장기보유특별공제란 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 일정기간 이상 보유한 부동산양도에 대해 양도차익의 일정부분을 공제해 주는 제도를 말합니다.

장기보유특별공제 대상자산에는 무엇이 있을까요?

토지, 건물, 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외)이 있으며 보유기간이 3년이상인 경우에 한하여 적용합니다. 다만, 3년이상된 토지, 건물일지라도 미등기양도의 경우에는 공제되지 않습니다.

또한 양도세중과가 적용되는 경우에는 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다. 다만, 중과유예기간(2022.5.10.~2024.5.9.)에 매도하는 경우에는 장기보유특별공제가 적용 됩니다.

장기보유특별공제는 1세대1주택과 1세대1주택 외의 자산으로 나누되, 공제율이 다릅니다.

먼저 1세대1주택 외의 자산을 보면 보유기간별 연 2%가 적용되며, 최대 30%가 적용됩니다. 15년을 보유하면 최대공제를 적용받을 수 있습니다(소득세법 제95조 표1).

예를 들어 3년을 보유하고 매도하면 6%의 공제율이 적용됩니다.

둘째, 1세대1주택을 보면 2년이상 거주한 경우에 한하여, 보유기간별 연 4%(최대 40% 한도), 거주기간별 연 4%(최대 40%)의 공제율이 적용됩니다. 2년이상 거주하지 않은 경우에는 1세대1주택 외의 자산처럼 보유기간별 연 2%(최대 30%)가 적용됩니다(소득세법 제95조 표2).

예를 들어 8년 거주 및 보유를 한 경우 64%(4*8+4*8)의 장기보유특별공제율이 적용됩니다.

장기보유특별공제 적용시 보유기간은 어떻게 산정하나요?

장기보유특별공제액을 산정함에 있어 보유기간은 취득일부터 양도일까지로 합니다. 상속받은 재산은 상속개시일부터 양도일까지 증여받은 자산의 경우에는 증여등기일부터 양도일까지를 보유기간으로 장기보유특별공제를 적용합니다.

일시적2주택인 경우, 장기보유특별공제는 어떻게 적용될까요?

일시적2택자로서 비과세요건을 갖춘 경우에는 장기보유특별공제는 소득세법 제95조의 표2가 적용됩니다.

비과세요건을 갖추지 못한 경우에도 표2가 적용되는지는 쟁점이 있는 것으로 보입니다.

안수남 세무사님의 ‘2024 양도소득세’에서는 일시적2주택은 비과세여부와는 관계없이 표2가 적용되는 것으로 해석하고 있으며, 일시적2주택으로서 양도세가 비과세되지 않은 경우에도 소득세법 제95조의 표2가 적용된 해석사례가 있습니다(부동산거래관리과-631, 2010.04.30.).

소득세법 집행기준 95-159의4-2에 따르면 일시적2주택으로서 중과배제 대상이고, 보유기간 중 거주기간이 2년이상인 경우 해당 자산의 양도차익에 보유기간 및 거주기간에 따라 최대 80%의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제를 계산한다고 되어 있습니다.

그럼에도 불구하고 최근 서울지방국세청 과세전적부심사에서는 2021년 양도건에 대해 비과세요건(특히 1년이내 전입요건)을 갖추지 못한 경우 소득세법 제95조 표2가 적용되기는 어려운 것으로 판단하였습니다.

[양경섭 세무사 프로필]

△ 국립세무대학 내국세학과 졸업(14기)
△ (전) 국세청 국세조사관
△ (전) 한화생명 세무전문위원
△ (전) IBK기업은행 세무팀장
△ (전) 세무법인 서광 대표세무사
△ (현) 네이버 전문상담세무사
△ (현) 세무법인 온세 대표세무사