정당한 이유 없이 장기간 과세를 미루어 오다가 부과제척기한 임박을 이유로 과세예고통지와 동시에 한 양도소득세 부과처분은 납세자의 과세전적부심사청구권을 침해해 ‘위법하다’는 조세심판원의 결정이 나왔다.

조세심판원(원장 황정훈)은 9일 `23년 2/4분기 조세심판사건 중 국민의 경제활동 등 일상생활과 밀접한 관련이 있는 사건을 위주로 3건의 심판결정을 선정해 공개했다.

심판원이 공개한 사례를 살펴보면, 정부출연기관인 청구법인은 A국(나라)에 원자로 설계용역 및 관련 교육훈련용역을 제공하였는바, 이는 용역의 수출(공급)에 해당하여 부가가치세 과세대상이므로 이와 관련된 매입세액은 공제대상이라는 내용이다.

또한, 청구법인은 물적분할로 설립된 법인으로, 분할 전 법인이 토지 양수계약을 체결하고 그 지상에 산업용 건축물을 신축한 상태에서, 청구법인이 위 토지를 취득한 경우, 해당 토지는 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 취득한 토지에 해당해 취득세 감면대상이라고 밝혔다.

◆ 매입세액불공제 부가가치세 부과 처분은 잘못(조심 2022전5362)

정부출연기관인 청구법인은 `15년 9월 A국과 원자로 건설 전 설계 협약을 체결하고, 같은 해 12월부터 3년여간 이에 따른 사업을 수행한 후, 이 사업을 부가가치세 과세사업으로 보아 관련 매입세액을 공제해 부가가치세를 신고‧납부했다.

처분청은 쟁점사업이 공동연구개발사업에 불과할 뿐 애당초 부가가치세 과세대상(용역의 공급)에 해당하지 않거나 용역의 공급으로 보더라도 이는 부가가치세 면세대상인 학술연구용역 또는 기술연구용역에 해당한다는 이유에서 관련 매입세액을 불공제해 부가가치세를 부과했다.

심판원은 그러나 공동연구개발인지 여부와 관련해서는 쟁점사업의 업무분장(공정표)상 단계별 업무수행자에 A국 관계자는 나타나지 않을 뿐만 아니라, 청구법인의 담당공정에 A국 인력에 대한 교육훈련이 있는 점, 청구법인의 인력은 191명 중 152명(79.6%)이 박사급인데 반해, A국 인력은 44명 중 1명(2.3%)에 불과해 A국의 경우 원자력 공학 분야에 대한 전문지식이 없는 것으로 보이는 점, 쟁점사업에서 생산된 약 9000여건의 설계문서/도면 중 A국 연구원들이 생산에 참여한 서류는 약 200건(2.2%)에 불과한 점 등에 비추어, 양측 간 공동연구개발 자체의 성립이 불가능해 보인다고 판단했다.

또한, 학술연구용역 등 인지 여부와 관련해서는 청구법인이 이미 `12년 7월에 원자력안전위원회로부터 원자로에 대한 표준설계인가를 획득했고, 쟁점사업과 관련 매입세액의 주요 구성내역을 보면 그 대부분이 청구법인의 인건비와 원전 전문기업들에 대한 설계용역비로 지출된 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제출한 보고서 등에 비추어 이 건은 청구법인이 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 개발을 위해 연구용역을 제공했다기보다는 청구법인이 이미 개발해 보유한 기술을 A국에 이전해 주고 그 대가를 받은 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점사업을 부가가치세 면제대상인 학술연구용역 등으로 보기도 어렵다고 판단했다.

이에 따라 심판원은 쟁점사업은 공동연구개발로 보기도 어려울 뿐만 아니라 학술연구용역 등이 아니며, 청구법인이 A국에 원자로 설계용역 및 관련 교육훈련용역을 제공한 용역의 수출(공급)에 해당하는 것으로 보아, 관련 매입세액을 불공제해 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단했다.

◆ 과세자료 생성 5년 뒤 고지서 송달…장기간 과세권 행사 안해 납세자 과세전적부심 청구권 침해(조심 2022서7132)

청구인은 `16년 12월 쟁점주택을 양도한 후, `17년 2월 1세대 1주택 비과세를 적용해 `16년 귀속 양도소득세를 예정신고했다.

처분청은 `17년 4월경 이 건 양도소득세에 관한 과세자료가 생성되었음에도 이를 처리하지 않고 있다가, `22년 4월22일에 이르러서야 청구인이 1세대 2주택자로 추가 과세가 필요하다고 보아 청구인에게 과세예고통지서와 양도소득세 고지서를 송달했다.

심판부는 ‘과세예고통지와 동일 일자에 양도소득세를 고지해 납세자의 과세전적부심사청구권을 사실상 박탈한 것에 절차상 중대한 하자가 있는지 여부’를 직권으로 심리한 결과, 처분청이 실제 고지가 지연된 것에 대한 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있으므로, 이 건의 경우 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않음으로써 결과적으로 납세자의 과세전적부심사청구권을 침해한 것이고, 따라서 이 건 처분이 절차상 중대한 하자가 있으므로 그 부과하는 자체가 위법하다고 판단했다.

◆ 청구법인의 경정청구 거부한 것은 잘못(조심 2022지851)

청구법인의 모회사는 `19년 4월 쟁점토지 매수계약을 체결하고 계약금을 지급했고, `20년 1월 쟁점토지에 공장을 신축해 사용승인을 받았다.

청구법인은 `20년 4월 단순 물적분할의 방식으로 모회사로부터 분할되어 설립되었고, 모회사로부터 승계사업을 포괄적으로 승계함에 따라 쟁점토지 매매계약서상 매수인을 모회사에서 청구법인으로 변경하는 계약을 체결하였으며, 같은 해 5월 매도인에게 잔금을 지급하고 쟁점토지 소유권을 취득한 후 취득세 등을 신고·납부했다.

청구법인은 이후 쟁점토지가 산업단지 내 분양토지로 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 취득한 토지에 해당하므로 취득세 등을 환급해달라는 경정청구를 했으나, 처분청은 청구법인이 공장용 건축물이 이미 건축되어 있는 쟁점토지를 취득했다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부했다.

심판부는 이에 대해 청구법인이 `20년 4월 쟁점토지 매매계약을 체결하였으나 이는 모회사의 `19년 4월 매매계약을 해제한 후 새로운 계약을 체결한 것이 아니라, 상법 제530조의10에 따라 모회사의 매매계약상 매수인의 지위를 포괄적으로 승계하여 동일한 내용으로 계약 당사자 명의만 변경하여 계약을 체결한 것이고, 실제 쟁점토지 등기사항증명서에 따르더라도 청구법인이 쟁점토지를 취득한 원인은 19년 4월자 매매계약으로 기재되어 있으므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 원인은 19년 4월자 매매계약으로 보는 것이 타당하다고 봤다.

또한, 이 건 경위에 비추어 보면 청구법인은 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 봄이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단했다.