법인지방소득세의 독립세화로 인해 기업들이 국세청의 세무조사와는 별도로 지방자치단체들로부터도 세무조사를 받게 될 것이라는 우려가 커지고 있는 가운데 기획재정부가 공식 입장을 나타냈다.

기획재정부는 17일 이같은 지적에 대해 지자체에서 법인지방소득세 과세표준에 대해서 국세와 별도로 세무조사하는 문제는 법인지방소득세를 독립세화한 취지를 벗어나고, 기업부담이 크게 늘어나는 점을 고려할 필요 있다고 밝혔다.

기재부는 그러면서 “(이 문제는) 행정자치부와 협의하여 당초 취지대로 운용될 수 있도록 개선방안을 마련해 나갈 것”이라고 덧붙였다.

정부는 지방의 과세자주권 확대차원에서 2014년부터 법인지방소득세 과세표준을 국세와 공유하면서 세액공제?감면분을 자율적으로 결정하도록 했다. 이에 따라 모든 기초지방자치단체가 지방에 사업장이나 지사를 둔 기업의 본사를 상대로 세무조사를 할 수 있게 되었고, 그동안 국세청만을 상대했던 기업들은 전국의 지자체들로부터도 세무조사를 받게 되는 부담을 안게되었다는 지적이 제기돼 왔다.