2014년 이후 재개발·재건축 입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전 부동산의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 가능하다. 

재개발재건축 입주권이란 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합에 조합원이 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 쉽게 말해 기존 부동산의 소유자가 재개발 또는 재건축사업으로 인하여 취득하는 입주권을 말한다.

재개발·재건축 입주권 양도에 따른 양도소득세를 산출할 때 쟁점사항은 부동산이 입주권으로 변경되면서 발생한다. 소득세법에서는 관리처분계획인가일을 기점으로 하여 부동산이 입주권 즉, 권리로 변경된다고 해석하고 있다. 그렇다면 부동산만 적용되는 장기보유특별공제가 문제가 된다.

법리를 살펴보면 장기보유특별공제는 부동산의 누적된 자본이득이 일시에 과세되는 점을 완화하기 위하여 제정되었다. 그렇다면 재개발·재건축 입주권은 양도일 현재는 부동산이 아닌 권리 일지라도 부동산으로 보유한 기간에 발생한 누적된 자본이득에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다. 

과세관청 또한 해석을 통하여 관리처분계획인가 전 양도차익 즉, 부동산분 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하여 왔었다. 이후 해석을 반영하여 2013.1.1 소득세법을 개정면서, 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익에 대해서 장기보유특별공제를 적용하도록 명시하였다. 

문제는 소득세법에 명시된 '주택분'이라는 문구이다. '주택분'을 엄격히 문리해석하면 관리처분계획인가 전 양도차익 중 주택 이외의 부동산에 대해서는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 결론이 나온다. 그러나 위 법리를 통해 보건데 장기보유특별공제는 부동산의 누적된 자본이득을 완화하기 위한 것이지 주택 여부와는 무관하다. 

이를 바로 잡기 위해 2014년 소득세법에서 '주택분'을 '토지분 또는 건물분'으로 개정하여 혼란이 없도록 하였다.

결론적으로 2014년 이후 양도하는 재개발·재건축 입주권의 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서는 기존 부동산의 종류와 무관하게 장기보유특별공제가 가능하다는 것이다. 

한편, 관리처분계획인가 전ㆍ후 양도차익은 청산금 납부 또는 지급 구분에 따라 다음 산식으로 산정한다. 

(1) 청산금을 납부한 경우 

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 기타 필요경비]＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 기타 필요경비]

(2) 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액 

[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-기타 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-기타 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액] 

이러한 점을 반영한 재산제세 자동계산 프로그램인 양도코리아는 장기보유특별공제를 연도별로 명확히 구분하여 적용하고 있으며, 복잡한 재개발·재건축 산식을 쉽게 계산할 수 있도록 구성하여 실무자의 편의를 도모하고 있다.