과세처분에 관한 불복절차에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우, 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수 있는지에 대한 판결이다.

1. 사실관계

가. 코스닥 상장법인인 소외 회사(이하 ‘이 사건 상장법인’이라 한다)는 2005. 12. 5. 비상장법인인 주식회사 OO(이하 ‘이 사건 비상장법인’이라 한다)의 주식을 전부 인수하면서 이 사건 비상장법인의 주주들에게 이 사건 상장법인의 신주를 발행해 주는 주식의 포괄적 교환계약(이하 ‘이 사건 교환계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 교환계약에 따라 이 사건 비상장법인의 주주들인 원고 1은 이 사건 비상장법인 주식 163,556주의 교환대가로 이 사건 상장법인 주식 2,904,904주를, 원고 2는 이 사건 비상장법인 주식 11,520주의 교환대가로 이 사건 상장법인 주식 204,605주를 각 취득하였다.

나. 피고는 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제42조 제1항 제3호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 근거하여 이 사건 교환계약으로 원고들이 얻은 이익을 증여재산가액으로 보고 원고들에게 증여세를 결정ㆍ고지하는 종전 처분을 하였다.

다. 이에 대하여 원고들이 제기한 심판청구에서 조세심판원은 2012. 12. 27. ‘이 사건 교환계약과 같은 주식의 포괄적 교환에 대하여 상증세법 제35조가 정한 저가ㆍ고가 양도에 따른 이익의 증여 등 규정을 적용하여 과세하는 것은 별론으로 하고, 상증세법 제42조를 적용하여 증여세를 부과한 종전 처분은 부당하다’는 이유로 이를 취소하는 결정을 하였다.

라. 이에 따라 피고는 2013. 10. 1. 상증세법 제35조에 근거하여 원고들에게 증여세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다. 이에 대하여 원고들은 조세심판원에 심판청구를 하였다가 기각결정이 내려지자 이 사건 소를 제기하였다.

마. 그런데 대법원은 2014. 4. 24. ‘상법상 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 얻은 이익에 대하여는 상증세법 제35조가 아닌 상증세법 제42조 제1항 제3호를 적용하여 과세하여야 한다’는 판결을 선고하였다(대법원 2014. 4. 24. 선고 2011두23047판결).

바. 그 후 피고는 이 사건 소에 이르러 이 사건 처분의 근거 규정으로 이 사건 조항을 추가하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 과세처분에 관한 불복절차에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우, 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수 있는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두42999 판결)

가. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 심사청구가 이유있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다고 규정하고 있다.

과세처분에 관한 불복절차에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위 법 규정의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다(대법원 1983. 7. 26. 선고 82누63판결, 대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227판결 등 참조).

나. 먼저 위 대법원 2011두23047판결에 따라 상증세법 제35조를 근거로 하여 원고들에게 증여세를 부과할 수 없다. 다음으로, 증여세 과세의 기초가 되는 사정에 아무런 변경이 없는데도 이 사건 조항을 처분사유로 하는 것은 불복과정에서 취소된 종전 처분을 번복하여 이를 되풀이하는 것일 뿐만 아니라 이 사건 조항에 근거한 종전 처분을 취소한 조세심판결정의 기속력에 저촉되고, 주식의 포괄적 교환에 상증세법의 어느 조문을 적용하여야 하는지에 관하여 견해가 갈리다가 대법원 판결에 의하여 명확하게 선언되었다고 하더라도 재결의 기속력을 배제하거나 처분의 반복을 허용할 수는 없으므로, 이 사건 소에서 처분의 근거 규정으로 이 사건 조항을 추가할 수 없다.

4. 대상 판결에 대하여

대법원은 이의신청을 받아들여 과세처분을 직권 취소한 이후 다시 동일한 내용의 처분을 할 수 있는지 여부와 관련하여, ‘과세처분에 관한 불복절차과정에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다.

따라서 과세관청이 과세처분에 대한 이의신청절차에서 납세자의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소하였음에도, 특별한 사유없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하여서 한 과세처분은 위법하다’고 일관되게 판시해 오고 있다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결, 대법원 2010. 9. 30. 선고 2009두1020 판결, 대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두18161 판결).

대상 판결은 위와 같은 종전의 법리를 다시 한번 확인해 주었다. 이 사건의 경우 피고가 한 종전 처분은 적법한 처분이었으나, 종전 처분에 대한 심판절차에서 조세심판원이 위법하다는 이유로 이를 취소한 이상 그 결정의 기속력으로 인하여 과세관청인 피고는 조세심판원의 결정 이후 동일한 내용의 처분을 할 수 없다고 함으로써 심판결정의 기속력을 확인해 주었다.