기획재정부는 2013년 개정세법이 차질 없이 시행되도록 세법ㆍ시행령에서 위임한 사항 등을 규정하기 위해 18개 시행규칙의 개정작업에 착수했다고 24일 밝혔다.

내달 6일까지 입법예고ㆍ부처협의 및 법제처 심사를 거쳐 공포될 예정이다.

다음은 주요 내용이다.

◇소득세법 시행규칙

연금계좌에서의 의료비 인출 확인절차를 신설, 연금계좌 취급자에 대해 의료비연금계좌 중복지정 여부 및 동일 의료비 중복인출 여부에 대한 확인 의무를 부여했다.

기부금대상 민간단체 추천ㆍ지정시기를 신설해 안전행정부 장관은 매반기 1개월 전까지 기재부 장관에게 추천하고, 기재부 장관은 매반기 말일까지 지정하도록 했다.

개인서비스업 중 영세업종에 해당하는 욕탕업에 대해 복식부기 의무 기준금액을 1억5000만원으로 상향조정했다.

연금외수령(기타소득)의 경우 기타소득금액이 5만원 이하인 경우에도 지급명세서 제출하도록 했다.

◇법인세법 시행규칙

지정기부금단체에 해당하는 국제기구에 녹색기후기금(GCF)을, 법정기부금단체에 해당하는 공공기관 등에 대한결핵협회ㆍ2015경북문경세계군인체육대회조직위원회ㆍ2015세계물포럼조직위원회 등을 추가했다.

지정기부금단체 사후관리 점검결과 통보기한 등을 조정했다. 이에 따라 5~6년차의 경우 주무관청에 대한 기부금단체 의무이행여부 제출기한은 '주무관청 재지정 추천전일까지'에서 '7년째 되는 해의 3월31일까지'로, 주무관청의 사후관리 점검결과 통보기한은 '주무관청 재지정 추천일까지'에서 '7년째 되는 해의 6월30일까지'로 각각 개정했다.

의료법인의 고유목적사업준비금 지출용도에 자체연구개발사업, 위탁공동연구개발사업 등 연구개발사업을 추가했다.

기업분할에 따른 자산양도차익 과세이연 요건을 보완했다.

독립된 사업부문의 분할요건을 구체화해 자산총액 중 임대사업에 사용하는 자산가액 비중이 50% 이상인 경우 부동산임대업을 주업으로 판정한다. 분할일 현재 3년 이상 영위한 사업부문에서 직접 사용한 부동산 등의 가액은 사업용고정자산가액 계산 시 제외하고, 지배주주 등으로서 3년 이상 보유한 주식 등은 지배목적 보유주식으로 인정한다.

포괄승계 요건도 구체화해 분할이 어려운 자산의 범위에 공동사용 상표권을 포함한다. 포괄승계 예외에 해당하는 자산ㆍ부채 계산 시 분할존속부문과 분할신설부문이 공동으로 사용하는 자산ㆍ부채는 각 부문별 사용비율 등으로 안분해 합산한다.

또한 포괄승계로 인정되는 주식승계 등의 사유도 △법령상 의무에 따른 취득 등 사업에 반드시 필요한 경우 △분할신설부문과 매출 또는 매입 50% 이상을 차지하는 법인의 주식 등을 이전하는 경우 등으로 구체화했다.

전자신고 시 제출대상 부속서류에 전자서식이 마련된 △감가상각비조정명세서 △기부금조정명세서 △고유목적사업준비금조정명세서 △대손충당금 및 대손금조정명세서 △현물출자과세특례신청서 △주요계정명세서 등 6종을 포함했다.

◇조세특례제한법 시행규칙

중소기업투자 세액공제(3%) 대상에 해당 업종에 직접 사용하는 소프트웨어를 추가했다. 단, 인사ㆍ급여ㆍ회계ㆍ재무 등 지원업무용 소프트웨어, 문서작성 등 일반사무용 소프트웨어, 운영체제(OS) 등 범용 소프트웨어는 제외한다.

에너지절약시설투자 세액공제(3~10%) 대상에 에너지관리시스템(EMS)을, 고용창출투자세액공제(4~7%) 대상에 과학관을, 생산성향상시설 투자세액공제(3~7%) 대상에 차세대인터넷주소(IPv6) 지원 네트워크 장비를 각각 추가했다.

반면, 환경보전시설 투자세액공제(3~10%) 대상에 탈황시설 중 중유재가공 시설은 제외했다.

농지 대토 시 경작개시 예외사유ㆍ기간을 신설해 오는 7월1일부터 1년 이상의 치료ㆍ요양, 농지개량ㆍ자연재해로 휴경하는 경우 신규농지 취득일(또는 종전농지양도일)부터 2년 이내 에 경작을 개시하도록 했다.

◇상속세 및 증여세법 시행규칙

일감몰아주기 과세 관련 지배주주 판정 방법을 명확화 했다.

현행법은 2명 이상이 지배주주 요건에 해당하는 경우 사실상 영향력이 더 큰 자를 지배주주로 판정하고 있으나, 개정법은 지배주주가 2명 이상인 경우 ①지배주주와 그 친족의 주식보유비율 합계가 가장 높은 자 ②지배주주와 특수관계에 있는 법인에 대한 수혜법인의 매출이 더 큰 경우 그 지배주주 ③사업연도종료일로부터 소급하여 가장 최근에 수혜법인의 대표이사였던 자 등 ①→②→③의 순서로 적용하도록 했다.

재산평가를 위한 공신력 있는 감정기관 범위에 '부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률'에 따른 개인 감정평가업자를 포함했다.

부실감정기관 지정절차를 보완해 지정 전 원감정기관의 의견제출 기회를 주기로 했다.

◇개별소비세법 시행규칙

프로판 탄력세율 적용대상을 LPG 충전사업자 및 LPG 도시가스사업자에게 공급하는 프로판으로 규정했다. 오는 7월1일 이후 제조장 반출 또는 수입신고분부터 적용된다.

◇국제조세 분야 시행규칙

외국납부세액공제를 적용받은 후 외국에서 환급세액이 발생한 경우 국내에 추가 납부하는 세액은 외국에 세액을 납부한 때의 환율을 적용해 계산한다.

외투기업에 대한 증자 관련 감면세액의 계산방식을 개선했다. 이에 따라 감면사업에 대한 구분경리 원칙에 맞게 감면종료사업과 증자분사업을 구분경리해 과세표준을 신고하는 경우에 한해 증자 관련 세액감면을 허용한다.

고도기술감면대상 외투기업은 사업개시일 이후 자본금 및 사업용 고정자산 등 변동내역을 과세표준 신고 시 제출하도록 했다.

◇국세기본법 시행규칙

적격구조조정 시 과세 이연되는 양도차익 등을 과소 신고한 경우 과세표준ㆍ세액의 변동이 없더라도 수정신고를 허용한다.

국세환급가산금 계산 시 적용되는 이자율인 연 3.4%에 대해 최근 이자율(1년 만기 정기예금)을 감안, 연 2.9%로 인하한다.

◇국세징수법 시행규칙

한국자산관리공사에 대한 공매대행수수료를 완납ㆍ해제의 경우 공매공고 전은 0.6%(최저수수료 12만원), 매각결정 전은 0.9%(18만원), 대금납부 전은 1.2%(24만원)로 조정했다. 또 매각은 3.0%(30만원), 매각결정 취소는 1.2%(24만원)로 각각 개정했다.

◇관세 분야 시행규칙

수입물품에 대해 관세가 면제되는 국제행사에 2014년 인천장애인아시아경기대회, 2015년 광주하계유니버시아드대회, 2015년 세계물포럼을 추가했다.

관세를 면제하는 희귀병 치료제 범위에 '뮤코다당증Ⅱ형(헌터증후군) 치료제'는 면제대상에서 제외하고, '야간 발작성 헤모글로빈뇨증 치료제'는 면제대상에 추가했다.

우리나라 세관에서 수출국에 원산지 확인을 요청할 시 특혜관세 적용이 제한되는 상대국의 회신기간을 신설했다. 아시아ㆍ태평양 무역협정은 4개월, 최빈개도국 특혜관세는 6개월이다.