8일 감사원, 양도소득 과세실태 감사보고서 공개

국세청의 전산 프로그램인 차세대국세행정시스템(NTIS)이 개통됐지만 전산상의 오류 등으로 수천 건의 양도소득세 신고검증대상자가 누락된 것으로 드러났다.

8일 감사원이 공개한 ‘양도소득 과세실태’ 감사보고서에 따르면 국세청이 대법원으로부터 제출받은 2015년 귀속 등기자료 593만건을 대상으로 국세청의 양도소득세 신고검증 방법 및 절차의 적정여부와 양도소득세 무신고자에 대한 과세자료 생성 누락 여부 등을 점검한 결과, 양도소득세 신고검증대상에서 6688건이 누락된 것이 드러났다.

국세청은 대법원으로부터 부동산등기부 부본자료를 매일 온라인으로 전송받아 부동산 등을 양도하고 발생한 양도소득에 대한 소득세를 신고하지 않은 자를 추출하는 등 양도소득세 세원관리에 활용하고 있다.

이러한 등기자료를 수집해 양도소득세 과세대상인 ‘개인양도등기’와 타 세목 과세 대상인 ‘기타등기’로 분류한 후 ‘개인양도등기’를 대상으로 양도소득세 신고자 명단과 대조 확인해 무신고자를 추출하면서, 전산 프로그램(국세행정시스템→차세대국세행정시스템으로 전환) 오류 등으로 개인 양도사항을 ‘기타등기’로 수천 건을 잘못 분류했다.

또한 법인/부동산 건설·매매업자가 포함된 공동소유자에 대한 처리 오류로 양도소득세 신고검증대상자로 추출되지 못했고, 부동산 건설·매매업자 제외 처리 조건 오류가 있었음에도 아무런 조치를 취하지 않았으며 등기자료 분류 방법 불합리로 각종 단체 등이 신고검증대상에서 누락되는 등의 문제가 있었다.

이에 감사원은 국세청장에게 양도소득세 신고검증대상에서 누락된 6688건에 대해 무신고 과세자료 생성 작업을 다시 수행한 후 무신고자에 대해 소득세법 규정에 따라 양도소득세 과세표준 및 세액을 결정할 것을 통보했다.

또한 앞으로 양도소득세를 신고·납부해야 할 자가 양도소득세 신고검증대상에서 누락되는 일이 발생하지 않도록 등기의무자 번호가 법인사업자번호 등 명백하게 개인 양도가 아닌 경우를 먼저 ‘기타등기’로 분류하고 부동산 건설·매매업자가 아닌 일반개인사업자번호 등 나머지를 ‘개인양도등기’로 분류하는 등 신고검증시스템을 개선하는 방안을 마련할 것을 통보했다.