납세자는 세무조사가 위법한 경우 조사를 거부할 수 있다. 설령 조사가 진행됐다 하더라도 위법한 조사로 받은 과세처분은 부당한 것으로 본다.

국세청이 한국세법학회에 의뢰한 ‘세무조사의 범위 설정에 관한 연구-통합조사와 부분조사의 관계를 중심으로-’ 보고서에 따르면 대법원은 법률에 의해 허용되지 않는 중복조사를 실시해 행한 조세부과처분은 위법하다고 판시했다.

대법원(2004두12070) 판결에 따르면 국세청은 1998년 11월경 A씨의 부동산 임대사업과 관련한 부가가치세 탈루여부에 대해 세무조사를 실시하고, 그 결과 임대수입을 일부 누락한 사실을 밝혀내 부가가치세 증액경정처분을 했다.

그러나 서울지방국세청이 A씨의 개인제세 전반에 대해 특별세무조사를 한다는 명목으로 이미 부가가치세 경정조사가 이루어진 과세기간에 대해 다시 임대수입의 누락여부, 매입세액의 부당공제 여부 등에 관한 조사를 했고, 이는 중복조사이므로 위법하다고 법원은 판단했다.

또한 대법원은 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위해 행해진 경우 그러한 세무조사에 의해 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분도 위법하다고 보고 있다.

대법원(2016두47659) 판결에 따르면 국세기본법에서 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위해 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 해야 하며, 다른 목적 등을 위해 조사권을 남용해서는 안 된다고 규정하고 있다.

이 조항은 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는 것으로, 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위해 행해진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고, 이로 인해 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다는 것이다.

실제로 국세청은 위법·부당한 세무조사에 대해서는 납세자보호위원회를 열어 조사를 중지하거나, 조사기간 연장의 축소, 조사범위 확대 제한 등의 조치를 내리고 있다.