기업분할로 인한 ‘중소기업 유예제도’ 세제혜택에 대한 국세청과 납세자 간 분쟁을 줄이기 위해서는 분할신설법인에 대한 명시적인 규정이 도입돼야 한다는 지적이 나왔다.

한국세무학회(학회장 이성봉)는 지난 12일 서울여자대학교 50주년기념관에서 ‘`25년 춘계학술발표대회’를 개최했다.

‘기업분할에 따른 중소기업 유예제도의 개선방안’을 발표한 이은홍 법무법인 태평양 공인회계사는 “중소기업 유예제도는 중소기업이 성장해 중소기업요건을 초과하게 된 경우, 일시에 각종 세제 혜택이 중단됨에 따른 경영상 부담을 완화하기 위해 일정 기간 중소기업 세제혜택을 계속 부여하는 제도”라며 “이는 중소기업의 성장을 장려하고 성장 과정에서의 세 부담 급증을 방지하기 위한 정책적 고려에서 도입됐다”고 설명했다.

◆ 기업분할로 인한 ‘중소기업 유예제도’ 문제점

이은홍 회계사에 따르면 국내 기업분할 제도가 도입된 후 `00년부터 `20년까지 국내 상장기업은 총 710건의 기업분할이 이루어졌는데, 분할을 통해 신설된 법인의 경우 적용 기준이 명확하지 않아 실무상 혼란이 발생하고 있다.

분할로 인한 문제점은 분할신설법인의 중소기업 유예제도 적용 기준이 명확하지 않다는 것이다. 분할법인이 이미 중소기업 유예기간을 적용받은 경우, 분할신설법인도 별도로 유예기간을 적용받을 수 있는지에 관한 명시적 규정이 없어 과세관청과 납세자 간 해석 차이가 발생한다.

분할에 따른 법인설립이 '창업'에 해당하는지 여부도 불분명하다. 조특법 시행령 제2조제2항

제4호는 ‘창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업 기준을 초과하는 경우’ 중소기업 유예를 적용하지 않도록 규정하고 있으나, '창업'의 개념이 분할신설법인에도 적용되는지 불분명하다.

또한, 기업분할을 통한 중소기업 유예제도의 남용 가능성이 존재한다. 중견기업이나 대기업이 분할을 통해 인위적으로 규모를 축소함으로써 중소기업 지위를 획득하고 세제혜택을 부당하게 적용받을 가능성이다.

아울러 분할신설법인의 중소기업 유예제도 적용에 관한 판례 및 심판례가 부족해 일관된 해석 기준이 확립되지 않았다. 이는 분할신설법인의 법적 안정성과 예측 가능성을 저해하는 요인으로 작용한다.

마지막으로 중소기업 유예제도의 취지와 분할제도의 취지 간 충돌이 발생할 수 있다. 중소기업 유예제도는 성장하는 기업의 급격한 세부담 증가를 방지하기 위한 것이지만, 분할은 사업 효율화, 핵심 역량 집중 등 다양한 경영상 목적을 위해 이루어진다. 이러한 두 제도의 취지가 상충될 경우 법적해석의 어려움이 발생한다.

◆ 분할신설법인의 명시적 규정 도입 필요

이 같은 문제를 해결하기 위해 분할신설법인의 중소기업 유예제도 적용에 관한 명시적 규정을 도입해야 한다고 밝혔다.

조특법 시행령에 ‘분할신설법인은 분할법인의 중소기업 유예기간 적용 여부와 관계없이 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있다’고 규정하면 분할신설법인의 독자적인 법인격을 인정해 기업의 정당한 구조조정을 저해하지 않으면서도 제도의 취지에 맞는 적용을 가능하게 한다. 구체적 규정을 통해 분할신설법인의 중소기업 유예제도 적용에 관한 법적 안정성과 예측가능성을 높일 수 있다.

‘창업’에 대한 범위는 조특법 제2조에 명확한 규정을 두어 분할신설법인이 '창업'에 해당하지 않음을 명확히 하고, 창업일 관련 당연배제 사유가 적용되지 않도록 함으로써 법적 불확실성을 해소할 수 있다.

또한 분할신설법인에 대한 유예제도 특례 규정 신설을 제안했다.

먼저, 분할법인과 분할신설법인 간의 관계를 고려해, 분할비율에 따라 유예기간을 차등 적용하는 특례

규정을 신설하는 방안이다. 예를 들어, 분할신설법인이 승계하는 자산비율이 50% 이상인 경우에는 분할법인의 잔여 유예기간을 승계하도록 하고, 50% 미만인 경우에는 독자적인 유예기간을 적용받도록 하는 방안이다.

법인세법은 분할을 적격분할과 비적격분할로 구분하고 있으며, 적격분할의 경우 과세이연 등 세제혜택을 부여하고 있다. 중소기업 유예제도에서도 이 같은 구분을 도입해 적격분할의 경우에만 분할신설법인이 독자적인 유예기간을 적용받도록 하는 방안을 제시했다.

이 회계사는 “적격분할의 요건으로는 사업목적의 분할, 사업의 계속성, 지분의 연속성 등이 있으며, 이러한 요건을 충족하는 경우에는 조세회피 목적보다는 사업재편 목적이 크다고 볼 수 있다. 따라서 적격분할의 경우에만 중소기업 유예제도의 혜택을 부여함으로써, 제도의 남용을 방지하면서도 정당한 사업재편을 지원할 수 있다”고 밝혔다.