1. 사실관계

가. 원고는 석탄 생산가공 및 판매사업, 해외자원개발 사업, 수출입업 등을 영위하는 법인인데, 완전자회사인 A 주식회사, B 주식회사, C 주식회사, D 주식회사(이하 ‘이 사건 각 자회사’라 한다)를 지배하는 완전모회사로서, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조의8 제1항에 따라 연결납세방식으로 원고와 이 사건 각 자회사의 사업소득을 신고하였다.

나. 원고는 2014 사업연도 법인세를 신고함에 있어서 과세표준을 242,770,580,945원으로 신고하였는데, 원고의 직접외국납부세액 11,814,766,409원과 간접외국납부세액 82,266,180,485원 및 D의 직접외국납부세액 16,079,675원을 합한 94,097,026,569원(이하 ‘이 사건 2014 외국납부세액’이라 한다)에 관하여 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제방법과 제2호에 따른 손금산입방법 중 세액공제방법을 선택하여 구 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 이 사건 2014 외국납부세액을 과세표준에 포함한 후, 이 사건 2014 외국납부세액에 대한 세액공제를 받았고 공제된 세액은 원고는 44,277,823,297원, D는 13,091,924원이다.

다. 원고는 2015 사업연도 법인세를 신고함에 있어 과세표준을 211,640,638,355원으로 신고하면서, 원고의 직접외국납부세액 10,375,243,064원과 간접외국납부세액 57,873,945,564원, D의 직접외국납부세액 43,474,072원을 합한 68,292,662,700원(이하 ‘이 사건 2015 외국납부세액’이라 하고, 이 사건 2014 외국납부세액과 이 사건 2015 외국납부세액을 합하여 ‘이 사건 외국납부세액’이라 한다)에 관하여 세액공제방법을 선택하여 이를 과세표준에 포함한 후, 이 사건 2015 외국납부세액에 대한 세액공제를 받았고 공제된 세액은 원고는 34,956,193,256원, D는 37,757,260원이다.

라. 한편, 원고는 2015. 5. 28. 피고에 대하여 2014 사업연도 법인지방소득세 5,298,952,781원, 2016. 5. 30. 2015 사업연도 법인지방소득세 4,614,094,044원을 신고‧납부하면서 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제103조의19에 따른 과세표준의 산정에 있어 법인세 신고와 마찬가지로 이 사건 외국납부세액 중 직접외국납부세액(이하 ‘이 사건 직접외국납부세액’이라 한다)을 손금불산입하고, 이 사건 외국납부세액 중 외국자회사로부터 받은 이익배당금에 대응하는 법인세액에 해당하는 간접외국납부세액(이하 ‘이 사건 간접외국납부세액’이라 한다)을 익금산입하였다.

마. 원고는 2016. 7. 29. 피고에 대하여 이 사건 직접외국납부세액을 손금에 산입하고, 이 사건 간접외국납부세액을 익금에 불산입하는 것으로 법인지방소득세 과세표준을 재산정하여 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 9. 26. 원고의 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미와 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부이다.

3. 원심 판결의 요지(서울고등법원 2019. 10. 25. 선고 2019누43971 판결)

1) 구 법인세법 제57조 제1항, 제4항에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액이나 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 ‘수입배당금액’이라 한다)이 포함되어 있는 경우에 있어서는, 위 외국법인세액(이하 ‘직접외국납부세액’이라 한다)이나 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘간접외국납부세액’이라 한다)은 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법(구 법인세법 제57조 제1항 제1호) 또는 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법(구 법인세법 제57조 제1항 제2호) 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

한편, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제3항에 의하면, 구 법인세법 제57조 제1항에 따른 외국납부세액은 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하고, 제94조 제8항에 의하면, 구 법인세법 제57조 제4항의 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 계산식은 ‘외국자회사의 해당 사업연도의 법인세액 × 수입배당금액 ÷ (외국자회사의 해당사업연도 소득금액 - 외국자회사의 해당사업연도 법인세액)’이다.

그리고 구 법인세법 제13조에 따른 과세표준의 기준이 되는 내국법인의 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액인바(구 법인세법 제14조 제1항), 구 법인세법 제57조 제1항에 따른 직접외국납부세액은 손금으로 산입되지 않고(구 법인세법 제21조 제1호), 구 법인세법 제57조 제4항에 따라 세액공제된 외국법인세액에 상당하는 금액은 익금으로 본다(구 법인세법 제15조 제2항 제2호).

한편, 구 지방세법 제103조의19는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

2) 위 관계법령의 규정과 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 법인지방소득세 과세표준에 이 사건 외국납부세액은 포함되지 않는다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

가) 내국법인은 전세계소득에 관하여 납세의무를 지는데(구 법인세법 제2조), 내국법인의 국외원천소득의 경우에 있어서는 원천지국에 세금을 납부하는 이외에 우리나라에 세금을 납부하여야 하므로 이중과세 등의 문제가 발생한다. 이러한 불합리를 시정하기 위하여 구 법인세법 제57조 제1항은 내국법인의 국외원천소득에 부과된 직접외국납부세액에 대하여 국외원천소득을 과세표준에 산입한 후 해당 사업연도의 법인세액에서 외국법인세액을 공제하거나(제1호), 외국법인세액을 해당 사업연도의 손금에 산입하여 과세표준을 산출하는 방법(제2호)으로 공제를 허용하고 있다.

이와 더불어 내국법인이 외국자회사를 통하여 투자를 한 후 수입배당금액을 받는 경우에 있어서 수입배당금액에 대응하는 외국법인세액(간접외국납부세액)도 내국법인이 직접 부담한 외국납부세액과 실질에 있어서 차이가 없으므로 위와 같은 방법으로 공제를 허용하고 있다(구 법인세법 제57조 제4항). 위와 같이 외국법인세액을 법인세액에서 공제할 수 있도록 하는 구 법인세법 제57조 제1항, 제4항은 동일한 소득에 대한 국가 간의 중복과세를 방지하여 내국법인의 조세부담을 감경하려는 데에 그 취지가 있다(대법원 1987. 2. 24. 선고 85누651 판결 등 참조).

한편, 법인세의 기초가 되는 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로(구 법인세법 제14조), 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 법인세법에서 규정하고 있는 것을 제외하고, 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이며(구 법인세법 제15조 제1항), 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 규정한 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액이다(구 법인세법 제19조 제1항).

그런데, 내국법인의 직접외국납부세액은 손금에 산입되지 않고(구 법인세법 제21조 제1호, 제57조 제1항 제1호), 다만 내국법인이 세액공제방법을 선택한 경우 위 직접외국납부세액은 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 해당 사업연도의 법인세액에서 공제되며(구 법인세법 제57조 제1항 제1호), 손금산입방법을 선택한 경우 위 금액은 필요경비에 산입되어 과세표준을 구성하지 않게 된다(구 법인세법 제57조 제1항 제2호).

한편, 간접외국납부세액은 원칙적으로는 익금에 산입되지 않아야 하나 세액공제방법을 선택한 경우 간접외국납부세액을 익금에 산입한 다음(구 법인세법 제15조 제2항 제2호), 산출된 법인세액에서 공제된다(구 법인세법 제57조 제1항 제1호, 제4항).

나) 우선, 이 사건 직접외국납부세액에 관하여 보면, 원고는 법인세를 신고‧납부함에 있어 이 사건 직접외국납부세액에 대한 세액공제방법을 선택하였고, 이후 지방소득세를 신고‧납부함에 있어서 위 금액이 손금에 불산입되어 법인지방소득세의 과세표준에 산입되었다. 그런데 구 법인세법 제21조 제1호가 제57조에 따른 직접외국납부세액을 손금에 산입하지 않는 취지는 앞서 본 바와 같이 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하기 때문이다.

그렇다면, 원고가 법인세의 신고‧납부에 있어서 세액공제 방법을 선택한 이 사건 사안에 있어서는, 법인지방소득세에 있어 외국법인세액의 세액공제를 허용하거나 손금에 산입한다는 규정이 없으므로 이를 손금에 산입하지 않는 경우 구 법인세법 제57조 제1항의 규정 취지에 반하여 내국법인의 조세부담을 가중시키는 결과를 초래하게 된다.

나아가 직접외국납부세액이 과세표준에 포함된 것은 세액공제를 전제한 것인바, 이를 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이라고도 볼 수 없는 등으로 이에 대한 과세가 이루어진다면 실제 소득이 아닌 것에 과세하는 결과가 되어 이는 응능부담의 원칙에도 반하게 된다.

아울러, 원고는 법인세 과세표준을 신고할 때에는 이 사건 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제 받을지 손금에 산입할지 선택할 수 있었으나, 법인지방소득세의 과세표준을 신고할 때에는 위와 같은 선택 권한이 없었을 뿐 아니라, 법인세 과세표준 신고 당시 법인지방소득세에서 이 사건 직접외국납부세액이 세액공제 없이 손금에 불산입된다는 것까지 가정하여 전체적인 과세표준을 산정하였어야 한다고 볼 합리적인 이유도 없는바, 이 사건 직접외국납부세액을 손금으로 산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

다) 다음으로, 이 사건 간접외국납부세액에 관하여 보면, 원고는 법인세 신고‧납부에 있어 세액공제방법을 선택하였고, 이후 법인지방소득세를 신고‧납부함에 있어서 위 금액이 법인지방소득세의 과세표준에 산입되었다.

그런데, 앞서 본 바와 같은 사정에다가 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 ‘제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)을 익금으로 산입한다’고 규정하고 있는바, 이는 국가 간의 중복과세를 방지하고 내국법인의 조세부담을 감경하기 위하여 구 법인세법 제57조 제4항에 따라 세액공제되는 외국법인세액을 일단 내국법인의 소득으로 익금산입한 후 외국법인세액 납부에 따른 세액공제의 수순을 밟도록 한 것이므로, 구 법인세법 제57조 제4항에 따른 간접외국납부세액을 익금으로 보는 데에는 이에 대한 세액공제가 뒤따른다는 점이 당연히 전제되어 있는바, 내국법인이 이 사건 간접외국납부세액에 관하여 세액공제 방법을 선택하였으나 외국법인세액의 공제 규정 등이 없는 이상 이를 익금에 포함시킬 수 없다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 간접외국납부세액을 익금으로 불산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

라) 피고는 구 지방세법 제103조의19의 “법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다”는 의미는 구 법인세법 제13조에 따른 법인세의 과세표준과 법인지방소득세의 과세표준이 동일하다는 의미로 해석하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 위 관계법령의 규정과 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 구 지방세법 제103조의19의 위 문언은 그 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라고 해석하는 것이 상당하고, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(1) 구 법인세법 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다”고 규정하면서, 소득의 범위에서 공제할 금액을 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액으로 구체화하고 있을 뿐, ‘각 사업연도의 소득’이 무엇인지에 대해 규정하고 있지 않아 과세표준에 관한 통칙인 위 제13조만으로는 과세표준을 확정적, 구체적으로 계산할 수 없고, 그 계산을 위해서는 각 사업연도의 소득, 익금의 범위 및 계산방법, 손금의 범위 및 계산방법 등 구체적인 과세표준 산정을 위한 정의 규정, 범위에 관한 규정 등에 따를 수밖에 없다.

(2) 피고는 지방세법이 2014. 1. 1. 개정되면서 법인세의 과세표준을 그대로 법인지방소득세의 과세표준으로 삼는 것이 입법자의 의사라고 주장하나, 피고가 그 논거로 들고 있는 을 제2호증(안전행정위원회 지방세 관련 법률 개정안 검토보고서)의 기재를 보더라도, ‘개정안(구 지방세법 제103조의19)에 대하여, 지방소득세에 대한 독자적인 과세표준을 갖게 되는 긍정적 효과가 있는 반면, 지방소득세는 소득세법 및 법인세법상 과세표준을 공유하고 있고, 이러한 과세표준을 도출하는 과정에서 반영되는 근로소득공제, 종합소득공제, 손금 및 익금의 산입·불산입 등은 소득세법 및 법인세법과 같은 국세 관련법의 개정을 통해 변경될 수 있는 것들이며, 이에 따라 지방소득세의 과세표준이 영향을 받을 수 있으므로 지방소득세가 국세에서 완전히 독립되었다고 보기는 어려운 한계 및 문제점이 있다’라는 취지의 기재가 있는 점 등에 비추어 보면, 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 ‘법인세의 과세표준’ 그대로 사용하는 것이 아니라 ‘법인세법’에 따라 계산한 독자적인 과세표준을 갖게 되는 것으로 해석함이 상당하다.

이와 같은 취지에서 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 본문이 ‘지방소득세 소득분의 계산방법’을 ‘소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다’라고 규정한 것과 달리, 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서는 제103조의19가 ‘법인세법 제13조에 따라 신고하거나 결정‧경정된 과세표준’이라고 규정하지 않고 ‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’이라고 규정하였다고 볼 수 있다.

(3) 원천지국의 법인세율이 우리나라의 법인세율보다 높은 경우 법인지방소득세에 있어서 이중과세의 문제가 존재하게 되고, 외국납부세액에 대한 공제는 앞서 본 바와 같이 이중과세를 조정하기 위한 것으로 직접외국납부세액을 손금에 불산입하거나 간접외국납부세액을 익금에 산입하여 과세표준을 산정하는 것 자체로 이중과세가 조정되는 것이 아니라 그 이후 세액공제를 통하여 이중과세가 조정되는 것이므로, 세액공제규정이 없는 법인지방소득세에 있어서는 법인세 과세표준을 그대로 사용하기 어렵다. 법인지방소득세의 과세표준을 계산함에 있어 세액공제규정이 없는 경우에도 외국납부세액을 손금에 불산입하거나 익금에 산입하는 것은 외국납부세액에 대한 공제를 허용하는 구 법인세법 제57조의 취지에 반한다.

(4) 직접외국납부세액은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입, 즉 익금이라고 볼 수 없는 것이 명백하고, 구 법인세법 제21조 제1호의 손금불산입 대상으로 구 법인세법 제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다는 의미 역시 세액공제나 적어도 손금산입을 전제로 하는 것이다. 또한 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 ‘제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액’을 익금에 산입하도록 명시하고 있어서 세액이 공제되지 아니하는 경우에는 위 의제 익금 규정이 적용될 여지가 없으므로, 법인지방소득세에 관하여 세액공제규정이 없는 이상 위 의제 익금 규정 역시 적용되지 않는다고 보아야 한다.

(5) 지방세법은 각 사업연도의 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 금액인 소득을 과세표준으로 하되 개별적인 사유에 의한 세액공제나 감면 등은 지방세특례제한법 등에서 법인세와 다른 별도의 규정을 마련하여 적용하고 있어 지방세와 법인세는 전체적인 구조와 목적에 차이가 있다.

(6) 구 지방세법 제103조의19의 신설 이유가 법인지방소득세의 과세표준을 법인세의 과세표준과 동일하게 하는 데 있다고 볼 여지가 없지 않으나, 앞서 본 바와 같은 사정 등을 고려하면, 구 지방세법 제103조의19를 신설할 당시 입법자의 의도가 법인세에 관하여 외국납부세액의 공제를 택한 내국법인에 대하여 세액공제 등을 전혀 고려하지 않고 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 법인세의 과세표준과 동일하게 하려 한 것이라고 보기 어렵고, 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서 개인지방소득세에는 외국납부세액 공제를 규정하고 법인지방소득세에는 외국납부세액 공제를 규정하지 않았다는 사정만으로 이와 달리 보기 어렵다.

4. 대상 판결: 심리불속행 상고기각(대법원 2020. 3. 12. 선고 2019두58698 판결)
 

5. 대상 판결에 대하여

가. 법인세법과 지방세법의 과세표준 산정

(1) 법인세법상 과세표준 산정과 외국납부세액

각 사업연도의 법인세 과세표준은 {각 사업연도의 소득금액 - (이월결손금 + 비과세소득 + 소득공제)}의 산식에 의하여 계산한다(법인세법 제13조).

여기에서 ‘각 사업연도의 소득금액’은 (익금총액 – 손금총액), 즉, {당기순이익 + (익금산입 및 손금불산입) – (손금산입 및 익금불산입) + 기부금 한도초과액 – 기부금 한도초과이월액 손금산입}의 산식에 의하여 계산한다(법인세법 제14조). 위와 같이 산출된 과세표준에 세율을 곱하여 산출세액이 산정되고, (산출세액 – 공제․감면세액 + 가산세 + 감면분 추가납부세액 – 기납부세액)의 산식에 따라 산정한 금액이 자진납부할 세액이 된다.

산출세액에서 직접 공제하는 것으로 외국납부세액공제가 있다. 내국법인이 외국에 지점 등 해외사업장을 갖고 있는 경우 그 해외사업장에서 발생한 소득에 대해서는 해외사업장이 있는 국가에서 과세하는 외에 해외사업장의 소득이 내국법인의 소득에 합산되어 국내에서도 과세되므로 동일 소득에 대한 이중과세문제가 발생한다. 이러한 문제를 해결하는 방안으로 법인세법은 외국납부세액을 세액공제하거나 소득금액 계산시 손금산입할 수 있도록 하고 있다.

현행 법인세법상 외국납부세액공제 제도로는 직접외국납부세액공제, 간접외국납부세액공제, 간주외국납부세액공제가 있다(법인세법 제57조).

직접외국납부세액공제에 관하여 보면, 국외원천소득에 대하여 소득원천지국에 납부하였거나 납부할 외국납부세액이 있는 경우 내국법인은 ① 법인세법 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 “공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법과 ② 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법 중 하나를 선택할 수 있다(법인세법 제57조, 같은 법 시행령 제94조). 전자를 외국납부세액공제라고 한다.

둘 이상의 국가에 해외사업장을 두고 있는 내국법인의 경우 외국납부세액공제방법으로 국별한도액방법과 일괄한도액방법이 있었으나, 저세율국을 이용한 과도한 외국납부세액공제를 방지하기 위하여 2015. 2. 3. 법인세법 시행령 개정시 국별한도액방법만 허용하는 것으로 개정되었다(법인세법 시행령 제94조 제7항).

간접외국납부세액은, 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 “수입배당금액”이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 보는 것이다(법인세법 제57조 제4항, 제5항).

간주외국납부세액은 국외원천소득이 있는 내국법인이 조세조약의 상대국에서 해당 국외원천소득에 대하여 법인세를 감면받은 세액 상당액을 그 조세조약으로 정하는 범위에서 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 보는 것이다(법인세법 제57조 제3항). 개발도상국의 경제발전을 지원하기 위한 것으로 개발도상국이 외국인투자자에 대하여 조세감면을 하는 경우 그 조세감면효과를 실질적으로 보장하기 위한 제도이다.

(2) 지방세법상 지방소득세 과세표준 산정과 외국납부세액

2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 구 지방세법은 지방소득세를 소득분과 종업원분으로 나누고, 소득분을 다시 소득세분과 법인세분으로 구분하여 각각 소득세액 또는 법인세액의 100분의 10의 세율로 과세하였다(같은 법 제89조). 즉, 소득세법 또는 법인세법에 따라 산정된 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액이 그대로 지방소득세의 과세표준이 되고, 이 금액의 10%를 지방소득세로 함으로써 지방소득세를 국세의 부가세방식으로 규정하였다.

그런데, 2014. 1. 1.자로 개정되어 2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 구 지방세법은 지방소득세를 국세로부터 독립한 과세체계로 변경한다고 하면서 과세표준을 소득세법과 법인세법에 따르도록 하고(구 지방세법 제91조, 제103조의19), 세율을 누진세율 체계로 하였으며(구 지방세법 제92조, 제103조의20), 지방소득세의 세액공제 및 감면 등에 관한 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 하였다(구 지방세법 제94조, 제103조의22).

구 지방세법은 소득세액 또는 법인세액의 10%를 지방소득세로 납부하도록 하였으므로, 소득세법이나 법인세법에 있는 세액공제나 감면에 관한 규정이 지방소득세에 그대로 반영되었다. 한편, 구 지방세법은 구 지방세법과 달리 과세표준을 소득세법과 법인세법에 따라 계산한 금액으로 하도록 하면서 지방소득세의 세액공제와 감면은 지방세특례제한법에 정하도록 함으로써 지방소득세의 세액공제와 감면을 소득세나 법인세와 달리 계산하도록 규정하였다(지방세법 제94조, 제103조의22). 그런데, 2014. 1. 1. 개정된 지방세특례제한법은 개인지방소득세에 대한 외국납부세액공제 등에 관한 규정만 두고 있고(지방세특례제한법 제97조), 법인지방소득세에 대해서는 외국납부세액공제에 관한 규정을 두고 있지 않다. 따라서 법인지방소득세의 경우 외국납부세액공제가 허용되지 아니한다.

나. 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미

구 지방세법은 제103조의19부터 제103조의32까지 내국법인의 법인지방소득세 과세표준 산정에 관하여 규정하고 있는데, 구 지방세법 제103조의19는 법인지방소득세의 과세표준에 관하여 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.”고 규정하고 있다. 법인세법 제13조는 위 가. (1)항에서 본 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준의 산정에 관한 규정이다. 법인세법은 제13조부터 제54조까지 내국법인의 과세표준 계산에 관한 규정을 두고 있고, 제55조부터 제59조까지 외국납부세액공제를 비롯한 세액의 계산에 관한 규정을 두고 있다.

구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미를 ‘법인세법에 따라 산정한 법인세 과세표준’, 즉, ‘법인세 과세표준’과 동일한 의미로 해석할 것인지, 아니면 ‘법인세법 제13조에 규정한 방법에 따라 산정한 금액’의 의미로 해석할 것인지는 문언상 명확하지 아니하다. 전자의 의미라면 법인지방소득세 과세표준을 별도로 산정할 필요 없이 법인세 신고납부시 사용하는 법인세 과세표준을 그대로 가져와서 법인지방소득세 과세표준으로 하면 된다. 그러나 후자의 의미라면 법인지방소득세 과세표준을 법인세법 제13조부터 제54조까지 규정된 내국법인의 법인세 과세표준 산정방법에 따라 별도로 산정하여야 한다.

구 지방세법의 법인지방소득세는 법인세의 부가세 방식으로 부과하던 지방소득세를 법인세와 달리 산정하도록 마련된 제도라는 점에서 법인세법의 법인세 과세표준과 지방세법의 법인지방소득세 과세표준을 동일한 금액으로 보기는 어렵다. 법인세 과세표준과 법인지방소득세 과세표준을 동일한 금액으로 할 의도였다면, 구 지방세법 제103조의19를 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”이 아니라 ‘법인세법에 따라 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 경정·결정한 법인세 과세표준’이라고 규정하는 것이 타당하다. 이러한 점에서 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미는 ‘법인세 과세표준’이 아니라 ‘법인세법 제13조에 규정한 방법에 따라 산정한 금액’으로 해석함이 타당해 보인다. 이에 따를 경우 법인세법상 내국법인의 과세표준은 {각 사업연도의 소득금액 - (이월결손금 + 비과세소득 + 소득공제)}의 산식에 의하여 계산하는 것이므로(법인세법 제13조), 이 산식에 따라 법인지방소득세 과세표준을 산정하면 될 것이다.

다. 관련 판결

대법원은 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”이 ‘법인세법에 따라 산정한 법인세 과세표준’인지, 아니면 ‘법인세법 제13조에 규정한 방법에 따라 산정한 금액’인지 여부가 쟁점이 된 사안에서 명시적인 판단을 하지 않고 아래와 같이 심리불속행 판결을 하였다.

즉, 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두50000 판결의 원심(서울고등법원 2018. 6. 12. 선고 2018누33038 판결)은 간접외국납부세액이 문제된 사안에서, 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미를 ‘법인세 과세표준’과 동일한 의미로 보지 아니하고, 과세표준의 계산방법을 법인세법에 따르라는 의미로 해석하였다. 이에 따라 외국납부세액공제 제도가 없는 법인지방소득세의 경우 그 과세표준을 산정함에 있어서는 법인세법 제15조 제2항 제2호가 적용될 수 없으므로 간접외국납부세액을 익금으로 의제할 수 없다고 하였으며, 대법원은 심리불속행 상고기각판결을 함으로써 위와 같은 원심의 판단을 인정하였다.

라. 법인지방소득세 과세표준 관련 규정의 개정

위와 같이 법인지방소득세 과세표준 산정에 관하여 실무상 많은 논란이 있고, 대법원에서 심리불속행 판결로 과세관청의 주장을 배척하자, 과세당국은 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미가 ‘법인세 과세표준’과 동일한 의미라는 점을 명문화한다는 입장에서 2019. 12. 31. 아래와 같이 관련 규정을 개정하였다.

즉, 2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정된 지방세법 제103조의19는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.”에서 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.”로 개정되었다.

“「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액” 부분을 “「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액”으로 개정한 것이다. 2019. 12. 31.자 개정 지방세법에 따르면 법인지방소득세의 세액공제나 세액감면은 지방세특례제한법에서 정하도록 되어 있는데(지방세법 제94조, 제103조의22), 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대해서는 외국납부세액공제 규정을 두고 있으면서(지방세특례제한법 제97조) 법인지방소득세에 대해서는 여전히 외국납부세액공제 규정을 마련하지 않고 있다. 이로 인하여 동일 소득에 대해 국제적으로 이중과세가 발생할 수 있다. 따라서 법인세법과 마찬가지로 이중과세를 조정하는 장치로서 법인지방소득세에 대해서도 외국납부세액공제에 관한 조속한 입법이 필요하다.1) 2019. 12. 31.자 개정 지방세법의 규정대로 시행하는 경우 이중과세로서 위헌이라는 주장이 제기될 수 있고, 대법원은 위와 같은 개정에도 불구하고 여전히 “「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준”

의 의미를 법인지방소득세 과세표준의 계산방법을 법인세법에 따르라는 의미로 해석하여 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에서 제외되는 것으로 개정 지방세법 제103조의19를 좁게 해석할 가능성도 있다.2)

마. 대상 판결의 의의

구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미가 무엇인지에 대해서는 많은 논란이 있고, 이는 법인지방소득세의 과세표준 산정에 있어서 매우 중요한 의미를 가진다. 대상 판결은 직접외국납부세액과 간접외국납부세액이 모두 문제된 사안인데, 이 사건의 쟁점인 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”의 의미와 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부에 관하여 명시적인 판단을 하지 않았지만, 심리불속행 상고기각판결을 하여 원심판결을 확정함으로써 결과적으로 종전과 동일한 입장임을 확인해 주었다. 즉, 구 지방세법 제103조의19의 “법인세법 제13조에 따라 계산한 금액”은 법인지방소득세의 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 의미이지, 법인세 과세표준과 동일한 의미라고 해석할 수 없고, 따라서 외국납부세액은 직접외국납부세액이든 간접외국납부세액이든 모두 법인지방소득세 과세표준에 포함시킬 수 없다는 것이다.

그런데, 대법원이 이와 같이 중요한 법률규정의 해석에 대해 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두50000 판결에 이어 또다시 명확한 판단을 하지 아니하고 심리불속행 상고기각판결을 한 것은 잘못된 것이고, 법률해석에 관한 최종 판단기관이라는 대법원의 본래 역할을 저버리는 행위이다. 대법원이 이와 같이 세법에 관해 명확한 법률해석을 해야 할 사안에서 아무런 판단을 하지 아니하는 심리불속행 상고기각판결을 함으로 인하여 실무상 과세관청은 계속하여 동일한 처분을 하고 있고, 납세자와 과세관청간에 불필요한 다수의 분쟁이 계속되고 있다.

대법원이 이와 같이 법률상 쟁점에 대해 명확한 판단을 하지 않고 심리불속행 상고기각판결을 함으로써 실무상 혼란과 불필요한 분쟁을 가져온 최근의 대표적인 사례는 아래와 같다.

한․중 조세조약상 간주외국납부세액공제와 관련하여 2006년 체결된 한․중 조세조약 제2의정서 제5조 제1항3)(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)의 전문과 후문을 어떻게 해석할 것인지에 대하여 실무상 많은 논란이 있었고, 납세의무자와 과세관청 간에 다수의 분쟁이 있었다. 위 쟁점이 최초로 제기된 사건에서 서울행정법원 2013. 12. 3. 선고 2013구합6374 판결은 한․중 조세조약 제2의정서 제5조 제1항 후문이 규정한 10%의 간주세율을 적용한 세액에서 실제 중국에 납부한 5%의 제한세율을 적용한 세액을 뺀 나머지 세액은 법인세법 제57조 제3항에서 정한 간주외국납부세액공제 대상이 된다고 판시하였고, 항소심인 서울고등법원 2014. 5. 28. 선고 2013누53402 판결이 제1심을 유지하였는데, 대법원은 위 사건의 쟁점이 명백한 법리판단대상임에도 불구하고 심리불속행 상고기각판결(대법원 2014. 10. 15. 선고 2014두38019 판결)을 하였다.

이와 같이 대법원이 법리적인 쟁점에 대한 판단을 하지 아니함으로써 그 이후 과세관청은 위 쟁점에 관한 대법원의 확인된 선례가 없다는 이유로 동일한 쟁점이 문제된 관련 사안에 대해 계속 과세를 하였고, 이로 인해 납세자와의 불필요한 분쟁이 계속되었다. 관련 사건의 하급심에서는 서로 엇갈리는 판결이 나왔다. 그 후 대법원 2018. 3. 13 선고 2017두59727 판결에 이르러서야 비로소 대법원이 위 쟁점에 관한 법리판단을 함4)으로써 관련 사건들이 모두 종결될 수 있었다. 이와 같이 법리판단이 쟁점이 되는 사건의 경우 대법원이 법리판단을 하지 않고 심리불속행 상고기각판결을 하는 것은 법리판단이라는 상고법원 본연의 임무를 저버리는 것이고, 이로 인하여 과세실무상 혼란을 야기하고 납세자들의 불복으로 인한 불필요한 시간과 비용의 낭비를 가져오는 것이므로 속히 개선되어야 한다.

이런 점에서 대상 판결의 쟁점에 대해서는 대법원이 지금이라도 명확한 법리판단을 하여 과세실무상 혼란과 불필요한 분쟁을 방지할 필요가 있다.

[관련 설명]

1) 김홍철, “외국납부세액에 대한 지방소득세 과세의 연구”, 한국지방세연구원 부설 지방세교육관 개관기념 세미나 자료집(2018) 123-130면, 김주성, “외국납부세액의 법인지방소득세 과세표준 산입여부”, 특별법연구 제17권(2020), 255-265면, 정승영, “법인지방소득세의 외국납부세액공제 관련 쟁점에 대한 고찰, 조세학술논집 제36집 제1호(2020), 130-148면 참조.

2) 대법원은 문언상으로는 과세대상에 해당되는 경우에도 입법취지 등을 고려하여 과세대상에서 제외되는 것으로 좁게 해석하기도 한다. 이러한 입장에서 대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결은 과점주주의 제2차 납세의무의 범위를 1차 과점주주만 해당되는 것으로 좁게 해석하였고, 대법원 2018. 10. 4. 선고 2018두44753 판결과 대법원 2019. 3. 28. 선고 2015두3591 판결은 지분율이 50%를 초과하여 과점주주의 지분율 요건을 충족하였음에도 불구하고 제반 사정을 고려하여 주주권을 실질적으로 행사한 것으로 볼 수 없다고 하여 과점주주의 간주취득세부과처분을 위법하다고 판단하였다.

3) “3. 이 조 제1항 가목 및 제2항에서 언급하고 있는 일방 체약당사국에서 납부하는 조세는 조세경감, 면제 또는 경제발전 촉진을 위한 그 밖의 조세유인조치 관련 법률규정이 없었더라면 납부하였어야 할 조세를 포함하는 것으로 간주한다. 이 항의 목적상 제10조 제2항, 제11조 제2항과 제12조 제2항의 경우에는 세액은 각각 배당, 이자 및 사용료 총액의 10퍼센트인 것으로 간주한다.”

4) 위 대법원 2017두59727 판결은 “이 사건 조항 후문은 한․중 조세조약 제10조 제2항 등의 경우에는 세액공제의 대상인 외국납부세액을 배당 등 총액의 10%로 간주하는 방식을 채택하여 조세조약 자체에서 체약당사국에서 납부한 것으로 간주되는 세액을 일률적으로 정하고 있다. 즉, 한․중 조세조약 제10조 제2항 (가)목은 ‘배당의 수익적 소유자가 배당을 지급하는 회사의 자본 25% 이상을 직접 소유하는 회사(조합은 제외)인 경우’에는 이중과세를 최소화하고 국제투자를 촉진할 필요성이 일반적인 경우보다 크다고 보아 일반적인 경우에 적용되는 제한세율인 총배당액의 10%보다 낮은 5%의 한도 내에서만 배당소득에 대한 원천지국 과세를 인정하고 있는데, 이 사건 조항 후문은 그와 같은 경우에 실질적으로 투자유치의 효과를 거둘 수 있도록 일률적으로 10%의 세율이 적용되는 것으로 간주하여 외국납부세액을 산정하도록 하고 있다.

이처럼 공제세율을 간주함으로써 특별한 조세혜택을 부여하는 방식은 한․중 조세조약 체약국의 의사에 따라 그 적용대상과 시한이 명확히 한정되어 있는 만큼, 원천지국의 국내법률에서 거주지국 투자회사가 받는 배당소득에 대한 세율이 변경되었다고 하여 그에 따라 이 사건 조항 후문의 의미가 달라진다고 보기 어렵다.

위에서 본 간주외국납부세액 공제에 관한 규정의 체계와 내용 등에 비추어 보면, 한․중 조세조약 제10조 제2항 (가)목에 의하여 원천지국에서 5%의 제한세율로 배당소득에 대한 조세를 납부하였더라도, 이 사건 조항 후문에 따라 원천지국에 납부한 것으로 간주되는 세액은 총배당액의 10%로 보는 것이 타당하다.“고 판시하였다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ (사)한국조세연구포럼 회장