1. 사실관계

가. 원고는 천안 소재 OOO대학교를 설치하여 운영하는 학교법인이다.

나. 원고는 2009. 3.부터 2011. 4.까지 천안시 서북구 성환읍 OO리(이하 ‘OO리’라고 한다) 각 부동산 279,895㎡(이하 위 부동산을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 하고, 개별적으로 지칭할 때에는 순번에 따라 ‘순번 ○ 부동산’이라고 한다)를 취득하였다.

다. 원고는 피고에게 위와 같이 취득한 이 사건 부동산을 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 밝히면서 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항에 따른 지방세 면제신청을 하였고, 피고는 이를 받아들여 취득세, 등록세, 지방교육세, 농어촌특별세를 면제하였다.

라. 한편, 피고는 2012. 10.경 원고에게, 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이 사건 부동산에 관한 취득세 등을 신고․납부할 것을 통보를 하였고, 원고는 2012. 11.부터 2014. 4.까지 이 사건 부동산에 관한 취득세 1,571,248,030원, 농어촌특별세 156,646,800원, 등록세 1,561,688,030원, 지방교육세 313,293,600원, 합계 3,602,876,460원(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라고 한다)을 각 자진신고 또는 피고의 직권고지로 납부하였다.

마. 원고는 2014. 7. 16. 피고에게 이 사건 취득세 등에 대하여 ‘이 사건 부동산을 취득일부터 3년 내에 당해 용도에 직접 사용하지 못한 것은 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서 조항에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당하므로 이 사건 취득세 등을 납부하도록 한 것은 부당하다.’고 주장하며 이 사건 취득세 등을 환급해 줄 것을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 8. 18. 원고의 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

바. 이에 불복하여 원고는 2014. 11. 14. 조세심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2018. 4. 26. ‘이 사건 부동산 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71(총 7필지)의 취득세 등에 대한 청구는 각하하고, 2017. 3. 16. 현재 부지조성공사를 마친 OO리 299-16 외 51필지 합계 76,024㎡의 토지에 대하여 실제 도로 등의 부지조성공사의 완료여부, 동 토지에 학교용 건물 등의 조성계획 및 사용내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정한다.’는 내용의 결정을 하였다.

사. 피고는 위 결정에 따른 재조사를 거쳐 2018. 6. 25. 이 사건 부동산 중 22,522.74㎡ 면적의 도로 부지(순번 5, 12 내지 14, 40, 48 내지 50, 53 내지 59, 65 내지 67, 72, 73, 84, 89, 91, 93 부동산 중 도로 부지에 해당하는 일부 면적)는 학교 교육용으로 직접 사용하는 부동산으로 인정하여 합계 297,897,510원(가산세 제외, 가산세 포함시 335,985,250원)을 감액·환급한다고 통지하였다[원고의 당초 경정청구액에서 환급되지 않고 여전히 남아 있는 부분은 3,304,978,850원이고, 이에 대한 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다. 한편 원고는 이 사건 처분 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산에 관한 부분에 대하여는 그 취소를 구하지 않고 있으므로, 이를 특정할 때에는 ‘이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외)’이라고 한다].
 

2. 쟁점

이 사건의 쟁점은 비과세·감면된 취득세의 부과·추징을 위한 과세기준일이 부동산 취득일·등기일인지, 아니면 정당한 사유가 소멸한 날인지 여부이다.
 

3. 원심 판결의 요지(대전고등법원 2021. 10. 28. 선고 2020누12207 판결)

가. 본안 전 항변에 관한 판단

1) 본안 전 항변의 요지

가) 경정청구제도는 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 구 지방세기본법에서 도입되었는데, 이 법률 부칙 제3조는 “제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.”고 규정하고 있으므로, 2011. 1. 1. 이전에 납세의무가 성립한 경우에는 경정청구에 관한 구 지방세기본법(2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된 것) 제51조가 적용될 수 없다.

그런데 이 사건 부동산 중 순번 91, 92 부동산을 제외한 나머지 부동산은 모두 그 취득일이 2011. 1. 1. 이전이므로, 원고에게 이 사건 부동산 중 순번 91, 92 부동산을 제외한 나머지 부동산에 관한 취득세 등의 경정청구권이 인정되지 않는다.

나) 구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항의 규정에 따라 취득세 등을 비과세, 과세면제 또는 경감 받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고․납부하여야 한다. 그런데 이 사건 부동산 중 순번 3, 4, 6, 25, 32 내지 45, 48 내지 69, 72 내지 81, 83 내지 90, 93, 94 부동산의 경우 잔금이 극히 일부여서 사실상 잔금이 지급된 것으로 보아 사실상 잔금지급일을 기준으로 그 취득일을 경정하거나 사실상 취득한 이후 토지거래허가구역에서 해제된 2009. 1. 30.을 취득일로 경정하여야 하므로, 원고는 이들 부동산에 대하여 유예기간(취득일부터 3년) 만료일(추징사유 발생일)부터 30일이 경과한 날 이후 취득세 등을 신고한 것이 되어 원고에게 경정청구권이 인정되지 않는다.

다) 이 사건 부동산 중 순번 1 내지 9, 11 내지 18, 65 내지 76, 89, 90 부동산은 원고가 취득세 등을 신고․납부한 것이 아니라 피고가 수시 부과한 것이므로, 원고에게 경정청구권이 인정되지 않는다.

2) 판단

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고, 세금의 부과는 납세의무의 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편 지방세법 규정에 의하여 면제된 취득세 등의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간의 경과도 포함된다고 할 것이므로, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간이 경과한 날이 된다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 등 참조).

일반적으로 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 하는데(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469 판결 등), 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 납세자 등의 경정청구에 대하여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 등 참조).

나) 경정청구제도가 적용될 수 없다는 주장에 관하여

(1) 관련 규정

구 지방세기본법(2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된 것) 제51조 제1항은 “이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.”고 규정하고 있고, 부칙 제1조는 “이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.”고 규정하고 있으며, 제2조는 “이 법은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.”고 규정하고 있고, 제3조는 “제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.”고 규정하고 있다.

한편, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조는 “다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.”고 규정하고 있고, 제127조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.”고 규정하고 있으며, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호는 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 내지 부동산에 대한 등기”를 규정하고 있다. 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호는 “초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교”를 법 제107조 제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 중 하나로 규정하고 있다.

(2) 구체적 판단

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항은 그 제목이 “용도구분에 의한 비과세”이고, 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하거나 이를 등기할 때에 취득세 및 등록세를 「부과하지 아니한다」고 규정하고 있으며, 이들 규정의 단서 조항은 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일 내지 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 취득세 및 등록세를 「부과한다」고 규정하고 있다. 이들 규정의 문언 및 형식 등에 비추어 보면, 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득하거나 이를 등기하는 경우에는 취득세 등을 부과하지 아니하나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일 내지 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여만 비로소 부과사유에 해당되어 이때 그 부분에 대한 납세의무가 성립하고, 부과권의 제척기간의 기산일이 된다고 봄이 타당하다.

앞서 본 바와 같이 원고는 피고에게 이 사건 부동산 중 2011. 1. 1. 이전에 취득한 부동산에 대하여 이를 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 밝히면서 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항에 따른 지방세 면제신청을 하였고, 피고는 이를 받아들였다. 이 사건 취득세 등 중 2011. 1. 1. 이전에 취득한 부동산에 대한 부분은 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항이 적용되어 처음부터 취득세 등을 부과하지 아니하여 납세의무가 성립하지 아니하였던 경우에 해당하고, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우, 그 취득일 등으로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우, 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 비로소 부과사유에 해당되어 납세의무가 성립하는 것으로 보아야 한다.

따라서 이 사건 부동산 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 이유로 경정청구를 구하는 이 사건에서 피고의 주장에 의하더라도 이 사건 부동산 중 그 취득일이 가장 빠른 부동산의 취득일이 2009. 1. 30.이고, 이를 기준으로 3년을 경과한 시점은 2011. 1. 1. 이후인 2012. 1. 30.이므로, 이 사건 부동산 중 취득일이 2011. 1. 1. 이전인 부동산은 경정청구의 대상이 되지 않는다는 피고의 주장은 이유 없다.

다) 기한 후 신고에 해당한다는 주장에 관하여

(1) 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산에 관하여

(가) 관련 법리

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)에 의하면, 취득세는 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립하고(제29조 제1항 제1호), 부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 보도록 되어 있다(제105조 제2항). 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데, 매매의 경우에 있어서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고, 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적·구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결 취지 참조).

(나) 구체적 판단

이러한 법리에 비추어 갑 제39, 40, 48호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 사실상 잔금지급일이라고 주장하는 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산에 대한 1차 잔금지급일 내지 근저당권설정등기의 원인일자에 원고가 사회통념상 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산 매매대금의 거의 전부를 지급한 것으로 볼만한 정도의 대금지급이 이행된 것으로 보기는 어렵다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산에 대한 원고의 매매대금 지급, 소유권이전등기경료일, 잔금 액수와 전체 매매대금에서의 잔금 비율 등은 아래 표와 같다.

이 표에 의하면, 순번 3, 4, 6, 32 내지 34 부동산의 2차 잔금이 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기는 어렵다. 한편, 순번 25 부동산의 2차 잔금은 700,000원이나 원고가 동일한 소유자인 지해성에게 같은 날 순번 25, 32 내지 34 부동산의 계약금, 중도금, 1차 잔금을 지급하였고, 아래에서 보는 바와 같이 이들 부동산을 공동담보로 하여 근저당권을 설정한 사정 등에 비추어 보면, 순번 25 부동산의 2차 잔금과 순번 32 내지 34 부동산의 2차 잔금을 합한 금액을 기준으로 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있는지 여부를 판단함이 타당하다. 순번 25 부동산의 2차 잔금 700,000원과 순번 32 내지 34 부동산의 2차 잔금 37,300,000원을 합하면 38,000,000원이고, 이 금액은 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기 어렵다.

② 원고는 2004. 8. 27. 순번 3 부동산에 관하여 1차 잔금 지급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 5,400,000,000원의 근저당권을, 2006. 5. 29. 순번 4 부동산에 관하여 1차 잔금 지급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 5,900,000,000원의 근저당권을, 2004. 12. 22. 순번 6 부동산에 관하여 1차 잔금 지급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 820,000,000원의 근저당권을, 2005. 4. 15. 순번 25, 32 내지 34 부동산에 관하여 1차 잔금 진급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 4,200,000,000원의 공동근저당권을 설정하였다. 원고가 순번 3, 4, 6, 25, 32 내지 34 부동산에 관하여 해당 부동산 매매대금보다 큰 금액을 채권최고액으로 하여 근저당권을 설정한 것은 이들 부동산이 토지거래허가구역 내에 있어 이들 부동산에 대한 권리보전을 위한 것으로 보일뿐 원고가 2차 잔금을 지급하지 않은 상태에서 소유자처럼 권리를 행사하기 위한 것으로는 보이지 않으므로, 이를 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우로 볼 수는 없다. 이는 이들 부동산이 토지거래허가구역 내에 있다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다.

(2) 이 사건 부동산 중 별지 2 목록 부동산에 관하여

(가) 별지 2 목록과 같이 피고가 사실상 잔금지급일이라고 주장하는 일자에 원고가 이들 부동산의 잔금을 지급하였거나 잔금 지급일 이후 토지거래허가구역이 해제되었음은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 별지 2 목록과 같이 원고의 이들 부동산에 대한 취득세 등에 관한 신고는 사실상 잔급지급일 또는 토지거래허가구역 해제일로부터 3년이 경과된 이후에 한 신고기한 이후의 신고로서 원고에게 경정청구권이 인정되지 않는다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(나) 한편, 원고는 ① 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제3항에 의하면, 기한후신고서가 제출된 경우 지방자치단체의 장은 지방세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여야 하나, 피고는 이 사건 부동산 중 기한후신고에 해당하는 부분에 대한 취득세 등에 대하여 별도로 과세표준과 세액을 결정하는 통지를 한 사실이 없어 해당 부분에 대한 피고의 처분이 존재하지 않으므로 기한후신고에 해당하는 부분들에 대한 취득세 등에 대한 원고의 구제절차가 미흡해지는 점, ② 피고가 이 사건 처분을 통하여 기한후신고에 해당하는 부동산에 대한 과세표준과 세액을 결정하였다고 볼 수 있고, 원고는 이 사건 처분이 있었던 날부터 90일 이내에 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분 중 신고기한 도과 후 신고한 부분에 해당하는 취득세 등에 대한 경정거부처분은 원고의 기한후신고에 대한 과세표준과 세액의 결정처분에 해당하므로 이 사건 소 중 기한후신고에 해당하는 취득세 등에 대한 부분도 적법하다고 주장한다.

(a) 관련 규정

구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것) 제51조 제1항, 구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항은 “이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제1호), 또는 과세표준신고서에 기재된 환급세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때(제2호)에 해당할 때에는 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.”고 규정하고 있었다. 그런데 2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정된 지방세기본법 제50조 제1항은 “이법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준신고서를 제출한 자는 과세표준신고서 또는 납기 후의 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제1호), 또는 과세표준신고서 또는 납기 후의 과세표준신고서에 기재된 환급세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때(제2호)에 해당할 때에는 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.”고 규정하고 있고, 이 법률 부칙(제16854호, 2019. 12. 31.) 제1조는 “이 법은 2020. 1. 1.부터 시행한다.”고 규정하고 있으며, 제3조는 “제49조 제1항 및 제50조 제1항·제4항(기한후신고서와 관련된 개정사항으로 한정한다)의 개정규정은 이 법 시행 전에 기한후신고서를 제출하고 이 법 시행 이후 과세표준수정신고서를 제출하거나 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구하는 경우에도 적용한다.”고 규정하고 있다.

한편 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항은 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준신고서(이하 “기한후신고서”라 한다)를 제출할 수 있다.”고 규정하고 있고, 제3항 본문은 “제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 지방자치단체의 장은 「지방세법」에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.”고 규정하고 있으며, 제4항은 “기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다.

(b) 구체적 판단

앞서 본 법리 및 관련 규정에 비추어 앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 별지 2 목록 부동산에 관하여 신고한 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분을 원고의 기한후신고서에 대한 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제3항의 과세표준 및 세액 결정으로 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 별지 1 목록 기재와 같이 2012. 11.부터 2014. 4.까지 별지 2 목록 부동산에 관한 취득세 등을 포함하여 이 사건 부동산에 관한 취득세 1,571,248,030원, 농어촌특별세 156,646,800원, 등록세 1,561,688,030원, 지방교육세 313,293,600원, 합계 3,602,876,460원을 기한 내 취득세 신고서 제출 또는 피고의 직권고지로 납부한 후 2014. 7. 16. 피고에게 이 사건 취득세 등에 대한 경정청구를 하였고, 이에 대하여 피고는 2014. 8. 18. 원고에게 경정할 이유가 없다는 이유로 ‘산출세액 3,602,876,460원, 비과세/감면세액 0원’이라는 내용이 포함된 경정거부 결과 통지를 하였으며, 이후 조세심판원의 결정에 따른 재조사를 거쳐 일부 부동산에 관한 취득세 등에 대하여는 297,897,370원(가산세 제외, 가산세 포함시 335,985,250원)을 감액·환급한다는 통지를 하였다.

위와 같이 원고가 피고에게 별지 2 목록 부동산에 관한 취득세 등에 대하여 ‘신고불성실, 납부불성실란’이 공란으로 되어 있는 기한 내 취득세 신고서(이 부분 부동산에 관한 취득세 등에 대한 피고의 직권고지는 없었다)를 제출하여 피고는 그에 따라 취득세 등이 원고의 신고로 확정되었다고 보고 그러한 취지의 경정청구 결과 통지 및 감액·환급 통지를 하였다. 따라서 원고가 제출한 기한 내 취득세 신고서를 기한후신고서로 보아 피고의 경정청구 결과 통지 및 감액·환급 통지를 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제3항에 따른 기한후신고에 대한 과세표준 및 세액 결정으로 볼 수는 없다.

② 원고의 주장처럼 기한 내 취득세 신고서에 기초한 피고의 경정청구 결과 통지 및 감액·환급 통지를 기한후신고에 대한 과세표준 및 세액 결정으로 보아 이에 대한 적법성을 다툴 수 있다고 한다면, 이는 법정신고기한 내에 신고납부한 성실한 납세의무자에게만 경정청구를 통한 권리구제가 가능하도록 규정한 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것) 제51조, 구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제50조의 입법취지에 반할 뿐만 아니라 2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정된 현행 지방세기본법 제50조가 기한 후 신고의 경우에도 경정청구를 허용하면서 부칙 제3조에서 개정법 시행 전에 기한후신고서를 제출하고 개정법 시행 이후 과세표준수정신고서를 제출하거나 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구하는 경우에만 권리구제 범위를 확대한 입법취지에도 반한다.

라) 피고의 수시 부과로 취득세 등이 납부되었다는 주장에 관하여

앞서 본 증거들, 갑 제41호증, 을 제14호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고가 세무조사 등으로 직권 고지하였음을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 피고 스스로도 을 제12호증 등의 과세자료(지방세 정보시스템)에 법정신고기한이 착오로 잘못 입력되었음을 인정하기도 하였다. 또한 이들 자료의 정보시스템상 ‘과표적용’이 ‘신고’로 입력되어 있고, 이들 자료의 정보시스템상 입력된 신고일이 납세의무성립일(또는 추징발생일)이 도래하기 이전인 경우, 취득세 등의 부과일자가 납세의무성립일(또는 추징발생일)이 도래하기 이전인 경우, 부과일자가 신고기한(추징발생일로부터 30일 이내) 이내인 경우가 존재하는 등 위 자료에 오류가 있을 가능성을 배제하기 어렵다. 따라서 피고의 과세자료에 해당 부동산의 부과종류가 ‘세무조사분’으로 입력되어 있다는 사정만으로 이 부분이 모두 직권 고지되었다고 보기 어렵다.

② 그 밖에 피고가 세무조사 등으로 직권 고지하였음을 알 수 있는 세무조사통지서나 부과고지서 등을 전혀 제출하지 않고 있다. 그에 반하여 원고는 이 부분에 대한 취득세 등 신고서를 제출하였다고 주장하면서 그 근거로 취득세 신고서와 직인사용대장을 제출하였고, 취득세 신고서 및 직인사용대장에 기재된 일자가 과세자료의 정보시스템상 신고일자와 근접하며, 그 정보시스템상 신고일자가 부과일자보다 앞서 있거나 같다.

마) 소결

그렇다면, 별지 2 목록 부동산에 관한 취득세 등에 대하여는 원고에게 경정청구권이 인정되지 않으므로, 이 부분에 대한 피고의 경정거부는 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 별지 2 목록 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하여야 한다.

나. 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외) 중 각하 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 적법 여부에 관한 판단

1) 당사자의 주장 요지

가) 원고

원고가 이 사건 부동산 취득 후 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있고, 이 사건 부동산 중 일부는 농지에 해당하여 농지에 대한 세율을 적용하여야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나) 피고

(1) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제107조, 제127조, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조는 일정한 경우에 취득세와 등록세를 부과하지 않는다고 정하거나 취득세를 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서 ‘다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’에는 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과(추징)한다고 규정하고 있다. 이 사건 부동산 중 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29는 원고가 이를 취득한 때부터 현재까지도 임대된 상태에서 일반음식점 및 주차장으로 사용되고 있으므로, 이 부분 부동산은 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 단서에서 정하는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 해당하므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득일 또는 등기일부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있었는지 여부와 관계없이 이 부분 부동산에 대하여 취득세 등이 부과(추징)되어야 한다.

(2) 이 사건 부동산 중 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 도시관리계획결정에 편입되지 않은 부분에 대하여는 정당한 사유가 인정되지 않으므로, 도시관리계획결정에 전체 면적이 편입되지 않은 이 사건 부동산 중 순번 7, 11, 18 내지 21, 26 내지 29 부동산과 일부 면적이 편입되지 않은 이 사건 부동산 중 별지 3 목록 부동산에 대하여는 원고에게 정당한 사유가 인정되지 않는다.

(3) 이 사건 부동산 중 소유권취득과 관련하여 분쟁이 있었던 부동산은 3필지(면적 합계 11,106㎡)로서, 이는 이 사건 부동산(면적 합계 279,895㎡)의 일부에 불과하고, 소유권취득과 관련하여 분쟁이 있었던 일부 부동산을 제외하더라도 원고가 이 사건 부동산을 학교용지로 사용하는 데 중대한 장애가 있었다고 할 수 없으므로, 원고가 이 사건 부동산 중 일부 부동산의 소유권을 취득하는 과정에서 분쟁이 있었다는 사실만으로는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 또한 토지거래허가구역에서 해제되기 이전에 취득이 완료된 토지가 38필지에 달하는 것으로 보이는 점, 취득세 신고 또는 부과 적용된 취득일보다 부동산등기부상 등기원인일이 늦은 필지가 61필지로 확인되는 등 이중 계약서 작성이 의심되는 점, 부동산등기부상 근저당의 피담보채권액이 취득 신고가의 120% 이상으로 설정된 경우에 등기원인일에 그 토지의 취득을 완료한 것으로 볼 경우 토지거래허가구역 해제 전 취득으로 의심되는 필지가 62필지에 달하는 점 등에 비추어 보면, 원고가 정당한 사유로 주장하는 소유권이전등기청구소송 등은 원고가 각종 법령을 위반하여 이 사건 부동산을 취득하는 과정에서 발생한 것으로서 귀책사유가 원고에게 있으므로, 정당한 사유를 판단함에 있어 소유권이전등기청구소송은 원고에게 유리한 사정으로 참작하여서는 안 된다.

도시관리계획결정(변경)취소소송과 관련된 토지는 원고가 가장 중요한 위치로 여기고 있는 필지이므로 원고로서는 가장 우선적으로 계약을 체결하고 이를 취득하였어야 함에도, 다른 토지와 달리 그 취득이 조기에 이루어지지 않았으며, 위 소송이 장기간 진행된 것 또한 원고가 정당한 사유를 인정받기 위한 것으로 의심되므로, 정당한 사유를 판단함에 있어 도시관리계획결정(변경)취소소송을 원고에게 유리한 사정으로 참작하여서는 안 된다. 이 사건 부동산의 대부분은 교육사업에 사용하기에 부적합한 부동산이고, 원고가 주장하는 위와 같은 소송 등과는 무관한 것이므로, 이 사건 부동산 279,895㎡ 중 위와 같은 소송 등의 대상이 된 부동산 48,490㎡를 제외하더라도, 원고가 4년제 일반대학으로 인가받거나 학교 용지로 사용하는 데 있어 중대한 장애사유가 있다고 할 수 없고, 앞서 본 소송 등은 원고의 내부적 사유에 불과하므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 3년 내에 교육 사업에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(4) 정당한 사유를 판단함에 있어 도시관리계획결정(변경)취소소송은 2014. 10. 15.에 확정되었으므로, 그 때부터 3년을 다시 유예기간으로 파악한다고 하더라도, 원고는 공사를 완료한 학교 진입로 및 드론교육장과 측량 실습장으로 주장하는 부분 외에는 현재까지 토목 또는 건축 공사 등을 지속적으로 진행한 사실이 없고, 2014. 10. 15.경 이후에는 취득 당시부터의 유예기간과는 달리 건축공사를 진행하면서 변경이 가능한 건축물의 설계 변경이나 일부 도시계획시설면적의 변경 등을 유예사유로 볼 수 없으며, 위 기간 동안 정당한 사유로 인정할만한 외부적 사유도 확인할 수 없다. 따라서 2014. 10. 15.을 유예기간의 시점으로 보아 그 때부터 다시 3년의 유예기간을 원고에게 인정한다 하더라도, 이 사건 부동산 중 위 공사가 완료된 진입로 등을 제외한 부분에 대하여 취득세 등이 부과되어야 한다.

2) 판단

가) 수익사업에 사용되어 취득세 등 부과할 수 있는지 여부

(1) 관련 법리 등

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결, 2006. 12. 7. 선고 2005두10255 판결 등 참조).

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서, 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서는 “대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우” 또는 “수익사업에 사용하는 경우”와 “3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우”를 구분하고 있으므로, 비영리사업자가 해당 부동산을 수익사업에 사용하는 경우에는 2년 이상 공익사업의 용도로 직접 사용된 적이 없는 이상 공익사업에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있었는지 여부와 관계없이 취득세 등을 부과하여야 한다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두26678 판결 취지 참조).

(2) 구체적 판단

이러한 법리에 비추어 앞서 본 증거들, 을 제21호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 중 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29 부동산은 2년 이상 공익사업에 사용하지 않고 임대함으로써 수익사업에 사용한 경우로서 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서, 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서에 따라 취득세 등을 추징할 수 있으므로, 이 사건 처분 중 이 부분 부동산에 대한 취득세 등에 관한 부분은 적법하다.

① 이 사건 부동산 중 순번 11 부동산은 2009년경부터 “장수촌”이란 상호의 일반음식점의 영업에 사용된 것으로 보이고, 순번 15 부동산은 2008년경부터 “양반골가든”이란 상호의 일반음식점의 영업에 사용되고 있는 것으로 보이며, 순번 26 내지 29 부동산도 적어도 2014년경부터는 “촌장꺼먹돼지”란 상호의 일반음식점의 영업에 사용되는 것으로 보인다. 원고도 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29 부동산이 수익사업에 사용되고 있음을 자인하고 있다.

② 이들 부동산은 교육사업에 직접 사용되거나 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 사업을 위해 제공된 적 없이 수익사업의 하나인 부동산 임대업을 위해 사용되었다. 따라서 이들 부동산이 학교결정부지 안에 존재하는 것인지 여부 또는 원고가 위 각 부동산을 교육사업에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있는지 여부와 관계없이 이 부분 부동산에 대하여는 구 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서에 따른 과세요건 또는 구 지방세특례제한법 제41조 제1항 단서의 추징요건이 완성되었다고 봄이 상당하다.

나) 도시관리계획결정에 편입되지 않은 부동산에 대하여 취득세 등을 부과할 수 있는지 여부

(1) 도시관리계획결정상 전체 면적이 학교부지에 편입되지 않은 경우

이 사건 부동산 중 순번 7, 11, 18 내지 21, 26 내지 29 부동산은 도시관리계획결정상 학교부지 밖에 위치하고 있고, 원고의 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득된 것이 아니라는 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 이 부분 부동산과 도시관리계획상의 OOO대학교 부지 사이에는 4차선 도로가 있고, 이 부분 부동산에 대하여 토목 또는 건축 계획 등이 마련되어 있지 않다. 이러한 사정 등에 비추어 보면, 원고는 이 부분 부동산을 원고의 교육사업에 사용하기 위하여 취득한 것이 아니므로, 이 부분 부동산의 취득은 처음부터 비과세대상 또는 면제대상이 아니었다. 따라서 이 사건 처분 중 이 부분 부동산에 관한 부분은 적법하다.

(2) 도시관리계획결정상 일부 면적이 학교부지에 편입되지 않은 경우

이 사건 부동산 중 별지 3 목록 부동산(순번 3, 8, 46, 47, 82, 92 부동산)의 경우 도시관리계획결정상 일부는 학교부지에, 일부는 학교부지 밖에 위치하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

이에 대하여 원고는 이 부분 부동산은 전부 학교결정부지 경계선 상에 위치하는 토지로서 도로, 완충녹지에 해당하고, 경계선 바깥 부분만 따로 제외하여 다른 용도로 사용할 수도 없으므로, 학교부지 내의 도로나 완충녹지가 교육용 재산에 포함되는 이상 이 부분 부동산도 교육용 재산에 포함되거나 교육용 토지의 부속 토지를 이룬다고 할 것이므로, 이들 부동산의 취득 및 등록은 비과세대상 또는 면제대상에 해당한다는 취지로 주장한다.

도시관리계획결정 이행조건 상 도시계획결정 구역 내 미매입 토지를 매입하여야 하는 의무가 부과되어 있었고, 원고는 미매입 토지를 매입할 당시 한 필지인 이 부분 부동산 중 도시관리계획결정에 편입된 면적 부분만 매입하기는 어려웠을 것으로 보이기는 하나, 원고가 제출한 자료만으로는 편입되지 않은 부분이 원고의 교육사업에 필요불가결한 부분에 해당한다고 볼만한 사정이 인정되지 않으므로, 원고가 주장하는 사정이 있다고 하더라도 원고가 이 부분 부동산 중 도시관리계획결정상 학교 부지에 편입되지 않은 부분까지 원고의 사업에 사용하기 위하여 취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 별지 3 목록 부동산의 일부 면적에 관한 부분은 적법하다. 그러나 도시관리계획결정상 학교부지에 편입된 부분은 원고가 원고의 사업 용도에 사용하기 위하여 취득하였다고 볼 수 있고, 뒤에서 보는 바와 같이 원고의 사업 용도에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으며, 당사자가 사실심 변론종결시까지 제출한 자료만으로는 학교부지에 편입된 부분과 편입되지 않은 부분을 구별하여 해당 부분에 관한 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 중 별지 3 목록 부동산에 관한 취득세 등에 대한 부분은 전부 취소할 수밖에 없다.

다) 별지 4 목록 부동산 중 순번 18 부동산을 제외한 나머지 부분에 관하여 정당한 사유가 있는지 여부

(1) 관련 법리

구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서, 제127조 제1항이 정하는 각 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

(2) 인정사실

앞서 든 증거와 갑 제3 내지 35, 37, 38호증, 을 제7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

○ 원고의 사업 진행 경위

(가) 원고는 2004. 11.경 OOO대학교의 중장기 발전계획(학생정원을 14.630명으로 증원, 42개 학과로 증설, 이하 ‘이 사건 발전계획’이라 한다)을 수립하고, 2030. 12. 31.까지 위 발전계획을 추진함에 있어 기존 학교시설 부지로는 학생 수용 및 시설 확충이 불가능하다는 판단 아래, 2010. 5. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2011. 4. 14. 법률 제10599호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국토계획법’이라 한다) 제26조에 의하여 천안시장에게 계획도, 계획조서, 계획설명서(기초조사결과 포함) 등을 첨부하여 천안시 서북구 성환읍 OO리 21번지 일원의 145필지를 학교 부지에 편입시켜 학교 부지 면적을 424,279㎡ 확장하고, 교육시설 및 연구시설로 13동(건축면적 36,901.865㎡, 연면적 267,682.385㎡)을 신축한다는 내용으로 도시관리계획 변경의 입안을 제안하였다. 그 주된 내용은 국토계획법 제36조 제1항 제1호 라목의 전체 녹지지역 중 생산녹지 지역이던 OO저수지 일부(7,258㎡)가 원고의 OOO대학교 부지 편입으로 인하여 자연녹지지역으로 용도지역이 변경되고, 원고의 기존의 학교부지 221,098㎡에다가 이 사건 부동산을 포함한 391,868㎡ 면적의 토지가 국토계획법 제2조 제6호 등 소정의 공공·문화체육시설(학교)로 추가 지정되며, OOO대학교의 부지 확장에 따라 교통시설(도로)이 확충 또는 신설되는 것이었다.

(나) 이에 천안시장은 2010. 6. 1. 주민공람․공고(천안시 공고 제2010-597호, 공람기간 14일간), 2010. 6. 18. 재공람·공고 및 사전환경성검토서(초안)공람·공고(천안시 공고 제2010-662호, 공람기간 14일간)를 각 거치는 방법으로 주민의 의견을 청취하고, 2010. 6. 16. 천안시의회의 의견을 청취하며, 2010. 7. 8. 농림수산식품부 장관과 농지전용 협의를, 2010. 7. 13. 금강유역환경청 사전환경성검토(본안)를 각 마치고, 2010. 7. 23. 천안시 도시계획위원회 심의를 거친 후, 2010. 8. 2. 이 사건 부동산이 포함된 천안시 서북구 성환읍 OO리 21 일원에 대하여 국토계획법 제30조, 제32조 등 각 규정에 의하여 도시관리계획을 변경하고, 천안도시관리계획변경 및 지형도면 고시(천안시 고시 제2010-154호, 용도지역, 도시계획시설: 학교, 도로, 완충녹지, 하천, 저수지)를 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 도시관리계획변경결정’이라 한다). 한편 위 변경결정에는 ‘① 도시계획시설에 대하여는 실시계획인가를 득한 후 공사를 시행하여야 함, ④ 미매입한 토지에 대하여는 지속적으로 토지주를 이해 설득하여 협의매수할 것’이라는 내용의 조건이 부가되었다.

(다) 이후 원고는 2011. 2. 28. 일반대학개편 심사요청을 하여 2011. 6. 28. 교육과학기술부로부터 대학설립운영규정 제5조에 정해진 교지기준 면적을 확보할 것을 전제로 일반대학으로 설립인가를 받았는데, 일반대학으로서 인가받은 학생정원은 10,483명이었고 이에 따라 확보해야 할 교지기준 면적은 326,322㎡ 이상이었다. 그런데 당시 원고가 실제 보유한 교지면적은 214,469㎡에 불과하였다.

(라) 원고는 2011. 9.경 천안시청 도시과에 ‘부지증설사업 환경영향평가 초안’을 접수하였고, 2011. 10. 19. 성환읍사무소 회의실에서 환경영향평가 주민설명회를 개최하였으며, 환경영향평가 협의과정을 거쳐 2012. 1. 25. 최종적으로 환경영향평가서 본안협의가 완료되었다. 이후 원고는 2011. 12. 22. 천안시에 교통영향평가서를 제출하였고, 이에 관하여 2012. 2. 7. 교통영향평가 심의를 거쳐 2012. 2. 24. 교통영향평가 최종보완서를 접수하였고, 2012. 3. 5. 교통영향분석 및 개선대책 검토결과 통보를 받았다.

(마) 이후에도 원고는 사업부지에 관한 토목설계 현장설명회를 개최하고 2012. 5. 26. 환경조형학관의 설계에 관한 건축설계를 완료하였고, 2013. 4. 16. 도시계획도로 연장 토목설계 계약을 체결하는 등 이 사건 발전계획과 이 사건 도시관리계획변경결정 및 일반대학교 설립 허가 등에 따른 사업을 추진하였다.

(바) 원고는 2014. 3. 17. 천안시장에게 ‘도시계획시설사업실시계획인가 신청서’를 제출하고 실시변경 협의, 인가 보완 등의 절차를 거쳐 2014. 11. 20. 천안시장으로부터 도시계획시설사업실시계획 변경인가를 받았으며, 위 사업실시계획이 인가된 후 2015. 1. 27. 토목공사에 착공하여 진입로 공사, 토목공사를 진행하였고, 2017. 3. 16. 진입로 토목공사, 도로포장, 조경공사를 완공하였다.

○ 사업 관련 소송 진행 경위

(사) 한편 이 사건 도시관리계획변경결정에 포함된 토지(OO리 산17-2 임야 2,876㎡, 같은 리 산17-4 임야 2,380㎡, 같은 리 42-2 답 2,152㎡, 같은 리 42-4 전 3,174㎡)의 소유자인 정진용은 2010. 10. 15. 천안시장을 상대로 위 결정의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 원고는 피고보조참가인으로 위 소송에 참여하였다. 1심법원은 2011. 5. 4. 원고의 청구를 기각하였으나(대전지방법원 2010구합4164), 2011. 12. 22. 항소심법원은 원고의 청구를 인용하는 판결을 선고하였고(대전고등법원 2011누882), 상고심법원은 2014. 7. 10. 다음과 같은 이유로 원심을 파기환송하는 내용의 판결을 선고하였으며(대법원 2012두2467), 2014. 9. 25. 환송 후 항소심법원에서 원고의 항소를 기각하여 2014. 10. 15. 위 1심판결이 그대로 확정되었다(대전고등법원 2014누425).

(아) 원고는 이 사건 부동산 중 순번 13, 14, 30 부동산을 포함하여 다음과 같이 해당 부동산의 소유자들을 상대로 소유권이전등기청구소송을 제기하였다.

(3) 판단

위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 각 사정 등을 종합하면, 원고가 3년 이내에 이 사건 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(따라서 원고의 나머지 주장에 관하여는 살피지 아니한다).

① 원고는 이 사건 부동산을 포함한 일대를 학교부지로 사용하기 위한 계획을 오래전부터 수립하여 일관되게 추진하여 온 것으로 보이고, 한편 학교부지를 확장하기 위해서는 이 사건 부동산에 등에 관한 도시관리계획시설변경결정이 필요하였는데 원고는 2010. 8. 2. 천안시장으로부터 이 사건 도시관리계획변경결정을 받고, 그 이행조건(도시계획시설에 대하여는 실시계획인가를 득한 후 공사를 시행하여야 함 및 미매입한 토지에 대하여는 지속적으로 토지주를 이해 설득하여 협의매수할 것)을 이행하기 위해 계속하여 미매입 토지를 매수하였을 뿐만 아니라, 2013. 4. 16. 도시계획도로 토목설계용역계약을 체결하고, 2014. 11. 20. 천안시장으로부터 도시계획시설사업실시계획 변경인가를 받은 직후인 2015. 1. 27. 위 토목공사에 착공하는 등 이 사건 부동산을 그 고유업무에 사용하기 위한 노력을 계속적으로 진행해왔다.

② 한편 위와 같이 원고가 이 사건 부동산을 고유목적에 사용하기 위하여 필요한 절차로서 천안시장의 도시관리계획시설 변경결정이나 도시계획시설사업실시계획 변경인가 등은 관할관청 산하의 여러 부처뿐만 아니라 여러 유관기관이 담당하고 있는 각종 규제를 종합적․합목적적으로 검토하여야 하기 때문에, 그에 관한 결정에는 상당한 시일이 소요될 수밖에 없다.

③ 원고는 천안시 각 부처의 검토과정에서 요구된 보완사항을 성실하게 이행한 것으로 보이고, 원고가 그 보완요구 등에 관하여 즉시 이행하지 아니하였거나 불성실하게 이행하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없다. 오히려 원고는 천안시 각 부처의 보완요구에 성실히 임하였기 때문에 원고의 계획대로 이 사건 도시관리계획변경결정이나 도시계획시설사업실시계획 변경인가가 고시됨으로써, 이 사건 부동산을 학교부지로 사용할 수 있게 된 것으로 보일 뿐이다.

④ 그 뿐만 아니라, 비록 이 사건 부동산 중 소유권에 관한 분쟁 대상이 되었던 필지는 3필지(순번 13, 14, 30 부동산)에 불과하기는 하나, 위 3필지 외에도 2015. 2.경까지 이 사건 도시관리계획변경결정 대상 부동산의 소유자에 의하여 이 사건 도시관리계획변경결정 자체의 취소를 구하는 관련 행정소송이 계속되었는데, 이 사건 도시관리계획변경결정은 위 정OO 소유 부동산뿐만 아니라 이 사건 부동산을 비롯한 확장 부지 전체를 대상으로 하는 것이므로 위 소송에 따른 결과는 위 부지 전체에 영향을 미칠 수도 있는 중대한 사안이었고, 그 때문에 원고로서는 위 소송에서 패소할 경우 이 사건 도시관리계획변경결정에 따른 기존의 사업계획의 내용 및 구도를 전면 재수정해야 하는 상황에서 섣불리 기존의 계획대로 사업을 진행하기가 상당히 부담스러웠을 것으로 보인다.

⑤ 나아가 원고가 운영하는 OOO대학교가 이 사건 발전계획을 통하여 지향하고 있는 보건의료복지영역 특성화대학이라는 목표를 이루기 위해서는 보건의료학관과 보건의료지원관의 건립이 필수적인데, 원고는 위 정OO 소유의 부지에 위 건물의 건립과 1번 국도를 통한 OOO대학교로의 주 진입로 및 중앙광장의 설치를 예정하고 있었던 점, 학교부지에 새로 포함되는 토지들 중 위 토지는 기존 학교부지와 상대적으로 가장 인접해 있고, 전체 학교부지 중 한 가운데 쪽에 위치하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고로서는 사업부지 중 가장 핵심적이고 중요한 위치에 있는 위 부지를 사업부지에서 제외해 달라고 다투는 위 관련 행정소송에 온 사력을 다할 수밖에 없었던 것으로 보이므로, 원고가 이 사건 부동산에 관한 공사 진행이 늦어진 데에는 참작할 만한 사정이 있다.

⑥ 위와 같이 원고가 추진한 학교부지 확장사업의 내용, 규모, 목적 등에 비추어 보면, 이는 상당한 시간이 소요되는 종합적이고 체계적인 개발계획에 해당하는 것으로 보이고, 그와 같은 사정에다가 앞서 본 부지 소유자들과의 법적 분쟁이 상당 시간 지속된 점까지 보태어 보면, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 고유목적 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

원고가 소유권이전등기청구소송을 해당 부동산의 매매계약 등에 따른 잔금지급기일보다 늦게 제기하였다거나 위 부동산 및 이 사건 부동산을 취득함에 있어서 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 등을 위반하였다는 것만으로는 소유권이전등기청구소송이 원고의 귀책사유에 의하여 제기된 것으로 볼 수 없고, 도시관리계획결정(변경)취소소송도 이 사건 도시관리계획변경결정에 포함된 토지 소유자인 정OO이 제기한 것으로서 원고의 의사와 상관없이 제기되었으며, 이 소송이 원고의 귀책사유로 장기간 진행된 것도 아니므로, 이를 정당한 사유를 판단함에 있어서 고려해야 할 요인으로 볼 수는 없다.

라) 정당한 사유가 소멸한 후 다시 유예기간이 진행되는지 여부

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

이러한 법리에 비추어 보면, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서는 취득세·등록세를 부과하는 요건으로 ‘수익사업에 사용하는 경우’, ‘취득일부터 1년 또는 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’, ‘그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’만 규정하고 있을 뿐 장애사유 등이 제거되는 등 정당한 사유가 소멸한 후 다시 유예기간을 부여하는 부과사유를 규정하고 있지 않으므로, ‘취득일부터 1년 또는 3년 이내’를 ‘유예기간 만료일부터 1년 또는 3년 이내’로 해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는 것으로 봄이 타당하다.

앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산 중 별지 4 목록 부동산 중 순번 18 부동산을 제외한 나머지 부분에 관하여 그 취득일부터 3년 이내에 그 교육사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 인정되는 이상 이후 장애사유가 제거되었다고 하더라도 이미 그 취득일부터 3년이 경과한 상태이므로, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서에서 정한 이 부분에 관한 부과사유에 근거하여 다시 취득세를 부과할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다.

마) 이 사건 부동산 중 일부 취득에 관하여 농지세율이 적용되어야 하는지 여부

원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부동산이 취득당시 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지이었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

바) 소결

따라서 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외) 중 순번 7, 11, 15, 18 내지 21, 26 내지 29 부동산에 관한 부분, 별지 3 목록 부동산 중 일부 면적은 그 처분사유가 인정되어 적법하고, 별지 3 목록 부동산의 나머지 면적, 별지 4 목록 부동산 중 순번 18 부동산을 제외한 나머지 부동산에 관한 부분은 그 처분사유가 인정되지 않아 위법하다. 한편 앞서 본 바와 같이, 별지 3 목록 부동산 중 학교부지에 편입된 부분을 구별하여 해당 부분에 관한 정당한 세액을 산출할 수 없고, 별지 4 목록 부동산 중 순번 17, 18 부동산은 함께 묶어서 과세되었는데, 그 부동산들에 관하여도 해당 부분별로 구분한 취득세 등을 확인할 수 없어 원고가 해당 부분에 대하여 납부의무를 지는 정당한 취득세 등을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외)에서 별지 3 목록 부동산에 관한 부분과 별지 4 목록 부동산 중 순번 17, 18 부동산에 관한 부분은 전부 취소되어야 한다.

결국 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외) 중 별지 3, 4 목록 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계세액 해당 금액 부분은 취소되어야 한다.
 

4. 대상 판결의 요지(대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결)

가. 납세의무 성립시기 관련 상고이유에 관하여

경정청구제도는 객관적으로 존재하는 진실한 세액을 초과하여 착오 등으로 과다신고․납부한 경우에 이를 시정하거나 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액 등의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 납세의무자의 이익을 위하여 그러한 사정을 반영하여 시정하게 하는 법적 장치로서, 지방세에는 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 지방세기본법이 제정되면서 도입되어 제51조에 경정청구에 관한 규정이 신설되었다. 같은 법 부칙 제1조, 제2조, 제3조에 따르면, 지방세 경정청구에 관한 위 규정은 같은 법 시행일인 2011. 1. 1. 이후 최초로 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용된다.

원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고가 지방세 경정청구제도 시행일인 2011. 1. 1. 이전에 취득하여 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되어 2011. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 본문 제1호, 제127조 제1항 본문 제1호 등에 따라 취득세 등이 비과세된 부동산의 경우에는 위 각 구 지방세법 규정 단서 등에서 정한 부과사유가 발생하는 때에 비로소 납세의무가 성립한다고 전제한 다음, 위 부동산에 대한 취득세 등 납세의무 성립일은 모두 2011. 1. 1. 이후이므로 원고에게 지방세기본법상 경정청구권이 인정된다는 취지로 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 납세의무 성립시기, 지방세기본법상 경정청구권 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 

나. 기한 후 신고 관련 상고이유에 관하여

구 지방세법 제29조 제1항 제1호는 ‘취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립한다.’고 규정하고, 제105조 제2항은 ‘부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다.’고 규정하고 있다. 여기에서 ‘사실상의 취득’이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데(대법원 2001. 2. 9. 선고 2000두2204 판결 등 참조), 매매의 경우에 있어서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누8934 판결 등 참조), 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적․구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결 등 참조).

원심은 그 판시와 같은 이유로, 원심 판시 별지4 목록 순번 4, 25, 32, 33, 34 기재 부동산의 경우 피고가 주장하는 1차 잔금지급일이나 근저당권설정등기의 원인일자에 사회통념상 매매대금의 거의 전부가 지급된 것으로 볼 만한 정도의 대금지급이 이행된 것으로 보기 어려워 원고의 위 부동산에 대한 취득세 등 신고가 기한 후 신고에 해당한다는 피고의 주장을 배척하고 원고에게 지방세기본법상 경정청구권이 인정된다는 취지로 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 사실상의 취득 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 

다. 유예기간 기산일 관련 상고이유에 관하여

구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세․등록세의 비과세에 관하여 규정하면서, 각 본문 제1호에서 비과세사유 중 하나로 ‘제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 또는 등기’를 드는 한편, 각 본문 단서에서 ‘취득일․등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우(이하 ‘쟁점 추징사유’라고 한다) 그 해당 부분에 대하여 취득세․등록세를 부과한다.’고 규정하고 있다. 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 본문은 ‘학교등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.’고 규정하면서, 그 단서에서 면제된 취득세의 추징사유 중 하나로 쟁점 추징사유와 같은 내용을 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조).

위에서 본 법리와 위 각 규정의 문언 내용 및 취지 등을 종합하면, 구 지방세법 제107조 본문 제1호, 제127조 제1항 본문 제1호 및 구 지방세특례제한법 제41조 제1항 본문에 따라 취득세․등록세가 비과세 또는 면제된 부동산에 대하여 쟁점 추징사유를 근거로 취득세․등록세를 부과할 수 있는지 여부는 위 부동산의 취득일․등기일부터 3년 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 인정되는지에 따라 판단하여야 하고, 3년의 유예기간 기산일을 법문과 달리 ‘취득일․등기일’이 아니라 ‘정당한 사유가 소멸한 날’로 볼 수는 없다.

원심은 같은 취지에서, 3년의 유예기간이 경과한 후에 정당한 사유가 소멸한 경우 그때부터 다시 3년의 유예기간이 진행된다는 피고의 주장을 배척하고, 취득일․등기일부터 3년 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 것으로 인정되는 부동산에 대하여는, 이후 정당한 사유가 소멸하였더라도 이미 그 취득일․등기일부터 3년의 유예기간이 경과한 이상 쟁점 추징사유에 근거하여 취득세 등을 부과할 수 없다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 지방세법 제107조, 제127조 제1항 등에서 정한 유예기간 기산일과 과세기준일 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 

5. 대상 판결에 대하여

가. 사실상 취득과 대금 지급 정도 관련 법리

(1) 대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결은 ‘지방세법 제29조 제1항 제1호는 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립한다고 규정하고, 제105조 제2항은 부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데(대법원 2001. 2. 9. 선고 2000두2204 판결 등 참조), 매매의 경우에 있어서는 사회봉념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누8934 판결 등 참조), 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적ㆍ구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.’고 전제한 다음, ‘원고는 분양대금 할인약정에 따라 재건축조합으로부터 분양대금을 할인받기 위하여 이 사건 아파트 분양대금의 중도금과 잔금 일부 합계 7억 5,880만 원을 6회에 걸쳐 약정된 지급기일 이전에 미리 지급하였고, 그 결과 재건축조합으로부터 2005. 3. 17.까지 합계 53,469,764원을 할인받음으로써 잔금 67,040,000원 중 13,570,236원만 남게 된 것인 점, 위 미지급 잔금 13,570,236원은 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기 어려운 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 이 사건 아파트의 사용승인일인 2006. 6. 26.에 원고가 사회통념상 이 사건 아파트 분양대금의 거의 전부를 지급한 것으로 볼 만한 정도의 대금지급이 이행된 것은 아니라고 봄이 상당하다. 그럼에도 원심은 이 사건 아파트의 사용승인일 당시 미지급 잔금이 전체 분양대금의 1.478%에 불과하다는 사정만을 들어 원고가 2006. 6. 26. 이 사건 아파트를 사실상 취득한 것으로 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 취득세 납세의무 성립요건으로서의 사실상의 취득에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.’라고 판시하였다.

(2) 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결은 ‘① OO스윗닷홈 1차1지역 주택조합, OO스윗닷홈 2차1지역 주택조합(위 조합들을 합하여 ‘이 사건 각 조합’이라 한다)은 2006. 7. 12. OO토건 주식회사(이하 ‘OO토건’이라 한다)와 토지거래허가구역 내에 위치한 용인시 기흥구 (주소 생략) 외 55필지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 ‘OO토건이 이 사건 각 조합에게 지급하여야 하는 현장인수금액은 제반경비를 제외한 378억 원으로 확정’하는 내용 등의 현장인수계약(이하 ‘이 사건 현장인수계약’이라 한다)을 체결한 사실, ② 원고는 2006. 8. 5. OO토건과 ‘용인 마북동 ○○아파트 신축사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관하여 ‘이 사건 각 조합의 토지소유권 및 사업주체로서의 모든 권리ㆍ의무를 이 사건 현장인수계약에 따라 인수한 OO토건은 이 사건 사업의 토지소유권 및 시행사로서의 사업권 일체의 주체를 원고로 지정하고, 원고는 이 사건 사업의 시행사로서의 모든 권리를 가지며, 인ㆍ허가, 사용승인 등 시행사로서의 일체의 의무를 부담’하는 내용 등의 사업약정(이하 ‘이 사건 약정’이라 한다)을 체결한 사실, ③ 원고는 2006. 7. 12.부터 2006. 12. 28.까지 사이에 이 사건 각 조합에게 이 사건 현장인수계약에 따른 현장인수대금 378억 원 중 37,023,030,236원을 지급한 사실, ④ 이 사건 각 토지에 대하여는 2007. 8. 1.부터 2009. 1. 30.까지 사이에 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역 해제 등이 이루어진 사실, ⑤ 피고는 원고가 2006. 12. 28. 이 사건 각 토지를 사실상 취득하였음에도 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 않은 것으로 보아 2010. 10. 14. 원고에게 취득세 1,301,062,160원 및 농어촌특별세 89,136,040원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)한 사실 등을 인정한 다음, OO토건이 이 사건 각 조합으로부터 이 사건 각 토지뿐만 아니라 그 지상에서 시행할 이 사건 사업에 대한 사업권까지 인수한 것이고, 원고도 이 사건 약정에 따라 OO토건으로부터 위 각 토지와 함께 위 사업권까지 양수한 것으로 인정되는 사정 등에 비추어 원고의 위와 같은 금원 지급이 이 사건 사업에 대한 사업권 양수와 무관하게 오로지 이 사건 각 토지의 취득만을 목적으로 지급된 것이라고 단정하기 어렵고, 원고가 지급한 위 37,023,030,236원을 이 사건 각 토지의 취득대금으로만 볼 수 있다고 하더라도 위 금액과 현장인수대금 378억 원과의 차액에 해당하는 약 8억 원은 사회 통념상 위 378억 원이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 할 수 없어, 원고가 이 사건 각 토지를 2006. 12. 28. 사실상 취득한 것으로 볼 수 없다는 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 판단한 원심 판결이 타당하다.’고 판시하였다.

(3) 대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결은 ‘부동산의 양도’로 볼 수 있는 ‘대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이르는지’ 여부의 판단기준과 관련하여, ‘구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항의 문언과 취지 등을 종합하여 보면, 부동산의 매매 등으로 그 대금이 모두 지급된 경우뿐만 아니라 사회통념상 그 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다고 할 것이나, 그 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이르는지 여부는 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등에 비추어 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다.’라고 하여(같은 취지의 판결로 대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결 등 참조), ‘원고가 2000. 4. 11.까지 소외 회사로부터 지급받은 계약금 및 중도금 합계액이 1,548,250,000원으로서 총 매매대금의 98.72%에 이르지만, 잔금을 남겨 둔 경위나 미지급된 잔금의 액수 등에 비추어 볼 때 잔금 2,000만 원은 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기도 어렵고, 따라서 이 사건 토지의 양도시기는 그 잔금이 모두 지급된 날인 2006. 12. 22.로 보아야 할 것’이라고 판시하였다.
 

나. 비과세·감면 지방세의 추징을 위한 과세기준일 관련 판결

대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결은 구 지방세법 제290조 제1항에 의해 면제된 취득세와 등록세를 추징하기 위한 과세기준일이 쟁점이 된 사안에서, ‘조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고(대법원 1993. 5. 11. 선고 92누18399 판결 등 참조), 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편, 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항은 “공공법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.”고 규정하고 있는바, 그 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함된다고 할 것이므로(대법원 1991. 2. 26. 선고 90누7050 판결, 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 등 참조), 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조). 따라서 원고가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득한 것이 취득세와 등록세 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득 당시의 법률인 개정 전 지방세법 제290조 제1항 및 그 시행령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이지만, 원고가 이 사건 대지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 취득세와 등록세를 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 위 1년의 유예기간이 경과된 1998. 12. 1. 당시의 관련 지방세 법령의 규정에 따라 판단되어야 할 것이다.’라고 판시하였다.
 

다. 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 “정당한 사유” 관련 법리

(1) 대법원은 비영리법인이 취득한 부동산을 유예기간 내에 고유목적사업에 사용하지 못한 경우 취득세 추징을 면할 수 있는 사유인 “정당한 사유”와 관련하여, 구 지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조 소정의 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다고 판시하였다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결, 대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211 판결, 대법원 1991. 12. 27. 선고 91누4515 판결 등).

(2) 대법원은 ‘구 지방세법 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제94조 제1항, 제79조 제1항 제16호의 각 규정에 의하여 등록세를 당초 비과세하였다가 위 규정에 의하여 다시 과세하기 위해서는 등기일로부터 1년(현행 3년) 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니할 경우에 한한다 할 것이고, 어떤 토지에 대하여 등기 당시부터 관계 법령의 규정에 의한 사용의 제한 또는 금지가 있었던 경우에는 그 제한 또는 금지가 계속되는 한에 있어서는 사업에 직접 사용하지 못함에 정당한 사유가 있다고 할 것이며, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다고 풀이함이 상당하다.’라고 판시하였다(대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결).

(3) 또한 대법원은 ‘교육을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 교육사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하였으나, 그 취득 후 1년(현행 3년) 이내에 취득목적인 강당 신축부지로서 사용하지 못한 것은 강당건물의 신축을 위해서는 위 부동산 외에도 일단의 토지가 필요한 데 당시의 부동산가격의 급격한 상승과 매수대상인 토지가 주택으로 사용되고 있다는 특수성으로 인하여 인접 부동산의 소유자들이 비영리사업자의 매수요청에 응하지 아니하기 때문에 그들을 설득하여 이를 매수하는데 상당한 시일이 소요되었고, 또 건축법상의 이격거리 확보를 위하여 부동산을 추가로 매입하는 데 기인한 것으로서, 이는 구 지방세법 제107조 단서 및 같은 법 제127조 제1항 단서 소정의 정당한 사유에 해당된다.’라고 판시하였다(대법원 1992. 11. 13. 선고 92누2035 판결).

(4) 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과 제외사유인 “정당한 사유” 관련 법리의 원용

과거 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 제6호에서는 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과 규정(5배 중과)을 두고 있었고, 예외적으로 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 “정당한 사유”가 있는 경우에는 중과세에서 제외하도록 규정하고 있었다. 대법원 1993. 2. 26. 선고 92누8750 판결은 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지 취득세 중과 제외사유인 “정당한 사유”의 의미와 관련하여, ‘취득세 중과대상인 법인의 비업무용 토지를 규정하고 있는 지방세법 시행령 제84조의4 제1항 소정의 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것’이라고 일관되게 판시하였다(대법원 2004. 7. 22 선고 2002두11950 판결, 대법원 2003. 7. 22 선고 2001두10585 판결, 대법원 2002. 7. 12 선고 2001두1888 판결, 대법원 1997. 10. 10 선고 96누10744 판결, 대법원 1996. 5. 28 선고 95누18642 판결, 대법원 1996. 3. 12 선고 95누18314 판결, 대법원 1996. 1. 26 선고 95누13104 판결, 대법원 1995. 12. 8 선고 95누5257 판결, 대법원 1995. 11. 10 선고 95누7482 판결, 대법원 1995. 1. 20 선고 94누10610 판결, 대법원 1994. 11. 18 선고 93누2957 판결, 대법원 1993. 11. 23 선고 92누14496 판결, 대법원 1993. 7. 27 선고 93누6041 판결, 대법원 1993. 7. 13 선고 92누17235 판결, 대법원 1993. 6. 8 선고 93누6553 판결, 대법원 1993. 4. 23 선고 92누10937 판결 둥).

위와 같은 법인의 비업무용토지에 대한 취득세 중과 제외사유인 “정당한 사유”에 관한 대법원 판례의 법리는 지방세특례제한법상 취득세나 재산세 등의 비과세·감면 규정에서 추징 제외사유인 “정당한 사유”를 해석함에 있어서도 그대로 원용될 수 있다.
 

라. 대상 판결의 의의

취득세에서의 취득은 법률상 취득 외에 사실상 취득을 포함한다. 등기·등록 등과 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였더라도 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 사실상 취득이라 한다(지방세법 제7조 제2항. 대법원 2009. 4. 23. 선고 2009다5001 판결 등). 매매의 경우에 있어서 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금 지급이 이행된 때 사실상 취득하였다는 것이 대법원의 입장인데, 대상 판결은 이러한 법리를 재확인해 주었다. 양수인의 취득세 납세의무 성립시기인 ‘사실상 취득일’은 거래상대방인 양도인의 입장에서는 양도소득세 납세의무 성립시기인 양도시기가 될 것이라는 점에서 양도소득세 납세의무 성립시기인 양도시기 판단에 있어서도 대금 지급과 관련하여 대상 판결과 동일한 법리가 적용된다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결, 대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 등). 또한 대상 판결은 과세기준일 쟁점 관련해서도 종전 법리를 다시 한번 확인해 주었다.
 

[법무법인(유한) 태평양 유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 기재부 고문변호사
△ 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 행안부 지방세발전위원회 위원
△ 중부지방국세청 고문변호사
△ (사)한국국제조세협회 부이사장
△ (사)한국세무학회 부회장
△ (사)한국세법학회 감사
△ (사)한국지방세학회 회장
△ 행안부 고문변호사
△ 전 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 대한변호사협회 부협회장
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장