과세청 “2008년 12월 개정된 법인세법 93조제9호 근거 과세정당”

대법원 “외국등록 특허권 사용료는 국내원천소득 해당 안돼”

과세관청과 법원의 상반된 해석…납세자만 혼란 '줄 소송' 이어져

◆ 사실관계 및 과세처분 개요 

노형철 고문 세무사 (법무법인 세종)
노형철 고문 세무사 (법무법인 세종)

청구법인은 미국에서 설립된 법인으로서 2016년 7월30일 당시 자회사가 확보 및 관리하고 있던 특허에 대하여 A사(내국법인)와 라이선스 및 부제소 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결했다.

A사는 쟁점계약에 따라 청구법인에 2016~2017사업연도에 특허권 사용대가로 00원(이하 전체사용료라 한다)을 지급하면서 이를 국내원천 사용료소득으로 보아 한미조세조약 제14조 제1항에 따라 15%의 제한세율을 적용하여 법인세를 원천징수하여 신고․납부했다.

청구법인은 A사가 지급한 전체사용료 중 국내에 미등록된 외국특허권(00개)에 상당하는 사용료 대가는 한미조세조약에 따라 국내에서 과세되지 아니한다 하여 2021년 2월 9일 처분청에 2016~2017사업연도 법인(원천)세 합계 O원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청이 2021년 4월 5일 쟁점사용료가 국내원천소득에 해당한다는 이유로 이를 거부하자 2021년 4월 26일 심판청구를 제기하였으나, 심판원은 이를 기각했다.

◆ 청구법인의 주장과 처분청의 경정청구 거부사유

가. 청구법인의 주장

1) 한미조세조약 제14조 제4항은 특허 등의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금을 사용료라고 규정하며, 동 조약 제6조 제3항에서는 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급한다.”고 규정하고 있고,「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”) 제28조는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는「법인세법」제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다고 명시적으로 규정하고 있다.

2) 한미조세조약의 사용료 조항에 규정된 ‘사용’이라 함은 특허권 속지주의 원칙에 따르면 특허권이 등록된 국가에서만 존재하는 개념이다. 이와 관련하여 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없으므로 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 특허권(이하 “외국등록 특허권”)과 관련하여 지급받는 소득은 국내원천소득에 해당하지 않는다는 것이 대법원의 확립된 입장이다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

따라서 외국등록특허권의 사용대가로 지급된 쟁점사용료에 대한 원천징수세액은 환급되어야 하므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청의 의견

1) 한미조세조약 제6조 제3항 및 제14조 제4항에서 사용료소득의 원천결정 기준으로 사용지주의를 채택하고 있어 사용료소득의 원천지국은 ‘당해 일방국가에서 특허권 등이 사용되었는지’에 따라 결정되므로 ‘사용’의 개념이 가장 핵심되는 것임에도 이에 관하여 한미조세조약에서는 ‘사용’에 관하여 구체적인 규정을 두고 있지 아니하다.

2) 한미조세조약 제2조 제2항은 당해 조약에서 정의되지 않은 개념은 그 조세를 결정하는 체약국의 법에 따르도록 하는 방법으로 과세권을 배분하고 있으므로 한미조세조약에서 명백히 언급하지 않은 ‘사용’의 개념에 관하여는 원천소득 과세를 규율하는 국내법인 「법인세법」에서 규정하고 있는 의미를 살펴보아야 하는데, 2008. 12. 26. 개정된 「법인세법」 제93조 제9호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”고 규정하고 있고, 쟁점사용료는 동 법 시행 이후에 지급되었으므로 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아야 한다.

◆ 조세심판원의 결정(조심 2021서2923 결정, 2021. 7. 27.)

조세심판원은 한미조세조약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점, 「법인세법」제93조 제8호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어 이 건 외국등록 특허권에 대한 국내 사용과 관련하여 지급된 쟁점사용료는 청구법인의 국내원천소득에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 하면서 기각결정을 하였다.

◆ 시사점

1) 한미조세조약은 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있는바, 국내에는 미등록되어 있으나 미국 등 다른 국가에 등록된 특허권의 사용대가를 국내법인이 지급하는 경우 동 특허권이 국내에서 ‘사용’된 것으로 보아 국내원천소득으로 볼 것인지 여부에 대하여 다툼이 있는 것이다.

2) 2008년 세법개정 이전의 대법원 판결을 살펴보면, 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누6887 판결에서 특허권은 그 특허권이 설정 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것으로 보아 외국법인의 특허권이 등록되어 있지 아니한 대한민국에서 당해 특허제품이 생산되어 특허권이 등록된 외국으로 수출, 판매되는 경우에 있어 특허권의 사용 또는 침해문제는 특허권을 가진 외국법인이 그 특허권의 효력이 미치는 외국 내에서 위 특허제품의 수입, 판매에 대하여 가지는 특허실시권의 사용, 침해에 관한 문제일 뿐 대한민국 내에서의 특허제품 사용 자체에 관한 문제와는 관계가 없다고 판단하였다.

또한 대법원은 대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결에서 “특허권의 속지주의 원칙상… 법인세법에서 국내원천소득으로 규정한 ‘특허권을 국내에서 사용하는 경우에 당해 대가로 인한 소득’ 또는 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에서의 ‘특허권에 대한 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’는 규정의 의미는 외국법인 또는 미국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득을 의미한다.”고 판시하여 외국등록 특허권에 대하여 지급한 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다고 하였다.

3) 이러한 판례가 반복되자, 기획재정부는 2008년 법인세법 제93조 제9호를 개정하여 외국등록 특허권이라도 국내에서 제조 또는 판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계 없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 하여 외국등록 특허권에 대하여 지급한 사용료를 국내원천소득으로 보기 위한 근거를 마련하였다.

그러나 동 국내법 개정 이후에도 대법원은 국조법 제28조에서 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”고 규정하고 있어 한미조세조약에 따라 판단하면, 특허권의 속지주의 원칙상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다고 판시(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 외 다수, 같은 뜻임)하는 등 여전히 외국등록 특허권과 관련하여 지급받는 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판단하였다.

4) 특허법 제87조 제1항에서 특허권은 ‘설정등록’에 의하여 발생한다고 규정되어 있다. 그리고 대법원 판례에 의하면 특허권은 등록지에서만 특허권으로 인정받을 수 있는 속성을 가지고 있으므로 국내에 등록되지 않았다면 특허권으로 존재할 수 없고, 존재할 수 없는 특허권의 사용료를 지급한 것은 ‘한미조세조약상의 특허권의 사용료’로 볼 수 없다는 것이다.

즉, 국내에서 존재할 수 없는 특허권을 사용하고 그 사용대가를 지급한다는 것은 생각할 수도 없고 가능하지도 않은 것이므로 개념적으로 성립할 수 없는 특허권의 사용료를 한미조세조약상의 국내원천소득으로 인정할 수 없다는 것이 대법원 판례의 논거이다.

5) 국내에서는 등록되지 않고 외국에서만 등록된 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 인정하지 않는 대법원 판례는 위와 같이 특허권의 속지주의 원칙에 기초한 이론적 근거를 기반으로 한 것이기는 하나, 기술격차가 큰 국가와의 관계에 있어서는 국가간 과세권 배분에 불균형이 발생할 여지도 있다.

한편, 외국등록 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 인정하여 과세할 경우에도 관련 세액을 국내 법인에게 전가하는 경우에는 국내법인의 부담만 증가할 수도 있다는 현실적인 문제도 있다.

그러나 현재 상황에서 무엇보다 가장 시급한 문제는 국세청과 조세심판원에서 외국등록 특허권의 국내 사용대가를 국내원천소득으로 보고 있고(과세권 있음), 법원에서는 지속적으로 국내원천소득이 아니라고 봄에 따라(과세권 없음), 납세자로서는 신고 및 납부를 한 후, 다시 세무서에 경정청구를 하고, 조세심판을 거쳐 행정소송을 하여야 권리구제를 받을 수 있어서 이에 따른 경제적 비용부담이 적지 않게 발생하고 있다.

6) 한편, 위 2008년 법인세법 개정후 대법원 판결(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결)의 소송에서 피고측은, 법인세법 및 한미조세조약상 “‘사용’은 법적 권리가 수반되지 않더라도 사실상 사용한 것을 염두에 두고 있는 표현이고, ‘사용할 권리’는 법적 권리가 수반된 형태를 염두에 둔 것인바, 원고는 국내에서 법적 권리가 수반되지는 않았지만 사실상 이 사건 특허기술을 사용하였고, 그 기술은 적어도 한미조세협약에서 규정하고 있는 특허 내지 기타 이와 유사한 재산 또는 권리‧지식‧경험‧기능이므로 이 사건 실시료는 법인세법 및 한미조세조약상 국내원천 사용료소득이다.”라고 주장하였다. 즉, 피고는 원고가 그 특허기술을 사용하여 제품을 생산하는 장소가 국내인 이상 그 대가는 국내원천소득으로 평가되어야 한다고 주장하였으나, 당시 법원(서울고등법원 2012. 7. 11. 선고 2012누8382 판결, 원심)에서는 ‘국내 제조, 판매에 사실상 이용되는 외국특허권의 내용에 포함되어 있는 제조방법‧기술‧정보 등’을 일컬어 ‘사실상 특허’라고 지칭하고, ‘사실상 특허’를 국내에서 사용한 대가로 지급한 경우에는 국내원천소득이 되는 것인데, 원고가 지급한 대가는 미국에 등록한 특허권 침해에 대한 소송의 종료와 쌍방에게 특허실시권을 주기 위한 화해계약에 따른 지급이므로 ‘사실상 특허’에 대한 지급으로 볼 수 없어서 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하였다.

원심은 ‘사실상 특허’라는 새로운 개념을 통하여 외국등록 특허권의 사용대가를 국내원천소득으로 인정할 수도 있다고 판단하였으나, 대법원은 종전과 동일하게 국내에 등록되지 않은 외국등록 특허권은 국내에서 특허권의 침해가 발생할 수 없어서 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것은 관념할 수가 없으므로 국내원천소득으로 보지 않았다.

이에 따라, 기획재정부는 외국등록 특허권 사용료에 대한 과세권 확보를 위해 2019년말 소득세법 및 법인세법을 개정하여 외국등록 특허권 등에 포함되어 있는 제조방법‧기술‧정보 등이 국내에서 제조‧생산 등에 사용된 경우, 사용료의 개념에 포함되는 ‘기타 이와 유사한 재산 또는 권리’의 사용대가로서 국내원천소득으로 보도록 법령을 개정하였는 바, 이러한 개정은 국내에 등록되지 않은 외국특허권의 사용을 한미조세조약상 특허권의 사용이 아닌, 제조방법·기술 등 기타 유사한 재산 또는 권리로 보도록 한 것이다.

2019년말 개정법령에 대하여는 법원의 최종판단이 아직 이루어지지 아니하였는바, 그 결론에 귀추가 주목된다.

(법무법인 세종 조세심판전문팀 변호사 김형원 공동검토)

저작권자 © 세정일보 [세정일보] 세정일보 무단전재 및 재배포 금지