어느 세목의 특정 과세기간의 특정 항목에 대해 세무조사를 한 경우 다시 동일 세목의 같은 과세기간에 대해 세무조사를 할 수 있는지 여부

1. 사실관계와 쟁점

A법인의 관할세무서장은 2011. 7. 6. 조사대상 세목을 ‘법인세 부분조사’로, 조사대상기간을 ‘2006. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지‘로, 조사범위를 ’본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련한 사항‘으로 한 세무조사결정을 통지하고 세무조사를 실시하였다. 그 후인 2012. 3. 21. 세무서장은 다시 A법인에게 조사대상세목을 ’법인제세 통합조사‘로, 조사대상기간을 ’2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지‘로 하는 세무조사결정을 통지하였다.

이 사건의 쟁점은 위와 같이 이미 세무조사를 실시한 동일한 기간(2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.)의 동일한 세목(법인세)에 대해 다시 세무조사를 하는 것이 허용되는지 여부이다.

2. 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결: 이미 세무조사를 실시한 동일 세목과 동일 과세기간에 대해서는 예외사유가 없는 한 중복하여 세무조사를 할 수 없음

대법원은, “세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만, 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다”라고 판결하였다.

3. 대상판결에 대하여

국세기본법은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 중복된 세무조사(예를 들면, 동일 회사에 대해 2013년도 법인세 조사를 한 차례 실시한 이후에 다시 2013년도 법인세 조사를 하는 경우)를 금지하고 있다.

다만, ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 등’ 법령에 규정된 사유가 있는 경우에 한하여 예외적으로 중복된 세무조사를 허용하고 있다. 따라서 위와 같은 예외적인 사유가 있지 아니한 경우에는 동일한 세목 및 동일한 과세기간에 대해서는 중복하여 세무조사를 할 수 없는 것이다.

대법원이 이와 같이 세무조사를 엄격하게 제한하는 이유는 납세자의 영업의 자유와 법적 안정성을 보호하고, 과세관청의 세무조사권 남용을 방지하고자 하는데 있다.

최근 들어 대법원은 과세관청이 세무조사를 실시함에 있어서 절차적 적법성을 엄격하게 준수할 것을 요구하는 취지의 판결을 계속해 오고 있다.

즉, 대법원은, 구 국세기본법 제81조의5가 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의5와 제81조의3 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 과세처분은 위법하다고 판결함으로써(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결) 세무조사대상자 결정에 있어서도 적법절차를 준수할 것을 요구하고 있다.

대법원은 또 중복조사가 허용되는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에 정한 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과ㆍ징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다고 판시했다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두43257 판결).

또한 구 국세기본법(2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제81조의3에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하고, 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어려우며(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결), 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 판시하였다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결).

대상판결은 세무조사의 절차적 적법성을 강조하고, 중복 세무조사의 범위를 엄격하게 제한한 판결로서 의미가 있다. <글, 유철형 변호사>

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