감사원은 27일 심사청구 제도의 인지도를 제고하고 국민의 알권리 보장을 위해 올해 ‘심사청구 주요결정례’를 처음으로 공개했다.

감사원 심사청구제도는 감사대상기관의 위법·부당한 행위로 권리나 이익을 침해받은 국민은 감사원에 심사를 청구할 수 있으며, 해당기관은 감사원으로부터 시정이나 필요한 조치를 요구받으면 그 결정에 따라 조치를 취해야 한다.

감사원이 처음으로 선정·공개한 `25년 주요 결정례는 국민의 생활과 밀접하게 관련되고 시의성 있는 조세분야 5건, 산업재해보상분야 2건 등이며, 매 반기별 주요결정례가 공개된다.

◇법정신고기한내 신고의무 이행시 90일 지나도 ‘5년이내 경정청구’ 가능

주요 심사결정례 중 ‘조세분야’를 살펴보면, ‘법인세 인용 사례[2023-심사-174]‘의 경우 처분청은 청구인으로부터 계열법인이 부담한 광고비 관련 법인세 증액경정처분에 대한 경정청구를 받자, 해당처분후 90일이 경과했다는 이유로 각하결정을 내렸다. 이에 청구인은 법인세 신고후 5년이 지나지 않았다는 이유로 각하결정의 취소를 구하는 심사를 감사원에 청구했다.

감사원은 납세자가 법정신고기한내 신고의무를 이행한 경우 과세관청의 세액경정처분에 대해 90일이 경과해도 최초 신고세액 범위내에서는 5년이내 경정청구가 가능하다고 판단했다.

또한 계열법인이 분담한 광고비는 그 업무 관련성이 인정되므로 법인세법에서 정한 기준을 위반했다고 보기 어려워 손금으로 인정이 가능하다고 결정했다.

◇법인세 법정신고기한 경과후 5년 이내라면 ’동일한 사유로 재경정청구‘ 가능

심사결정례 중 ‘법인세 재조사[2022-심사-1809]’ 사례를 살펴보면, 청구인은 `20년 1월 처분청이 자기주식교부형 주식매수선택권의 시가와 행사가격의 차액을 손금으로 인정해 법인세를 감액해 달라는 경정청구를 제기했으나 거부당했다.

그러자 청구인은 `20년 6월 서울국세청에 이의신청했으나 당해 7월 기각당한 뒤, `22년 3월 동일 사안에 대한 재경정청구 역시 처분청은 동일한 내용으로 재경정청구를 할수 없다며 각하하자 감사원에 심사청구를 제기했다.

감사원은 국세기본법상 법정신고기한 내에 신고의무를 이행한 경우 5년이내에 경정청구를 할수 있다는 규정과 관련, 법인세 법정신고기한 경과후 5년 이내라면 동일한 사유로 재경정청구가 가능하다고 판단했다.

또한 자기주식교부형 주식매수선택권을 행사할 경우 해당 법인은 이미 법인의 자산을 구성하고 있는 자기주직을 실질가치보다 낮은 행사가격으로 교부해야 하므로 행사차액 만큼 순자산의 감소가 발생한다고 볼수 있는 점을 고려하면, 자기주식 교부형 주식매수선택권 행사시 시가와 행사가액 차이를 손금 산입해야 한다고 결정했다.

◇비상장주식 평가, 가중평균 산정하는 방법으로 ‘과세표준 및 세액 산정해야’

아울러 ‘상속세 재조사 사례[2023-심사-285]’를 살펴보면, 처분청은 피상속인 명의 비상장주직을 상속재산에 포함해 상속세를 부과하자, 청구인은 해당 비상장주식이 명의신탁된 재산이라거나 상속재산 중 비상장주식가액 평가를 정정해야 된다는 이유로 감사원에 심사를 청구했다.

현행 상속증여세법에는 비상장주식 가액은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3대2 비율로 가중 평균하도록 규정돼 있다.

감사원은 비상장주식이 명의신탁 재산 여부는 그 명의자에게 입증책임이 있는바, 비상장주식 명의자와 상속인이 명의신탁 재산임을 입증하지 못하면 상속재산에 해당한다고 밝혔다.

이어 상속재산인 비상장주식의 가액평가시 유형자산처분이익이 법인세 차감 전 이익의 일정비율을 초과하는 경우 해당이익은 일시 우발적 손익에 해당돼 이를 제외하고 1주당 최근 3년간 순손익액의 가중평균을 산정하는 방법으로 주식의 평가액을 재조사해 과세표준 및 세액을 경정해야 한다고 주문했다.

◇종중원이 무단으로 매각후 양도대금 편취 ‘종중에게 양도세 부과’는 부당

한편 ‘양도세 인용 사례[2023-심사-805]’는 처분청이 청구인(종중)이 중종토지를 매각하고 무신고 했다는 이유로 청구인에 양도세를 부과하자, 청구인은 종중원이 무단으로 매각하고 양도대금을 편취해 과세처분이 부당하다는 심사청구 건이다.

감사원은 종중원이 관련서류를 위조하는 방법으로 위법하게 토지를 양도하고 대금 편취 후 양도세를 미신고한 경우, 종중이 위 대금을 지배·관리하면서 담세력을 보유하고 있다 보기 어려워 종중에게 양도세를 부과한 것은 부당하다고 판단했다.

◇물류창고 제3자에 임대…임차인과 화물보관방식 합의후 운영 ‘취득세 감면’ 타당

이 밖에 ‘지방세 인용 사례[2024-심사-18]’의 경우, 청구인이 물류창고를 취득해 ‘보관 및 창고업’에 직접 사용했다는 이유로 처분청에 취득세 감면을 청구했으나, 처분청은 청구인이 물류창고를 제3자에 임대하는 등 ‘직접 사용’ 하지 않았다는 이유로 거부했다.

하지만 감사원은 청구인은 물류창고임대업으로 창업했으나 창고를 취득해 임차인과 정한 화물보관방식에 따라 이 사건 창고를 이용하는 창고업을 직접 운영하면서 수익을 실현했다는 점에서 취득세 감면대상이라고 결정했다.