623,126원의 한도 내에서만 그 취소를 구할 수 있다. 따라서 이 사건 소 중 원고가 취소를 구하고 있는 2006년 법인세 본세 부과처분 2,431,933,071원 가운데 268,623,126원을 초과하는 2,163,309,945원 부분은 존재하지 아니하는 처분에 관한 것이거나 이미 불가쟁력이 발생하여 확정된 세액의 취소를 구하는 것으로 부적법하다. 이와 달리 위 2,163,309,945원 부분에 관하여 본안에 나아가 심리하여 원고의 청구를 기각한 원심판단에는 위 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

나. 과세전적부심사 진행 중 이루어진 부과처분의 효력

(1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15는 제1항 본문 및 제2호에서 “과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제3항에서 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 제8항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제4항 본문은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).

(2) 원심은 그 판시와 같은 이유로 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서에서 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정한 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 말하는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’일 뿐 피고의 주장과 같이 ‘과세처분일’이라고 볼 수 없다고 판단하였다. 그런 다음 원심은 원고가 피고로부터 2005 사업연도 법인세에 관한 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 받은 2010. 11. 30.부터 위 과세처분의 부과제척기간 만료일인 2011. 3. 31.까지의 기간이 3월을 초과함은 역수상 분명하므로, 피고의 주장과 같이 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 정한 예외사유가 있다고 볼 수 없고, 달리 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 피고가 이 사건 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기도 전에 원고에 대하여 2005년 법인세 20,820,170,520원(가산세 포함)의 부과처분을 한 것은, 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 이 사건 소 중 앞서 본 바와 같이 부적법하다고 보아야 할 부분을 제외한 나머지 2005년 법인세 부과처분 부분에 관한 원심의 위와 같은 판단은 정당하다.

다. 익금 귀속시기에 대한 입증책임

(1) 법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 하여 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결 참조).

그리고 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 증명하여야 하며, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사․확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결, 대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두11234 판결 등 참조).

한편, 공사도급계약상 지체상금에 관한 약정은 수급인이 그와 같은 일의 완성을 지체한 데 대한 손해배상액의 예정으로서(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001다1386 판결 등 참조), 지체상금은 특별한 사정이 없는 한 약정준공일 다음날부터 발생한다(대법원 1999. 3. 26. 선고 96다23306 판결 등 참조).

(2) 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 2006년경 특수관계자인 주식회사 OO건설(이하 ‘OO건설’이라 한다) 등 3개의 건설업체 및 비특수관계자인 주식회사 ◊◊건설 등 13개의 건설업체(위 16개의 건설업체를 통틀어 ‘수급인들’이라 한다) 사이에 체결한 각 시설공사도급계약(이하 위 계약들을 ‘이 사건 각 공사도급계약’이라 한다)과 관련하여, 2006. 12. 1. 수급인들과 사이에 이 사건 각 공사의 준공기한을 연장하는 합의를 하였기 때문에 지체상금이 발생하지 않았다는 취지의 원고 주장을 배척하고, 수급인들이 이 사건 각 공사도급계약에서 정한 준공기한(2006. 9. 30. ~ 2007. 12. 30.)을 준수하지 못하였으므로 특별한 사정이 없는 한 원고는 수급인들에 대하여 합계 9,727,000,000원의 지체상금채권을 가지게 되었다고 판단하였다. 그리고 원고의 OO건설 등 특수관계자들에 대한 채무면제는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로서 부당행위계산부인의 대상에 해당하고, 원고의 비특수관계자 수급인들에 대한 지체상금 면제는 채권의 임의포기로서 사업관련성이 인정되므로 접대비에 해당한다는 이유로, 피고가 위 지체상금 면제액을 원고의 2006 사업연도에 익금산입 및 손금불산입한 것은 적법하다고 판단하였다.

(3) 그러나 위 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등에 해당하는 9,727,000,000원의 귀속시기가 모두 2006 사업연도임을 전제로 한 원심의 판단은 앞서 본 법리에 비추어 수긍하기 어렵다.

원심이 인정한 사실관계에 의하더라도 이 사건 각 공사도급계약에서 정한 당초 준공기한은 2006. 9. 30.부터 2007. 12. 30.까지 걸쳐 있었다는 것이므로, 이 사건 각 공사도급계약과 관련하여 2007. 1. 1.부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기는 2006 사업연도가 아니라 2007 사업연도라 할 것이다. 따라서 본안판단의 대상이 되는 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 본세 268,623,126원 및 2017. 1. 11.자 2006년 가산세 592,930,306원의 부과처분 중 일부 세액은 2006 사업연도에 귀속되지 않는 지체상금 관련 익금 등에 대한 것이라고 볼 여지가 있다. 원심으로서는 원고가 지체상금을 면제해 준 개별 공사별로 당초 약정준공일과 지체상금이 발생한 시점을 따져 본 다음, 위 각 처분의 위법 여부를 판단하였어야 할 것이다.

그럼에도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 위 각 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 본안판단의 대상이 되는 2006 사업연도 법인세(가산세 포함)에 대하여 과세대상소득의 귀속연도에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 쟁점 ①에 관하여

(1) 경정처분 관련 쟁점

세법에 정해진 과세요건이 충족되면 추상적 조세채무가 성립하고, 세법에 의한 절차에 따라 구체적 조세채무로 확정된다. 조세채무의 확정과 관련하여 신고납세방식의 조세는 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에 그 세액이 확정되고, 부과과세방식의 조세 또는 신고납세방식의 조세에 관하여 그 신고가 없는 때에는 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 확정된다. 또한 구체적인 조세채무는 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 5년의 통상적 경정청구기간이 도과하거나 국세기본법 제56조 제2항 등에 따른 불복기간인 90일이 도과하면 불가쟁력이 발생하게 된다. 경정청구기간이나 불복기간의 경과 등으로 인하여 확정된 조세채무를 더 이상 다툴 수 없다는 의미의 불가쟁력은 구체적 조세채무의 확정을 뜻하는 형식적 확정력과는 구별되는 개념이다.

경정처분이란 납세의무자의 과세표준신고나 과세관청의 결정에 의하여 일단 확정된 조세채무(과세표준이나 세액)에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 이를 시정하기 위한 과세관청의 새로운 처분을 말한다. 경정처분에는 과세표준 또는 세액을 당초보다 증가시키는 증액경정처분과 이를 감소시키는 감액경정처분이 있다.이와 같은 경정처분이 있는 경우 당초처분과 경정처분의 관계에서 아래와 같은 쟁점이 제기되고 있다. 즉, ① 소송물(당초처분과 경정처분 중 어느 것을 심판 대상으로 할 것인지), ② 심리범위(경정처분에 존재하는 하자만을 심리할 수 있는 것인지, 아니면 당초처분에 존재하는 하자도 함께 심리할 수 있는 것인지), ③ 전심절차의 경유 및 제소기간의 준수, 징수권의 소멸시효(당초처분과 경정처분 중 어느 처분을 기준으로 판단할 것인지), ④ 당초처분을 전제로 한 납부, 징수유예, 독촉, 압류 등 체납처분이나 가산금 징수처분, 제2차 납세의무자 지정처분 등의 효력이 그것이다.

종전 판례는 흡수설을 취하여 증액경정처분이 있는 경우 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 소멸된다는 입장에서 당초처분이 아니라 증액경정청처분을 기준으로 위 각 쟁점을 판단하였다. 이와 달리 감액경정처분이 있는 경우에는 감액경정처분이 아니라 당초처분 중 감액부분을 제외한 처분이 여전히 존재하는 것으로 보아 위 각 쟁점을 판단하였다. 즉, 증액경정처분이 있는 경우 당초신고나 결정은 증액경정처분의 일부로 흡수되어 독립한 존재가치를 상실한 채 소멸하므로 당초신고나 결정이 불복기간의 경과 등으로 이미 확정된 후 증액경정처분이 있더라도 그 확정에 의하여 발생된 불가쟁력을 인정할 여지가 없다고 보았다(대법원 1984. 12. 11. 선고 84누225 판결, 대법원 1991. 10. 8. 선고 91누1547 판결 등). 당초신고나 결정에 관한 불가쟁력은 경정청구기간이나 불복기간의 경과 등으로 일단 발생하면 더 이상 번복이 불가능한 것으로 확정되는 것이 아니라, 과세관청의 증액경정처분이나 국세기본법 제45조의2 제2항에 규정된 후발적 경정청구사유 등이 없을 것을 전제로 하는 제한적인 확정력을 갖게 되는 것으로 본 것이다.

한편, 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정시 경정의 효력에 관하여 국세기본법 제22조의2가 신설되었고, 그 제1항은 “① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하고 있다. 위 신설된 규정의 해석과 관련하여 경정처분시 대법원이 어떤 입장을 취할 것인지가 큰 관심사가 되었다.

(2) 개정 국세기본법 제22조의2에 대한 대법원 판례의 입장

대법원은 감액경정처분에 대해서는 개정 전과 동일한 입장을 취하였다. 즉, 감액경정처분은 당초처분의 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과하고, 따라서 감액경정처분은 세액의 일부 취소라는 납세의무자에게 유리한 효과를 가져오는 처분으로서 그 취소를 구할 이익이 없으며, 항고소송의 대상이 되는 것은 감액경정처분이 아니라 당초처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이고, 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초처분을 기준으로 판단하여야 하므로 당초처분에 대하여 전심절차를 거쳤다면 그것으로 족하고 경정 또는 재경정처분에 대하여 따로 전심절차를 경유할 필요가 없으며, 국세심판결정에 따라 처분청이 감액결정을 한 경우 당해 행정청의 경정결정 고지일을 항고소송 제기에 관한 불복기간 기산점으로 삼아야 한다고 할 수 없으며, 가산금 및 중가산금의 부과 여부도 당초처분의 납부기한 등을 기준으로 하여 판단하여야 한다는 것이다(대법원 2013. 10. 31 선고 2010두4599 판결 등).

그러나 증액경정처분에 대해서는 입장을 일부 변경하였다. 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 처분이므로, 증액경정처분이 있으면 당초신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃고 그 효력이 당연히 소멸하여 오로지 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 된다는 것은 개정 전과 동일하다(대법원 2009. 5. 14 선고 2006두17390 판결, 대법원 2013. 2. 14 선고 2011두25005 판결, 대법원 2013. 4. 18 선고 2010두11733 전원합의체 판결, 대법원 2013. 10. 31 선고 2010두4599 판결 등).

한편, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2008두17134 판결, 대법원 2013. 4. 18 선고 2010두11733 전원합의체 판결 등), 확정된 당초 신고(경정청구기간 도과)나 불복하지 아니하여 불가쟁력이 발생한 당초처분의 세액은 취소할 수 없고, 경정처분으로 증액된 세액을 한도로만 취소가 가능하다는 것이 판례이다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두22280 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등). 대법원은 개정 국세기본법 제22조의2 제1항의 “당초 확정된 세액에 관한 권리ㆍ의무관계”에서 ‘확정’의 의미가 구체적 조세채무의 확정을 의미하는 것이 아니라 불가쟁력, 즉, 불복기간(부과처분의 경우)이나 경정청구기간의 도과(신고의 경우)를 의미하고, 취소의 범위도 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있음을 명확히 하였다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결).

대상 판결은 이러한 법리를 다시 한번 확인해 주었다.

과세관청이 증액경정사유와 별개의 사유로 직권 감액경정을 한 경우 불복대상이 문제된다. 이와 관련하여 대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결은 증액경정처분 이후에 과세관청이 직권으로 감액경정처분을 하였는데, 그 감액사유가 증액경정사유에 대한 것이 아니라 당초 신고나 결정의 위법사유인 경우 그 감액은 증액경정에 의하여 증액된 세액을 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것이므로, 납세자는 감액경정과 관계없이 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 전체의 취소를 구할 수 있다고 판시하였다.

나. 쟁점 ②에 대하여

(1) 절차적 위법에 관한 최근 판례의 경향

최근 선고된 대법원 판결을 보면, 대법원은 조세부과처분에 있어서 절차적 적법성을 매우 강조하고 있고, 이에 따라 이러한 절차를 준수하지 않은 과세관청의 처분은 원칙적으로 위법한 처분이라고 판결해 오고 있다.

대법원은 과세전적부심사와 관련하여, 과세관청이 법령이 아닌 국세청 내부의 훈령을 근거로 과세예고통지를 하지 아니한 채 세금을 부과한 경우 그 부과처분은 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 이루어진 처분으로서 위법하다고 판결하였고(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결), 그 이후 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결이 나왔다. 위 2016두49228 판결은 ‘국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효.’라고 판시하였다.

대상 판결은 위 2016두49228 판결의 법리를 다시 한번 확인해 주었다는 점에 의미가 있다.

한편, 세무조사와 관련하여서도 대법원은 과세관청이 법령에 따른 조사절차를 엄격하게 준수할 것을 강조하고 있다. 국세기본법이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 불구하고 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어긴 것으로서 특별한 사정이 없는 한 과세처분은 위법하다고 판결하여 세무조사 대상자 선정에 있어서도 적법절차를 준수할 것을 밝혔다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결). 또한 대법원은 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 경우, 그러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다고 판결하였다(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결).

특히 중복조사와 관련하여 대법원은, 동일 납세의무자, 동일 과세기간, 동일 세목(법인세, 부가가치세 등)에 대해 중복하여 조사를 하는 것은 원칙적으로 허용되지 아니한다고 판결하였다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결). 나아가 대법원은, 과세관청이 동일 납세의무자의 특정 사업연도(과세기간) 중 일부 항목에 대한 세무조사를 한 이후 다시 동일한 사업연도에 대한 세무조사를 하면서 종전 세무조사에서 조사한 항목을 제외하고 다른 항목에 대한 세무조사를 하더라도 이러한 세무조사는 국세기본법에서 금지하는 중복조사에 해당하므로, 그러한 중복 세무조사에 따른 부과처분은 위법하다고 판결하였다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결).

위와 같이 대법원 판결로 인하여 세무조사 대상이 지나치게 제한되자 정당한 과세권의 행사를 위하여 관련 규정이 개정되었다. 즉, 2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정된 국세기본법 제81조의4 제2항 제6호에 “제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우”를 예외적으로 허용되는 중복조사로 신설하였고, 2018. 1. 1. 이후 개시하는 세무조사부터 적용하도록 하였다. 따라서 2018. 1. 1. 이후부터는 국세기본법 제81조의11 제3항에 따른 부분조사 이후 그 부분을 제외한 나머지 부분에 대해서는 중복조사가 가능하게 되었다.

(2) 남은 과제

대법원이 절차적 위법을 이유로 부과처분을 취소한 이후에 남는 과제는 과세관청이 그러한 절차적 위법을 시정하여 재처분을 할 수 있는지 하는 것이다. 예를 들면, 과세예고통지를 하지 아니하여 과세전적부심사청구의 기회를 박탈한 채 이루어진 부과처분이 위법하여 취소되었다고 할 때 그 이후 과세관청이 특례제척기간 내(국세기본법 제26조의2 제2항)에 과세예고통지를 하고 부과처분을 하면 그 부과처분은 적법한 처분이 되는 것인지, 그리고 위 2016두49228 판결에서 지적된 위법절차를 시정하여 다시 과세전적부심사청구 기회를 부여한 후 부과처분을 하면 그 부과처분은 하자가 치유되는 것인지 등의 문제이다.일반적으로 납세고지서의 필요적 기재사항을 누락하는 것과 같은 절차적 위법을 이유로 부과처분이 취소된 경우 처분청은 다시 납세고지서의 누락사항을 기재한 고지를 하는 등의 적법한 절차를 거쳐 새로운 처분을 할 수 있다(대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 등).한편, 위법한 중복조사나 세무조사선정절차상의 위법을 이유로 부과처분이 취소된 경우 과세관청이 다시 세무조사를 할 수는 없으므로, 이런 경우에는 과세관청이 새로운 부과처분을 할 수 없다고 할 것이다.

그런데, 위법하게 과세예고통지를 하지 아니하였다거나 위 2016두49228 판결과 같이 과세전적부심사청구 기회를 박탈하고 부과처분을 한 경우 다시 적법한 절차를 거쳐 부과처분을 하는 것이 가능한지는 문제이다. 위 2016두49228 판결의 사안과 같이 그 하자가 중대하고 명백하여 부과처분이 당연무효라고 하는 경우까지 다시 처분을 할 수 있다고 한다면, 절차상 하자를 이유로 처분을 취소하는 것이 납세자에게 아무런 이익이 되지 않는다. 과세관청은 세법이 정한 절차를 무시하고 처분을 한 다음, 그것도 납세자가 불복하는 경우에 한하여 위법하다는 이유로 처분이 취소된다고 하더라도 다시 세법이 정한 절차를 거쳐 동일한 내용의 처분을 할 수 있다는 결과가 되기 때문이다(납세자가 불복하지 않으면 과세관청이 세법을 무시하고 위법한 처분을 하더라도 아무런 문제가 발생하지 않을 것이다). 이런 점에서는 세법이 보장한 납세자의 권리를 침해하였다는 이유로 처분이 취소된 경우에는 특례제척기간을 적용할 수 없고, 따라서 새로운 처분을 할 수 없다고 하는 것이 타당하다.

다. 쟁점 ③에 대하여

(1) 입증책임

과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 입증하여야 하며, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사ㆍ확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없다는 것이 확립된 판례이다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결, 대법원 2007. 6. 28.선고 2005두11234 판결 등). 대상 판결은 이를 다시 한번 확인해 주었다.

(2) 기간과세 세목에서 귀속시기가 변경되는 경우 특례제척기간의 적용 여부

한편, 귀속 사업연도가 다르다는 이유로 과세처분이 취소되는 경우 특례제척기간을 적용할 수 있는지 여부가 문제된다. 대법원은 아래와 같이 판시하여 이를 부정하고 있다. 즉, 대법원은 ‘구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2는 제1항에서 국세부과권의 일반 제척기간에 관하여 규정한 다음, 제2항에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 ‘해당 결정·판결’에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 위 규정의 당초 입법 취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 종합해 보면, 비록 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다고 하더라도, 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하였다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결).

대상 판결은 이 사건 각 공사도급계약과 관련하여 2007. 1. 1.부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기는 2006 사업연도가 아니라 2007 사업연도라고 판단하였다. 대상 판결에서 2007년 귀속 법인세 부과처분이 쟁송대상이 되지 않았다면, 과세관청은 위 법리에 따라 특례제척기간을 적용할 수 없고, 따라서 일반 부과제척기간의 경과로 인하여 2007년 귀속분에 대해서는 추가로 과세를 하지 못하게 될 것이다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ (사)한국조세연구포럼 회장