R&D 분야 조세지원 제도의 실효성 제고와 오남용 방지를 위해 국세청의 검증이 강화돼야 한다는 제안이 나왔다.

한국조세재정연구원(원장 이영)은 24일 ‘재정포럼’ `25 1월호에서 이 같은 내용의 R&D 분야 조세지원제도 개선책을 제시했다.

김빛마로 연구위원은 ‘우리나라 R&D 조세지원 현황 및 개선 방향-연구·인력개발비 세액공제를 중심으로’에서 정부 재정의 효율적 운영의 관점에서 연구·인력개발비 세액공제 제도의 개선 방향을 모색했다.

내용을 살펴보면 민간의 혁신을 촉진하기 위해 정부 지원을 확대하는 정책 방향은 큰 틀에서 바람직하다고 판단되지만, 연구개발(R&D) 관련 정부 지원에 막대한 예산이 투입되고 있으므로 이를 효율적으로 운영하는 것은 재정 관점에서 중요하다는 점이 제기됐다.

또한 여러 선행연구에서 우리나라 민간 R&D의 양적 성장 대비 낮은 질적 성과를 지적하고 있으며, R&D에 대한 조세지원 제도가 대부분 반영구적으로 운영되고 있음을 고려하면 해당 제도에 대한 평가 및 개선 방향 모색이 필요하는 점을 공론화했다.

김 연구위원은 연구개발 활동에 내재한 불확실성, 혁신 결과물이 가지는 긍정적 외부효과, 핵심 산업 육성을 위한 해외 주요국의 조세 및 재정 지원 확대 경향 등을 고려하면 동 제도의 필요성은 인정된다고 판단된다고 진단했다.

다만, 일반적인 R&D에 비해 높은 수준으로 지원하는 신성장･원천기술 및 국가전략기술 등 우대 기술 범위가 제도 도입 이후 꾸준히 확대되어 온 반면, 기술의 상용화, 지원 필요성 감소 등의 이유로 우대 기술에서 제외된 경우는 매우 제한적인 것으로 나타났고 지적했다.

여기에 세무행정 측면에서 사전심사 및 조사 구조가 복잡하여 기업의 납세협력비용을 높이고 사전 검증 의향을 저해할 가능성이 있고, 과세 관청의 사전‧사후 검증 노력이 충분한지에 대해서도 재고의 여지가 있어 보인다고 밝혔다.

이에 높은 수준의 지원이 필요한 핵심 기술로 신성장･원천기술 및 국가전략기술의 범위를 제한하고, 이미 상용화되었거나 첨단화 수준이 높지 않은 기술, 경제 안보 측면에서 중요성이 떨어지는 기술 등은 우대 기술 범위에서 제외하는 것을 고려할 필요가 있다고 제안했다.

R&D에 대한 우리나라 정부의 지원 수준이 국제적으로 높은 편이라는 점과 신성장·원천기술 및 국가전략기술을 중심으로 동 제도의 조세지출 규모가 급격히 확대되고 있다는 점 등 최근의 어려운 재정 여건 및 향후 예상되는 인구구조 변화 등으로 중장기적 재정건전성 확보 필요성이 크다는 점 등을 종합적으로 고려할 필요가 있다는 것이다.

특히 제도의 오남용 방지를 위한 국세청 차원의 노력을 강화하고, 특히 혜택 수준이 높은 신성장･원천기술 및 국가전략기술 관련 신청 건에 대해서는 검증 비중을 확대하는 것이 필요하며, 또한 제도의 특성상 과세당국 차원의 검증 필요성이 크고, 최근 동 제도 조세지출 규모가 급격히 확대되고 있다는 점 등을 고려할 필요가 있다고 강조했다.