2014년 지방소득세가 독립세로 전환되면서 지방자치단체가 지방세 세무조사를 할 수 있게 됐다. 이에 따라 납세자가 하나의 세목에 대해 국세청과 지자체로부터 이중으로 세무조사를 받을 수 있게 되면서 ‘중복 세무조사’ 논란이 끊이지 않고 있다.

논란은 계속되고 있지만 중복 세무조사 우려는 사라지지 않는 상황이다. 행안부와 지자체에서 국세와 지방세 세무조사 일원화에 반대하고 있기 때문이다.

물론 이같은 우려를 방지하고자 행안부는 2015년부터 기업의 이중 세무조사 부담을 고려해 법인분 지방소득세는 별도의 지침을 통보하기 전까지 법인세 과표에 대한 직접 세무조사는 유예했다. 현실적으로 이중 세무조사를 진행한 사례는 아직까지 없고 이중 조사 문제가 해결되기 전까지는 앞으로도 없다는 것이다.

이같은 행안부의 지침은 2015년 4월3일, 2016년 1월13일, 2017년 2월12일, 2018년 4월20일 4차례에 걸쳐 내려왔고, 이같은 지방세 세무조사 추진 계획은 지방세기본법 제150조에 근거해 작성되고 있다.

그러나 지난 19대, 20대 국회에서 국세와 지방세 세무조사 일원화를 골자로 하는 국세기본법 개정안이 계속해서 발의되고 있지만 결국 통과되지 못했고 이번 21대 국회 세법개정안 심사 과정에서도 합의점을 찾지 못해 결국 계류됐다.

◆ 시작은 지방소득세의 ‘독립세’ 전환

국세인 소득세·법인세의 부가세로 운영되어 오던 지방소득세가 2014년부터 국세와 과세표준만 공유하는 독립세로 전환됐고 이에 따라 기업은 지방자치단체에 직접 지방소득세를 신고·납부하게 됐다.

지방소득세를 독립세로 전환한 취지는 지방자치단체의 과세자주권을 확보하고 세율변화 등 조세정책의 변경에 상관없이 안정적인 세수를 유지할 수 있어 지방재정의 자율성을 제고할 수 있고, 기업투자 유도, 지역 일자리 창출, 지역산업 육성 등을 위한 조세정책 수단으로 지방소득세를 활용할 수 있으며, 상대적으로 증가율이 높은 소득에 대한 지방세를 강화할 경우 지방세 수입 증가 및 지방재정의 건전성 제고에 기여할 수 있다는 점에 따라 전환됐다.

이렇게 되면서 지방자치단체는 신고 받은 지방소득세 과세표준에 대한 ‘세무조사권’도 확보하게 된 것이다. 납세자는 하나의 소득에 대해 국세청과 지방자치단체로부터 이중으로 세무조사 등을 받을 수 있어서 과도한 세무조사 부담을 초래할 수 있다는 의견이 제기됐다.

물론 행안부 지침으로 중복 세무조사 문제가 ‘현실화’되지는 않은 상황이지만 지자체가 지방소득세 세무조사 실시 전 국세청과 사전에 협의·조정하면 중복 세무조사를 방지할 수 있고, 각 과세기관에 의해 실시된 세무조사의 결과가 달라지면 소득세·법인세와 지방소득세 간의 과세표준이 달라지는 등 과세기관 간 권한 충돌의 문제를 사전에 협의를 통해 최소화할 수 있어 ‘일원화’가 필요한 상황이다.

◆ 기재부 vs 행안부 입장차이는?

이에 대해 기획재정부는 국세와 지방세 세무조사 일원화에 공감하고 있다. 그러나 행안부와 지자체의 반대 의견이 있고 지방세법과의 충돌 등을 감안해 신중하게 검토한다는 입장이다.

중복 세무조사 문제보다 더욱 근본적인 문제도 있다. 국세와 지방세가 과세표준을 동일하게 쓰고 있는데, 국세청에서는 과세표준을 100이라고 했지만 지자체에서 세무조사를 해서 만약 과세표준이 120이라고 한다면 납세자나 국민의 입장에서는 ‘같은 법률에 따라서 세금을 냈는데 왜 중앙정부와 지방자치단체가 해석을 달리 하느냐’고 지적할 수 있다는 것이다.

어찌됐든 이 과표에 대한 해석이나 결론은 ‘한 가지’여야 한다는 것이 기재부의 입장이고, 이렇게 해야만 국민들이 정부를 신뢰할 수 있다는 생각을 가지고 있다.

이와 관련 행안부와 지자체 측에서는 어렵게 권한을 확보한 세무조사 권한들을 이양하는 듯한 뉘앙스를 줄 수 있어 반대하고 있다. 행안부는 중복 세무조사 방지를 위해 협의·조정하자는 취지에는 공감하고 있지만, 협의·조정 이전에 명확한 역할 분담이 먼저 마련돼야 한다는 입장이다.

일원화 개정안이 국세청의 역할과 지자체의 역할에 아무런 명확한 분담 없이 협의·조정만 하라고 되어 있기 때문에 현실적으로 지자체의 세무조사에 대해서 국세청의 어떤 허가나, 운영될 우려가 있고 그렇게 오해받을 여지가 있다는 것을 우려하는 것이다.

특히 사전협의제도는 오류·탈루가 있는 신고내용에 대한 지방자치단체장의 검증 권한에 대한 제한이 될 수 있고, 지방분권 및 재정분권 정책 기조와도 부합하지 않는 측면이 있다고 보고 있다.

이처럼 기재부-행안부 등 관련 부처간 이견 조정이 안 돼 합의점을 찾지 못하고 있는 상황이다. 참고로 우리나라와 지방소득세 제도가 유사한 일본의 경우 과세표준은 국세청이 결정‧경정하고 지방자치단체는 결정‧경정 요청권만 행사하도록 하고 있다.

한편 행안부는 ‘2015년 지방세 세무조사 추진 계획’(2015년 5월)을 통해 2016년까지 법인분 지방소득세 과세표준에 대한 직접적인 세무조사를 유예(공제·감면, 적정 신고납부 및 안분세액조사는 기존대로 유지)하도록 하고, ‘2016년 지방세 세무조사 추진계획’(2016년 1월)에서 별도 지침 통보 시까지 동 지침이 유지되도록 하고 있다.