1. 사실관계

가. 원고들은 1989. 1. 4.경부터 서울 금천구 (주소 생략)에서 ‘○○○○'을 공동으로 운영하였는데, ○○○○은 ‘그 밖의 제품 제조업'에 해당하는 실물설명용 모형 제조를 주된 업종으로 하였다.

나. ○○○○의 매출액 및 계속 고용 근로자의 수는, 2015 과세연도에는 각각 7,379,508,500원 및 71명이었다가, 2016 과세연도에는 각각 12,645,612,350원 및 63명이었다.

다. 원고들은 2017. 5.경부터 6월경까지 각각 ○○○○이 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘소기업'이 아님을 전제로 2016 과세연도 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.

라. 원고 1은 2017. 11. 8. 피고 성북세무서장에게 종합소득세 129,869,312원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를, 원고 2는 2017. 11. 15. 피고 구로세무서장에게 종합소득세 129,663,291원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 원고들은 위 경정청구에서 ‘○○○○은 2015 과세연도 매출액과 계속 고용 근로자 수가 각각 100억 원과 100명 미만이어서 종전규정의 소기업 요건을 갖추었으므로, 이 사건 부칙조항에 의하여 2019 과세연도까지 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받아야 한다'고 주장하였다.

마. 피고 성북세무서장은 2017. 12. 22., 피고 구로세무서장은 2017. 12. 21. ○○○○이 2016 과세연도에 소기업에 해당하지 않는다는 이유로 원고들의 각 경정청구를 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 거부처분'이라고 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되었으나 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 정하고 있는 경우 구법이 적용되어야 하는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결)

가. 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되고 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항은 중소기업 중 감면 업종인 제조업[제1호 (마)목]을 경영하는 기업에 대해서는 2017. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등에 ‘대통령령으로 정하는 소기업'이 수도권에서 제조업을 경영하는 사업장의 경우 100분의 20의 감면 비율[제2호 (나)목]을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다고 정하고 있다(이하 ‘중소기업특별세액감면'이라고 한다). 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제1호(이하 ‘종전규정'이라고 한다)에 의하면, 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘대통령령으로 정하는 소기업' 중 '제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업'이란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자(이하 ‘계속 고용 근로자'라고 한다)의 수가 100명 미만이고, 매출액이 100억 원 미만인 중소기업을 말한다.

2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령은 제6조 제5항(이하 ‘개정규정'이라고 한다)에서 종전규정 중 계속 고용 근로자의 수에 관한 요건을 삭제하면서 ‘대통령령으로 정하는 소기업'을 ‘중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업'으로 정하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령(2017. 10. 17. 대통령령 제28378호로 개정되기 전의 것) [별표 3] 제27호는 ‘그 밖의 제품 제조업'을 주된 업종으로 하는 중소기업 중에서 매출액이 80억 원 이하인 기업을 소기업으로 정하고 있다. 따라서 개정규정에 의하면 중소기업특별세액감면을 받는 ‘대통령령으로 정하는 소기업' 중 '그 밖의 제품 제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업'은 계속고용 근로자의 수와 관계없이 매출액이 80억 원 이하인 중소기업을 말한다.

이와 같이 중소기업특별세액감면을 받는 ‘소기업'의 범위가 종전규정 및 개정규정에서 달라짐에 따라 위 개정 구 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조는 ‘소기업의 범위에 관한 경과조치'라는 제목으로 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”라고 정하고 있다(이하 ‘이 사건 부칙조항'이라고 한다).

나. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조). 또한 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 하나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되면서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과조치를 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 정하고 있는 경우에는 구법이 적용되어야 한다(대법원 1999. 7. 9. 선고 97누11843 판결 참조).

다. 앞서 본 관련 규정의 문언과 취지를 위와 같은 법리에 따라 살펴보면, 이 사건 부칙조항의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016. 1. 1. 당시인 2016 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다. 따라서 2016 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 기업은 이 사건 부칙조항의 적용 대상이 아니므로, 2016 과세연도에 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등과 관련하여 이 사건 부칙조항에 의하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 이 사건 부칙조항의 문제점

이 사건 부칙조항은 소기업의 범위에 관한 경과조치로 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1.일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”라고 규정하고 있다. 여기에서 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시”는 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016. 1. 1.을 의미한다. 그리고 “종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업”은 위 개정 이전의 법령에 따른 소기업이므로 계속 고용 근로자의 수가 100명 미만이고 매출액이 100억 원 미만인 중소기업을 말한다.

문제는 이 사건 부칙조항이 그 적용대상을 규정하면서 2016. 1. 1. 당시(법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시) ‘종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되는 기업’이라고 현재형으로 규정하지 않고 “종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업”이라고 과거형을 사용하고 있어 그 적용대상이 되는 소기업의 범위가 명확하지 않다는 점이다. 입법의 실수로 보인다.

이 사건 부칙조항의 적용대상을 개정법률 시행 당시인 2016. 1. 1. 현재 개정법률 시행 직전 과세연도인 2015년도에 소기업에 해당되었던 기업은 그 이후 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 모두 감면대상인 소기업으로 본다는 의미인지, 아니면 2016. 1. 1. 이후 2019. 1. 1.이 속하는 각 과세연도별로 개정법률 시행 전의 종전 기준을 적용하였을 때 소기업에 해당되는 과세연도에 한하여 감면대상으로 본다는 의미인지 불명확하다.

전자와 같이 해석하면 2015년도에 한번 종전 규정에 따른 소기업에 해당되면 2016. 1. 1. 이후 2019. 1. 1.이 속하는 각 과세연도에는 종전 규정에 따른 소기업에 해당되지 않는 경우에도 계속하여 감면대상이 된다는 결론인데, 개정법률 시행 전 각 과세연도에는 감면대상 여부를 과세연도별로 각각 판단하였음에도 불구하고 개정법률 시행 이후에는 2015년도에 한번 감면대상이 되었다는 이유로 그 이후 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 4개 과세연도에는 종전 규정에 의한 소기업 요건을 충족했는지 여부와 관계없이 감면대상으로 본다는 것이어서 문제가 있다.

또한 이 사건 부칙조항은 그 시점을 “일부개정법률 시행 당시”라고 하여 2016. 1. 1. 기준임을 명시하고 있어서 “소기업에 해당되었던”에 해당되는 과세연도를 직전 과세연도인 2015년도로만 해석할 근거가 명확하지 않다는 점에서도 문제가 있다. 이러한 점에서 이 사건 부칙조항의 해석에는 합목적적 해석이 필요하다.

나. 관련 유권해석

이 사건 부칙조항과 관련된 기획재정부 유권해석을 보면, ‘조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 부칙 제22조의 규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일이 속하는 직전 과세연도에 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항에 따른 소기업에 대하여 적용하는 것임’(기획재정부 조세특례제도과-266, 2018.04.06.)이라고 하여 직전 과세연도, 즉, 개정법률 시행 전인 2015년도에 종전 규정에 의한 소기업을 그 적용대상으로 한다고 해석하였다.

그런데 그 이후에 ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일이 속하는 직전 과세연도에 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종전 규정’) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하는 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 것, 이하 ‘개정 규정’) 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당하지 않으나, 종전 규정 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하는 경우 개정 규정 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)에 따른 소기업으로 보는 것임’(기획재정부 조세특례제도과-751, 2019.12.24.)이라고 하여 개정법률 시행 직전 과세연도인 2015년도에 소기업에 해당되었던 기업이 그 이후 특례적용기간인 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 종전 규정에 의한 소기업에 해당하는 과세연도에 한하여 이 사건 부칙조항이 적용된다고 해석하고 있다.

결국 조세특례제한법령의 주무부처인 기획재정부는 ① 개정법률 시행 직전 과세연도인 2015년도에 종전 규정에 의한 소기업에 해당되고, 또한 ② 특례적용기간인 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도에 종전 규정에 의한 소기업 요건을 충족한 과세연도에 한하여 이 사건 부칙조항을 적용할 수 있다고 해석하고 있다. 이러한 해석에 따르면 2015년도에 종전 규정에 따른 소기업이 아니면 그 이후 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 사이의 어느 과세연도에 종전 규정에 의한 소기업 요건을 충족한 경우에도 감면대상이 되지 못한다.

그러나 개정법률 시행 직전 과세연도에 종전 규정에 의한 소기업만을 이 사건 부칙조항의 적용대상으로 한정할 명확한 근거가 없다는 점에서 기획재정부의 위와 같은 유권해석은 문제가 있다.

다. 대상 판결의 의의

위 나.항에서 본 바와 같이 기획재정부는 개정법률 시행 직전 과세연도에 종전 규정의 요건을 충족한 소기업만을 이 사건 부칙조항의 적용대상으로 하여 특례적용기간 내 각 과세연도별로 종전 규정의 충족 여부를 판단하여 감면대상 여부를 결정해야 한다고 해석하였다. 그러나 대상 판결은 개정법률 시행 직전 과세연도에 종전 규정에 의한 소기업에 해당되었는지 여부와는 관계없이 특례적용기간의 과세연도별로 종전 규정의 요건을 충족한 소기업을 감면대상 소기업이라고 해석함으로써 기획재정부의 유권해석에 의한 경우보다 감면대상을 넓게 보고 있다.

대상 판결에서 원고는 매출액과 계속 고용 근로자수가 2015 과세연도에는 각각 7,379,508,500원 및 71명이었으나, 2016 과세연도에는 각각 12,645,612,350원 및 63명이어서 2015 과세연도에는 종전 규정에 의한 소기업에 해당되나 2016 과세연도에는 매출액이 100억원 이상이므로 개정 규정뿐만 아니라 종전 규정에 의하더라도 소기업에 해당되지 아니한다. 결론적으로 원고는 기획재정부의 유권해석에 의하든 대상 판결에 의하든 2016 과세연도에는 매출액이 100억원 이상이므로 종전 규정에 의한 소기업 요건을 갖추지 못한 것이므로 감면대상이 되지 못한다.

이 사건 부칙조항은 그 적용대상을 개정법률 시행 직전 과세연도에 종전 규정의 요건을 충족한 소기업으로 명시하지 않았다는 점, 법률개정 이후에도 특례적용기간이 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 약 4년이나 된다는 점을 고려하면, 이 사건 부칙조항의 적용대상을 직전 과세연도에 소기업에 해당되는 경우로 제한할 것이 아니라, 대상 판결과 같이 특례적용기간 중 과세연도별로 종전 규정의 요건을 충족하였는지 여부에 따라 감면대상인지 여부를 판단하는 것이 합목적적 해석으로서 타당하다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장