정부가 기업의 장기고용 유인을 강화하기 위해 ‘통합고용세액공제’를 개편한다.

31일 기획재정부가 발표한 `25년 세제개편안에 따르면 고용 감소 시 추징 방식에서 고용 유지 시 2~3년 차에 더 높은 공제를 적용하는 방식으로 공제액 구조를 재설계한다.

현행 기본공제는 상시근로자 고용증가인원에 1인당 세액공제액을 곱해서 산출하고, 중소기업의 경우 상시근로자는 수도권 850만원, 지방 950만원을 3년간 지원한다. 청년(15세~34세)이나 장애인, 60세 이상, 경력 단절 근로자 등은 수도권 1450만원, 지방 1550만원이다.

중견기업은 상시근로자 450만원, 청년정규직, 장애인, 60세 이상, 경력단절 여성은 800만원(대기업 400만원, 2년 지원)을 3년간 지원하고 있다. 공제 후 2~3년간 고용유지 의무가 주어진다.

이번 개편안에 따르면 정부는 고용 유지 시 더 높은 공제 혜택을 부여하는 방식으로 사후관리를 전환했다.

중소기업 기본공제(3년)는 수도권 1년 차 400만원(지방 700만원), 2년 차 900만원(지방 1200만원), 3년 차 1000만원(지방 1300만원)이며, 청년, 장애인, 60세 이상, 경력단절 근로자 등 우대공제는 수도권 1년 차 700만원(지방 1000만원), 2년 차 1600만원(지방 1900만원), 3년 차 1700만원(지방 2000만원)이다.

중견기업은 기본공제(3년) 1년 차 300만원, 2~3년 차 500만원이며, 우대공제는 1년 차 500만원, 2~3년 차 900만원이다. 아울러 대기업은 우대공제만 있으며 1년 차 300만원, 2년 차 500만원을 공제받을 수 있다.

내년 1월1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 해 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용하며, 적용 기한은 `28년 말까지다.

정부는 현행 사후관리 방식은 근로자 감소에 따른 추징세액 계산 방식이 매우 복잡하고, 납세자 입장에서 사후 경정청구하는 것이 오히려 유리한 문제가 있어 이를 개선하고자 하는 것이라고 밝혔다.

◆ 해외진출기업의 국내 복귀 세제지원 강화

이 외에도 해외사업장 축소완료 이전에 국내로 부분복귀하는 유턴기업에 대해서도 법인세, 소득세, 관세를 감면한다. 

현행은 7년간 100%, 3년간 50%(수도권 안으로 부분복귀 시 3년간 100%, 2년간 50%) 감면된다. 개정안에 따르면 국외사업장 축소완료 이전에 국내로 복귀한 후, 사후적으로 국외사업장 축소완료하는 경우에도 세액감면해 준다. 다만 4년 이내에 축소 완료하지 않는 경우에는 감면세액을 추징한다. 

이는 기업이 급격한 통상환경 변화에 탄력 대응할 수 있도록 다양한 유턴 형태에 대해 지원하도록 하기 위함이다.

◆ 내국법인이 외국자외사 주식을 외국법인에 현물출자 시 과세특례 신설

아울러 해외사업 구조조정 지원을 위해 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자 시 양도차익을 4년 거치 3년 분할 익금산입(과세이연)한다.

내국법인은 5년 이상 계속 사업을 한 내국법인이며, 출자자산은 출자법인이 20% 이상 지분을 보유하고 있는 외국자회사의 주식 또는 출자 지분을 뜻하며, 피출자 외국법인은 출자법인이 80% 이상 지분을 보유하고, 외국법인은 외국자회사가 영위하던 사업을 해당 사업연도 말까지 계속 필요로 한다. 적용 시기는 내년 1월1일 이후 현물 출자하는 분부터 적용된다.