1. 사실관계와 쟁점

A법인은 연구개발 전담부서에 근무하는 직원들에 대한 퇴직급여충당금을 연구인력개발비 세액공제대상에 포함시키지 아니하고 법인세를 신고 납부하였으나, 그 후 퇴직급여충당금을 세액공제대상에 포함시켜 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 하였다.

그러나 과세관청은 이를 거부하였고, 이에 A법인은 경정거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다. 조세특례제한법령에서는 ‘연구개발 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비’를 세액공제대상으로 규정하고 있다. 이 사건의 쟁점은 세액공제대상이 되는 “인건비”에 “퇴직급여충당금”이 포함되는지 여부이다.

2. 대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두24310 판결: 퇴직급여충당금은 포함되지 않음

대법원은 ‘조세특례제한법상 연구 · 인력개발비 세액공제제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이다.

그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법상 세액공제대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다.

따라서 퇴직급여충당금은 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구 · 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한다.’고 판결하였다.

3. 대상판결에 대하여

대상판결은 조세특례대상을 제한적으로 해석한 판결이다. 문제는 그 결론이 대상판결 이전에 동일한 쟁점에 대해 대법원이 선고한 판결과 반대된다는 점이다.

대법원 2011. 6. 24. 선고 2011두6844 판결은 퇴직급여충당금이 위 세액공제대상인 인건비에 해당된다고 하였다.

즉, 위 2011두6844 판결의 항소심인 서울고등법원은 위 쟁점에 대하여, ‘법인세법 제33조는 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 일정한 범위 내에서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있다.

따라서 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 보면{조세특례제한법 기본통칙 9-8 ···1은 조세특례제한법 시행령 별표 5의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다는 취지로 규정하고 있으나, 이는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행 기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누9283 판결 등 참조)}. 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것이다’라고 판시하였고, 대법원은 이를 그대로 확정하였던 것이다.

위와 같이 동일한 쟁점에 대하여 대법원이 종전과 다른 결론을 내리는 경우에는 법원조직법상 대법관 전원의 2/3 이상이 참여하는 전원합의체 판결로 결론을 바꾸도록 규정되어 있다. 이를 판례 변경이라고 한다.

그런데, 대상판결에서 대법원은 종전과 반대되는 결론을 내리면서도 전원합의체 판결로 하지 아니하는 잘못을 범하였다. 퇴직급여충당금은 임직원들의 퇴직금 재원이 되는 것이고, 퇴직금은 후불적 임금이므로 충당금의 본질은 인건비이며, 이런 점에서 종전 판결이 타당하다. <글, 유철형 변호사>