최근 서울지방국세청 감사관실에서 폐업사업자에 대해 중소기업특별세액감면분을 추징하면서, 연간 100만명에 달하는 폐업사업자들이 고의로 폐업을 지연시킬 수 밖에 없는 현상이 발생할 수 있다는 우려 섞인 목소리가 나오고 있다.

12일 세무업계에 따르면 서울지방국세청은 지난해 4월경 중부국세청 A세무서에 대해 교차감사를 실시하면서, `21년 10월 말 폐업한 약국에 대해 폐업을 이유로 `21년 사업연도에 대한 중소기업특별세액감면을 배제하고 600만원을 추징했다. 폐업한 당해 사업연도는 감면받을 수 없다는 것(개정 전 조특법, 대법원판결)이 근거다.

이같은 과세당국의 결정을 마주한 세무대리인은 개정 조특법의 내용과 대법원판결은 폐업 사업연도와 관련 없는 내용으로, 이 결정이 확정된다면 향후 연간 100만 폐업 사업자에게 영향을 줄 수 있는 것으로써 과세당국의 결정은 터무니 없는 것이라고 밝혔다.

과거 중소기업특별세액감면을 받으면 감면받은 세액은 조특법 제145조 4항, 5항에 의해 차입금 상환, 사업용자산에 투자하거나 기업합리화적립금으로 적립해 결손금 보전 또는 자본전입에 사용하도록 의무화하면서 이를 지키지 않으면 추징하도록 규정하고 있었다.

다만 사후관리에 어려움이 있어 `02년 12월 11일 조특법 145조를 삭제하고 146조에서 중소기업특별 감면받은 세액을 추징하는 규정을 삭제했다. 적용 시기는 `02년 12월 11일 공포일이 속하는 사업연도부터 적용토록 했다.

이에 따라 `02년부터 약 23년간 세무대리인들은 거래처가 폐업한 사업연도에도 중소기업특별세액감면을 적용하고 있다.

이 사건을 접한 관련 세무대리인은 서울국세청이 추징 근거로 든 ‘대법원2005두685 사건(2001사업연도)’은 `01사업년도 폐업한 사건이기 때문에, `02년 이후 폐업한 사건과는 관계가 없는 것이라고 설명했다.

또한, `14년경부터 처분청과 납세자 사이에 주택신축판매업에 대해 추계 신고 시 단순경비율과 기준경비율 적용의 다툼 문제가 크게 발생했고, 이때 추가적으로 주택신축판매업을 건설업 또는 부동산업 중 어느 업종으로 판단하느냐에 따라 중소기업특별세액감면 적용 유무가 달라지는 다툼이 생기면서 소송으로 진행됐다.

이에 대해 세무대리인은 소송의 쟁점이 추계결정 기준을 무엇으로 할 것인가, 업종을 건설업과 부동산업 중 무엇으로 판단할 것인가를 쟁점으로 한 것이지, 사업연도 중 폐업에 대한 쟁점은 없었다고 덧붙였다.

또한 ‘서울고등법원 2019누65162(2016사업연도)’ 판결 등의 공통점은 △단순경비율로 추계결정해야 하고 △부동산업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없으며 △부수적으로 ‘대법원2005두685(2001사업연도)’을 첨부하면서 중소기업특별세액감면을 적용받으려면 과세기간 종료일 당시 당해 사업을 영위하고 있어야 하므로 폐업한 사업연도의 경우 감면을 적용받을 수 없다고 했다.

대리인은 또 “판결문의 기각 사유에 쟁점과 관련 없는 사족을 부연한 것”이라며 “서울청 감사실은 고등법원, 대법원 판결문에 기각 사유에 쟁점과 관련 없는 사족을 부연한 대법원 판결문을 근거로 최근 일부 폐업한 사업자에게 중소기업특별감면세액을 배제하고 추징한 것”이라고 지적했다.

이 외에도 이 대리인은 조특법 개정 이후 현재까지 ‘폐업’을 쟁점으로 중소기업감면 배제를 다툰 사건은 없고, 처분청도 `02년부터 현재까지 폐업을 이유로 중소기업특별감면세액을 추징한 사례가 없는데도 서울청 감사실에서만 ‘서울고등법원 2019누65162 등’을 근거로 감면 세액을 추징했다는 점을 설명했다.

이 대리인에 따르면 서울청 감사 담당 직원은 서면 및 의견진술에서 ‘포털사이트 등에 폐업 때 중소기업특별세액감면을 적용받지 않도록 주의해야 한다는 대리인의 글을 쉽게 볼 수 있으므로 모든 세무사들이 폐업한 연도에 중소기업감면세액을 적용받지 못하는 것을 알고 있을 것이고, 모든 세무대리인들이 폐업한 사업연도에 감면을 배제해 신고하고 있다’고 주장 중이다.

이에 대해 포털사이트에 게재된 글 들은 최근 상식 밖의 이상한 사건이 있다는 내용으로 몇몇 세무사들이 포털에 게재한 글이며, 모든 세무사들이 알고 있는 평이한 내용이면 포탈에 주의하라고 글을 올리지 않는다는 점, 실제로 폐업 연도에 중소기업특별세액감면을 적용받아 감면 세액이 추징되지 않은 세무대리를 한 적이 있는 점, 현업에 있는 세무사, 공인회계사 약 3만5000명 중 2/3가량이 `03년 이후 합격자로 중소기업감면세액에 대해 기업합리화적립금 등 사후관리 자체를 배우지 않은 사람이라는 점 등을 예로 들었다.

이어 대리인은 또 “`02년 개정 이후 중소기업감면세액의 사후관리에 대해 법에도 없고, 해석도 없고, 사후관리를 쟁점으로 다툰 심판례, 판례 등도 없기 때문에 대부분의 세무사, 회계사가 폐업 연도에도 감면을 신청해 적용받아 왔으므로 서울청 감사관실의 주장은 사실이 아니다”라고도 설명했다.

그러면서 “서울청 감사인의 주장이 인용될 경우 세무대리인들은 폐업한 사업자들이 중소기업감면세액을 적용받도록 다음 연도 1월까지 폐업을 지연하도록 상담할 수밖에 없어진다”며 “이는 잘못된 서울청의 감사지적으로 납세자의 올바른 납세협력의무 이행을 방해하고, 일시에 과다한 업무 폭주로 올바른 국세행정에도 지장을 초래하게 될 것”이라고 강조했다.

특히 불경기 등으로 연간 100만명 이상이 폐업하고 있어 삭제된 법을 근거로 한 대법원 판결을 이용해 폐업 시 수백만 원의 중소기업특별세액감면을 배제한다면 폐업한 납세자들이 억울한 피해를 구제받고 해소할 길이 사라진다고도 강조했다.

그러면서 대리인은 “쟁점 금액은 대부분 소액이지만 향후 수백만 명에게 미치는 중대한 사건”이라며 “ 조세법률주의, 근거과세원칙에 위배되지 않도록 심도 있게 검토해야 한다”고 덧붙였다.