최근 감사원이 종부세를 환급해달라는 납세자들의 불복 건에 대해 대거 ‘기각’ 결정을 내렸다.

21일 감사원에 따르면 최근 한 달(5월7일~6월5일)간 종합부동산세 및 농어촌특별세 경정청구 거부처분에 관한 심사청구 등 51건의 심사청구를 ‘기각’ 결정했다.

청구인은 다르지만 내용은 동일하다. 청구인들의 주장은 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대해 부과된 재산세액 중 일부만 공제해 주는 것은 위법하다며 납부한 세금을 돌려달라는 내용이다.

종합부동산세는 국세, 지방세는 재산세다. 일정 액수 이상의 부동산을 소유하면 종부세와 재산세가 한꺼번에 부과된다. 따라서 종부세법은 이중과세 문제를 조정하기 위해 종부세를 부과할 때 토지·주택에 부과된 재산세를 공제하도록 하고 있다.

과거에는 같은 토지·주택에 대해서는 재산세를 ‘전부’ 공제했지만, `15년 11월 공정시장가액비율을 계산식에 추가해 시행령을 개정하면서 재산세 ‘일부’ 공제로 바뀌었다. 재산세를 얼마나 공제할지는 시행령에서 정하도록 위임됐다.

이후 재산세를 ‘얼마나 공제할지’에 대해 납세자와 과세관청 사이에서 다툼이 생겼고, 결국 법정 싸움으로 번졌다.

종부세 과세기준 초과금액(공시가격-과세기준금액)에 대해 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 재산세액 중 일부만 공제해 주는 것이 되고 공제되지 않은 나머지 부분은 ‘이중과세’라며 위법하다는 내용이다.

이와 관련해 지난해 8월 말, 대법원은 종합부동산세를 과세하면서 같은 주택이나 토지에 부과된 재산세를 얼마만큼 공제할지를 대통령령으로 정할 수 있도록 한 현행법 체계가 합법이라고 판결했다.

즉, ‘동일한 과세대상에 대해 종합부동산세의 과세기준을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 했더라도 무효라고 할 수 없다(대법원 2019두39796 판결)’고 판시하면서 이중과세가 아니라고 결론지었다.

국세청도 이중과세 조정을 위한 구체적인 공제금액 산출식을 규정한 것이므로 종부세를 돌려주지 못한다고 못 박았다.

이에 따라 감사원은 종부세 입법 목적은 고액의 부동산 보유자에게 종부세를 부과해 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산 가격 안정을 도모하기 위한 것이어서 재산세의 입법목적과 같지 않은 점, 재산세액 중 일부만 공제했더라도 무효라고 볼 수 없다고 대법원이 판시한 점 등을 예로 들어 이들의 심사청구를 모두 기각했다.