구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산방법에 대한 대법원은 어떻게 판단했을까.

1. 사실관계

원고가 1973. 11. 3. 기존 주택을 취득한 후 이를 헐고 2003. 4. 4. 그 부지 위에 8세대로 구성된 다세대주택(이하 ‘이 사건 각 신축주택’이라 한다)을 신축한 사실, 원고는 2008. 7. 9.부터 2009. 2. 11.까지 이 사건 각 신축주택을 양도하고서, 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 ‘전체 양도소득금액’을 대입하여 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다) 후단의 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산한 다음 이를 기초로 산정한 양도소득세를 신고·납부한 사실, 그런데 피고는 전체 양도소득금액 중 이 사건 각 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 이 사건 특례조항 후단에 의한 과세특례대상에 해당하고 기존 주택의 취득일부터 이 사건 각 신축주택의 취득일 전에 발생한 양도소득금액은 이에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 각 신축주택의 취득가액을 환산가액에 의하는 등의 방법으로 전체 양도소득금액 중 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정한 다음, 이를 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)/(양도 당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)의 ‘양도소득금액’에 대입함으로써 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)/(신축주택 양도 당시의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 의하여 이 사건 특례조항 후단의 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하고, 이를 기초로 양도소득세액을 산정하여 2010. 6. 8. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 38,085,970원(가산세 포함)및 2009년 귀속 양도소득세 28,284,070원(가산세 포함)을 증액하는 이 사건 양도소득세 부과처분을 한 사실이 있다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은, (1) 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우, 양도소득세액의 감면대상, (2) 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제2항 등에 의한 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하는 산식 중 ‘양도소득금액’, ‘취득일’, ‘취득 당시’, ‘양도 당시’의 각 의미, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산방법이다.

3. 원심 판결의 요지(서울고등법원 2012. 12. 21. 선고 2011누45193 판결)

이 사건 특례조항 후단은 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 과세대상 양도소득금액에서 차감되는 대상을 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 명확하게 규정하고 있으므로, 이 사건 특례조항 후단이 규정한 공제대상은 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액’에 한정되고 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액’은 이에 해당하지 않는다는 등의 이유로, 피고가 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 이 사건 산식에 대입하여 이 사건 특례조항 후단의 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하여 양도소득세액을 산정한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였다.

4. 대상 판결의 요지(대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결, 파기 환송)

가. 이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다.

또한 이 사건 특례조항은 재건축·재개발을 통하여 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다. 이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다.

따라서 이 사건 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.

한편, 이 사건 특례조항 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)/(신축주택 양도 당시의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.

나. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로, 피고가 법령상의 아무런 근거 없이 임의로 선택한 방법에 따라 전체 양도소득금액 중 이 사건 각 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 구분하여 산정한 다음, 이를 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 대입하여 ‘이 사건 각 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하여 양도소득세액을 산정한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 특례조항 후단이 정한 과세특례대상인 양도소득금액의 범위와 그 산정방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.

5. 대상 판결에 대하여

가. 관련 규정

이 사건 특례조항은 “거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5연간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”고 규정하고 있고, “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액“은 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 되어 있는데, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 ”법 제43조 제1항에서 ”당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액“이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 ”양도소득금액“이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}”라고 규정하고 있다.

한편, 구 조세특례제한법 제43조 제1항은 “제40조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면대상이 되는 부동산(이하 이 조에서 ”구조조정대상부동산“이라 한다)을 1999년 12월 31일 이전에 취득한 자가 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”고 규정하고 있다.

위 관련규정에서 보는 바와 같이 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항은 구조조정대상부동산의 취득자가 그 취득 이후에 부동산을 양도하는 경우에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 것이고, 따라서 구조조정대상부동산의 취득자가 이를 취득하기 이전에 그 부동산에 발생한 소득은 문제되지 아니한다. 그 취득 이전에 발생한 소득은 구조조정대상부동산을 양도한 자의 감면문제이고, 이에 대해서는 구 조세특례제한법 제40조 제1항이 규정하고 있다.

그런데, 구조조정대상부동산과 달리 신축주택의 경우에는 기존 주택을 재건축하는 경우와 같이 그 주택의 취득자가 기존 주택을 소유하고 있던 기간 동안 발생한 소득도 감면대상이 되는지가 문제될 수 있다. 주택건설사업자가 건축한 신축주택을 취득한 경우에는 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액“을 계산하는 데에 특별한 문제가 없다. 그런데, 기존 주택을 소유한 자가 재개발조합을 통하여 신축주택을 취득하는 경우 그 소유자에게는 기존 주택을 취득한 날부터 재개발에 의한 신축주택을 취득하기 전까지, 즉, 기존 주택을 소유한 기간 동안 발생한 소득이 있는 것이고, 이러한 경우 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액“을 어떻게 계산할 것인지에 대해 이 사건 특례조항이나 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3에 아무런 규정을 두고 있지 않았다.

구조조정대상부동산과 신축주택에는 이와 같은 차이가 있으므로, 신축주택의 양도소득세 감면을 위해서는 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액“의 계산에 관한 별도의 산식을 마련해 두었어야 했다. 그런데, 신축주택에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제1항은 구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면을 위한 산식을 규정한 같은 법 시행령 제40조 제1항을 그대로 준용하는 규정을 둔 것이다. 이런 식의 준용규정을 두다보니 기존 주택을 소유하다가 재개발을 통하여 신축주택을 취득한 경우 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액“을 어떻게 계산할 것인지에 대한 문제가 발생한 것이고, 이는 입법의 실수로 보인다.

나. 대상 판결의 의미

이 사건 특례조항은 국가외환위기 이후 침체되어 있는 국내 건설경기를 활성화하기 위한 일환으로 주택신축을 장려하기 위하여 신설된 특례규정으로서 당시 전국적으로 미분양 신축주택이 급증하고 건설경기가 침체된 상황에서 주택의 신축, 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 데에 입법취지가 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 등).

위와 같은 이 사건 특례조항의 입법취지에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 그 제목에서 알 수 있는 바와 같이 신축주택을 소유한 기간 동안 발생한 양도소득에 대한 감면을 통해 전국적으로 급증한 미분양 신축주택을 해소하고 침체된 건설경기를 활성화 하기 위한 규정이고, 따라서 그 감면대상은 신축주택의 소유기간 동안 발생한 소득이라고 봄이 타당하다. 이런 점에서 이 사건 특례조항이 신축주택 이전의 기존 주택을 소유한 기간 동한 발생한 양도소득까지 감면대상으로 한 것이라고 보기는 어렵다.

그런데, 이 사건 특례조항과 같은 법 시행령이 감면대상이 되는 양도소득금액의 산정에 관한 산식을 규정하면서 입법의 실수로 불완전한 규정을 두게 되었고, 대법원은 대상 판결에서 보는 바와 같이 기존 주택을 소유하고 있는 기간 동안 발생한 양도소득도 감면대상이 되는 것으로 해석한 것이다. 대상 판결은 입법취지 보다는 문언해석을 중시한 것으로 보인다.

한편, 대상 판결과 같은 날 선고된 2013두12690 판결도 대상 판결과 동일 취지로 판시하였고, 이러한 일련의 판결들로 인하여 과세관청은 이 사건 특례조항의 적용에 큰 혼란을 겪기도 하였다. 그러던 중 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항이 아래와 같이 개정됨으로써 신축주택 감면대상 소득의 산정에 관한 논란이 정리되었다.

즉, 개정된 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항은 “법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 ”감면대상 양도소득금액“이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제95조 제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 ”종전주택“이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

{소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 x (양도 당시 기준시가 - 신축주택 취득 당시 기준시가)/(양도 당시 기준시가 - 종전 주택 취득 당시 기준시가)}

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

{소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 x (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득 당시 기준시가)/(양도 당시 기준시가 - 신축주택 취득 당시 기준시가. 다만, 종전 주택을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각호에 따른 신축주택의 경우 종전 주택 취득 당시 기준시가)}“라고 규정하고 있다. <글, 유철형 변호사>