`06년 환경오염방지시설 제조 및 설치업을 영위하는 법인을 설립한 김 씨는 `10년 4월 본점 소재지를 지방 도시로 이전하고 본사를 수도권 밖으로 이전하는 법인에 대한 세액감면 혜택을 받은 후 `17년 5월 본사(이하 쟁점사무소)를 다시 수도권으로 이전했다.

그러자 과세관청은 김 씨가 본사를 수도권으로 다시금 이전하자 감면세액 추징사유로 규정된 ‘수도권에 본사를 설치한 경우’로 간주해 5년 이내 감면된 세액을 배제하고, `22년 6월 23일 법인세를 경정·고지했다.

김 씨는 즉각 과세관청 결정에 불복했다. 김 씨는 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하는 등 억울함을 호소했다.

김 씨는 “현행 조특법 제63조의2 제7항 제5호에 따르면 ‘본사를 이전하는 경우로 수도권에 대통령령으로 정하는 기준(본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원 100분의 50 이상인 경우) 이상 사무소를 둔 경우 감면받은 세액 추징사유에 해당한다”며 “우리 법인은 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 `17년 본점소재지를 쟁점사무소로 설치한 것”이라고 설명했다.

또 “쟁점사무소 연평균 근무인원이 제조공장 연평균 근무인원 50% 이상인지도 따져봐야 한다”며 “사무소 연평균 근무인원은 18명, 제조공장 연평균 근무인원은 23명으로 수도권 안 사무소 연평균 상시근무인원이 50% 미만인 만큼 해당 사후관리요건에 해당하지 않는다”고 덧붙였다.

아울러 “임원 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달할 때 감면받은 세액 추징사유에 해당한다”며 “등기부등본상 임원을 보면 이사 A, B, C와 감사 D가 확인되고, 상근임원은 A와 C, 나머지 B와 D는 비상금 임원인데 A는 쟁점사무소, C는 제조공장에서 상근하는바 임원 중 쟁점사무소 근무 비율이 50%인 만큼 추징사유에 해당하지 않는다”고 강조했다.

김 씨의 이러한 주장에도 과세관청은 근무인원(직원 및 임원)과 관계없이 현행 규정에 따라 감면된 세액을 경정·고지한 처분이 정당함을 주장했다.

과세관청은 “현행 규정은 본사를 수도권 밖으로 이전하고 난 후 수도권 안 사무소 상시근무인원이 전체 근무인원 50% 이상일 때 또는 이전본사 근무임원 수가 수도권과 이전본사 임원 합계인원 차지비율 50%에 미달하는 경우 감면세액을 추징하는 것”이라며 “해당 법인은 수도권 밖으로 이전해 감면을 적용받은 후 다시 수도권에 본사를 설치한 것으로 감면 대상이 아니다”라고 반박했다.

과세관청은 또 “김 씨는 법인세 감면을 받은 후 `17년 7월 5일 본점 사무소를 충주시에서 수도권으로 이전했고 이는 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제3호인 본사를 수도권으로 이전한 경우에 해당된다”며 “본사 설치일로부터 소급해 5년 이내 감면된 세액을 경정·고지한 처분은 정당하다”고 밝혔다.

김 씨 법인이 ‘수도권 밖으로 본사를 이전한 법인에 대한 세액감면’ 추징사유에 해당하는지를 두고 양측이 팽팽하게 맞선 가운데 조세심판원은 과세관청 손을 들어줬다. 김 씨가 본사를 수도권에 속하는 사무소로 이전했음이 법인 등기사항전부증명서 등에 의해 명확하게 확인되는 만큼 김 씨 주장을 받아들이기 어렵다는 게 주요 골자다.

조세심판원은 “연평균 상시근무인원이나 임원 등과 관계없이 현행 조특법 제63조의2 제7항 제3호는 지방이전법인이 ‘수도권에 본사를 설치한 경우’를 감면배제 요건으로 규정하고 있다”고 설명했다.

조세심판원은 “김 씨 법인은 `17년 7월 5일 본사를 수도권에 속하는 사무소로 이전했음이 법인 등기사항전부증명서 등에 의해 확인되는 점, 해당 법인이 쟁점세액감면 배제대상에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비춰볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다”며 심판청구를 기각(조심 2023중3120)했다.

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