국내 미등록 특허에 대해 지급하는 사용료를 국내원천소득으로 과세할 수 있게 됨에 따라 국세청이 최근 미등록 특허 사용료 지급 시 원천징수를 이행하지 않은 법인을 대상으로 점검을 실시한 것으로 알려졌다.

8일 국세청 등에 따르면 최근 국내 미등록특허 기술대가가 원천징수 대상 사용료에 해당한다는 기존 판례를 변경하는 대법원 판결이 난 사안과 관련해 원천징수를 미이행한 법인을 대상으로 후속조치를 진행중인 것으로 전해졌다.

앞서 지난해 9월, 대법원은 국내에 등록되지 않은 특허권이라도 그 기술이 실제 국내에서 사용됐다면 지급한 사용료는 국내원천소득에 해당한다고 판시했다.

대법원 전원합의체는 SK하이닉스가 이천세무서장을 상대로 낸 법인세 경정거부처분 취소소송에서 원고 승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

이번 판결에 따라 국내 미등록 특허에 대해 지급하는 사용료를 국내원천소득으로 과세할 수 있게 된 것.

종전 판례는 국내 미등록 특허권 사용료를 국내원천소득으로 보지 않았으나, 이번 판결은 특허기술이 국내 제조나 판매 등에 활용됐다면 국내 등록 여부와 무관하게 과세 대상이라는 점을 분명히 했다.

재판부는 “구 법인세법 제93조 제8호는 특허권 자체가 아니라 그 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등의 사용을 기준으로 한다. 국내에서 특허기술이 사용됐다면 그 대가인 사용료는 국내원천소득”이라고 밝혔으며, 국내 미등록 특허권이라는 이유만으로 과세 대상에서 제외되기는 어려워졌다.

이는 30여 년간 유지돼 온 종전 판례를 변경한 것으로, 국세청은 기존에 접수된 경정청구 처리와 대법원 판결에 따른 후속조치에 집중하고 있는 것으로 전해졌다.