과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국고보조금 등을 지급받는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있는지 여부에 대한 대법원 판례를 소개한다.
1. 사실관계와 쟁점
① 구 한국환경자원공사법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 폐지되기 전의 것)에 따라 폐비닐 재활용·처리·판매 등의 목적으로 설립된 공법인인 한국환경자원공사는 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중에 농경지에 방치된 폐비닐을 무상으로 수거한 후 지역별 사업소에서 선별한 다음, 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 가공 없이 직접 판매하고 그 외의 폐비닐은 자체적으로 재활용 처리를 하여 가공품 등을 생산·판매하며 자체 재활용 처리가 지연된 폐비닐은 외부업체에 위탁하여 처리하여 온 사실, ② 한편 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 한국환경자원공사의 재산과 권리·의무를 포괄승계한 사실(이하 ‘한국환경자원공사’와 ‘원고’를 통칭하여 ‘원고’라고 한다), ③ 그런데 피고들은 원고가 직접 판매하거나 자체 재활용 처리로 생산한 가공품 등을 판매한 것은 과세사업에 해당하지만 그 외에 외부업체에 위탁하여 처리한 것(자체 재활용 처리 후 외부 위탁처리한 부분을 포함한다)은 비과세사업에 해당한다는 이유로 ㉠ 외부 위탁처리와 관련된 매입세액과 ㉡ 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금(이하 ‘국고보조금 등’이라고 한다)을 비과세공급가액으로 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용하여 직접 판매 및 자체 재활용 처리와 관련된 공통매입세액을 과세사업의 공급가액과 국고보조금 등의 비율에 따라 안분하여 산정한 매입세액을 각각 불공제한 다음, 2010. 6. 1.부터 2010. 9. 5.까지 원고에게 각 부가가치세 부과처분을 한 사실이 있다.
이 사건의 쟁점은 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국고보조금 등을 지급받는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있는지 여부이다.
3. 대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결: 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래 상대방으로부터 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가 등으로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 없음.
가. 한국환경자원공사의 설립 목적은 기본적으로 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위함에 있는 점, 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행 과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 재활용 가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 한국환경자원공사는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거·처리 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다.
한편 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 할 것이다.
나. 원고로부터 폐비닐이나 가공품을 구입하는 거래상대방은 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역과는 무관하게 폐비닐이나 가공품의 대가만을 지급하고 이를 구입할 뿐만 아니라 폐비닐이나 가공품의 생산이나 공급에 원고가 공익적인 목적에서 수행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 국가 및 지방자치단체로부터 직접적인 대가관계 없이 국고보조금 등을 교부받아 농업용 폐비닐의 수거·재활용 및 처리에 관한 업무를 수행하고 있으므로, 폐비닐이나 가공품이라는 재화의 공급 이외에 원고가 행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역은 그 스스로의 설립 목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다. 따라서 원고는 폐비닐이나 가공품의 공급이라는 과세사업 이외에 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역의 비과세사업을 그와 별개로 겸영하고 있는 것으로 보아야 한다.
한편 피고들이 불공제 대상으로 삼은 매입세액 중 위탁처리와 관련된 매입세액은 과세사업인 폐비닐이나 가공품의 판매와 관련된 것이 아니므로 이를 매출세액에서 공제할 수 없을 것이나, 직접 판매 및 자체 재활용 처리와 관련된 공통매입세액은 그 실지귀속을 구분할 수 없고 원고가 지급받는 국고보조금 등은 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수도 없으므로, 원심으로서는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 각 처분의 적법 여부를 판단하였어야 할 것이다.
3. 대상 판결에 대하여
가. 비과세사업 겸영시 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 안분계산 관련 판결
(1) 대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결(‘KBS 판결’)
가. 수신료는 텔레비전방송의 수신을 목적으로 텔레비전수상기를 소지한 자에 대하여 징수하며[구 한국방송공사법(1990. 8. 1. 법률 제4264호로 개정된 것) 제35조], 수신료의 금액은 한국방송공사의 이사회가 심의ㆍ결정하고, 한국방송공사가 공보처장관(현행 문화공보부장관)의 승인을 얻어 부과ㆍ징수하며(같은 법 제36조), 텔레비전의 등록을 하지 아니하거나 수신료를 연체한 자에 대해서는 한국방송공사가 추징금 또는 가산금을 징수하며, 이를 체납한 자에 대해서는 국세체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다(같은 법 제37조)고 규정되어 있는바, 위 각 규정에 비추어 보면 수신료는 공영방송사업이라는 특정한 공익사업의 경비조달에 충당하기 위하여 수상기를 소지한 특정 집단에 대하여 부과되는 특별부담금에 해당한다고 할 것이므로, 이를 한국방송공사의 서비스에 대한 대가로서 지불하는 수수료로 볼 수는 없고, 따라서 한국방송공사가 제공하는 방송 중 수신료 수입에만 의하여 이루어지는 방송은 광고방송과 관련성이 인정되는 등 대가관계를 인정할 수 있는 다른 특별한 사정이 없는 이상 일반 시청자에 대한 관계에서 무상용역의 공급에 해당한다고 볼 것이므로 이는 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3항의 부가가치세 비과세대상이라 할 것이고, 이를 사업상 영위하는 방송업 또한 부가가치세 과세사업에 해당한다고 볼 수 없는 반면, 같은 법 제12조 제1항 제7호가 방송은 부가가치세 면세대상으로 규정하면서도 광고는 여기서 제외하고 있으므로 광고료 수입에 의하여 이루어지는 광고방송은 부가가치세 과세대상에 해당하고, 이를 사업상 영위하는 광고업 또한 부가가치세 과세사업에 해당한다.
나. 한국방송공사가 실제 영위하고 있는 방송업은 부가가치세 과세사업은 물론 면세사업에도 해당되지 않아 부가가치세법상으로는 한국방송공사는 과세사업인 광고업만을 영위하고 있는 것과 같은 결과가 되는 셈이므로, 한국방송공사의 부가가치세액에서 공제되어야 할 매입세액을 산정함에 있어서 방송업과 광고업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 계산하는 경우에 과세산업과 면세사업을 겸영하는 경우에 관한 구 부가가치세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14863호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 본문은 이에 적용될 수 없고, 한국방송공사의 수신료 수입에 의한 방송용역의 공급은 원칙적으로 무상용역의 공급으로서 그 공급가액을 확정할 수 없으므로 위 제61조 제1항 본문에 규정된 산식을 유추 적용할 수도 없다 할 것이고, 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 제17조에 의하여 과세사업인 광고업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 등에 대한 세액(제1항)으로 제2항의 예외사유에 해당하지 않는 것에 한하여 매입세액으로서 공제될 수 있다.
(2) 대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결(‘카지노 판결’)
가. 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등을 규정하고 있는바, 그 규정 내용 및 취지와 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다.
나. 카지노사업의 수입은 고객으로부터 카지노시설물 입장의 대가로 받는 입장료수입과 카지노시설물에 입장한 고객이 도박을 하기 위해 건 돈에서 고객이 받아간 돈을 제외한 도박수입으로 대별될 수 있는데, 입장료수입은 부가가치세 과세대상에 해당하나 도박수입은 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하므로 카지노사업은 부가가치세 과세사업과 부가가치세 비과세사업을 함께 하는 사업인바, 매입세액은 그 전체가 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이므로 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호를 적용하여 그 매입세액을 안분계산하여 그 중 과세사업에 관련된 부분은 매출세액에서 공제하여야 하나, 비과세사업에 관련된 부분은 매출세액에서 공제할 수 없다.
(3) 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결(‘EBS 판결’)
구 시행령 제61조 제1항, 제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 위 각 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조).
그런데, 원고의 방송용역(유상의 광고방송용역은 제외한다) 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 수신료 등은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결 참조). 따라서 원심으로서는 구 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 그 적용결과와 원고의 당초 부가가치세 신고내용을 비교하여 이 사건 거부처분의 당부를 판단하였어야 한다.
(4) 관련 판결의 취지
KBS 판결에 따르면, 한국방송공사의 방송업은 부가가치세 과세사업이나 면세사업에 해당되지 아니하는 무상의 용역공급이고, 수신료는 방송용역의 대가라고 할 수 없다. 여기에서 방송업과 광고업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 계산하는 경우 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 없고, 구 부가가치세법 제17조의 매입세액 불공제 사유가 없는 한 매입세액으로 공제될 수 있다는 것이다.
한편, 카지노 판결은 과세사업과 대가를 지급받는 비과세사업을 겸영하는 사안에서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항 제2호를 적용하여 그 매입세액을 안분계산하여야 한다는 입장이다. 즉, 대가를 지급받는 비과세사업을 겸영하는 경우에는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 적용되는 공통매입세액 안분계산에 관한 규정을 유추적용할 수 있다는 것이다.
EBS 판결은 KBS 판결과 마찬가지로 수신료는 교육방송용역의 공급대가로 볼 수 없고, 따라서 EBS의 교육방송용역은 무상의 용역공급으로서 비과세사업에 해당하므로 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없다고 하였다.
위와 같이 대법원은 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사안에서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대해 거래상대방으로부터 비과세사업의 대가가 지급되지 않는 경우(무상 공급)와 대가가 지급되는 경우(유상 공급)를 구분하여, 전자의 경우(KBS 판결과 EBS 판결)에는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 관한 공통매입세액 안분계산규정을 적용할 수 없고, 후자의 경우(카지노 판결)에는 그 규정을 유추적용할 수 있다는 입장을 취하였다.
나. 대상 판결의 의의
위 가.항의 판결들은 모두 부가가치세법령에 비과세사업과 관련한 공통매입세액 안분계산에 관한 명문의 규정이 신설되기 이전의 사안에 관한 것이다. 그런데 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 “사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우”라고 하여 비과세사업을 면세사업에 포함시키면서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 적용하는 안분산식인 “면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 x 면세공급가액/총공급가액”의 산식을 적용하도록 하였다. 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분방식을 입법적으로 해결한 것이다. 다만, 위 신설 규정은 공급대가를 지급받는 비과세사업을 겸영하는 경우에 한하여 적용되는 것이라는 점을 유의할 필요가 있다.
대상 판결은 위 가.항의 판결들과 마찬가지로 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 구 부가가치세법 시행령이 개정되기 이전의 사안에 대한 것이다. 대상 판결은 카지노 판결과 같이 과세사업과 공급대가를 지급받는 비과세사업을 겸영하는 경우 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분에 관해서는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있다고 하였다.
그러나 거래상대방으로부터는 아무런 대가를 지급받지 않고 국가나 지방자치단체 등으로부터 그 공급의 대가로 볼 수 없는 국고보조금 등을 지급받는 경우에는 위 규정을 유추적용할 수 없다는 것이 대상 판결의 요지이다. 이러한 대상 판결의 취지는 비과세사업을 면세사업에 포함시켜 공통매입세액 안분계산을 하도록 한 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 이후 현행 부가가치세법령에서도 동일하게 적용된다고 할 것이다. <글, 유철형 변호사>