제19대 국회에서 세무조사 일원화가 사실상 무산된 것으로 알려지면서 기업들의 한숨이 깊어지고 있다.

전국의 지방자치단체에 부여된 지방세 세무조사권을 다시 국세청으로 일원화하는 국회의 개정안은 새누리당 심재철 의원과 조원진 의원이 각각 대표발의한 국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률 개정안, 지방세기본법 개정안 등으로 현재 기재위와 안행위와 계류 중에 있다.

이 법안들은 야당 의원들의 강력한 반대에 의해 논의자체가 이루어지지 않았고, 심재철 의원과 조원진 의원 측 관계자들은 이번 19대 국회에서 세무조사 일원화 개정안이 통과되기는 어려울 것으로 전망했다. 사실상 무산된 것이다.

지난 2013년 지방세법이 개정되면서 지방세소득세가 독립세로 전환돼 전국의 지자체들은 세무조사권을 갖게 됐고 기업들은 국세청과 지자체로부터 중복 세무조사를 받을 수 있게 됐다. 이에따라 기업들은 지방소득세를 각 사업장 소재 지자체에 신고·납부해야하며, 국세청에만 진행했던 불복청구 역시 각각의 지자체를 상대로 제기해야만 하는 불편을 겪는다.

즉 마포구에 위치한 A법인은 같은 해 2015사업연도에 대한 세무조사를 국세청으로부터 받고도 몇 달 뒤 서울시로부터 지방세 세무조사의 명목으로 세무조사를 받을 수 있으며 불복청구도 국세청과 지자체를 상대로 진행해야한다.

이와 관련 대법원은 같은 세목과 과세기간에 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다고 판시한 바 있다.(대법원 2014두12062)

그러나 지자체들은 지방소득세가 독립세로 전환됐는데 세무조사권을 배제하는 것은 과세권 침해이며, 지방재정의 안정적 확보와 지역실정에 맞는 지방세 정책구현이라는 개편 취지와 모순된다는 입장이다.

하지만 기업들은 국세청과 지자체에 의한 중복 세무조사에 부담감을 느끼고 있으며 전국경제인연합회도 전국 226개 기초자치단체의 동시다발적 세무조사에 대한 우려는 지방세를 독립세화를 추진했던 2013년 말에 이미 고민했어야했던 사안이었음에도 불구하고 당시 지방재정 확충에만 골몰해 법안 논의에 참여했던 누구도 예상하지 못했다며 세무조사 일원화를 촉구했다.